El sistema hidrogrfico est compuesto por varias cuencas. Una cuenca hidrogrfica es el rea en la cual el agua fluye hacia un ro principal. Incluye tanto los cuerpos de agua como los cursos, superficiales y subterrneos. A su vez, las cuencas pueden ser de dos tipos: endorreicas o exorreicas.

Las cuencas endorreicas son aquellas en las que el agua de la cuenca desagua en un ro principal, pero no llega hasta el mar, y se evapora en el recorrido hacia las zonas ms bajas. Generalmente, se encuentran en zonas de climas ridos, donde las precipitaciones no son suficientes para alimentar los cursos de agua y la elevada radiacin solar provoca una mayor evaporacin.

Las cuencas exorreicas, en cambio, desaguan en el ocano. En el caso de nuestro pas, por la pendiente del terreno, estas cuencas desembocan en el ocano Atlntico. Dentro de este tipo de cuencas encontramos la de los ros Paran y Uruguay, tambin llamada cuenca del Plata. Algunos ros patagnicos desembocan en el ocano Pacfico, como el ro Futaleuf o el ro Manso.

Las cuencas arreicas son las zonas donde el agua se pierde por la infiltracin bajo la tierra o por evaporacin, y no poseen escurrimiento hacia un ro principal. Es el caso de algunos sectores de la meseta patagnica, el centro de la regin chaquea y Cuyo.