Fue un tribunal eclesistico establecido para inquirir y castigar los delitos contra la fe. Sus orgenes se encuentran en la persecucin de las herejas populares del siglo XII. En 1231 el Papa Gregorio IX la organiz definitivamente, confiando su direccin a los dominicos. Antes de actuar, durante un mes (tiempo de gracia) se efectuaban predicaciones para provocar autodenuncias tras las cuales el arrepentido era perdonado; en caso contrario, se iniciaba el proceso condenndose a los no arrepentidos y a los relapos (reincidentes en la hereja) a diversas penas, hasta la mxima, de muerte en la hoguera. Lo esencial para los jueces era conseguir la confesin de los acusados, lo que condujo, a mediados del siglo XIII, a la utilizacin de la tortura.

Hay multitud de instrumentos de tortura con forma de sarcfago antropomorfo con dos puertas y clavos en su interior que penetran en el cuerpo de la vctima cuando stas se cierran. Los clavos eran desmontables, con lo que se podan cambiar de lugar, con el fin de poseer un amplio abanico de posibles mutilaciones y heridas que daban lugar a una muerte ms o menos prolongada, siempre entre grandes sufrimientos.

La "horquilla del hereje" estaba compuesta por cuatro puntas afiladsimas que se clavaban profundamente en la carne, bajo la barbilla y sobre el esternn. La horquilla impeda cualquier movimiento de la cabeza, pero permita que la vctima murmurase, con la voz casi apagada (lo que se conoca como "abiuro", palabra que se halla grabada en un lado de la horquilla). Si se negaba a confesar , el hereje, considerado como "impenitente", era vestido con el traje caracterstico y conducido a la hoguera, con la condicin de la Extremauncin, en el caso de la Inquisicin espaola. Si el inquisidor era romano, el hereje era ahorcado o quemado.