Mar Sanz LuengoCarmen Muñoz Serrano

Taller práctico de búsqueda bibliográfica

con PubMed y Zotero

22 de febrero de 2017

•MyNCBI

• PubMed Tools

•More Resources: MeSH, Clinical Trials

PubMed

•Búsqueda básica por palabras clave

•Búsqueda avanzada

•Búsqueda por términos MESH

Búsquedas en PubMed

Límites

Visualización y manejo de resultados

Salvar búsquedas

Crear alertas

•Almacenar PDFs

• Insertar citas y referencias en documentos

Guardar resultados en Zotero

PubMed

• Desarrollado por el

National Center for

Biotechnology Information

(NCBI) en la National

Library of Medicine (NLM)

• Proporciona acceso

gratuito a :

Medline

PreMedline

OldMedline

PubMed Central

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

PubMed

Ayuda

Área de búsqueda

Herramientas Recursos adicionales

My NCBI: mi cuenta en PubMed

PubMed: My NCBI

Nos registramos como usuariospinchando en “Register for an

NCBI account”.

My NCBI es una herramienta quepermite guardar nuestras estrategiasde búsqueda y referencias bibliográficasy personalizar, mediante la selección defiltros, el uso de PubMed.

Rellenamos los datos delformulario y pinchamosen .Una vez registrados,para activar “My NCBI”introducimos nuestrousuario y contraseña.

PubMed: My NCBI

Guarda las búsquedas y losregistros visualizados en losúltimos 6 meses.

Búsquedarápida en lasbases de datosde PubMed.

Opción para autores quepermite reunir lasreferencias bibliográficasde sus publicaciones.

Permite recuperar las estrategiasde búsqueda guardadas.

Permite crear colecciones olistados de referencias por temas.

Permite modificar los filtros queaparecen por defecto y crear filtrospersonalizados.

PubMed: PubMed Tools. Single Citation Matcher

Single Citation MatcherPermite localizar una referencia individuala partir de los datos conocidos. Es muy útilpara localizar referencias incompletas,verificar datos…

PubMed: PubMed Tools. Clinical Queries

Recupera estudios clínicos.

Clinical QueriesEs un buscador especializado que tieneincorporados filtros metodológicos

Recupera revisiones sistemáticas,meta-análisis, revisiones deensayos clínicos, conferencias deconsenso, guías de prácticaclínica, etc.

Recupera registros relacionadoscon la genética médica.

PubMed: More Resources. MeSH

MeSHMeSH (Medical Subject Headings) es el vocabulariocontrolado de términos biomédicos que identificanel contenido de cada artículo en la base de datosMEDLINE.

PubMed: More Resources. MeSH

Encabezamiento principal o descriptory su definición.

Subencabezamientos, describen un aspecto enparticular del encabezamiento.

PubMed: More Resources. MeSH

Opciones de restricción de búsquedas

Sinónimos

Jerarquía de términos (destacada laposición del término buscado dentro de lajerarquía MeSH).

Búsquedas en PubMed: búsqueda básica

PubMed permite la utilización de palabras clave, descriptores MeSH y la combinación de ambos.

Para combinar los términos utiliza los operadores booleanos AND, OR y NOT, que deben ir siempre enmayúsculas. Por defecto, PubMed combina los términos con AND.PubMed interpreta los operadores de izquierda a derecha. Si queremos romper esta secuencia, tenemosque utilizar paréntesis.

“Auto Suggest” muestra lasbúsquedas más frecuentesrealizadas con los términosintroducidos en la caja debúsqueda.

“Spell Check” nos proporcionauna alternativa cuando detectaque hay un error ortográfico enel término de búsqueda.

Introducimos los términos en la caja de búsqueda y pulsamos . PubMed recupera los registros conlos términos buscados. Este proceso se denomina mapeo automático de términos.

Búsquedas en PubMed: búsqueda avanzada

Desde “Advanced” accedemos a “AdvancedSearch Builder” y “History”.

“Advanced Search Builder” permite construirbúsquedas complejas, combinando términosen diferentes campos con los operadoresAND, OR y NOT.

El historial muestra todas las búsquedas en elorden en que se han hecho precedidas del signo#. Puede guardar hasta 100 búsquedas. Sepierde después de 8 horas de inactividad.

Búsquedas en PubMed: búsqueda por términos MeSH

Seleccionamos la base de datos MeSH, desdeel vínculo de “More Resources” o desplegandoel menú que aparece al lado de la caja debúsqueda.

Búsquedas en PubMed: búsqueda por términos MeSH

Vamos a buscar artículos que traten del usodel tramadol en el tratamiento de laosteoartritis.

