preCMBDCoder · 2012-07-23 · Maquina virtual de Java, versión 1.6 o superior ... poder importar...

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Manual de usuario de la aplicación de escritorio

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Contenido Introducción .......................................................................................................................................2

Requisitos Hardware/Software .......................................................................................................3

Instalación y configuración inicial .................................................................................................3

Plantillas de los ficheros ....................................................................................................................5

Codificación ................................................................................................................................... 11

Configuración avanzada ............................................................................................................. 18

Anexos .............................................................................................................................................. 20

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Introducción

La elaboración del CMBD (Conjunto Mínimo Básico de Datos) es un elemento clave

para el Sistema de Información del SNS. Si bien actualmente se dispone de un CMBD

de Hospitalización y, dentro de la Atención Ambulatoria, de la Cirugía sin ingreso, la

cobertura del resto de las modalidades asistenciales ambulatorias es muy limitada.

Por volumen de actividad, los contactos en las Urgencias Hospitalarias se encuentran

entre las principales prioridades en el CMBD de Asistencia Ambulatoria.

La obtención de los datos administrativos del CMBD ambulatorio de Urgencias suele ser

relativamente sencilla, pues la mayor parte de los centros cuenta con Sistemas de

Información de Gestión de Pacientes que incluyen un registro para cada una de las

urgencias atendidas. Sin embargo, la codificación mediante procedimientos

convencionales, de los datos clínicos asociados a tal volumen de actividad es muy

costosa. Se necesitan por tanto, herramientas de codificación automatizada que

ayuden a alcanzar niveles razonables de cobertura a partir de la información clínica

ya registrada en forma de textos libres, capturados en los sistemas administrativos.

Los centros que se encuentren en condiciones de descargar desde su sistema de

información un conjunto de datos administrativos y clínicos que denominaremos

‘preCMBD’ se pueden beneficiar de esta tecnología para elaborar un CMBD de

Urgencias.

En este documento se explica el correcto uso de la aplicación “preCMBDCoder”. Esta

aplicación está diseñada para obtener, a partir de los registros con las descripciones

clínicas de los episodios de urgencias, un CMBD codificado (CIE9MC 8ªed).

Este manual tiene la siguiente estructura:

- Requisitos hardware/software

- Instalación y configuración inicial

- Definición de plantillas con los campos a mapear desde el fichero con los

registros exportados en el fichero de origen

- Importación y codificación del preCMBD

- Opciones avanzadas

- Ficheros de resultados

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Requisitos Hardware/Software

Los requisitos para el funcionamiento del software son las siguientes:

Maquina virtual de Java, versión 1.6 o superior

Conectividad a internet

Instalación y configuración inicial

La aplicación se distribuye en un fichero comprimido en formato zip que debe ser

descomprimido en una carpeta a elección del usuario.

En dicha carpeta se creara una carpeta /lib y el fichero PreCMBD_GUI-1.0.jar.

Para sistemas Windows la aplicación se puede arrancar haciendo doble click sobre el

icono del fichero.

La primera vez que se ejecuta, el sistema, pedirá una mínima información acerca del

entorno donde se va ejecutar:

- Si es en un Hospital o Consejería (figura 1).

Fig. 1 Instalación Inicial (1)

- Idioma.

- Comunidad Autónoma del Hospital y/o Consejería.

- En el caso de los hospitales se seleccionará de un desplegable el hospital

correspondiente (figura 2).

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Fig. 2 Instalación Inicial (2)

Una vez realizada esta configuración inicial al pulsar el botón <Aceptar>, el sistema

incorporará automáticamente los recursos lexicográficos que se descargaron en el

fichero con la aplicación y que permiten a la herramienta el análisis lingüístico y la

posterior codificación de las descripciones de enfermedades.

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Plantillas de los ficheros

En la pestaña <Configuración de Importación> se gestionan las plantillas para

poder importar los ficheros con los datos de los ficheros de urgencias (figura 3).

Las plantillas incorporan mapeos entre los campos del CMBD tal y como vienen

en los ficheros de exportación de cada hospital a campos requeridos por la

herramienta preCMBD para poder realizar la codificación.

Fig. 3 Configuración de importación (1)

Las plantillas creadas mediante la herramienta PreCMBD, son persistentes y no

desaparecerán cuando se cierre el programa.

Nueva Configuración de importación

Para crear una nueva plantilla, se pincha en el botón <Nuevo> (figura 3). Se

rellena el nombre con el que vamos a identificar a la configuración, una descripción

de la configuración, el formato del fichero de entrada con el CMBD (txt, csv, xls Excel

2003) y en caso de ficheros txt, el separador de campos (; ó |) (figura 4).

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Pinchamos en <Siguiente>. Los ficheros a analizar podrán tener los campos

identificados con cabeceras o bien sin cabeceras de campo pero por orden de las

columnas, se seleccionará cual va a ser el tipo de mapeo y a continuación <Importar

Plantilla> (figura 5).


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Para incorporar los valores de las cabeceras del fichero a importar, se tiene que

seleccionar el fichero a codificar. La herramienta incorporará los datos de las

cabeceras de dicho fichero a los elementos desplegables, siendo ahora posible su

selección (figura 6 y 7).



