Soluciones para Q-PCR

MX3005P

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Soluciones para Q-PCR

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Stratagene

Innovación en Biología Molecular

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Influencias en la Q-PCR

Q-PCR

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Resultados

QPCR

Usuario

Instrumento Fuente luz y sistema detección

Configuración para

análisis Umbrales, linea base

Plástico y sellado

Muestras

Calidad de los ensayos

Reactivos

Introducción al MX3005P

Q-PCR

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Más de 12 años presentes en el equipamiento

de Q-PCR

Mayor flexibilidad posible: Configuración del

sistema óptico según necesidades

Excitación por lámpara halógena

Escaneo óptico: evita efecto en la posición

5 colores (Mx3005P™)

Sensibilidad en la medición (fotomultiplicador)

Almacenamiento de datos internos: Recuperación

datos si hay fallo en la corriente externa

Especificaciones MX3005P

Q-PCR

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Más posibilidades utilizando Multiplexing: Instrumento creado para su utilización para multiplexing

Mejora rendimiento tanto en un color o en experimentos

multiplex de Q-PCR

Opciones de medición flexible Tiene canal rojo (ROX) aunque no necesita Rox pasivo

Posibilidad de elegir filtros de excitación y emisión

Excelente uniformidad de temperatura en el bloque

Baja variación de temperatura de un pocillo a otro

5-plex data

50 copies

target DNA

Channels: Atto425, FAM,

HEX, TxRd, Cy5

Protein melting curve

SYPRO Orange (ex: FAM

em: ROX)

Optica

Q-PCR

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Lámpara halógena Rango espectral

350-750 nm

Filtros excitación Estrecho paso longitud

de onda(~10 nm)*

Fibra óptica y

Cabeza para escaneado

Filtros emisión Estrecho paso longitud

de onda (~10 nm)*

Fotomultiplicador Alta sensibilidad

Detección fluorescencia

350-700 nm

* Mx3005P™ allows free combination

of excitation- and emission filters

Desarrollado para las de la mejores resultados

incluso en amplicaciones multiplex

Óptica

Q-PCR

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tungsten

halogen lamp (350 – 750 nm)

PMT (350 – 700 nm)

350 nm 750 nm

Excitation Filter 10 nm Interference

Sets de filtros estándar elegidos para

una óptima separación de los colores

Sin contaminación cruzada en los

colores que habitualmente se utilizan

-500 0

500 1000 1500 2000 2500

3000

RFU

FAM HEX ROX Cy5

FAM HEX ROX Cy5

Q-PCR

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Alx350 FAM

TET HEX

JOE ROX Cy5 Cy3

TAM TxRd

Exitation range: 350 to 750 nm

Detected Emission range: 350 to 700 nm

Filtros estándar en Mx3005P®

Libertad de elección: Incluir los los filtros que más se ajusten a la aplicación

Atto425

Óptica

Q-PCR

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Escaneo en 4 segundos por

placa y color

El escaneo se da al final de

paso de temperatura

Características bloque

Q-PCR

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Mx3005P

• Uniformidad de la temperatura:

(+/- 0.25°C @ 72°C en todo el bloque).

• Sistema Peltier

• Rampa temperaturas: hasta 2.5°C/s

• Tapa calefactada

others

Variación de la Tm del amplicon Herrmann et al., Clin. Chem. 52 (2006) and 53 (2007)

Uniformidad

Q-PCR

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Test de uniformidad en placa de 96

Detección de SybrGreen I

Gracias a la combinación de la alta calidad óptica y diseño térmico

Tiene una baja variabilidad en la posición y alta uniformidad de los Cts

Flexibilidad

Q-PCR

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El diseño de los equipos MX permite el uso del equipo

incluso en aplicaciones no relacionadas con la PCR SybrGreen, Taqman, Molecular Beacon, Scorpion Probes

Cuantificación de Ácidos Nucléicos utilizando agentes intercalantes

Detección de actividad utilizando sustratos o proteínas fluorescentes (GFP)

Detección de proteínas utilizando anticuerpos marcados fluorescentemente

Investigación de estabilidad de proteínas y unión de ligandos (termofluorescencia)

Mol. Cell. Prot. 2008: Kazuta et al.

Frank Niesen @ CESG 2009

see also PNAS 103, 15835 (2006): Vedadi et al.

and Nat. Prot. 9, 2212 (2007): Niesen et al.

Software MX-Pro

Q-PCR

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Intuitivo

Q-PCR

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Setup Analysis

Workflows Depending on experiment type

Cuantificación Expresión génica

Análisis de la

curva de fusión Genotipado

Modo “proyecto”

Los experimentos se pueden

convertir posteriormente

para distintos tipos de análisis

Programación fácil y simple

Soluciones para Q-PCR

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Definición rápida de la posición del pocillo

Asignación fácil y simple de las concentraciones estándar Posibilidad de incorporar múltiples genes de referencia Almacenanamiento de los procedimientos rutinarios

Programación fácil y simple

Q-PCR

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Programación intuitiva de los pasos de la PCR

Posibilidad de programar perfiles complejos

(ej. Incrementos/reducción tiempo/temperatura)

Medición tantas veces se quiera y dónde se quiera

Revisar datos a tiempo real

Q-PCR

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Ver los datos crudos en tiempo real

Añadir ciclos o pausar carrera con un simple Click

Apagado automático de la lámpara al final del experimento

o por inactividad (alargar vida de la lámpara)

Característica de Análisis

Q-PCR

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Todas las características de análisis en un sólo software Configuración libre de los algoritmos automáticos para el cálculo de umbrales y corrección del ruido de fondo Corrección eficiente para un buen análisis de la cuantificación comparativa Análisis de los datos experimentales mientras se corre otro experimento

Característica de Análisis

Q-PCR

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Elección de la vista para los datos crudos a analizar Fácil exportación de gráficos y tablas Informes consolidados como documentos para seguimientos Análisis entre varios experimentos independientes con normalización entre ellos

Influencias en la Q-PCR

Q-PCR

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Resultados

QPCR

Usuario

Instrumento Fuente luz y sistema detección

Configuración para

análisis Umbrales, linea base

Plástico y sellado

Muestras

Calidad de los ensayos

Reactivos

Reactivos

Solución completa

Q-PCR

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Brilliant

Amplificación

Q-PCR

Purificación

ADN/ARN

Kit detección

Mycoplasmas Clonación

Kits mutagénesis Células

competentes Taq Polimerasas

Kits lisado

procariotas/eucariotas

Enzimas

modificación/

restricción

Agilent

Mirando hacia las nuevas tecnología

Q-PCR

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Q-PCR

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Validación ensayos Q-PCR

QPCR (validación microarrays

Estudios “downstream”) + Brilliant® reagents

Microarrays (expression, CGH, número de copia)

Cuantificación y Control de

calidad de ácidos nucléicos

Preparación de muestras Absolutely RNA®

SideStep™

Formas de trabajo: Combinando las fuerzas de 3 plataformas

Q-PCR

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Soluciones para Q-PCR

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