05 de Febrero de 2015

BIOINFORMÁTICA BÁSICA

TALLER 2. Introducción a la bioinformática

1. Búsqueda simple en PubMed

1.1. Ingrese a PubMed mediante el siguiente hipervínculo http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed o mediante la página principal del NCBI

1.2. Para realizar una búsqueda simple, introduzca un término biomédico en inglés en la barra de búsqueda, para este ejemplo utilizaremos el termino Breast Cancer, de click en Search. (Envíe una captura de pantalla)

UNIVERSIDAD COLEGIO MAYOR DE NUESTRA SEÑORA DEL ROSARIO

FACULTAD DE CIENCIAS NATURALES Y MATEMÁTICAS

PROGRAMA DE REFUERZO ACADÉMICO

1.3. Cuantos resultados arroja la búsqueda?

304185

1.4. En la barra del lado izquierdo de la página se muestran opciones de filtrado, active los siguientes filtros:

Tipo de artículo: Revisión

Disponibilidad del texto: Disponibilidad completa del texto

Fecha de publicación: Últimos 5 años

Envié una captura de pantalla y señale cuantos resultados arroja ahora la búsqueda?

8282

1.5. Qué utilidad tienen los filtros en PubMed?

Encontrar información con ciertos tipos de requerimientos además limitar la busqueda

1.6. Ingrese a uno de los artículos dando click sobre este, que tipo de información encuentra de manera general (Ej, Fecha de publicación, autores, etc)?

Fecha de publicacion del artículo, autores, procedencia de la investigacion y el abstract del artículo

Desactive todos los filtros dando click en clear sobre cada uno de estos o clear all para desactivar todos

2. Búsqueda de términos en MeSH (Medical Subject Headings)

2.1. Ingrese a la base de datos MeSH dando click en MeSH Database en la página principal de PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

2.2. En la barra de búsqueda introduzca los siguientes términos y transcriba su definición al español:

Paresthesias (Parestesias)

Sensaciones subjetivas cutáneas (por ejemplo, frío, calor, hormigueo, presión, etc.) que se experimentan de forma espontánea en ausencia de estimulación.

Stupor (Estupor)

Un estado de la reducción de la sensibilidad y la respuesta a los estímulos que se distingue de coma en que la persona puede ser despertada por la estimulación vigorosa y repetida. La persona es todavía consciente y puede hacer movimientos voluntarios. Puede ser inducida por CENTRAL AGENTES DEL SISTEMA NERVIOSO. La palabra deriva del stupere América y se relaciona con aturdido, estúpido, aturdido o letargo.

Transcriptome (Transcriptoma)

El patrón de la expresión génica a nivel de la transcripción genética en un organismo específico o bajo circunstancias específicas en células específicas.

2.3. Cuál es la utilidad de la base de datos MeSH ?

Búsqueda de términos de biotecnología

o Tópicos relacionados con la búsqueda

o Términos similares

o Investigación relacionada con el término

o Jerarquía del contenido buscado

3. Búsqueda avanzada en PubMed

3.1. Ingrese a PubMed y de click en Advanced, examine cada una de las ventanas desplegables

3.2. La primera pestaña muestra los conectores “AND”, “OR” y “NOT”, relacione a continuación los gráficos con los enunciados

Gráficos.

Enunciados

A AND B A OR B A NOT B

3.3. En la página de búsqueda avanzada introduzca los términos breast cancer en una de las barras de búsqueda y human genome en la otra, use el conector AND para realizar la búsqueda. Envié una captura de pantalla de los resultados y mencione que resultados espera encontrar cuando utiliza este conector y estos términos.

Espero encontrar información relacionada con ambos términos

1. 2. 3.

3.4. Regrese a búsqueda avanzada en PubMed, en la segunda pestaña se despliegan opciones de búsqueda según diversos parámetros, de 3 ejemplos de parámetros que se puedan utilizar.

NOMBRE DEL CAMPO ABREVIATURA DESCRIPCION

Affiliation - Dirección [AD, AFFL] Dirección y filiación institucional del primer autor y número de ayuda económica.

Author Name - Autores [AU, AUTH] Desde el año 2000 Medline no pone límite al número de autores. Hasta 1999 incluía los 25 primeros autores seguido de la abreviatura et al. El formato para buscar un autor es Apellido, seguido de espacio y la/s primeras iniciales sin puntos (ej., Fauci AS). Se pueden

omitir las iniciales al buscar.

Entrez Date -Fecha de ingreso

o [EDAT] Contiene la fecha que la cita fue agregada a PubMed, en el formato aaaa/mm/dd [edat], ej., 1998/01/10 [edat].

