DAAD 2011 CP Bioinformatica SCIAN

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UNIVERSIDAD DE CHILE FACULTAD DE MEDICINA ESCUELA DE POSTGRADO CURSO DE POSTGRADO Métodos Matemáticos y Bioinformáticos para el Análisis de Datos Biológicos (MMBADB) Nombre Curso Semestre Segundo Año 2011 Prof. Encargado Steffen Härtel (F-Med) y Alejandro Maass (FCFM) Nombre Completo Laboratorio de Procesamiento de Imágenes Científicas (SCIAN-Lab), BNI, Programa de Anatomía y Biología del Desarrollo, ICBM, Facultad de Medicina, U-Chile Y Centro de Modelamiento Matemático, Departamento de Ingeniería Matemática, Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas, U-Chile Unidad Académica Teléfono 9786366 E-mail [email protected] Tipo de Curso Complementario (Básico, Avanzado, Complementario, Seminarios Bibliográficos, Formación General) Nº horas Presenciales 88,5 Nº horas NO Presenciales 121,5 Nº horas totales 210 Créditos 7 (1 Crédito Equivale a 30 Horas Semestrales) CUPO ALUMNOS 6 25 (Nº mínimo) (Nº máximo) Pre-requisitos autorización Inicio 2. Diciembre 2011 Término 14. Enero 2012 Dia/horario por sesion Lunes, Martes, Jueves y Viernes 09:00 - 12:30 Día / Horario por sesion Lunes, Martes, Jueves, Viernes 14:00 - 17:30 Lugar Salas de Escuela de Postgrado, Facultad de Medicina. Escuela de Postgrado (Sala a determinar) u otro lugar 1

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es ua informacion valiosa de Bioinformatica

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UNIVERSIDAD DE CHILEFACULTAD DE MEDICINAESCUELA DE POSTGRADO

CURSO DE POSTGRADO

Métodos Matemáticos y Bioinformáticos para el Análisis de Datos Biológicos (MMBADB)

Nombre Curso Semestre Segundo Año 2011

Prof. Encargado Steffen Härtel (F-Med) y Alejandro Maass (FCFM)

Nombre Completo

Laboratorio de Procesamiento de Imágenes Científicas (SCIAN-Lab), BNI,Programa de Anatomía y Biología del Desarrollo, ICBM, Facultad de Medicina, U-Chile

YCentro de Modelamiento Matemático, Departamento de Ingeniería Matemática,

Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas, U-ChileUnidad Académica

Teléfono 9786366 E-mail [email protected]

Tipo de Curso Complementario

(Básico, Avanzado, Complementario, Seminarios Bibliográficos, Formación General) Nº horas Presenciales 88,5Nº horas NO Presenciales 121,5Nº horas totales 210

Créditos 7

(1 Crédito Equivale a 30 Horas Semestrales) CUPO ALUMNOS 6 25

(Nº mínimo) (Nº máximo)

Pre-requisitos autorización Inicio 2. Diciembre 2011 Término 14. Enero 2012

Dia/horariopor sesion

Lunes, Martes, Jueves y Viernes09:00 - 12:30

Día / Horariopor sesion

Lunes, Martes, Jueves, Viernes14:00 - 17:30

Lugar Salas de Escuela de Postgrado, Facultad de Medicina.