1. Buscamosel términotramadol

2. Pulsamos sobre eltérmino para ver lainformación disponible 3. Enviamos el término a la caja

de búsqueda mediante la opción“Add to search builder”

4. Completamos nuestra búsquedavolviendo a la caja de búsqueda eintroduciendo el término osteoarthritis.

Búsquedas en PubMed: búsqueda por términos MeSH

5. Con los dos términos en la caja debúsqueda efectuamos la búsqueda en PubMedpinchando en “Search PubMed”.

Cuando realizamos una búsqueda por un término MeSH, PubMed automáticamente busca ese encabezamientoy todos los encabezamientos por debajo de él en la jerarquía. Si se quiere desactivar esta opción tenemos queseleccionar la opción “Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy”.También podemos restringir la búsqueda a los artículos en los que el término MeSH aparezca como temaprincipal del artículo, seleccionando la opción “Restrict to MeSH Major Topic”.

Búsquedas en PubMed: búsqueda por términos MeSH

Cuando realizamos una búsqueda utilizando los descriptores MeSH sólo recuperamos referenciasbibliográficas que ya han sido indizadas e incorporadas a MEDLINE: [PubMed – indexed for MEDLINE]. Elresto de las referencias no las recuperaremos: [PubMed – as supplied by Publisher], [PubMed – in process].Se recomienda hacer la búsqueda por palabras clave en todos los campos del registro cuando sea necesariauna búsqueda que asegure la recuperación exhaustiva de todos los artículos.

Límites

Para limitar la búsqueda seleccionamos los filtros que corresponden anuestra necesidad de información.

Visualización de resultados

Una vez realizada la búsqueda, en la parte central de la pantalla aparecen lasreferencias de los artículos recuperados. Por defecto, las referencias se muestranen formato abreviado “Summary”.

Pinchando el “Display Settings” vemos losdistintos formatos de visualización de lasreferencias, el número de resultadosmostrados por página y el orden de apariciónde los mismos.

Visualización de resultados

Pinchando en el título mostramos el registrocompleto del artículo en formato “Abstract”.

Referencia bibliográfica completa, enlace con la sede deleditor (en caso de que el artículo esté disponible a textocompleto), título, idioma del artículo, autores, resumen,PMID, status de la cita, tipo de publicación, descriptoresMeSH…

Gestión de resultados

Seleccionamos los resultados de la búsqueda queconsideramos adecuados y pinchamos “Send to” para:• Guardarlos en un archivo (“File”).• Enviarlos a colecciones de MyNCBI (“Collections”).• Guardar las referencias en un gestor bibliográfico (“Citationmanager”).• Enviarlos por correo electrónico (“Email”).• Enviar al portapapeles (“Clipboard”). El “Clipboard” permiteguardar y ver más adelante las referencias seleccionadas deuna o más búsquedas, hasta un total de 500.

Salvar búsquedas y crear alertas

Una vez realizada labúsqueda, pulsamos“Save search”.

Existen dos opciones parasalvar las estrategias debúsqueda y crear alertas:

2. Archivar la búsquedaen “My NCBI” y recuperarlas actualizaciones desdenuestra cuenta.1. Recibir las actualizaciones

de forma automática ennuestro correo electrónico

RSS

Podemos utilizar la opción “RSS” para enviarla estrategia de búsqueda a nuestro lector deRSS.

Pulsamos “Create RSS” Al pulsar “Create RSS”se crea un icono .

Al pulsar sobre elicono apareceuna nueva páginaweb. Copiamos laURL de la barra delnavegador y lacopiamos en nuestrolector de RSS.

Guardar referencias en Zotero

Cuando Zotero detecta un conjuntode referencias bibliográficas apareceel icono de una carpeta en la barrade herramientas del navegador.

Pulsando en el icono , aparece unaventana con los documentos que hadetectado en la página. Podemosguardar en Zotero todos o solo los quenos interesen.

Guardar PDFs en Zotero

Cuando Zotero detecta no sólouna referencia bibliográfica sinotambién el PDF con el textocompleto del documento, al hacerclic con el ratón sobre el icono dela barra del navegador, el PDF seadjunta de forma automática a lareferencia.

Guardar PDFs en Zotero

Con el botón derecho pulsamos sobre “Ponernombre al fichero a partir de los metadatosdel contenedor” y renombramos el documentoPDF adjuntado a la referencia bibliográfica.

Insertar citas y bibliografía en un documento

Para insertar citas en un documento detrabajo, debemos haber instalado el pluginpara el procesador de texto.La barra de herramientas de Zotero paracitar en Word se nos instalará en la pestaña“Zotero”.

Cuando queramos insertar una cita,nos colocamos en el lugar del textodonde la queramos poner y pinchamosen el icono “Add Citation”.

A continuación nos pedirá en quéestilo queremos citar y se abrirá unaventana con los documentos quetenemos en Zotero. Elegimos el quequeremos citar y la cita se insertará enel texto en el estilo elegido.

Insertar citas y bibliografía en un documento

Cuando hayamos insertado todas las citas,nos colocamos al final del documento eintroducimos la bibliografía pinchando en“Insert Bibliography”.