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A U TO R A : M A R TA M A R Í A S A N A N D R ÉS M A R CO
T U TO R A : VA L ERY N A R A N J O O R NED O
C OT U TOR ES : S A N D R A M O R A L ES M A R T Í N EZ Y M A R Í A D E L A I G L ES I A VAYÁ
Trabajo Fin de GradoGrado en Ingeniería Biomédica
ÍNDICE
• Introducción
• Materiales
• Metodología
• Resultados
• Conclusiones
• Líneas futuras
• Presupuesto
DOC. MEMORIA
DOC. PRESUPUESTO
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• 3000 nuevos casos de tumores cerebrales en España cada año. Potencialmentemortal.
• Segmentación de tumores cerebrales:
1. Detección y localización del tumor.2. Diagnóstico.3. Tratamiento.4. Evolución del tumor.5. Ayuda en la toma de decisiones.
• La segmentación manual de tumores cerebrales es un proceso largo y tediosopara los especialistas automatización de las técnicas.
• Proyecto BRAIM del Instituto de Investigación e Innovación en Bioingeniería (I3B)de la UPV.
• CEIB-CS y Hospital Dr. Peset Banco de Imágenes Médicas de la ComunidadValenciana (BIMCV).
Materiales Metodología Resultados Líneas futurasConclusionesIntroducción
Motivación
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1. Estudiar técnica Watershed para la segmentación detumores cerebrales y desarrollar un algoritmo en base aella.
2. Desarrollar interfaz gráfica para facilitar la segmentacióny visualización de los resultados.
3. Comparar resultados de dicha segmentación con latécnica watershed 3D.
4. Realizar validación de la técnica desarrolladacomparando sus resultados con los de la segmentaciónmanual.
Materiales Metodología Resultados Líneas futurasConclusionesIntroducción
Objetivos
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•Tumor cerebral: Crecimiento anormal y descontrolado de células en elcerebro.
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Algunas definiciones…
Ejemplos de tumores cerebrales: glioblastoma, astrocitoma, ependimoma, meningioma, oligodendroglioma, meduloblastoma…
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• Segmentación: División de una imagen en regiones de interés. Cadaregión se identificará mediante una etiqueta y no por el nivel de gris.
• Segmentación de tumores cerebrales: Detección y diferenciación delos componentes tumorales del resto de tejidos cerebrales normales.
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Algunas definiciones…
Manuales
SemiautomáticasAutomáticas
Basadas en umbrales
Basadas en clasificación de píxelesBasadas en modelos deformables
Tipos de técnicas
Basadas en regiones
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¿Qué necesitamos?
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Watershed: considera la imagen en escala de grises como unasuperficie topográfica. Los distintos valores de intensidad de laimagen son interpretados como alturas.
Técnica de segmentación watershed
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Marcador: Conjunto de píxeles conectados pertenecientes a unaimagen que sustituyen artificialmente a los mínimos locales de ésta.
Watershed con marcadores
Marcador interno Marcador externo
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Método Seleccionar punto: segmentación corte inicial
Umbralización
Preprocesado
Marcadores
Segmentación
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Gradiented)
Imagen original
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Método Seleccionar punto: segmentación resto de cortes
Máscara binaria Negativo Distancia borde Marcadores
Corte inicial segmentado
Corte posterior
Corte anterior
Marcadores Marcadores
Corte posterior
Corte anterior ……
Marcadores Marcadores
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Bucles
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Método Rodear tumor: segmentación corte inicial
Contorno Marcadores
Preprocesado
Segmentación
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Gradiented)
.
Alternativa para tumores más heterogéneos
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Método Rodear tumor: segmentación resto de cortes
Corte inicial segmentado
Corte posterior
Corte anterior
Corte posterior
Corte anterior …
Marcadores
…
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Marcadores en 2D
Watershed 3D
Marcadores en 3D
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Interfaz gráfica de usuario
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Ejemplos de segmentación
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Método Seleccionar Punto Método Rodear Tumor
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Comparación con watershed 3D
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Watershed 3D Watershed 2D Watershed 3D Watershed 2D
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Comparación con segmentación manual
Materiales Metodología Resultados Líneas futurasConclusionesIntroducción
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OrdenadorIntel Core i78 Gb RAM
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¿Qué se pretendía? Algoritmo semiautomático capaz de detectartumores cerebrales en estudios 3D de RM con metodologíaalternativa al watershed 3D.
¿Cómo se ha logrado? Interfaz gráfica de usuario en MATLAB conposibilidad de inicializar la técnica watershed con marcadores dedos formas distintas.
¿Qué resultados se han obtenido?
1. Superioridad del método propuesto frente al watershed 3D.
2. Resultados razonables en cuanto a tiempo y efectividad encomparación con la segmentación manual.
¿Qué limitaciones presenta el método propuesto? Lasegmentación puede dar lugar a errores en tumores heterogéneoso con bordes no delimitados claramente.
Materiales Metodología Resultados Líneas futurasConclusionesIntroducción
Hasta dónde hemos llegado…
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Materiales Metodología Resultados Líneas futurasConclusionesIntroducción
• Ampliar la validación de la técnica en más pacientes.
• Comparar los resultados del método desarrollado consoftwares libres.
• Mejorar la segmentación en tumores heterogéneos ypermitir diferenciar distintos tipos de tejidos.
• Adaptar el método para la segmentación de tumoresdiseminados o tumores polilobulados.
• Adaptar el método para la segmentación de otraspatologías cerebrales.
•Continuar trabajando en la automatización de lasegmentación de tumores cerebrales.
¿Cómo avanzar?
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Presupuesto
El coste total de la realización de este proyecto asciende a DOCE MILQUINIENTOS CUARENTA Y OCHO EUROS CON CINCUENTA Y CINCOCÉNTIMOS.
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Trabajo Fin de GradoGrado en Ingeniería Biomédica