Mapeo de QTLs_30Julio

8/18/2019 Mapeo de QTLs_30Julio

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"ercicio #$ Marcadores y concentración de Magnesio

e realiz un e-perimento en donde se creci la poblacin segregante #er )n/

0 de )rabidopsis en suelo. 1icha poblacin est2 compuesta por 034 56#s

(5ecombinant inbred lines$%. En dicha poblacin se cuantific la concentracin

de distintos minerales. En el archivo de e-cel 7apeo de !"#s$, en la hoja de

c2lculo 7arcadores, usted puede encontrar la concentracin de 7g para cada

línea recombinante, adem2s se presentan los polimorfismos para 8 marcadores

diferentes (9&04:, +%. &0. ?+u2l de los tres marcadores

presenta diferencias en la concentracin de 7g entre los alelos parentales@

Estime las medias y desviaciones est2ndar de cada marcador (acorde a los

alelos parentales% y grafique dichos datos.

1e esta manera usted ha encontrado un marcador que afecta la concentracin

de 7g, b2sicamente es un !"#, ya que es un marcador molecular que

presenta diferencias para un caracter cuantitativo. Esta es una manera de

mapear los !"#s presentes para un caracter, sin embargo es un proceso

tedioso ya que debería repetirse A4 veces apro-imadamente (el nBmero de

marcadores%. )dem2s, podría no detectar !"#s fantasma$, es por esto que el

uso de programas para mapeo de !"#s facilita y ma-imiza el mapeo de !"#s.

"ercicio %$ Mapeo de caracteres con distribución normal

)ntes de empezar con el an2lisis de los !"#s por medio del soft'are

7ap!"#>, primero se debe determinar si los datos presentan una distribucin

normal. &ara esto trabaje con el soft'are 6nfotat. +opie los datos presentes

en el archivo de e-cel 7apeo de !"#s$ en la hoja de c2lculo 7agnesio. &egue

los datos en una nueva hoja de c2lculo ()rchivo*9ueva tabla*&egar con

nombres de columnas%. 5ealice un histograma (Cr2ficos*Distograma*ariable F

G &%; utilice un mínimo de 03 clases. El histograma ayuda a visualizar si los

datos son normales o no. 1e presentarse una forma de campana en el gr2fico

se puede pensar que los datos son normales. &ara respaldar sus

observaciones realice una prueba de hapiro HilIs (Estadísticas*6nferencia

basada en una muestra*&rueba de 9ormalidad hapiro HilIs%. #a hiptesis

nula es que los datos tienen distribucin normal, es decir, un P J 4.4: significa

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que los datos no difieren de una distribucin normal. &3. &resentan normalidad

los datos@

1e presentar una distribucin normal, diríjase al programa 7ap!"#>

(&rogramas*Kyasma*7ap!"#>%. Empiece un nuevo proyecto (ile*9e'

&roject%. )hora tiene que introducir los datos de los locus para esto haga clic en

el botn con una flecha roja.

Lna vez allí, busque en las carpetas del curso el archivo #er)n$ (Moin7ap

#ocus Cenotypes ile% y abra dicho archivo.

El entorno del programa se debe ver de la misma manera que se presenta a

continuacinN

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)hora se deben de abrir los datos cuantitativos, para esto haga clic

nuevamente en la flecha roja y abra el archivo 7agnesio$ (7ap!"#

!uantitative 1ata ile%. +uando se pregunte el nombre de la poblacin al que

debe ir el archivo siempre debe escribirse #er)n$.

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El entorno del programa se debe ver de la misma manera que se presenta a

continuacinN

El siguiente paso es introducir el mapa de ligamiento. &ara esto tiene que hacer

clic en la pestaOa 7aps$ y dar clic en el botn con la flecha roja.

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)hora el programa ya se encuentra listo para realizar el mapeo de !"#s

afectando la concentracin magnesio.

&ara empezar con el an2lisis, debe hacer clic con el botn derecho del mouse

sobre los mapas a evaluar (estos cambian a color rojo, violeta%.

eguidamente, se debe hacer clic derecho sobre la base de datos que se

quiere analizar y hacer clic en la opcin )nalyse for !"#s$.

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)hora se debe seleccionar en la pestaOa de )nalysis$ la opcin 6nterval

7apping$. &8. ?!ué es el mapeo en intervalos y porqué se realiza@ Lna vez

seleccionado se puede oprimir el botn de calcular .

