Taller de bioinformática

Sarah Bonnin and Jean-François Taly

Bioinformatics Core Facility

Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania

¿Qué vamos a hacer?

Leishmaniosis

Parasito

Enfermedad

Infección después de la picadura de un mosquito

Leishmaniosis

elemento de menor tamaño que puede considerarse vivo: 30 µm

Leishmania = 1 célula Humano = cientos de billones de

células (1014)

¿Qué es una célula?

CromosomasProteínas

InstruccionesMuebles

¿Qué es un cromosoma?

Secuencia

Nucleótidos

¿Qué es un gene?

¿Qué es un gene?

Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania

¿Qué vamos a hacer?

Leishmaniosis

Piel

Órganos InternosParasit

oEnfermedad

Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania

¿2 cepas = 2 Enfermedades?

Leishmania donovani CL

Piel

Órganos Internos

2 Enfermedades

2 Cepas

Leishmania donovani VL

Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania

¿Qué es la hypothesis?

Leishmania donovani CL

Piel

Órganos

Internos

2 Enfermedades

2 Cepas

Leishmania donovani VL

8x

Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania

¿Qué es una mutación?

Leishmania donovani CL

Piel

Órganos

Internos

2 Enfermedades

2 Cepas

Leishmania donovani VL

ATTGCGCAGCCCG

ATTGCGTAGCCCG

Vamos a alinear la secuencias de CL i VL contra una referencia

¿Cómo se hace?

ATTGCGCAGCCCGATTGCGTAGCCCG

GTGTGGGCGCGCATTGCGTAGCCCGGGGTTTCACA

Leishmania donovani CL

Leishmania donovani VL

ATTGCGTAGCCCGATTGCGCAGCCCG

ATTGCGTAGCCCG

Articulo publicado en Julio 2014

Chrom

Position

Change

Gene ID Size

Site Gene product

36 2280763

G/A LdBPK_366140.1

364 R231C Ras-like small GTPases, putative

¿Que resultado han publicado?

¿Qué herramienta utilisaremos?

Plataforma para la computación biomédica

Desarrollada en los EEUU Penn State University Johns Hopkins University

https://wiki.galaxyproject.org