Pruebas Realizadas en El NSF Control y Préstamo de Expedientes
ACTIVIDADES REALIZADAS POR EL LABORATORIO DE … · El plan de muestreo fue el propuesto por el...
Transcript of ACTIVIDADES REALIZADAS POR EL LABORATORIO DE … · El plan de muestreo fue el propuesto por el...
ACTIVIDADES REALIZADAS POR EL LABORATORIO DE NEMATOLOGÍA
DE LA UNIVERSIDAD NACIONAL
PROYECTO NSF /CR-USA: BIODIVERSIDAD DE NEMATODOS DEL BOSQUE
TROPICAL LLUVIOSO Y SU POTENCIAL COMO BIOINDICADORES Y AGENTES
DE CONTROL BIOLÓGICO
INSTITUCIÓN: Universidad Nacional. Laboratorio de Nematología. Escuela de Ciencias
Agrarias.
RESPONSABLE: M.Sc Alejandro Esquivel
APORTE INSTITUCIONAL AL PROYECTO NSF:
Microbús y chofer de la UNA el 12 y 13 de marzo, para transportar a la estación
biológica La Selva a 7 científicos del grupo NSF.
Carro doble cabina y chofer de la UNA el día 16 de marzo para recoger en la
Estación Biológica La Selva a 3 científicos del grupo NSF.
Se puso a disposición del grupo NSF el Laboratorio Nematología de la ECA del 11
– 22 de marzo del 2005, suministrándoles además el equipo necesario y algunos
reactivos
Se les brindó acceso libre a internet, fax y teléfono durante su estancia en la
Universidad.
El laboratorio de suelos de la ECA, cubrió los análisis físico químicos realizados a
las muestras colectadas durante la gira a La Selva.
A. MUESTREO
Realizado en la estación biológica La Selva el día 13 de marzo del 2005. El plan de
muestreo fue el propuesto por el equipo NSF. Las características específicas del muestreo
(coordenadas y tipo de muestras, se encuentra disponible en el informe preparado por la
Dra Neher).
Muestras adicionales de suelo se analizaron en el laboratorio de nematología de la UNA
para el proyecto CR-USA. Se mantuvo la misma codificación de las muestras que
corresponden a los puntos o marcas indicadas en el sendero suroeste (801 SSO 200, 802
SSO 300, 803 SSO 400, 804 SSO 400).
Submuestras de suelo de 100 gr, se procesaron por el método del elutriador de
Oostenbrink y cribas con doble filtro de algodón. Los nematodos fueron recuperados a las
20 y a las 40 horas respectivamente. La densidad de nematodos por peso fresco de muestra,
se calculó evaluando dos alícuotas de 10 ml. Los nematodos se fijaron en formaldehído
caliente al 4 %. Dos semanas después se procedió a preparar montajes en masa (fig. 1) para
análisis de la estructura de la comunidad en términos de diversidad y grupos tróficos. A las
muestras de suelo se les determinó el porcentaje de humedad, materia orgánica, pH en KCL
, pH en H2O y textura.
Colección de referencia
Además de los análisis masivos, se inicio el establecimiento de una colección de
referencia de los nematodos asociados a las muestras. La colección permitirá contar con
especímenes debidamente preservados en montajes permanentes y será la base para
descripción futura de nuevas especies. Este proceso requerirá de la cooperación
internacional debido a la complejidad taxonómica del Filo Nematoda.
Los nematodos se fijaron el formaldehído caliente al 4 % y se infiltraron en
glicerina pura mediante el método rápido de Seinhorst (1959). Con ayuda de un
estereoscopio a 40 x, los nematodos fueron primero sorteados por forma y tamaño.
Nematodos adultos y juveniles se montaron en laminillas de Cobb (fig. 2) usando el método
de anillo de parafina. Para la identificación de los nematodos a género, se esta siguiendo a
Siddiqi (2000) para Tylenchida, Hunt (1993) para Aphelenchida, Jairajpuri y Ahmad
(1992) para Dorylaimida y el resto de los taxa Andrassy (1999).
