Lozano, R; Pastor, X; Urbón, P; Lozano, E

Informática Médica, Corporación Sanitaria Clínic, Villarroel 170, 08036 Barcelona, Spain

email: rlozano@clinic.ub.es

OntoDDB… y del conocimiento a los datos

6/3/2008

Toma de Toma de decisionesdecisiones

DatosDatos

InformaciInformacióónnIntegraciIntegracióónn

Monitorizaciónanamnesis, exploración

transformación

combinación

inferencia

AccionesAcciones

registro

Hipótesisdiagnóstica

planificación

ejecución

Diagnósticodiferencial

Ordenes médicas

Diagnósticosindrómico

El enfermo ysus problemas Conocimiento

Médico

El PROCESO CLINICO

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INVESTIGAR

Nuevo conocimientoNuevoNuevo conocimientoconocimiento

DatosDatosDatos

InformaciónInformaciInformacióónn

IntegraciónIntegraciIntegracióónn

recogida

transformación

análisis

inferencia

DiseñoDiseDiseññoo

Resultados

Comparaciones

Acciones

Planificación

Conclusiones

Conocimientomédico

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REQUERIMIENTOS BÁSICOS

• Registrar, almacenar los datos• Mantener la estructura de los datos• Extracción de los datos para su análisis• Contexto

– Acceso distribuido– Cambio constante del conocimiento

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6/3/2008

INCONVENIENTES

• Coste– De desarrollo: Base de Datos, Aplicación web– Coste de mantenimiento: Modificaciones BD,

modificaciones páginas web• Tiempo de desarrollo prolongado• Tiempo de amortización muy corto• Se necesitan recursos muy técnicos• Distancia entre el investigador y el desarrollador• Heterogeneidad entre las distintas aplicaciones• Nula reutilización

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NUEVOS PARADIGMAS

• Ingeniería del conocimiento

• Hacer explícito el conocimiento

• Conocimiento procesable por ordenadores

• Separar conocimiento y datos

• El conocimiento dirige el resto

• Las ontologías como núcleo de la Web Semántica

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OntoDDB - Ontology Driven Data Base

• OntoDDB es un SISTEMA de gestión de datos

• Es un SISTEMA de Ingeniería del conocimiento

• Basado en ontologías

• Permite modelar los datos de modo declarativo

• OntoDDB también permite su instanciación– Recogida concreta de datos

– Almacenamiento

– Extracción

CONOCIMIENTOCONOCIMIENTO

DATOS

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COMPONENTES

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PROTÉGÉ - PLUG-IN OWL-DB

.OWL

JENA

Java API forOWL

OWL-DB

OWL-XML file

Comparación del modelo y extración de statements

Procedimientosalmacenadosen la BD

6/3/2008

OWL-DB – La Base de Datos

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OWL-DB - La Base de Datos

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OntoDDB-MM – El Metamodelo

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OntoDDB-MM – El Metamodelo

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OntoDDB – El Portal Web

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OntoDDB-DE- Extracción de Datos

6/3/2008

OntoDDB-DE- Extracción de Datos

de_patient.csv

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REQUISITOS TÉCNICOS

• Servidor de aplicaciones y base de datos– HW: 2 Gb de RAM, 40 MB disco duro– SW

• Sistema operativo: Indiferente• Servidor de base de datos: MS SQL Server ®, Sybase ® , Oracle ®• Maquina virtual de Java• Servidor de aplicaciones: Apache Tomcat ® 5.5 o superior

• Protégé 2000 ® + Plug-in• Usuario: MS Internet Explorer ® versión 6 o superior

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VENTAJAS

• Simplificación del desarrollo– Reducción en los costes de desarrollo– Reducción en el tiempo de desarrollo– No precisa programación, ni por lo tanto los recursos

técnicos para ello– La construcción de una aplicación se reduce prácticamente

a la fase de análisis y diseño– Disponibilidad de prototipos desde el inicio

• Facilidad de mantenimiento– Gran flexibilidad respecto a modificaciones posteriores– Reducción de costes

• Permite aprovechar economías de escala

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VENTAJAS

• Utilización de ontologías– El análisis ontológico clarifica la estructura del conocimiento– Procesables– Integración con la Web Semántica– Reutilización de modelos

• Utilización de estándares: OWL, Protégé– Permite comunicar los modelos– Permite compartir los modelos– Fácilmente extensible a nuevas funcionalidades

• Es multilingüe• Ayuda a establecer criterios homogéneos en la organización• Independiente del dominio

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TRABAJO FUTURO

• Se está trabajando en la versión 2• Extraer más conocimiento explícito

– Separación entre modelo de datos y presentación

– Incorporación de más funcionalidad web– Incorporación de procesos

• Futuras aplicaciones

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Sin ontologSin ontologíías no puede as no puede haber un vocabulario para haber un vocabulario para representar conocimientorepresentar conocimientoWhat Are Ontologies, and Why Do We Need Them?B. Chandrasekaran, Jorn R. Josephson, V. and Richard Benjamins

¡MUCHAS GRACIAS!Raimundo Lozanorlozano@clinic.ub.esInformática Médica

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