GENETICA2012

PARTE II: HERENCIATeorica 3

Tamaño del genoma

• El contenido de ADN es designado con la letra C• El numero de cromosomas es designado con n

VARIACION DEL TAMANO DEL GENOMA DENTRO DE GRUPOS de ESPECIES

VARIACION DE Tamaño DEL GENOMA ENTRE ESPECIES CON FENOTIPOS SEMEJANTES

Valor C, n y mitosis

Valor C, n y meiosis

Del Tamaño del genoma pasamos a MARKERS especificos que permiten IDENTIFICAR a un genoma

Regiones repetitivas en el ADN

Nomenclatura:

MINISATELITES: VNTR

MICROSATELITES: STR

DISPERSOS: LINES y SINES

VNTR EN HUMANOS: la huella genética

Problema: si individuo 2 es la madre e individuo 5 es el hijo:Cuales pueden ser los padres?

VNTR: QUIEN ES EL ASESINO?

STR: QUIEN ES EL PADRE/QUIEN ES EL HIJO?

PARA IDENTIFICAR LAS DIFERENTES SECUENCIAS SATELITE A NIVEL CROMOSOMICO, SE UTILIZAN

DISTINTAS TECNICAS DE TINCION :BANDEO G, BANDEO C, FISH

BANDEO C

FISH Y CHROMOSOME PAINTING

Marker no repetitivos : SNPs: la forma mas comun de variacion en el genoma (> 1%)

•1:1000 pb es un SNP•Sinonimos o no-sinonimos

WHOLE GENOME WIDE ASSOCIATION STUDIES: GWAS

Comparan el ADN de 2 grupos: individuos con una enfermedad (casos) e individuos smiliares sin la enfermedad (controles). En una muestra de ADN de cada individuo, millones de variantes genicas (SNPs) son analizadas. Si una de las variantes esta presente con mayor frecuencia en el grupo de individuos con la enfermedad, el SNP se considera “asociado” con el rasgo patologico.

A partir de aca el SNP se considera que “marca” una region del genoma humano con influencia sobre el riesgo a padecer esa enfermedad.

El llamado “effect size” es la fuerza de asociacion entre el SNP y el rasgo fenotipico.

En contraste con estudios que analizan especificamente un numero acotado de regiones genomicas, los estudios GWAS analizan el genoma entero. El estudio se considera por ende “non-candidate-driven” en contraste con los estudios “gene-specific-candidate driven”

ASSOCIATION STUDIES

Para estudiar la herencia (como se transmite el material genetico de una generacion a la siguiente), los marcadores repetitivos (VNTR, STR, Alu, ) y los marcadores no repetitivos (SNPs) son utiles.

Por que estos estudios parecieran haber resultados menos informativos de lo

esperado?

Que paso con la HEREDABILIDAD esperada?

Algunos posibles errores de diseno de los estudios de asociacion

Tamano de la muestraCantidad de SNPs incluidos

Eleccion de la poblacion “control”Eleccion de poblaciones europeas

Algunos error conceptuales

Sobrestimar la simplicidad del genomaSubestimar el rol de la interaccion genoma-medio

Subestimar la seleccion naturalSubestimar la interaccion genica

Subestimar otras alteraciones: CNV!