En este momento tome su tiempo para entender cada una de las pestaOas

presentadas en el entorno del programa. #a pestaOa &roject$ presenta un

resumen de cada uno de los pasos que se han realizado hasta el momento. En

9otes$ se pueden escribir notas que van a ser guardadas para

proyectos*an2lisis posteriores. En &opulation$ se muestra un resumen de los

datos introducidos para realizar el mapeo. "raits, Cenotypes y 7ap$, muestran

de manera detallada los datos suministrados para el mapeo; cabe mencionar

que 7ap$ presenta una opcin para marcar loci que pueden servir como

cofactores al realizar 7!7 mapping$. #a pestaOa ession$ indica los

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par2metros utilizados para realizar el mapeo. #os resultados son mostrados en

las pestaOas 5esults y 5esults charts$. e dice que un !"# es significativo

cuando su valor de #P1 es mayor a 3.: (&ermutation test$ es una opcin que

permite estimar el valor de #P1 al que se mapea un !"#, sin embargo no se

recomienda hacer en esta pr2ctica ya que su an2lisis puede durar hasta 0

horaQ%. &R ?+u2ntos !"#s afectan la concentracin de 7g@ ?En qué

cromosoma se encuentran@ ?+u2les son los marcadores m2s cercanos al

!"#@ ?!ué es el valor de lod@ ?!ué es el S E-p.@

"ercicio &$ Mapeo de caracteres con datos sin distribución normal

En el ejercicio anterior usted mapeo !"#s de datos que presentaban una

distribucin normal. )hora debe realizar el mapeo con datos provenientes de

porcentajes de germinacin (conteos%. &ara esto debe cuantificar la

germinacin de la poblacin segregante #er +vi que estuvo germinando con y

sin vernalizacin. #a vernalizacin en arabidopsis se realiza a RT+ durante :/<

días. #uego las semillas se germinaron a 3: T+.

Lna vez que ha evaluado y tabulado todos los datos, realice un histograma y

una prueba de hapiro HilIs para determinar si los datos cumplen con una

distribucin normal. &:. ?"ienen los datos una distribucin normal@ E-isten

diferencias de germinacin entre los tratamientos con y sin vernalizacin@

?1ifieren los valores de germinacin para las líneas parentales@ 1etermine

promedios por líneas y transfiera los datos a un archivo que el programa

7ap!"#> pueda reconocer (7ap!"# quantitative data file%, utilice la hoja de

datos localizada en la hoja de c2lculo germinacin.

El procedimiento para realizar el mapeo es el mismo del ejercicio 3, la Bnica

diferencia es que el tipo de an2lisis utilizado, el cual es KrusIall 'allis en lugar de interval mapping. )dem2s los mapas de ligamiento y datos de locus van a

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ser diferentes (utilice los archivos #er+viU0U3, #er+vi/8UR, #er+viU:%. +abe

mencionar que al utilizar este tipo de an2lisis no se va a contar con valor #P1,

sino que se va a tener un valor de K, por lo que la significancia para mapear un

!"# debe de incrementarse. &>. ?Day diferencias entre los !"#s mapeados

con y sin vernalizacin@ ?Day loci pleiotrpicos@

Dasta este punto usted ha sido capaz de mapear caracteres cuantitativos, esto

es, relacionar valores cuantitativos de un fenotipo con marcadores moleculares.

El mapeo de !"#s por sí slo es una herramienta muy Btil para mejoramiento

genético, ya que permite identificar los marcadores moleculares (loci% que

afectan un car2cter cuantitativo de interés. Es relevante mencionar que los

!"#s mapeados para un determinado car2cter deben ser confirmados. El uso

de 96#s (9ear isogenic lines$% es una buena opcin, adem2s se debe de

estudiar posibles efectos epístaticos entre los distintos !"#s. "ambién, si las

poblaciones segregantes crecen en distintos ambientes es posible determinar

interacciones !"# ambiente.

El manual y m2s informacin del soft'are 7ap!"#> est2n disponibles en el

siguiente linIN httpN**'''.Iyazma.nl*inde-.php*mc.7ap!"#*sc.Ceneral*

En el linI se puede descargar un programa de prueba. &ara m2s informacin o

referencias se recomienda visitar el sitio httpN**'''.Iyazma.nl*

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http://www.kyazma.nl/index.php/mc.MapQTL/sc.General/http://www.kyazma.nl/http://www.kyazma.nl/index.php/mc.MapQTL/sc.General/http://www.kyazma.nl/

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