InformáticabiomédicaExposición

RodrigoSantamaría

AKABioinformática

Objetivos

• Buscamosterminarlaasignaturaconlassiguienteshabilidades1. Comprenderproblemasbiológicos básicos2. Conocerlassolucionesalgorítmicasdisponibles

paradistintosproblemasbioinformáticos3. Implementar dichosalgoritmos4. Analizarlasimplicacionesestadísticas yde

rendimiento delassolucionesbioinformáticas

Enfoque

• Integrarenlasclasescuatroaspectos:1. Teoríasobrelosproblemasbiológicos2. Algoritmosbioinformáticos3. Implementacióndedichosalgoritmos4. Implicacionesestadísticas/computacionales

Entorno

• Entornobiológico:análisisdesecuencia– Haymás,peroesteesprobablementeesencial

• Entornoinformático:python– Lenguajemuyusadoenbioinformática– Sencillodeaprender– Sintaxisclara

EntornodeDesarrollo

• Spyder– Requisitos:python 2.7

• LainstalaciónesmuysencillasiseutilizaelgestorAnaconda– http://continuum.io/downloads– Instala directamente python,Spyder yotrasbibliotecas (ipython,numpy,scipy,etc.)

– Instalado enelAulaSUN:>spyder &

Dinámica

• Nodividiremosteoríaypráctica– TodaslasclasesseránenelAulaSUN(tentativo)

• Rutina:– Describiremosunproblemabiológico– Revisaremoslassolucionesbioinformáticas– Implementaremosdichassoluciones– Analizaremosaspectoscomputacionales/estadísticos(siprocede)

Evaluación

• Cadatemairáacompañadodeunaseriedeejercicios

• Sistemadepuntosalaentrega– Solucióncorrecta:+7– Solucióncorrectamásrápida:+3– Cadatresintentos:-1

• Lanotaseobtendráapartirdelospuntosconseguidos

Temario

1. Orígenesdereplicación– Python2. CajasdeDNA – Patrones3. Relojesmoleculares – Motivos4. Ensamblado – GrafosdeDeBruijn5. Mutaciones – Arrays yárbolesdesufijos6. Genomas– TransformadadeBurrows-Wheeler

Temario

• Enelcursoveremossólounapartedetodalabioinformática,enparticularrelacionadaconelanálisisdesecuencia

• Existenotrosmuchosaspectos– Análisisdeexpresión– Análisisfilogenético– Alineamientodesecuencias– Análisisdeimágenes3D

• Peroprobablementeelanálisisdesecuenciaseaelmásrelevanteyunbuenprimerpaso

Bibliografía

• Bioinformatics Algorithms:an activelearning approach.P.Compeau andP.Pevzner.ActiveLearning Publishers,2014– Unacopiadisponible enAbrahamZacut:

AZ/2/681.3,COMbio

• Bioinformáticaaniveldeusuario:– Bioinformatics for Dummies.TRoddend

Robinson.Wiley Publishing, 2005– BioinformaticsandFunctionalGenomics.

JonathanPevsner,2ndEd.WileyPublishing, 2009

• Biología:conceptosbásicos– The Cell,Avery ShortIntroduction.T.

AllenandG.Cowling.OxfordUniversityPress,2011

Bibliografía• Bioinformatics Algorithms:an activelearningapproach.– BasadoenuncursodeCoursera

• https://www.coursera.org/course/bioinformatics– Constituirá labasedelaasignatura,por temas:

• Tema1à Capítulo1• Tema2à Capítulo3• Tema3à Capítulo3• Tema4à Capítulo4• Tema5à Capítulo7• Tema6à Capítulo7

– Lasfigurasnopropiasysinreferenciaprocedendeestelibroodelcursoasociado.

Horario,Tutorías,Contacto

• Horario:– Martesde16a20h– AulaSUN(tentativo)

• Tutorías:– Martesde16:30a19h– CasadelParque#1

• Contacto:– rodri@usal.es

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