RESULTADOS
Los cuadros 1, 2, 3, 4 y 5, registran los resultados preeliminares de las muestras
colectadas en forma conjunta por el grupo NFS y grupo CR-USA en la estación biológica
La Selva. El cuadro 1, muestra la densidad de nematodos estimada por 100 gramos de peso
fresco de muestra. La densidad detectada, sugiere que la densidad de nematodos por metro
cuadrado de suelo en bosques tropicales, supera los estimado previamente por otros autores.
Los cuadros 2, 3 y 4, muestran la diversidad de nematodos detectada en el bosque tropical
lluvioso La Selva. Solo las muestras 801, 802 y 803 se encuentran registrados, quedando
aún por finalizar la muestra 804. Los análisis masivos han permitido identificar más 600
nematodos pertenecientes a distintos ordenes y familias. Los análisis efectuados, indican
una gran diversidad de nematodos, con dominancia de algunos pocos géneros. La baja
frecuencia de aparición de la mayoría de los géneros detectados, aunado a los pocos
estudios de nematodos en regiones neotropicales, potencia la probabilidad de encontrar
especies nuevas para ciencia. Algunos nematodos, no pudieron ser identificados a ningún
nivel taxómico. La abundancia de juveniles en las muestras, dificulta la identificación.
Queda pendiente la determinación de grupos tróficos, cálculos relativos a índices de
diversidad e índices de madurez
Se han preparado 507 láminas de Cobb para la colección de referencia, con más de
700 nematodos montados permanente para su identificación.
Los análisis físico-químicos se brindan en el cuadro 5, la información es importante,
la cuál permitirá asociar las características biológicas de las comunidades de nematodos en
relación a las características del suelo.
Fig. 1. Montajes en masa para análisis de las comunidades de
nematodos
Fig. 2. Montajes permanentes en laminas de Cobb
Cuadro 1. Densidad de nematodos por peso fresco de suelo estimada a las 20 y 40 horas.
Dos muestras de 100 gr por cada sitio de muestreo procesadas por el método de
Oostenbrink y doble filtro de algodón.
Acc Peso fresco de
muestra
procesada (gr)
Número de
nematodos
recuperados después
de 20 – 22 horas
Número adicional de
nematodos recuperados
después de 40 - 44 horas
Número total
de nematodos
801
s
100 1096 680 1776
801
s
100 864 624 1488
802
s
100 816 632 1448
802
s
100 776 616 1392
803
s
100 1096 968 2064
803
s
100 912 720 1632
804
s
100 800 856 1656
804
s
100 1008 664 1672
NOTA: Adicionalmente se procesaron cuatro muestras mediante el método de Cobb para
preparar montajes permanentes.
Cuadro 2. Géneros de nematodos detectados en la muestra 801, La Selva. Marzo 2005. Se
brinda la densidad de machos, hembras y juveniles.
LA SELVA
801’s Machos Hembras Juveniles Total
Acephalodorylaimus ? - - 1 1
Alaimus - 1 - 1
Alirhabditis - 1 - 1
Aphelenchoides - 2 - 2
Aporcedorus - 1 - 1
Belondirella - 1 2 3
Cephalobidae - - 1 1
Clarkus - - 1 1
Comiconchus - - 1 1
Demaniella - - 1 1
Discocrinemella - 25 - 25
Helicotylenchus 2 7 2 11
Helmabia - 1 - 1
Hexatylus ? - 1 - 1
Meloidogyne (J2) - - 4 4
Mesodorylaimus - 1 - 1
Mesorhabditis - 1 - 1
Mylonchulus - 1 4 5
Neotylenchidae - - 1 1
Nordiidae - - 1 1
Pachydorylaimus - - 1 1
Panagrolaimus - 1 - 1
Paramphidelus - 3 2 5
Plectus - - 2? 2
Prismatolaimus - 2 2 4
Prodorylaimus - - 4 4
Promiconchus - - 2 2
Protorhabditis - 1 - 1
Qudsianematidae - - 3 3
Rhabditella - - 1 1
Rhabditis - 1 2 3
Rhabdolaimus - 1 2 3
Swangeria/Lindseyus - 1 2 3
Trichodorus - 20 11 31
Trualaimus - - 2 2
Tylenchidae - - 1 1
Tylencholaimidae - - 3 3
Tylencholaimus - - 3 3
Tylenchus 6 17 15 38
Willinema - 1? - 1
Xiphinema - 7 8 15
Unknown * 9 - - 9
WI ** - 1 6 7
TOTAL 17 99 91 207
Cuadro 3. Géneros de nematodos detectados en la muestra 802, La Selva. Marzo 2005. Se
brinda la densidad de machos, hembras y juveniles.