Escuela de Postgrado (Sala a determinar) u otro lugar

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Metodología Las aplicaciones de la informática en salud y biomedicina son cada vez más importantes para mejorar la calidad de vida de las sociedades modernas. La Informática Biomédica abarca disciplinas tales como la informática, medicina, ciencias naturales y atención sanitaria. En todo el mundo se observa una demanda creciente de programas de postgrado y postdoctorado flexibles e interdisciplinarios que preparen investigadores con las competencias necesarias para facilitar el camino hacia futuros avances en este campo. Si bien la estructura de la población y el contexto socio-económico en muchos países de América Latina hacen especialmente valiosa la Informática Biomédica, los esfuerzos para fomentar esta disciplina han sido dispersos. La Oficina Alemana de Asuntos Exteriores a través del Servicio Alemán de Intercambio Académico (DAAD) ha iniciado el financiamiento para la creación de un Centro de Excelencia en Investigación y Enseñanza en Santiago de Chile desde 2009 hasta 2014. La iniciativa incluye investigadores de diferentes Facultades de la Universidad de Chile (U-Chile), tanto de la Facultad de Medicina (F-Med) como de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas (FCFM). También incluye la Universidad de Heidelberg, que aporta su experiencia para fomentar la formación interdisciplinaria junto a una consolidada plataforma de investigación en el campo de la Informática Médica. La Universidad de Heidelberg alberga el primer programa de Informática Médica establecido en Alemania y está estrechamente relacionado con destacados institutos de investigación, como el Centro Alemán de Investigación del Cáncer (DKFZ). La formación profesional y la investigación se centrarán en Programas Certificados, Escuelas de Verano, Programas de Postgrado -Magíster y Doctorado- y el Intercambio Científico entre las Universidades. El primer curso transdisciplinario de postgrado de Métodos Matemáticos y Bioinformáticos para el Análisis de Datos Biológicos (MMBADB) responde a la creciente necesidad de métodos matemáticos/bioinformáticos capaces de proveer herramientas para resolver preguntas biológicas, biomédicas y de medicina aplicada en el presente y el futuro. El curso reune docentes del Centro de Modelamiento Matemático (CMM) del FCFM, de la Facultad de Medicina y de la Universidad de Mannheim, con el fin de cubrir cuatro aspectos fundamentales de la temática: (i) importancia de métodos matemáticos/bioinformáticos en la medicina del presente/futuro (R Armisen), (ii) métodos de análisis de secuencias en sistemas biológicos (A Maass / N Loira) (iii) interpretación de datos de sistemas biológicos y biomédicos (A Maass / N Loira) y (iv) manejo de herramientas bioinformáticas en el campo de la biología de sistemas e investigación biomédica en el ejemplo de la esquizofrenia (P Gebicke). Las clases, presentaciones y seminarios se dirigen a estudiantes de las disciplinas de biología, medicina, matemática, computación e ingeniería eléctrica con especialización en ciencias de la computación / informática. Créditos:Créditos para el curso se otorgan por la Facultad de Medicina, Universidad de Chile. Las materias podrán ser reconocidas para futuros estudios de postgrado, Diplomado y Magister en Health Informatics.

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Evaluación (Indicar % de cada evaluacion)Seminarios (40%)Examen Final (60%)

Profesores Participantes (Indicar Unidades Académicas) ICBM, Facultad de MedicinaUniversidad de ChileIndependencia 1027Santiago, Chile Steffen Härtel - [email protected]+56 (2) 978-6366 (oficina)+56 (2) 978-6266 (secretario)www.scian.cl | www.aibi.cl Ricardo Armisen - [email protected] de Fisiopatología+56 (2) 978-6705 Katherine Marcelain - [email protected] de Genética Humana+56 (2) 978-6741 FCFMFacultad de Ciencias Físicas y MatemáticasUniversidad de Chile Alejandro Maass - [email protected], CMM, CRG, CNRSBlanco Encalada 2120, 7mo piso+56 (2) 978-4456www.crg.cl | www.dim.uchile.cl Nicolás Loira - [email protected], CMMBlanco Encalada 2085, 3er piso+56 (2) 978-4339 (oficina)+56 (2) 978-4527 (secretaria) MathomicsCMM, FCFM+56 (2) 978-4551 María Paz Cortés - [email protected] Budinich - [email protected]és Aravena - [email protected] Travisany - [email protected] Di Genova - [email protected] Assar - [email protected] Computational Biology Lab (DLab)CMM, FCFM+56 (2) 978-4603Tomas Perez-Acle - [email protected] ZI-Mannheim, GermanyCentral Institute of Mental Health, University of HeidelbergJ5, D-68159 Mannheim, Germany Peter J. Gebicke-Härter - [email protected] of Psychopharmacology+49(621)1703 6256

