Estrategias

• Reconocer fragmentos de secuencia asociados a características funcionales o estructurales concretas

• Agrupar la secuencia en una “familia” y “heredar” la información

Motivos

• Motivo: fragmento “corto” de secuencia altamente conservado asociado a alguna característica funcional o estructural

• Se conservan a grandes distancias evolutivas debido a restricciones funcionales o estructurales

• Ayudan a la predicción y a la detección de homología remota

C-x(2,4)-C-x(12)-H-x(3,5)-H

C

X(2,4)

C

X(12)

H

X(3,5)

H

Motivos

• Modos de expresión:

– Expresiones regulares (patrones)

– Perfiles (expresión cuantitativa)

– HMMs (Hidden Markov Models)

Patrones

ALRDFATHDDFSMTAEATHDSIECDQAATHEAS

A-T-H-[DE]

Patrones

[AC]-x-V-x(4)-{ED}

A o C

1 aa

4 aa

Nunca E o D

Sólo V

Patrones

<A-x-[ST](2)-x(0,1)-V

N-Terminal

Uno o ningún aa.

Dos aminoácidos S o T

Construcción de patrones

• Deducción “jerárquica” a partir de alineamientos múltiples

– Manual– eMOTIF

Construcción manual de patrones

Grupos de aminoácidos (eMOTIF)

AG Muy pequeños

ST Hidroxilo

PAGST Pequeños

QN Glu/Asn

QNED Ácidos/polares

KR Básicos Fuertes

KR Básicos Fuertes

VLI Hidrofóbicos pequeños

VLIM Hidrofóbicos

FYW Aromáticos

KRH Básicos

DE Acidos

Bases de datos de patrones

• PROSITE– Recoge motivos ya reconocidos

• Motivos habituales– Centros activos– Lugares de interacción con grupos prostéticos– Lugares de modificación (glicosilación,

fosforilación, ...)– Puentes disulfuro

[GA]-x(1,2)-[DE]-x-Y-x-[STAP]-x-C-[NKR]-x-[CH]-[LIVMFYWH] G GQ D L Y V P V C R L C Y

Precauciones con PROSITE

• Es necesario ser crítico con la validez del resultado: motivos cortos presentan una gran probabilidad y no son necesariamente significativos, (aunque pueden ser correctos en realidad).

• PROSITE permite eliminar hits de baja significación estadística de manera automática

Búsqueda inversa

• Contesta a la pregunta: ¿qué proteínas contienen un motivo concreto?

• Permite – Comprobar la validez estadística de un

resultado – Comprobar nuevos motivos

Otras bases de datos

• BLOCKS– Bloques de alineamiento múltiple associadas

con patrones conocidos

• PRINTS– Conjuntos de patrones no necesariamente

contiguos en la secuencia