Taller de bioinformática Sarah Bonnin and Jean-François Taly Bioinformatics Core Facility.
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Taller de bioinformática
Sarah Bonnin and Jean-François Taly
Bioinformatics Core Facility
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Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania
¿Qué vamos a hacer?
Leishmaniosis
Parasito
Enfermedad
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Infección después de la picadura de un mosquito
Leishmaniosis
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elemento de menor tamaño que puede considerarse vivo: 30 µm
Leishmania = 1 célula Humano = cientos de billones de
células (1014)
¿Qué es una célula?
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CromosomasProteínas
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InstruccionesMuebles
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¿Qué es un cromosoma?
Secuencia
Nucleótidos
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¿Qué es un gene?
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¿Qué es un gene?
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Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania
¿Qué vamos a hacer?
Leishmaniosis
Piel
Órganos InternosParasit
oEnfermedad
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Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania
¿2 cepas = 2 Enfermedades?
Leishmania donovani CL
Piel
Órganos Internos
2 Enfermedades
2 Cepas
Leishmania donovani VL
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Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania
¿Qué es la hypothesis?
Leishmania donovani CL
Piel
Órganos
Internos
2 Enfermedades
2 Cepas
Leishmania donovani VL
8x
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Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania
¿Qué es una mutación?
Leishmania donovani CL
Piel
Órganos
Internos
2 Enfermedades
2 Cepas
Leishmania donovani VL
ATTGCGCAGCCCG
ATTGCGTAGCCCG
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Vamos a alinear la secuencias de CL i VL contra una referencia
¿Cómo se hace?
ATTGCGCAGCCCGATTGCGTAGCCCG
GTGTGGGCGCGCATTGCGTAGCCCGGGGTTTCACA
Leishmania donovani CL
Leishmania donovani VL
ATTGCGTAGCCCGATTGCGCAGCCCG
ATTGCGTAGCCCG
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Articulo publicado en Julio 2014
Chrom
Position
Change
Gene ID Size
Site Gene product
36 2280763
G/A LdBPK_366140.1
364 R231C Ras-like small GTPases, putative
¿Que resultado han publicado?
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¿Qué herramienta utilisaremos?
Plataforma para la computación biomédica
Desarrollada en los EEUU Penn State University Johns Hopkins University
https://wiki.galaxyproject.org