Un modelo cuantitativo para la afinidad de ligandos en hemoproteínas
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Un modelo cuantitativo para la afinidad de ligandos en hemoproteínas Leonardo Boechi y María Eugenia Szretter Instituto de Cálculo Universidad de Buenos Aires
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Un modelo cuantitativo para la afinidad de ligandos en hemoproteínas
Leonardo Boechi y María Eugenia Szretter
Instituto de CálculoUniversidad de Buenos Aires
Hemoproteínas
Hemoglobina,mioglobina…
koffkon
Quantum/Classical(QM/MM)DinámicaMolecularClásicayGuiada
Migración y estabilización de ligandos en familia de hemoproteínas
Nicole2etal.JACS2011ArroyoMañezetal.Biochemistry2011Droghe2etal.Biochemistry2010Nicole2etal.Biochemistry2010MarEetal.Proteins2007
koff -Unaproteínaalavez-Cualita2vo
Bustamanteetal.JPC-B2014Boechietal.JBC2013Pesceetal.JBC2011Boechietal.IUBMBLife2011Boechietal.Proteins2010
MarEJPChemB2009Boechietal.Proteins2008MarEetal.JACS2008MarEetal.JACS2008Bidon-ChanalProteins2006
kon
Quantum/Classical(QM/MM)DinámicaMolecularClásicayGuiada
Migración y estabilización de ligandos en familia de hemoproteínas
Apar=rdelaecuacióndeEyring:
AGUATUNEL
Migración:
O2
Cte
Apar=rdelaecuacióndeEyring:
AGUATUNEL
Migración:
O2 N=26
Cte
Modeloestadís=co
ModelolinealmúlEple(condosvariablespredictorasoexplicaEvas)
Migración:
Migración:
LasdosvariablesexplicaEvassonsignificaEvas(osea,sirvensimultáneamente)
Resultados
Validamosmodelopropuesto+coeficientespropuestos!
R20.78
ModelosreducidosMigración:
Además,enestecaso,elcuadradodelacorrelaciónentreambasvariableses0.09oseaqueEeneninformacióndisEnta
Valoresdeβsimilaresalcasodelmodelocompleto
Migración: ¿Predicción?
EstabilizacióndeO2coordinadoalFe
log!(!!""!"#!) = !! +!!RT ∙ log ! ∙ !!!!! ! +
γ!RT ∙ log!(!) ∙ ∆!!
‡! + !!!
Equation Coefficient To validate /
estimate
Estimated value
and 95% CI p-value
F5
!! 0 -0.36 ± 2.84 0.78
!! −!1 -0.85 ± 0.46 2.3 ∙ 10!!
!! −1 0.16 ± 1.10 0.76
!R2=0.74
Estabilización:
EnlaceFe-O2 Tunel(out)
O2
Equation Coefficient To validate /
estimate
Estimated value
and 95% CI p-value
F6 !! 0 0.12!±!0.47 0.60
!! −1 -0.82!±!0.23 4.57 ∙ 10!!
!
R2=0.746
log!(!!""!"#!) = !! +!!RT ∙ log ! ∙ !!!!! ! + !!!
Modeloreducido
EnlaceFe-O2
Estabilización:O2
Agradecimientos:
Agradecimientos:
Agradecimientos:
SeminariosdelInsHtutodeCálculo
Cálculosdeenergíalibre:IgualdaddeJarzynski
