Orf marco de lectura abierto: parte entre codon de inicio y de paro

En el momento que entra algo q obstaculice la lectura de arn en el ORF la lectura puede cambia la configuración del aproteina o se ve truncada

Hoy: truncar orf con TC5, trabajar un gen UNc22 que se encuentra en C elegans y observar lo q sucede cuando se trunca el ORF, la proteína permite realizar el proceso de contracción y relajación para q el gusano se desplace. (procesos insilico: a nivel de bioinformática)

PAG NCBI bases de datos

Nucelotid

Buscar las dos secuencias las del gen y la de TC5

Código de acceso : GenBank: X15423.1

Es un cod único, para acceder a la secuencia especifica para el genbank

Locus: posición especifica del gen

Secuencia de la Proteína twichi ya traducda

Gen. Secuancia nucletotidica

Fasta

Fasta se copia a bloc de notas para copiar el gen :

Intrones exones

Splicing: anotar posiciones d eintroes desde el ultimo al primero para cortar desde la prate final a la parte inicial

Cola poli a : 35386-47081, porq va hasta el final

1er exón :

<14070..14162

El ORF debe estar después de estos 14162

La cola poliA no se corta

Bioedit :

Editar secuecnais

Comprobar q hay 478081

Y se borra con spr

Corte de todos intrones

Secuencia sin intrones 45856 : unc cDNA

El producto de esta mnipulaciones una secuencia de DNA que es complementaria al mRNA procesado

Busca el codón de inicio del 1 exon : 14070

Buscamos el inico y final de lac odificacion : ORF

Buscando 3 exon del gen : 16114 y 16115 : región del ORF del 3 exon

Cunado se hace splicing el marco de lectura cambia porq no hay intrones

Hay problemas en la remoción de intrones porq si no, daría a todos lo mismo, en la secuencia q ya se tiene se debe encontrar la psicion 16114 o 16115 en la q hay splicing

Ingreso el TC5 en la secunecia

Traducción

Mutada: sec de paro y en la de genbak no mutada puede q no se encuentre un codón de paro

Y la de silvestre es la q ya tiene splicing la twichin genbak y la silvestre son iguales

Si hy trasposon en el ORF cambia el cod de lectura completamte y cambia la codificación proteica

En las silvestre y la de genbank no hay sec de paro mientras q en la otra si hay de paro, por eso el gusano tiene temblores en su desplazamiento