La historia comenzó en 1923 cuando se vió la necesidad de crear un club que llevara la representación de los barrios San Roque y Rebolo. Existía un Movimiento futbolero gestado dentro de la influencia del colegio de los hermanos salecianos quienes fundaron el equipo "Juventus" por ser ellos de ascendencia Italiana y que luego se conociera como "Juventud".

fue así como el 16 de Agosto de 1923 se reunieron por primera vez un grupo de jóvenes en la casa de Manuel "Mañe" Vásquez. Pasó el tiempo y aumentó la expectativa para la creación del club, además de la creciente motivación de los jugadores menores del "Juventud" Doña Micaela Lavalle de Mejía, una fiera enamorada del fútbol, se puso al frente y en compañía de su hijo Juan contagiaron a un grupo de personas para adelantar la empresa, desarrollándose varias conversaciones para ello

Eran estos jóvenes, Víctor Bovea, Héctor Donado, Leovigildo Rolong, Vicente Cervera, Juán Mejía, Manuel Vásquez, Víctor Nuñez, Alberto de Las Salas, Rosendo Barrios, Valerio Molinares, Armando Moya, Aurelio Roa, Agustín Consuegra, Simeón Manjarrés, Enrique Lamadrid, Pedro Yépez, Néstor García, Francisco Ibañez, Nicolás Pineda, quienes contaron además con el apoyo de Efraín Borrero. Luego de estar listos, faltaba una cosa, ¿como se llamaría el equipo? e iniciaron una discusión por el nombre que habría de llevar el equipo para poder pasar a la primera división.

Los nombres que concursaron todos eran de influencia del río de la plata o de Europa, nombres ingleses, franceses, italianos, pero había un problema, no había mayoría por ninguna de las opciones planteadas. Efraín Borrero y el almirante Cervera, estas tres personas llevaron la reunión a feliz acuerdo, el equipo se llamaría Juventud Junior.

Y se formo ese equipo gracias a la pasión de aquellos muchachos, el juventud junior ganaría dos años mas tarde los campeonatos de tercera y segunda categoría de la primera liga de fútbol que se organizó en Colombia.

Presidente, Víctor Bovea

Tesorero, Manuel Vásquez

Secretario, Rosendo Barrios

Capitán, Juán Mejía

Asesor y Orientador, Efraín Borrero Castro

El primer partido lo jugó el 12 de Octubre de 1924, enfrentando al Argentina F.B.C. en la Plaza 7 de Abril al que venció 2 goles a 1. En 1926 ingresa a la Liga de Fútbol del Atlántico en la tercera categoría, coronándose campeón y ganando el ascenso a la segunda donde se paseó victorioso en 1927 hasta llegar a 1929 a la primera categoría tomando nombre de "Juventud Junior" para posteriormente lograr el título de Campeón en 1932, época romántica del fútbol

En 1936 el equipo pasó a ser llamado simplemente JUNIOR, portando entre sus filas a jugadores como Roberto "Flaco" Meléndez y RomelioMartinez, entre otras grandes estrellas.

Entre 1942 y 1947 sigue su rumbo victorioso, considerándose el mejor equipo de Colombia; la mística y la técnica impuesta en cada jornada eran su caracteristica principal

En 1948 con el Nombre de ATLETICO JUNIOR, ingresó a la DIMAYOR, organismo creado para gobernar el fútbol Profesional Colombiano. El equipo se conforma con todas sus grandes estrellas que tenía en años anteriores, teniendo como director técnico a Roberto"Flaco" Meléndez y como presidente a Ernesto Alvarez Correa, logrando en una gran campaña el subcampeonato.

Al ser requerido por la ADEFUTBOL, participa como Selección Nacional en el sudamericano de Río de Janeiro, motivo por el cual es sancionado por la DIMAYOR 2 años, rompiéndose las relaciones entre la ADEFUTBOL y la DIMAYOR. En 1950, solucionando el diferendo, junior regresó a su casa la DIMAYOR.

En 1965, a raíz del fervor despertado por la eliminatoria al mundial de Inglaterra, jugada en Barranquilla, se desarrolló un movimiento para buscar el reingreso de JUNIOR a la DIMAYOR. Estaban al frente dirigentes como Alberto Mario Pumarejo, entre otros quienes lograron despertar el interés para conseguir el objetivo

el equipo cuenta con un gran numero de aficionados que apoyan al club en las buenas y en las malas

presidente es Alejandro Arteta. El Gerente General es el señor Héctor Fabio Báez. El Jefe de prensa Omar Barros. JUNIOR cuenta con sus Divisiones Menores participando en los torneos aficionados que organiza la liga de fútbol del Atlántico y la División Aficionada del Fútbol Colombiano "DIFUTBOL". Tiene equipos en Divisiones "C", Ascenso, Juvenil, pre juvenil, pre infantil, PONY, además de los equipos escuelas de apoyo en la ciudad y departamento del Atlántico.

1977

1995

1980 1993

2004 2010