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Descripción / Objetivos Este curso cubre los siguientes aspectos fundamentales:(i) importancia de métodos matemáticos/bioinformáticos en la medicina del presente/futuro(ii) métodos de análisis de secuencias en sistemas biológicos(iii) interpretación de datos de sistemas biológicos y biomédicos y(iv) manejo de herramientas bioinformáticas en el campo de la biología de sistemas e investigación biomédica, en el ejemplo de la esquizofrenia. (i) Para comprender la importancia de los métodos matemáticos y bioinformáticos en la medicina del presente y futuro se requiere tener conocimientos de los siguientes paradigmas: herencia genética, replicación y transcripción génica, estructura e interacción de DNA y RNA. En esta parte del curso participarán docentes de la F-Med. (ii) Para manejar métodos de análisis de secuencias en sistemas biológicos se requiere comprender a nivel teórico los métodos matemáticos y bioinformáticos clásicos de análisis y procesamiento de datos biológicos experimentales, comenzando desde las secuencias de DNA, siguiendo por datos de transcriptómica y metabolómica, hasta la construcción y análisis matemático de la dinámica de redes asociadas a sistemas biológicos.En esta parte del curso participarán docentes del Departamento de Ciencias de la Computación (DCC) y del Centro de Modelamiento Matemático (CMM) de la FCFM. (iii) Para interpretar datos de sistemas biológicos y biomédicos se necesita aprender a utilizar el software existente para el análisis matemático y bioinformático de datos biológicos, y tener la capacidad de aprender a utilizar software de características similares. En esta parte del curso participarán docentes del Departamento de Ciencias de la Computación (DCC) y del Centro de Modelamiento Matemático (CMM) de la FCFM. (iv) La aplicación de herramientas bioinformáticas en el campo de la biología de sistemas e investigación biomédica depende en forma crucial de la capacidad de diseñar una secuencia metodológica que permita responder una pregunta biológica a partir de datos experimentales. Se presenta una aplicación de análisis de microarrays de genoma completo para investigar la regulación de la expresión genética en pacientes con esquizofrenia. Se discutirán aplicaciones y limitaciones de diferentes técnicas estudiadas en el curso y la interpretación de los resultados en el contexto biomédico del problema estudiado. En esta parte del curso participarán docentes del Departamento de Psicofarmacología del Instituto Central de Salud Mental de la Universidad de Heidelberg, en Mannheim, Alemania. Dedicación:

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El curso contempla: 63 hrs de cátedra (42 clases teóricas)21 hrs en 14 pasos prácticos3 hrs otras actividades presenciales

Subtotal 87 hrs presenciales 102 hrs estudio propio21 hrs preparación para exámenes

Subtotal 123 hrs no presenciales Dedicación total: 210 hrs (=7 ECTS)Relación no presencial/presencial = 1,41 Bibliografía: 1. Lodish, Berk, Matsudaira, Kaiser, Krieger, Scott, Zipursky & Darnell. Molecular Cell Biology,

5th Edition. Chapter 4: Basic Molecular Genetic Mechanism. Ed. W. H. Freeman, New York.2. The Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive genomic characterization

defines human glioblastoma genes and core pathways. 2008. Nature 455, 1061-1068.3. Ding L, Getz G, Wheeler D.A., Mardis E.R., McLellan M.D., Cibulskis K, Sougnez C et al.

Somatic mutations affect key pathways in lung adenocarcinoma. 2008. Nature 455, 1069-1075.