3.5. Al realizar una búsqueda por autor del científico colombiano Rodolfo Llinás (Llinás R), cuantos resultados arroja la búsqueda?

Arroja (362) resultados

3.6. Es Llinás R el único autor encontrado en la búsqueda? Observe detalladamente el segundo nombre de los autores (Llinás R). Que sucede cuando se realiza la búsqueda utilizando comillas “Llinás R”.

Cambia la cantidad de Información (240)

3.7. Cuál es la utilidad del uso de las comillas para realizar una búsqueda?

El uso de comillas se usa cuando se quiere buscar una oración o palabra de forma literal

4. Ingrese a PubMed y realice una búsqueda avanzada de artículos publicados que contengan en el titulo los términos Diabetes y Lifestyle, de autor Knowler y publicados en la revista The New England Journal of Medicine

4.1. Cuantos resultados arroja la búsqueda? Ingrese al documento completo en PDF.

Arroja (2) Resultados

4.2. Cuáles son las partes de un artículo original? Tiene el documento descargado todas estas partes?

Abstract

o BACKGROUND

o METHODS

o Study Design

o Participants

o Interventions

o Assessments and Outcomes

o Statistical Analyses

RESULTS

o Study Participants

o Weigth, Waist Circumference and Fitness

o Cardiovascular Disease Risk Factors

o Clinical Outcomes

o Adverse Events

DISCUSSION

o Supplementary Material

o Acknowledgement

o Appendix

o Look AHEAD Funding and Support

REFERENCES

5. En qué se diferencia la literatura científica de la literatura convencional?

La literatura científica  posee una finalidad práctica: explicar o informar sobre algo que es o ha sido. La atención y el interés del autor se centran, sobre todo, en la realidad, en el objeto que se describe. La descripción científica se caracteriza por la objetividad, la precisión, el carácter exhaustivo de los datos y la claridad con la que se exponen. La descripción literaria (lengua expresiva) posee una finalidad estética. La atención del autor se centra ahora en el mensaje, y no tanto en el objeto o referente que se describe. La descripción literaria se caracteriza por la subjetividad y la expresividad del lenguaje que se utiliza.

La literatura literaria mira los objetos, las personas, los lugares a través de sentimientos y las sensaciones. Busca sugerir, producir sensaciones e ideas, emplea palabra polisémicas para que el lector haga distintas interpretaciones. Intenta influir en la opinión del lector, encontramos valoraciones sobre lo escrito, Puede ser: Realista; se limita a presentar lo descrito, sin valorarlo. Idealizada; El autor mira con ojos positivos y lo convierte en modelo. Degradante; El autor mira el lado negativo de lo que describe.

6. De 3 ejemplos de revistas científicas indexadas.

Biochimica et biophysica acta

Biochemistry

Nature

7. En qué se diferencian los artículos originales (“Original paper”), de los artículos tipo revisión (“Review”).

Un artículo “original paper” es donde existe un todo el contenido sobre algún estudio y del porqué de su conclusión, es decir existe una hipótesis, o los estudios posteriores que hubieron, imágenes indexadas o videos, resultados, discusiones y una sustentación estadística.

Un artículo “Review” es donde existe un análisis, no se profundiza mucho en el estudio, pero habla de como se llego a determinada conclusión de manera sistemática.

8. Utilizando las definiciones y herramientas previamente analizadas. Descargue dos ejemplos de artículos originales y un artículo tipo revisión, de un tema de su interés que haya sido publicados durante los últimos 5 años y se encuentre disponibles en texto completo. Envié una captura de pantalla de la primera página de cada uno de estos.

ARTICULOS ORIGINALES

ARTICULO TIPO REVISION

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9. Escriba un documento reflexivo de al menos 200 palabras que contenga como se ha sentido esta semana, cómo se sintió en clase y qué aprendió hoy.

Envíe el documento a través de la plataforma Moodle, las 8 primeras preguntas a la actividad Taller 2 Bioinformática: Introducción a la Bioinformática y la última pregunta a la actividad 2. Documento reflexivo.

“Lo conocido es finito, lo desconocido infinito; desde el punto de vista intelectual estamos en una pequeña isla en medio de océano ilimitable de inexplicabilidad. Nuestra tarea en cada generación es

recuperar algo más de tierra”

T. H. Huxley, 18871

1 Tomas H. Huxley fue un biólogo británico, conocido como el Bulldog de Darwin por su defensa de la

teoría de la evolución de Charles Darwin. Es conocido también por su famosa frase "Prefiero descender de un mono que de un obtuso como usted" al responder en 1860 a la pregunta del obispo de Oxford de si descendía del mono de por linea materna o paterna.