Taller: Cienciometría, información e

informática para Ciencias Biológicas

Profesores:Dra. Layla Michán AguirreM. en C. Patricia Magaña RuedaBiól. Diana Ramírez ÁlvarezBiól. Eduardo Alvarez López

Disciplina científica especializada en caracterizar, estudiar, recolectar, sistematizar, preservar, curar, recuperar, clasificar, evaluar, procesar, compartir, usar, publicar, visualizar y analizar cualitativa y cuantitativamente por procesos computacionales la literatura biológica, los datos y los conocimientos asociados a ésta, de manera innovadora y óptima para la obtener nuevo conocimiento, resolver problemas y tomar decisiones.

Informática Biológica

Meta-análisisManejo

Recuperación

Búsqueda

Métodos

Análisis de las Ciencias Biológicas

Impacto de la revolución digital en

biología

Difundir

•Estructura•Desarrollo•Tendencias•Métodos•Patrones•Relaciones

Herramientas electrónicasBibliometría

Análisis de redes

Minería de textos

Semántica

Teorías

Estudios métricos de la información

Objetivo general

El estudiante realizará una investigación de informática basado en el análisis cuantitativo y cualitativo de literatura biológica y los metadatos asociados para resolver un problema biológico en el área de biomedicina o biodiversidad, durante 2 años (4 niveles) de taller.

Nivel I. Web para Bibliografía

Nivel III. Meta-análisis de literatura

Nivel II. Colecciones bibliográficas

Nivel IV. Tesis

Nivel Criterios

I y II 95% Asistencia indispensable para presentar los exámenes40% Dos exámenes parciales: uno teórico y uno práctico40% Trabajo final (Revisión escrita y presentación oral del trabajo)20% Tareas

III 95% Asistencia indispensable para presentar los exámenes30% Dos exámenes parciales: uno teórico y uno práctico50% Trabajo final: tema de tesis tentativo (Revisión escrita y presentación oral del trabajo)20% Tareas

IV 95% Asistencia indispensable para presentar los exámenes20% Dos exámenes parciales: uno teórico y uno práctico60% Trabajo final: avance de tesis (pregunta documental, evaluación de colecciones, hipótesis, método establecido, resultados)20% Presentación oral de los avances de tesis (Incluyendo resultados)

Evaluación

PROYECTOS ACTUALES

Biodiversidad

Creacion de colecciones de literatura en biodiversidadConceptualización coleccionesEstandarización y curación de información biodiversidadEstablecimiento de metadatos

Objetos digitales

Análisis de la información en biodiversidadEstudios métricos de la informaciónObtención de indicadores bibliométricosTendencias de investigación en biodiversidad

Biodiversidad

Biomedicina

Estructuración de información biomédicaCreación de tesauros Creación de catálogosEstándares en biomedicina

Bases de datos biomédicas

Creación de colecciones biomédicasCiberinfraestructura en las bases de datos biomédicas

Biomedicina

➢ Creación de tesauros farmacológicos.➢ Identificación y modificación de plantilla de estándares para curación de

datos farmacológicos. ➢ Diseño de estructura para datos farmacológicos. ➢ Adecuación de estándares internacionales a plantillas y catalogación de

datos farmacológicos. ➢ Curación de datos biomédicos. ➢ Elaboración de vocabularios controlados para reacciones adversas y

efectos secundarios para creación de calculadoras de posología. ➢ Análisis y tendencias de la literatura especializada en biomedicina.➢ Análisis y recuperación de información de bases de datos biomédicas.➢ Generación de competencias informacionales para profesionales,

académicos y comunidad que utiliza información para ciencias biomédicas.

Biomedicina

➢ Revisión de temas fármaco-fisio-cardiovasculares➢ Revisión de patentes para cardiología➢ Revisión bibliográfica sobre fármaco-fisio-cardiovasculares

➢ Revisión sobre la Superfamilia Conoidea➢ Revisión de

○ Conotoxinas (Conidae) ○ Augertoxinas (Terebridae) ○ Turritoxinas (Turridae)

➢ Revisión bibliográfica sobre venenos de animales marinos➢ Revisión de trabajos sobre Venómica de animales marinos

➢ Revisión bibliográfica de polimorfismos (SNP´s) mexicanos ○ Base de datos bibliográfica y SNP´s en cáncer

Biomedicina

Mineria de textos

Se refiere al proceso de derivar información de alta calidad a partir de texto, por medio de la detección de tendencias y patrones cualitativa y cuantitativamente en documentos.

Mineria de textosObtención de patrones de reacciones adversas entre medicamentos oncológicos

Minería de términos estructurados farmacológicos para la determinación de interacciones

Descubrimiento de conocimiento basado en literatura de recursos no maderables de importancia forestal en México

Análisis de la colección bibliográfica de la RSMHN por medio de la minería de textos

Semántica terminología estructura

INTEROPERABLES

Integración de la información

Integración de la terminología

Semántica

Las redes de relaciones como fuente de conocimiento, recuperado por web.● Capa XML: se encuentra en el nivel

inferior y es la que permitirá estructurar los datos.

● Capa RDF: es la capa siguiente, tiene a su cargo la definición de la semántica de los datos.

● Capa Ontology: luego viene la capa que define las relaciones entre los recursos.

● Capa Logical: es la capa superior y define las reglas y mecanismos para hacer inferencias sobre los datos.

● Capas Proof y Trust: ejecutan y evalúan juntas las reglas de la capa lógica para determinar la fiabilidad del recurso. Aquí es donde interviene la firma digital, el concepto de comercio seguro.

TOMADO DE. Interacciones.com.ar, (2003). Web semántica, ontologias y rdf | Interacciones. [en línea] Disponible en: http://www.interacciones.com.ar/web-semantica-ontologias-y-rdf/ [Consultado 11 mayo 2014].

Resultados

En proceso de titulación

9 tesistas CIIB2 tesistas en colaboración

Actualmente

6 publicaciones CIIB5 publicaciones en colaboración

Apoyos

Proyecto PAPIME “Web 2.0 y 3.0 para el dominio de la literatura biológica”

Proyecto CONACYT “El impacto de las Tecnologías de la Información y la Comunicación (TICs) en las Ciencias Biológicas 1980-2011”

Reunion informativaDía: Lunes 04 de agosto de 2014Hora: 10:00 amLugar: Laboratorio CIIB Edificio B de Biología Tercer Piso

ContactoDra. Layla Michán Aguirrelaylamichan@ciibunam.com

M. en C. Patricia Magaña Ruedapatricia@ciibunam.com

Biól. Diana Ramírez Álvarezcoordinacionbiodiversidad@ciibunam.com

Biól. Eduardo Alvarez Lópezeduardoalvarez@ciibunam.com

Edificio B de Biología Tercer Piso Tel. 56228222 ext. 44707http://ciib.unam.mx:8080/