Es importante señalar que los campos “Número de Historia Clínica” y “Fecha de inicio

del Contacto” son obligatorios, siendo el resto de campos, opcionales.

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Una vez que se han realizado todas las correspondencias se guardará esta

configuración y automáticamente la aplicación vuelve a la pestaña inicial en donde

aparecerá ya guardada la nueva plantilla (figura 9). Ahora ya es posible importar los

datos del fichero y codificarlo.


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Ver una Configuración de importación

Para visualizar la información de las correspondencias de los campos de una

plantilla ya existente, se marcará dicha plantilla en la tabla que aparecerá resaltada

en azul (figura 10). Al pinchar el botón <Ver>. Aparecerá en la pantalla las

correspondencias de los campos de la plantilla que hemos seleccionado

anteriormente, no siendo posible realizar cambios (figura 11).



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Eliminar una Configuración de importación

Para eliminar una plantilla que ya no es válida o que no se va a utilizar más, se

marcará dicha plantilla en la tabla, que aparecerá resaltada en azul y se pinchará el

botón <Borrar> (figura 12).


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Codificación

La codificación de los ficheros de urgencias es un proceso que la herramienta

realiza en dos fases. En una primera se importaran las descripciones desde el/los

ficheros que se quieren codificar. En la segunda fase se realiza la codificación

propiamente dicha y se generan una serie de ficheros con los resultados.

Importación del CMBD

Para empezar, desde la pestaña <Codificación>, hay que seleccionar una

configuración de importación que anteriormente se haya definido (figura 13).

Fig. 13 Codificación (1)

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A continuación se pincha en <Importar> y se selecciona el fichero con el CMBD que

queremos codificar (figura 14).


La herramienta informa del resultado de la importación (figura 15).


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A continuación se presenta una información más detallada, con el número de

registros que había en el fichero, los que se han importado y el estado del proceso.

Igualmente en caso de que no se hayan podido importar todos los registros se informa

de cuales han sido y el motivo (figura 16).


Se puede proceder de la misma manera, hasta importar todos los ficheros que

se desea codificar.

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Codificación del CMBD

Una vez se hayan importado uno o varios ficheros, se habilitará el botón de

<Codificar> que permite lanzar el proceso de codificación (figura 17).


Este proceso genera cuatro ficheros de resultados que toman el nombre del

fichero de origen al que se le añade información de su origen y fecha de codificación

(figura 18):

Un fichero “*.csv” que contiene los datos importados con los códigos

asignados a cada registro. Este fichero puede ser utilizado para incorporar

los resultados de la codificación a los sistemas de información del hospital.

Un fichero “nombre de fichero_origen_fecha de proceso.pdf” que contiene

un informe del resultado global de la importación de los datos y de la

codificación.

Un fichero “nombre de fichero _origen_fecha de proceso.csv” que contiene

el listado con las descripciones que no han podido ser codificadas por la

aplicación, que denominamos “residuo”.

Un fichero comprimido denominado “nombre de fichero_fecha de

proceso.zip” que contiene los ficheros (“nombre de fichero_origen_fecha

de proceso.pdf” y “nombre de fichero_origen_fecha de proceso.csv”).

En la carpeta raíz del usuario la aplicación crea una subcarpeta “preCmbdExport”

donde se guardan todos los ficheros obtenidos de la codificación.

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En el caso de que se esté codificando conjuntamente más de un fichero, la

herramienta solicitará un “prefijo” que se asignará a cada uno de los cuatro ficheros

creados tras la codificación conjunta (figura 19).


Al finalizar la codificación, se informa de la ruta en donde se han guardado los

ficheros con los resultados para poder recuperarlos. Dicha ruta apunta a la carpeta

raíz del Usuario (figura 20).


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Es importante enviar el fichero denominado “nombre de fichero _ fecha de

proceso.zip” al MSSSI para su análisis ya que permitirá la mejora del contenido

lexicográfico de la herramienta y así aumentar el número de registros codificados por

preCMBD coder. Para realizar dicho envío utilizará el botón <Enviar> que aparece en

la pantalla (figura 21).


En los Anexos se explican de forma más detallada las características de cada

uno de los ficheros.

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Borrar.

Una vez finalizada la codificación, en caso de querer trabajar con un nuevo

preCMBD, se puede volver al estado inicial pulsando el botón <Borrar> (figura 22). Con

esta acción se eliminan los datos de los ficheros importados anteriormente pudiendo

reiniciar el proceso con un nuevo conjunto de datos.

Fig. 22 Borrado (1)

Fig. 23 Borrado (2)

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Configuración avanzada

Desde la pestaña de <Configuración> se pueden acceder a dos pestañas

auxiliares.

Glosario

Configuración de la red

Glosario

Desde “Glosario” se pueden realizar tres acciones diferentes (figura 24):

Actualización de glosario. Al pinchar en el botón <Actualizar glosario

general> se actualizará el glosario base con los recursos terminológicos

de codificación de la versión más reciente que disponga el MSSSI.

