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GENOTECAS Curso 2011-12
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GENOTECAS
Curso 2011-12
CONCEPTO DE GENOTECA
Una genoteca es una colección de clones
conteniendo fragmentos de DNA
que comprenden la totalidad (o casi)
de las secuencias de ese genoma.
DIGESTION PARCIAL
Animación > construcción de genoteca
La baja eficiencia de transformación (10-4)limita el número de clones que se puedenobtener con vectores plasmídicos
La cantidad de DNA que se pude insertar es pequeña, máximo 15-20 Kb
Para obtener genotecas se emplean vectores virales
3.2 Gb 3.2x106 Kb ~ 2x105 clones
10-4
Vectores virales
Fago λ
El DNA de λ tiene extremos cohesivos
El DNA de λ tiene extremos cohesivos
formación de concatémeros
procesamiento de concatémeros
empaquetamiento
Sistema de empaquetamiento in vitro
Extracto dador de precabezas y colas
(mutante λA-)
+
Proteína A(terminasa)
+Concatémero
Figure 20-6 step 1
Cloning in phage λ
Figure 20-6 step 2
Cloning in phage λ
Figure 20-6 step 3
Cloning in phage λ
Figure 20-6 step 4
Cloning in phage λ
Figure 20-6 step 5
Cloning in phage λ
Figure 20-6 step 6
Cloning in phage λ
Figure 20-6 step 7
Cloning in phage λ
ln (1- P)ln (1- f)
Depende de la fracción media de genoma en cada clon (f)
Tamaño medio inserto en pbTamaño del genoma en pb
TAMAÑO DE UNA GENOTECA
Número de clones necesarios, N: Depende de P = probabilidad de que una secuencia determinada esté en un clon
f =
N =
En λ no se pueden clonar mas de ~20 Kb
Para tamaños mas grandes se emplean cósmidos
(Polylinker)
10-4
En un cósmido no se pueden clonar mas de 45 Kb
Para tamaños mas grandes se emplean BAC
Bacterial Artificial Chromosome
~300 Kb
En BAC no se pueden clonar mas de 300 Kb
Para tamaños mas grandes se emplean YAC
Yeast Artificial Chromosome
Animación > Clonación
Animación > Manipulation >Techniques >Transferring & storing > Storing DNA
TIPOS DE GENOTECAS
•Genotecas de DNA genómico
•Genotecas de cDNA (copiado de mRNA por transcriptasa inversa)
Obtención de unagenoteca de cDNA
Rastreo de genotecas
Hibridación sondas radiactivas
Paseo cromosómico
Código genético
2
4
2
4
2
4
1
1
22
2
2
22
2
3
2
2
Oligos diseñados en regiones de menor degeneración
2304 posibles secuencias