4. Beginning Perl for Bioinformatics. James D. Tisdall, O’Reilly Media, Inc., 2001

5. Introduction to Computational Biology. Michael Waterman. Chapman & Hall, 1995

6. Statistical Methods in Bioinformatics. Warren Ewens. Springer, 2005

7. Sequence Analysis in a nutshell. Scott Markel. O’Reilly Media, Inc., 2003

8. Hidden Markov Models for Bioinformatics. Timo Koski. Springer, 2001

9. Fundamentals of Data Mining in Genomics and Proteomics. Werner Dobitzky. Springer, 2007

10. Mathematical and Statitistical Methods for Genetic Analysis. Kenneth Lange. Springer, 2002

11. The Phylogenetic Handbook. Marco Salemi. Cambridge University Press, 2003

12. The Metabolic Pathway Engineering Handbook. Christina Smolke, CRC Press, 2009

13. Microarrays for an integrative genomics. Isaac Kohane. MIT Press, 2005

14. Data Analysis and Graphics Using R. John Maindonald. Cambridge University Press, 2010

15. Metabolome Analysis. Silas Villas-Boas. Wiley-Interscience, 2007

16. Metabolomics: A Powerful Tool in Systems Biology. Jens Nielsen, Springer, 2010

17. An Introduction to Systems Biology. Uri Alon. Chapman & Hall/CRC, 2007

18. Genomic Regulatory System. Eric Davidson, Academic Press, 2001

19. Cheadle C, Vawter MP, Freed WJ, Becker KG.Analysis of microarray data using Z score

transformation.J Mol Diagn. 2003 May;5(2):73-81.

20. Ringnér M. What is principal component analysis?Nat Biotechnol. 2008 Mar;26(3):303-4.

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21. Eisen MB, Spellman PT, Brown PO, Botstein D. Cluster analysis and display of genome-wide

expression patterns. Proc Natl Acad Sci U S A. 1998 Dec 8;95(25):14863-8.

22. Spearman C. The proof and measurement of association between two things. By C.

Spearman, 1904.Am J Psychol. 1987 Fall-Winter;100(3-4):441-71.

23. Saldanha AJ. Java Treeview--extensible visualization of microarray data. Bioinformatics.

2004 Nov 22;20(17):3246-8.

24. Shi L, Reid LH, Jones WD, et al. The MicroArray Quality Control (MAQC) project shows inter-

and intraplatform reproducibility of gene expression measurements. Nat Biotechnol. 2006

Sep;24(9):1151-61.

25. Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette MA, Paulovich A,

Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES, Mesirov JP. Gene set enrichment analysis: a knowledge-

based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc Natl Acad Sci U S A.

2005 Oct 25;102(43):15545-50.

26. Wilson CL, Miller CJ. Simpleaffy: a BioConductor package for Affymetrix Quality Control and

data analysis. Bioinformatics. 2005 Sep 15;21(18):3683-5.

27. Huber W, von Heydebreck A, Sültmann H, Poustka A, Vingron M. Variance stabilization

applied to microarray data calibration and to the quantification of differential expression.

Bioinformatics. 2002;18 Suppl 1:S96-104.

28. Kostka D, Spang R. Microarray based diagnosis profits from better documentation of gene

expression signatures. PLoS Comput Biol. 2008 Feb;4(2):e22.

29. Tretter F , Gebicke-Haerter PJ, Mendoza ER, Winterer G. Systems Biology in Psychiatric

Research: From High-Throughput Data to Mathematical Modeling. Wiley-VCH, 2010; ISBN-

10: 3527325034 | ISBN-13: 978-3527325030

30. Gonzalez-Burgos G, Fish KN, Lewis DA. GABA neuron alterations, cortical circuit dysfunction

and cognitive deficits in schizophrenia. Neural Plast. 2011;2011:723184. Epub 2011 Sep 5.