LA SELVA
802’s Machos Hembras Juveniles Total
Achromadora 1 1
Actinolaimoides 1 1
Alirhabditis 2 3 5
Amphibelondira 1 1
Aphelenchoides 3 3
Aphelenchoides bicaudatus 1 1
Aporcelaimidae 1 1
Bastiana 1 1
Belondirella 3 6 9
Belondiridae 1 5 6
Caveonchus ? 1 1
Cephalobidae 1 4 5
Cephalobus 1 1 2
Cobbonchus 1 1
Coslenchus 3 3
Criptonchus 2 2
Discocriconemella 8 8
Dorylaimidae 3 5 8
Encholaimus 1 1 2
Goffartia 1 1
Helicotylenchus 1 5 1 7
Helicotylenchus stylocercus 1 1
Hemicicliophora 3 3
Hoplolaimidae 6 1 7
Hulgus ? 1 1
Ironus 1 2 3
Meloidogyne (j2) 8 8
Mulveyellus 1 1
Mylonchulus 1 1
Nullonchus 1 1
Pachydorylaimus 1 2 3
Panagrolaimus 2 1 3
Paramphidelus 1 2 3
Pratylenchidae 1 1
Pratylenchoides 1 1
Prismatolaimus 1 1 2
Prodorylaimus 1 2 3
Qudsianematidae 1 1
Rhabditidae 1 1
Rhabdolaimus 2 1 3
Roqueus ? 1 1
Swangeriinae 2 2
Telotylenchidae 6 6
Trichodorus 3 3
Tylenchidae 6 7 9 22
Tylencholaimidae 3 1 4
Tylencholaimus 1 1 2
Tylenchus 16 24 28 68
Xiphinema 2 9 11
Zalophidera 1 1
Zetalaimus 1 1
TOTAL 30 87 120 237
Cuadro 4 . Géneros de nematodos detectados en la muestra 803, La Selva. Marzo 2005. Se
brinda la densidad de machos, hembras y juveniles.
LA SELVA
803’s Machos Hembras Juveniles Total
Actinolaimidae 1 1
Alaimus 1 1
Alirhabditis 1 2 3
Aphelenchoides 1 1
Aporcelaimium 1 1
Belondiridae 2 2 4
Cephalobus 1 3 4
Criptonchus 1 1
Diastolaimus 1 1
Discocriconemella 33 33
Dorylaimidae 2 2
Encholaimus 1 1
Helicotylenchus 2 1 3
Herodera (J2) 1 1
Ironus 1 2 3
Leptonchus 1 1
Meloidogyne (j2) 8 8
Miconchus 1 1
Mylonchulus 1 1
Nullonchus 1 1
Pachydorylaimus 1 1
Panagrolaimus 1 1
Paramphidelus 1 1
Paraseinura 3 1 4
Qudsianematidae 3 3
Rabditella 1 1
Rhabdolaimus 2 2
Teratocephalus 1 1
Teratolobus 1 1
Trichodorus 4 2 6
Trualaimus 1 1
Trophurus 3 5 8
Tylenchus 6 29 24 59
Tylenchidae 1 8 9
Tylencholaimoidea 1 3 4
Tylencholaimus 3 3
Unknown male 10 10
Xiphinema 1 7 8
TOTAL 19 86 90 195
Nota: Se incluyen todos aquellos tylenchidos de cola larga. Es probable la presencia de Filenchus
Cuadro 5. Géneros de nematodos detectados en la muestra 804, La Selva. Marzo 2005. Se
brinda la densidad de machos, hembras y juveniles.
