Post on 11-Apr-2015
Taller de bioinformática
Sarah Bonnin and Jean-François Taly
Bioinformatics Core Facility
Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania
¿Qué vamos a hacer?
Leishmaniosis
Parasito
Enfermedad
Infección después de la picadura de un mosquito
Leishmaniosis
elemento de menor tamaño que puede considerarse vivo: 30 µm
Leishmania = 1 célula Humano = cientos de billones de
células (1014)
¿Qué es una célula?
CromosomasProteínas
InstruccionesMuebles
¿Qué es un cromosoma?
Secuencia
Nucleótidos
¿Qué es un gene?
¿Qué es un gene?
Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania
¿Qué vamos a hacer?
Leishmaniosis
Piel
Órganos InternosParasit
oEnfermedad
Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania
¿2 cepas = 2 Enfermedades?
Leishmania donovani CL
Piel
Órganos Internos
2 Enfermedades
2 Cepas
Leishmania donovani VL
Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania
¿Qué es la hypothesis?
Leishmania donovani CL
Piel
Órganos
Internos
2 Enfermedades
2 Cepas
Leishmania donovani VL
8x
Buscar una mutación en un gene de una cepa de Leishmania
¿Qué es una mutación?
Leishmania donovani CL
Piel
Órganos
Internos
2 Enfermedades
2 Cepas
Leishmania donovani VL
ATTGCGCAGCCCG
ATTGCGTAGCCCG
Vamos a alinear la secuencias de CL i VL contra una referencia
¿Cómo se hace?
ATTGCGCAGCCCGATTGCGTAGCCCG
GTGTGGGCGCGCATTGCGTAGCCCGGGGTTTCACA
Leishmania donovani CL
Leishmania donovani VL
ATTGCGTAGCCCGATTGCGCAGCCCG
ATTGCGTAGCCCG
Articulo publicado en Julio 2014
Chrom
Position
Change
Gene ID Size
Site Gene product
36 2280763
G/A LdBPK_366140.1
364 R231C Ras-like small GTPases, putative
¿Que resultado han publicado?
¿Qué herramienta utilisaremos?
Plataforma para la computación biomédica
Desarrollada en los EEUU Penn State University Johns Hopkins University
https://wiki.galaxyproject.org