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CALENDARIO DE ACTIVIDADES

Diciembre Vi 02

Sa Do03 04

Lu 05

Ma 06 Mi 07

Jue-Do08-11

Lu12

Ma 13

Mi 14 Ju 15 Vi 16 Sa Do17 18

9-10:30 C 1 libre C 5 C 8 P 3 libre C 13 C 16 libre P 7 C 21 libre

11-12:30 C 2 libre C 6 P 2 C 11 libre C 14 P 6 libre C 19 C 22 libre

Almuerzo

14-15:30 C 3 libre P 1 C 9 C 12 libre P 5 C 17 libre C 20 P 9 libre

16-17:30 C 4 libre C 7 C 10 P 4 libre C 15 C 18 libre P 8 C 23

Diciembre - Enero

Lu 19 Ma 20

Mi 21 Ju22

Vi - Ju23 - 05

Vi 06 Sa 07 Vi - Vi08 - 13

Sa 14

9-10:30 C 24 P 11 C 29 C 32 libre C 35 C 39 libre

11-12:30 C 25 P 10 C 30 P 14 libre C 36 C 40 libre E F

Almuerzo

14-15:30 C 26 C 28 P 13 C 33 libre C 37 C 41 libre

16-17:30 C 27 P 12 C 31 C 34 libre C 38 C 42 libre

18-19:30 OA 1 OA 1

Clases Teóricas C 1 Introducción a la biología celular y molecular Ricardo Armisen C 2 Estructura y función génica Ricardo Armisen C 3 Herencia genética y mutaciones Katherine Marcelain C 4 Mutaciones en cáncer Katherine Marcelain C 5 El enfoque bioinformático Nicolás Loira C 6 Programas, bases de datos y pipelines Nicolás Loira C 7 Tecnologías de secuenciamiento Dante Travisany C 8 Alineamiento de secuencias Nicolás Loira

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C 9 Ensamblando genomas y ESTs Alex Di Genova C 10 Análisis de ensambles y SNPs Alex Di Genova C 11 Propiedades de las cadenas de ADN Andrés Aravena C 12 Métodos de identificación de elementos del ADN Andrés Aravena C 13 Identificando genes, exones e intrones Alex Di Genova C 14 Identificando sitios de fijación y factores de transcripción Andrés Aravena C 15 Filogenia y evolución de genes Nicolás Loira C 16 Métodos de homología de secuencias y alineamiento Nicolás Loira C 17 Blast y bases de datos de secuencias anotadas Andrés Aravena C 18 Anotación automática por métodos comparativos Dante Travisany C 19 Expresión diferencial, microarrays y RNA-Seq Rodrigo Assar C 20 Análisis de microarrays Rodrigo Assar C 21 Ensamble contra referencia y análisis de RNA-Seq Alex Di Genova C 22 Análisis estadístico de expresión diferencial Rodrigo Assar C 23 Clase, arquitectura, topología y homología de estructuras de proteínas Tomás Pérez-Acle C 24 Relaciones estructura-función en proteínas Tomás Pérez-Acle C 25 Modelamiento molecular: modelamiento comparativo, de novo y ab-initio Tomás Pérez-Acle C 26 Simulación molecular: Dinámica molecular, acoplamiento molecular y diseño de drogas

Tomás Pérez-Acle C 27 Métodos de identificación y cuantificación de metabolitos María Paz Cortés, Marco Budinich C 28 Análisis de cromatogramas María Paz Cortés,

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Marco Budinich C 29 Modelamiento de sistemas vivos Nicolás Loira C 30 Reconstrucción de modelos metabólicos María Paz Cortés, Marco Budinich C 31 Análisis y simulación de modelos metabólicos María Paz Cortés, Marco Budinich C 32 Reconstrucción de modelos regulatorios Andrés Aravena C 33 Análisis y simulación de modelos regulatorios Andrés Aravena C 34 Redes de señalización y bioinformática integrativa Nicolás Loira C 35 Esquizofrenia, un trastorno mental crónico. Desarrollo Peter Gebicke C 36 Esquizofrenia, cuadro clínico y sistemas de neurotransmisión involucrados Peter Gebicke C 37 Esquizofrenia, análisis molecular mediante microarrays Peter Gebicke C 38 Reconocimiento de patrones (GSEA), hipótesis de trabajo Peter Gebicke C 39 Análisis de datos libre de hipótesis, PCA Peter Gebicke C 40 Hierarchical clustering of genes, redes de regulación génica Peter Gebicke C 41 Análisis de series temporales, oscilaciones, datos dinámicos Peter Gebicke C 42 Herramientas matemáticas para describir datos dinámicos, epigenética Peter Gebicke