LA SELVA
804’s Machos Hembras Juveniles Total
Actinolaimoides sp - 1 - 1
Alirhabditis sp - 1 1 2
Amphibelomdira sp - 1 - 1
Anaplectus sp - 1 - 1
Aphelenchoides sp 1 - 2 3
Belondirella sp - 3 6 9
Belondiridae - 2 4 6
Cephalodidae - 1 - 1
Cilindrolaimus sp - - 1 1
Criconematidae - - 1 1
Cryptonchus sp - 3 1 4
Discocriconemella sp - 2 - 2
Dorylaimidae 1 - 5 6
Helicotylenchus sp 18 20 13 51
Hemycicliophora sp - - 1 1
Ironus sp - - 3 3
Leptonchidae - 1 - 1
Mylonchulus sp - - 1 1
Paramphidelus sp - 2 - 2
Prodorylaimus sp - 1 3 4
Qudsianematidae (Takamangai ?) - 1? 1 2
Rhabditis sp - 1 - 1
Rotylenchus sp - 3 - 3
Telotylenchidae 1 - 1 2
Trichodorus sp - 2 1 3
Trophurus - 2 3 5
Trualaimus sp - 1 - 1
Tylenchidae 2 2 8 12
Tylencholaimidae - - 4 4
Tylencholaimus sp - 1 2 3
Tylenchus sp 3 7 7 17
Xiphinema sp - 6 18 24
TOTAL 26 65 87 178
Tylenchus: Se incluyen todos aquellos tylenchidos
de cola larga. Es probable la presencia de
Filenchus
Cuadro 5. Análisis físico químicos de suelo.
Código
de muestra
pH medido en KCL. [1 N] x
10 minutos
PH medido en agua
Materia orgánica
Método de Walkely-Black ( K2Cr2O7 &
H2SO4)
Bouyoucos. Fracción de
arena 2 a 0.02 mm
Bouyoucos. Fracción de
arcilla < 0.002 mm
Bouyoucos. Fracción de limo 0.02 a 0.002 mm
pH KCL pH H20 % MO % arena % arcilla % limo
801 s 3.7 4.5 6.34 42 46 12
802 s 3.5 4.6 6.68 42 44 14
803 s 3.6 4.3 6.36 46 42 12
804 s 3.7 4.6 6.48 36 50 14
Análisis de pH : Relación agua & suelo: 1: 2,5
Relación suelo & KCL. 1N: 1: 2,5
PROYECTO CR-USA
Sitio de muestreo: Estación Biológica La Selva (OET)
Fecha: 7 – 8 de noviembre del 2005
Condición de clima: Muy lluvioso
Coordenadas tomadas el 7 / 11 / 05 para CCL y el 8 / 11 / 05 para SOR
Cuadro 1.
Punto de
muestreo
Tipo de Vegetación Latitud N Longitud W Altitud
(msnm)
CCL 300 Bosque Primario 10º 25´ 31´´ 0.84º 00´ 14´´ 73
SOR Parcela de sucesión 0-1 años.
Vegetación tipo matorral muy
densa no más de 3 – 4 metros de
altura
10º 25´ 25´´ 0.84º 00´ 04´´ 63
SOR Parcela de sucesión 4-5 años.