Incorporación de recursos terminológicos. Con el botón <Importar

glosario local> la herramienta permite incorporar recursos terminológicos

específicos del usuario. En concreto se podrían incorporar a la

herramienta los códigos CIE9MC 2012 asignados a nuevas descripciones

(Ver Anexos). Estos recursos son utilizados por la herramienta para

aumentar el número de registros que podrían ser codificados.

Exportación de glosario local. Pulsando el botón <Exportar glosario

local> se permite exportar dicho glosario para su revisión y su posible

modificación y posterior importación.

Fig. 24 Configuración avanzada (1)

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Configuración de la red

En la pestaña <Configuración de la red> se permite la configuración de la

conexión a Internet en caso de que el usuario de la aplicación se encuentre en una

red local que accede a Internet por medio de un proxy. Esta configuración solo es

necesaria en algunas redes locales y permitirá que la aplicación pueda actualizar los

recursos terminológicos de Glosario y Tesauro, así como el envío al MSSSI de las

descripciones no codificadas por la aplicación.

En caso de tener que configurar esta opción consulte al personal de sistemas

de información de su hospital o consejería para que le facilite la información

requerida.

Fig. 25 Configuración avanzada (2)

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Anexos

I. Fichero de resultados de codificación

Es un formato Excel CSV separado por “;” siendo las cabeceras de las columnas las

correspondientes a un CMBD de urgencias. Este fichero contiene los campos que se

importaron a la herramienta PreCMBD, junto a los códigos CIE9MC 2012 que se hayan

asignado en el proceso de codificación.

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NOMBRE CAMPO Descripcion

historia Número de Historia Clínica

cip Código de Identificación Personal

fecha_nacimiento Fecha de nacimiento

sexo Código de Sexo.

reside Código postal del domicilio del paciente

reg_financiacion Código de Financiación

fecha_inicio_contacto Fecha de inicio del contacto

hora_ini_contacto Hora de inicio del contacto

fecha_fin_contacto Fecha de fin del contacto

hora_fin_contacto Hora de fin del contacto

cir_cont Código de Circunstancias del contacto

tip_asist Código de tipo de asistencia

tip_con Código de tipo del contacto

peticion Código del Solicitante del contacto

tip_alt Código de Destino tras el contacto

servicio Código del servicio(Hospitalización mas Urgencias)

hospital Codigo del catálogo nacional

comunidad_autonoma Código de comunidad autónoma . Código INE

dc1 Descripción de C1









c1 Diagnostico principal del contacto(CIE-9-MC)

c1_2 Segundo código del diagnostico principal (CIE9-MC)

c2 Otros diagnósticos (CIE-9-MC)








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Extracto de fichero ejemplo “Demo.csv”:

"historia";"cip";"fecha_nacimiento";"sexo";"reside";"reg_financiacion";"fecha_inicio_contacto";"hora_inicio_contacto";"fecha_fin_

contacto";"hora_fin_contacto";"circunstancia_contacto";"tipo_asistencia";"tipo_contacto";"peticion_contacto";"tipo_alta";"servicio"

;"hospital";"ccaa";"dc1";"dc2";"dc3";"dc4";"dc5";"dc6";"dc7";"dc8";"dc9";"c1";"c1_2";"c2";"c3";"c4";"c5";"c6";"c7";"c8";"c9"; "1113000092";"";"20/06/1933";"2";"";"1";"01/01/2011";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"40010";"";"MAREO SECUNDARIO A

EPISODIO FAP";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";""

"1113000005";"";"12/08/1906";"2";"";"6";"01/01/2011";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"40010";"";"ISQUEMIA ARTERIAL AGUDA MII";"";"";"";"";"";"";"";"";"443.9";"";"";"";"";"";"";"";"";""

"1113000010";"";"21/12/1947";"1";"";"1";"01/01/2011";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"40010";"";"HERIDA INCISO CONTUSA

REGION OCCIPITAL";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"" "1113000004";"";"22/04/1982";"2";"";"1";"01/01/2011";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"40010";"";"ULCERA CORNEAL OJO

IZDO";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"";""

"1113000022";"";"31/12/1964";"1";"";"6";"01/01/2011";"";"";"";"";"";"";"";"";"";"40010";"";"PROSTATITIS AGUDA";"";"";"";"";"";"";"";"";"601.0";"";"";"";"";"";"";"";"";""

…………………

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II. Informe de resultados Es un fichero PDF con información del resultado global de la importación de datos y

de la codificación desasistida. Ejemplo de fichero “Demo_40010_14_03_2012.pdf”:

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III. Formato de fichero Exportación/Importación Glosario Local Es un formato Excel CSV separado por “;” siendo las cabeceras de las columnas las

siguientes:

descripción= término que se desea incorporar

c1= Código principal CIE9-MC para la descripción

c2= Código secundario CIE9-MC para la descripción

Por cada fila es obligatorio que exista un valor tanto para la descripción como para el

campo c1, no siendo obligatorio para el campo c2

Ejemplo de fichero.

"descripcion";"c1";"c2"

"CONTUSION MOLAR";"123.45";"456.12"

"Trastorno intestinal";"569.9 ";""

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