Pasos Prácticos P 1 Introducción a Perl y BioPerl. Dante Travisany P 2 Procesamiento de secuencias, alineamiento con ClustalX Dante Travisany P 3 Ensamblando con CELERA, visualizando resultados Alex Di Genova P 4 Identificando genes con Glimmer/Critica Dante Travisany

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P 5 Análisis completo de una secuencia de ADN Andrés Aravena P 6 Buscando homología con BLAST Andrés Aravena P 7 Construyendo un pipeline de anotación automática Dante Travisany P 8 Análisis estadístico de Microarrays Rodrigo Assar P 9 Análisis de RNA-Seq contra secuencia de referencia Alex Di Genova P 10 Métodos para la anotación y predicción de la estructura tridimensional de proteínas

Tomás Pérez-Acle P 11 Métodos para dinámica molecular, acoplamiento molecular y diseño de drogas Tomás Pérez-Acle P 12 Análisis de cromatográmas de estudios metabólicos María Paz Cortés, Marco Budinich P 13 Reconstruyendo y analizando un modelo metabólico María Paz Cortés, Marco Budinich P 14 Reconstruyendo y analizando un modelo de regulación Andrés Aravena

Otras Actividades OA 1 Conferencia Epigenética. Peter Gebicke OA 2 Discusión de métodos y bibliografía Peter Gebicke Evaluaciones E 1 Seminarios 40% E 2 Examen Final 60%

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Salas Escuela de Postgrado AD-A Sala Alberto Donoso A

AD-B Sala Alberto Donoso B

LF Sala Dr. Luis Figueroa

AJA Auditorio J. Allamand

PC1 Sala de computacion 1 (Edificio Monica Suarez)

PC2 Sala de computacion 2 (Edificio Monica Suarez)

Diciembre Vi 02 Sa Do03 04

Lu 05 Ma 06

Mi 07 Ju Do08 11

Lu12

Ma 13

Mi 14

Ju 15

9-10:30 AD-A libre AD-A AD-A PC2 libre AD-A AD-A libre PC2

11-12:30 AD-A libre AD-A PC2 AJA libre AD-A PC2 libre AD-B

Almuerzo

14-15:30 AD-A libre PC1 AD-A AJA libre PC1 AD-A libre AD-B

16-17:30 AD-A libre LF AD-A PC2 libre AD-A AD-A libre PC2

Diciembre - Enero

Vi 16 Sa Do17 18

Lu 19 Ma 20

Mi 21 Ju22

Sa - Ju24 - 05

Vi 06 ene

Sa 07 ene

Sa 14 ene

9-10:30 AD-A libre AD-A PC2 ? AD-B libre AD-A AD-A

11-12:30 AD-A libre AD-A PC2 ? PC2 libre AD-A AD-A AD-A

Almuerzo

14-15:30 PC2 libre AD-A AD-A PC2 AD-B libre AD-A AD-A

16-17:30 AD-A libre AD-A PC2 ? AD-B libre AD-A AD-A

18-19:30 AD-A AD-A

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Métodos Matemáticos y Bioinformáticos para el análisis de datos Biológicos.

PROGRAMA FINAL: PRIMERA SEMANA Viernes 2 Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.09:00-10:30 Introducción a la biología celular y molecular. (Ricardo Armisen).11:00-12:30 Estructura y función génica. (Ricardo Armisen).

