con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA...
Transcript of con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA...
![Page 1: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/1.jpg)
PRÁCTICA 4
Alicia AlberoSantiago BueyGuillermo CruzDaniel FraileAlberto García
Construcción de árboles con parsimonia y distancias
![Page 2: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/2.jpg)
MEGA – Instalación
● Descargar paquete de instalación según SO de la página web https://www.megasoftware.net/
● Se recomienda versión gráfica● Usuarios Windows -> ejecutar instalador como Administrador. Si presenta
problemas desactivar el uso de control de cuentas de usuario. (User account control)
● Más información: https://www.megasoftware.net/web_help_10/index.htm#t=Part_I_Getting_Started%2FInstalling_MEGA%2FInstalling_MEGA.htm
![Page 3: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/3.jpg)
MEGA – Empezar a usar
Herramientas
Sesión
![Page 4: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/4.jpg)
MEGA – Empezar a usar
● Para los análisis las secuencias deben estar ALINEADAS (tener la misma longitud con gaps si son necesarios)
○ Se pueden alinear mediante MEGA
● Abrir/activar fichero de secuencias 1. File -> Open A File/Session
2. Seleccionar alinear o analizar
● Alinear -> abre directamente la herramienta de alineado de MEGA● Analizar -> nos pedirá el tipo de datos (proteínas/DNA, mitocondrial…) y cargará
los datos en la sesión
![Page 5: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/5.jpg)
MEGA – Empezar a usar
● Proceso de análisis de ficheros
Selección de tipo de secuencia Selección de tipo de código
genético
![Page 6: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/6.jpg)
MEGA – Empezar a usar
● Los ficheros que abramos se cargarán en nuestra sesión
● Podemos guardar una sesión: Data -> Save Session
Ficheros cargados
![Page 7: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/7.jpg)
MEGA – Cálculo de distancias
● Opciones para el cálculo ● Resultado
Se puede exportar a txt, Excel o MEGA
![Page 8: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/8.jpg)
MEGA - Árboles por distancias (NJ/UPGMA)
1
2NJ
UPGMA
![Page 9: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/9.jpg)
MEGA - Árboles por distancias (NJ/UPGMA)
● Opciones para el análisis (tanto NJ como UPGMA)
![Page 10: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/10.jpg)
MEGA – Árboles por máxima parsimonia (MP)
1
2
![Page 11: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/11.jpg)
MEGA – Árboles por máxima parsimonia (MP)
![Page 12: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/12.jpg)
MEGA – Visualización y edición de árboles
1. Exportar a MEGA2. Exportar a PDF3. Exportar a imagen4. Herramientas de edición
del árbol
1 23
4
![Page 13: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/13.jpg)
ETE treeview
![Page 14: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/14.jpg)
- ETE Toolkit es una librería python para la visualización de grandes árboles
filogenéticos
- Versión online (treeview) para realizar la práctica: http://etetoolkit.org/treeview/
- Permite ver un árbol filogenético junto con el multialineamiento que lo ha generado
![Page 15: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/15.jpg)
- Introducir árbol pegándolo en el formulario o subiendo un archivo
- El formato del árbol obligatoriamente en formato newick (.nwk)
- Introducir el multialineamiento para visualizarlo también, es opcional
- Si se introduce, en formato fasta obligatoriamente
![Page 16: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/16.jpg)
OPCIONES
- Visualizar solo el árbol: Subir únicamente el fichero en formato newick y pulsar botón View Tree!
![Page 17: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/17.jpg)
OPCIONES
- Visualizar árbol y traducción de los nombres y linajes de las especies. Treeview ofrece una integración transparente con la base de datos de taxonomía de NCBI, y si se usan “taxids” de NCBI como nombre de las hojas, o TaxID.nombreSecuencia, se consigue una traducción sobre la marcha de los nombres y linajes de las especies.
![Page 18: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/18.jpg)
OPCIONES
- Visualizar árbol y traducción de los nombres y linajes de las especies, ejemplo:
![Page 19: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/19.jpg)
OPCIONES
- Visualizar árbol y alineamiento. Se puede visualizar el multialineamiento, y se colocará la secuencia alineada al lado de su nodo hoja.
- IMPORTANTE: El nombre de la secuencia en el árbol DEBE COINCIDIR con el que tiene en el alineamiento para que se muestre correctamente, de lo contrario el alineamiento no se mostrará.Esto puede ocurrir ya que a veces en el fichero Newick los caracteres espacio aparecen como barra baja.
![Page 20: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/20.jpg)
OPCIONES
- Visualizar árbol y alineamiento. Aligned blocks:
![Page 21: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/21.jpg)
OPCIONES
- Visualizar árbol y alineamiento. Condensed format:
- IMPORTANTE: Para que se muestre en este formato, las bases tienen que estar en mayúsculas en el formulario donde se incluye el alineamiento o en el archivo formato fasta. Si están en minúsculas no se muestra nada.
![Page 22: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/22.jpg)
ITOL
![Page 23: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/23.jpg)
ITOL
Herramienta online de visualización de árboles filogenéticos.
https://itol.embl.de/upload.cgi
● Altamente personalizable y programable
● Interfaz interactivo
● Capaz de exportar árboles en varios formatos
● Capaz de cargar arboles grandes
![Page 24: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/24.jpg)
Subir un árbol
Formatos: Newick, Nexus, PhyloXML y archivos .jplace y .qza.
![Page 25: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/25.jpg)
Visualización del árbol
![Page 26: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/26.jpg)
OPCIONES
Existen dos tipos de opciones, las del menú de la derecha y las que aparecen al hacer click en una rama u hoja.
![Page 27: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/27.jpg)
OPCIONES
Las opciones de este menú permiten aplicar cambios generales a todo el árbol como cambiar su disposición, fuentes, colores,...
Además en la pestaña Export se puede exportar como imagen o fichero de texto
![Page 28: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/28.jpg)
OPCIONES
El otro menú permite cambiar colores, estilo, … de una hoja o rama o incluso de sus descendientes.
![Page 29: con parsimonia y distancias Construcción de árboles PRÁCTICA 4webdiis.unizar.es/asignaturas/Bio/wp-content/... · Construcción de árboles con parsimonia y distancias. MEGA –](https://reader034.fdocuments.ec/reader034/viewer/2022042803/5f4ccf8c7780004ecf2252bb/html5/thumbnails/29.jpg)
OPCIONES
Con las opciones antes mencionadas se ha marcado en rojo la orden Artiodactyla y en verde la familia Cervidae.