Vegetación arbustiva. Árboles de
mayor altura pero de poco grosor,
sotobosque mas abierto. Mucha
hojarasca en el suelo
10º 25´ 19´´ 0.84º 00´ 07´´ 60
CCL: Camino Circular Largo
SOR: Sendero Oriental
METODOS
Se muestrearon tres sitios en la Estación Biológica La Selva, con distinto grado de
sucesión ecológica (bosque primario, parcela experimental de 0 – 1 año y parcela
experimental de 4 – 5 años). El plan de muestreo implementado siguió un patrón similar al
empleado por el grupo NSF. Una muestra compuesta de ocho submuestras al azar se
tomaron en cada una de las áreas seleccionadas. El área aproximada de muestreo fue de
1600 metros cuadrados. Cada punto de muestreo fue delimitado por círculo de nylon
amarillo con área interna de 225 cm2 . Cada muestra de suelo se extrajo mediante una pala
a una profundidad de 10 – 15 cm. Mediante una unidad manual de GPS se determino las
coordenadas geográficas y la altitud de cada sitio de muestreo (Cuadro 1) .
Las muestras fueron homogenizadas y procesadas por el método del elutriador de
Oostenbrink. Los nematodos fueron recuperados 48 horas después, contados (2 alícuotas de
10 ml) y fijados en formalina caliente al 4 %. Muestras adicionales de suelo fueron
enviadas al laboratorio de suelos para determinar las siguientes variables físico- químicas
(pH. Materia Orgánica, Textura y humedad). De cada muestra se elaborarán montajes
masivos para determinar la estructura de la comunidad en términos de composición
taxonómica, trófica y valores c-p (colonizadores vrs persistentes).
A. Bosque Primario
22 pasos 22 pasos
Punto Central CCL 300
Fig. 1. Esquema de muestreo en el Bosque Primario. El tamaño del área
de muestreo se delimitó caminando 22 pasos en ambas direcciones a partir
del punto central en el borde del sendero. Tomándose una muestra compuesta de 8
puntos al azar.
B. Parcelas de Sucesión ( 0-1 años, 4–5 años)
Fig. 2. Esquema de muestreo implementado en las parcelas de
sucesión con un área aproximada de ½ hectárea. Caminando alrededor
de cada parcela por los senderos disponibles, se tomó compuesta de ocho
puntos. En cada cuadrante 2 muestras ( 2 N , 2 S, 2 E y 2 O).
NOTAS:
Nivel freático como a 20 cm en la parcela de sucesión de 0-1 año. La condición del
suelo en todas las parcelas muy húmedo, por encima de la capacidad de campo.
El suelo se dejó secando al aire extendido en el laboratorio por una semana para
permitir un secado parcial a temperatura ambiente y así poder homogenizarlo. Se
tomaron 3 submuestras de 100 gr para análisis nematológico.
Una muestra adicional de suelo de cada parcela fue enviada al laboratorio para
análisis de pH, textura y materia orgánica.
Una muestra de suelo de 100 gramos y secada a 105 C por 48 horas para determinar
humedad
RESULTADOS
Cuadro 2. Densidad de nematodos por peso fresco de suelo a las 48 horas. Tres submuestras de 100 gr por sitio de muestreo,
procesadas por el método del elutriador de Oostenbrink y doble filtro de algodón. Estación biológica LA Selva. 7-8 Nov- 2005
Cód
igo
mu
estr
a
Pe
so
mu
estr
a c
om
ple
ta (
Kg
)
Pe
so
mu
estr
a p
roce
sa
da
(g
)
Pe
so
de
be
aker
para
hum
ed
ad
Pe
so
de
be
aker
co
n m
ue
str
a p
ara
hu
me
dad
Su
elo
se
co
a 1
05
oC
Be
ake
r va
cío
pa
ra s
usp
en
sio
n d
e n
em
as
Pe
so
de
be
aker
so
n s
usp
en
sio
n d
e
ne
ma
s
Con
teo
en
10
ml
Con
teo
1
Con
teo
2
Con
teo
3
To
tal N
em
as p
or
mu
estr
a (
10
0 g
)
% H
um
ed
ad
su
elo
po
r 1
00
g
Nem
as p
or
10
0 g
su
elo
se
co
Nem
as 1
00
g s
ue
lo h