“Se pudo conocer el ciclo de una celelula eucariota, desde su formacion, crecimiento, reproduccion y muerte. Ademas una breve introduccion en cada una de estas etapas. Tambien se conocio el proceso de duplicacion del DNA, ya sea in-vivo y/o in-vitro gracias a procesos que involucran a la ingenieria genetica”.

14:00-15:30 Herencia genética y mutaciones. (Katherine Marcelain)16:00-17:30 Mutaciones en cáncer. (Katherine Marcelain)

“Se adquirieron conocimientos sobre el DNA ,su estructura, formas y estados. Además se pudo conocer varios tipos de mutaciones que afectan a este ultimo. Por otro lado se aprendió como las mutaciones afectan y desencadenan procesos, los cuales conllevan al cancer”.

Lunes 5 Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.09:00-10:30 El enfoque bioinformático. (Nicolás Loira)11:00-12:30 Programas, bases de datos y pipelines. (Nicolás Loira)

“Se puede definir a grandes rasgos que es la bioinformática, que tipo de investigaciones se pueden realizar conociendo y dominando esta área, que problemas podemos resolver y la forma de hacerlos (Diferente herramientas). Además pudimos conocer algunos de los lenguajes de programación mas conocidos y usados en la Bioinformática, pudiendo discriminar que lenguaje usar para una determinada tarea”.

14:00-15:30 Introducción a Perl y BioPerl. (Dante Travisany)“Se obtuvo nociones basicas de perl y bio-perl, con las cuales es posible realizar un pequeño programa de prueba”.

16:00-17:30 Tecnologías de secuenciamiento. (Dante Travisany)“Se aprendieron diferentes técnica de secuenciamiento, con sus características, ventajas y debilidades, pudiendo definir que usar para cada investigación. “

Martes 6 Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.09:00-10:30 Alineamiento de secuencias. (Nicolás Loira)11:00-12:30 Procesamiento de secuencias, alineamiento con ClustalX. (Dante Travisany)14:00-15:30 Ensamblando genomas y ESTs. (Alex Di Genova)16:00-17:30 Análisis de ensambles y SNPs. (Alex Di Genova) Miercoles 7 Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.09:00-10:30 Ensamblando con CELERA, visualizando resultados. (Alex Di Genova)11:00-12:30 Propiedades de las cadenas de ADN. (Andrés Aravena)14:00-15:30 Métodos de identificación de elementos del ADN. (Andrés Aravena)16:00-17:30 Identificando genes con Glimmer/Critica. (Dante Travisany)

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Lunes 12 Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.09:00-10:30 Identificando genes, exones e intrones. (Alex Di Genova)11:00-12:30 Identificando sitios de fijación y factores de transcripción Andrés Aravena)14:00-15:30 Análisis completo de una secuencia de ADN. (Andrés Aravena)16:00-17:30 Filogenia y evolución de genes. (Nicolás Loira) Martes 13 Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.09:00-10:30 Métodos de homología de secuencias y alineamiento Nicolás Loira)11:00-12:30 Buscando homología con BLAST (Andrés Aravena)14:00-15:30 Blast y bases de datos de secuencias anotadas (Andrés Aravena)16:00-17:30 Anotación automática por métodos comparativos (Dante Travisany) Jueves 15 Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.09:00-10:30 Construyendo un pipeline de anotación automática (Dante Travisany)11:00-12:30 Expresión diferencial, microarrays y RNA-Seq (Rodrigo Assar)14:00-15:30 Análisis de microarrays (Rodrigo Assar)16:00-17:30 Análisis estadístico de Microarrays (Rodrigo Assar) Viernes 16 Universidad de Chile, Facultad de Medicina, Independencia 1027.09:00-10:30 Ensamble contra referencia y análisis de RNA-Seq (Alex Di Genova)11:00-12:30 Análisis estadístico de expresión diferencial (Rodrigo Assar)14:00-15:30 Análisis de RNA-Seq contra secuencia de referencia (Alex Di Genova)16:00-17:30 Clase, arquitectura, topología y homología de estructuras de proteínas (Tomás Pérez-Acle)

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