úm
edo
To
tal n
em
a/m
ue
str
a e
nte
ra
CCL 300 (Rep 1) 1.700 100 95,17 195,41 146,63 39,37 134,8 10 90 143 1111,8 48,66 #¡REF! 1112 18900
CCL 300 (Rep 2) 1.700 100 95,17 195,41 146,63 34,32 128,56 10 110 134 1149,7 48,66 #¡REF! 1150 19545
CCL 300 (Rep 3) 1.700 100 95,17 195,41 146,63 37,01 135,85 10 86 103 934,0 48,66 #¡REF! 934 15879
SOR 0 - 1 años (Rep 1) 9.180,00 100 77,4 177,41 126,01 33,46 127,51 10 90 105 917,0 51,39 #¡REF! 917 84179
SOR 0 - 1 años (Rep 2) 9.180,00 100 77,4 177,41 126,01 38,7 134,32 10 68 103 817,6 51 #¡REF! 818 75051
SOR 0 - 1 años (Rep 3) 9.180,00 100 77,4 177,41 126,01 34,64 134,17 10 68 80 736,5 51 #¡REF! 737 67613
SOR 4 - 5 años (Rep 1) 9.510,00 100 92,12 192,19 145,89 36,63 129,86 10 166 156 1501,0 46 #¡REF! 1501 142745
SOR 4 - 5 años (Rep 2) 9.510,00 100 92,12 192,19 145,89 38,68 135,01 10 145 156 1449,8 46 #¡REF! 1450 137873
SOR 4 - 5 años (Rep 3) 9.510,00 100 92,12 192,19 145,89 44,04 143,35 10 112 171 1405,2 46 #¡REF! 1405 133638
De cada sitio, sólo una muestra se analizó para humedad, pH, Materia orgánica y textura.
PUBLICACIONES AVANCES
EVALUATING THE PERFORMANCE OF A RIBOSOMAL DNA SEQUENCE
“BARCODE” IN A COSTA RICAN RAINFOREST NEMATODE SURVEY. P.
MULLIN1, T. POWERS1, T. HARRIS1, J. BALDWIN2, A. ESQUIVEL3, R. GIBLIN-
DAVIS4, D. NEHER5, AND P. STOCK6 1Department of Plant Pathology, University of
Nebraska, Lincoln, USA,2Department of Nematology, University of California,
Riverside, USA, 3Escuela de Ciencias Agrarias, Universidad Nacional, Heredia, CR,4
Institute of Food and Agricultural Sciences, University of Florida, Fort Lauderdale,
USA,5Plant and Soil Science Department, University of Vermont, Burlington, USA, 6
Department Plant Pathology, University of Arizona, Tucson, USA. In March, 2005 we
sampled soil, litter, and understory habitats at four discrete locations within the La Selva
Biological Station rainforest preserve in Costa Rica. Nematodes were extracted from the
composite samples and either preserved in formalin or tentatively identified to genus while
alive and then prepared for PCR by crushing individual specimens in sterile water.
Amplifications have been carried out on a subset of these specimens using a primer set
targeting a portion of the 18S ribosomal repeat. A total of 360 nematode 18S sequences
were generated via direct sequencing of the PCR products, and sorted into molecular
operational taxonomic units (MOTUs) on the basis of primary sequence. MOTU
determination was strict, with a single substitution considered sufficient to designate a
unique “taxon”. 167 unique nematode MOTUs have been identified and compared with
small subunit sequences archived in GenBank to assess putative identifications and likely
relationships. Most (109) MOTUs are represented by a single sequence, although multiple
representatives of several have also been recovered. Total species richness estimates range
from 464 to 502 for the sample area. Most major terrestrial nematode lineages are
represented, with Cephalobinae, Plectinae, Tylenchidae, and Dorylaimoidea among the
most frequently encountered. Conversely, relatively few sequences attributable to Enoplida,
Triplonchida, Chromadorida or Monohysterida have been recoverd. Phylogenetic analysis
of MOTU sequences assigned to Tylenchidae along with GenBank sequences representing
that family indicate that there are lineages present in the Costa Rican fauna that have not to
date been sampled in SSU-based nematode phylogenies.
NEMATODE FAUNA IN COSTA RICA: DIVERSITY AND PATTERNS
[NEMATOFAUNA EN COSTA RICA: DIVERSIDAD Y PATRONES]. A. Esquivel1,
H. Arias2, & R. Gómez2. Laboratorio de Nematología. Escuela de Ciencias Agrarias.
Universidad Nacional1. Instituto Nacional de Biodiversidad2. Costa Rica. Email:
[email protected]. Nematode diversity in Costa Rica was studied intensely between
1998 -2002 by a project financed by the Dutch government. Five of the most diverse
conservation areas in Costa Rica were selected and hundreds of samples were collected for
nematode analysis. Two independent preparation methods, Cobb slides and mass slides,
were compared for their ability to characterize nematode communities. Soil horizon,
altitude, vegetation type, thermic and humidity province, and chemical and physical
properties of soil were analyzed as variables associated with nematode communities. The
inventory yielded more than 20,000 specimens, where new genera and species have been
described. More genera were detected in soil than other substrates because of more
intensive sampling. However, substrates such as bromeliads and mosses were biologically
diverse, yielding 72 and 71 genera, respectively. The relationship between environmental
parameters and nematode communities was analyzed statistically using General Linear
Models (GLM). Nematode abundance increased with altitude (P < 0.0001), percentage of
organic matter (P < 0.0001) and number of dry-season months (P = 0.0466). Richness
showed a contrasting pattern, decreasing negatively with altitude (P = 0.0300) and not
affected by organic matter content of soil, humidity or dry season. None of the parameters
measured affected Maturity index values of nematode communities. More knowledge is
necessary to clarify how biotic and abiotic factor influence nematode communities in the
tropics.
MOLECULAR EVIDENCE FOR DISCRETE NEMATODE COMMUNITIES IN
THE RAINFOREST. P. Mullin1, T. O. Powers1, T. Harris1, A. Esquivel2, R. M.
Giblin-Davis3, D. A. Neher4, and S.P. Stock5. Department of Plant Pathology,
University of Nebraska, Lincoln, USA1, de Ciencias Agrarias, Universidad Nacional,
Heredia, CR2, Institute of Food and Agricultural Sciences, University of Florida, Fort
Lauderdale, USA3, Plant and Soil Science Department, University of Vermont,
Burlington, USA4, Department of Entomology, University of Arizona, Tucson, USA5.
Email: [email protected]. The humid tropics are well-known for their rich diversity of
plants and animals. Historical estimates of nematode diversity in the tropics however,
suggest low to moderate levels of diversity when compared with temperate habitats.
Several ecological explanations have been proposed to explain this “missing nematode
diversity” in the tropics. Our studies in the rainforest preserve of the La Selva Biological
Station in Costa Rica indicate that a majority of the nematode diversity may exist above the
soil layer associated with organic litter and understory habitats. Using a molecular barcode
approach based on 18S ribosomal DNA sequence and a vertically stratified sampling
design, 167 unique molecular operational taxonomic units (MOTUs) have been identified
from 360 individual nematodes. MOTUs of 104 specimens were associated with litter or
understory, but not observed from soil samples. Many of these non-soil inhabitants (17%)
appear to be Tylenchinae or related subfamilies based on their phylogenetic position on the
18S nematode evolutionary tree. Within the tylenchid suborder Criconematina Siddiqi,
1980, Discocriconemella, Hemicycliophora, Hemicriconemoides, Macroposthonia, and
Paratylenchus species are associated exclusively with soil, whereas Tylenchocriconema
species are only recovered from the understory, presumably feeding on bromeliads.
Estimates of total species richness range from 464 to 502 for the sample area, exceeding
species richness estimates from the temperate grasslands.
ARCHIVO: Infor NSF-CRUSA. Actualizado el 25 DE JUNIO del 2006