Informática biomédica Exposición
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Informática biomédica Exposición Rodrigo Santamaría
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InformáticabiomédicaExposición
RodrigoSantamaría
AKABioinformática
Objetivos
• Buscamosterminarlaasignaturaconlassiguienteshabilidades1. Comprenderproblemasbiológicos básicos2. Conocerlassolucionesalgorítmicasdisponibles
paradistintosproblemasbioinformáticos3. Implementar dichosalgoritmos4. Analizarlasimplicacionesestadísticas yde
rendimiento delassolucionesbioinformáticas
Enfoque
• Integrarenlasclasescuatroaspectos:1. Teoríasobrelosproblemasbiológicos2. Algoritmosbioinformáticos3. Implementacióndedichosalgoritmos4. Implicacionesestadísticas/computacionales
Entorno
• Entornobiológico:análisisdesecuencia– Haymás,peroesteesprobablementeesencial
• Entornoinformático:python– Lenguajemuyusadoenbioinformática– Sencillodeaprender– Sintaxisclara
EntornodeDesarrollo
• Spyder– Requisitos:python 2.7
• LainstalaciónesmuysencillasiseutilizaelgestorAnaconda– http://continuum.io/downloads– Instala directamente python,Spyder yotrasbibliotecas (ipython,numpy,scipy,etc.)
– Instalado enelAulaSUN:>spyder &
Dinámica
• Nodividiremosteoríaypráctica– TodaslasclasesseránenelAulaSUN(tentativo)
• Rutina:– Describiremosunproblemabiológico– Revisaremoslassolucionesbioinformáticas– Implementaremosdichassoluciones– Analizaremosaspectoscomputacionales/estadísticos(siprocede)
Evaluación
• Cadatemairáacompañadodeunaseriedeejercicios
• Sistemadepuntosalaentrega– Solucióncorrecta:+7– Solucióncorrectamásrápida:+3– Cadatresintentos:-1
• Lanotaseobtendráapartirdelospuntosconseguidos
Temario
1. Orígenesdereplicación– Python2. CajasdeDNA – Patrones3. Relojesmoleculares – Motivos4. Ensamblado – GrafosdeDeBruijn5. Mutaciones – Arrays yárbolesdesufijos6. Genomas– TransformadadeBurrows-Wheeler
Temario
• Enelcursoveremossólounapartedetodalabioinformática,enparticularrelacionadaconelanálisisdesecuencia
• Existenotrosmuchosaspectos– Análisisdeexpresión– Análisisfilogenético– Alineamientodesecuencias– Análisisdeimágenes3D
• Peroprobablementeelanálisisdesecuenciaseaelmásrelevanteyunbuenprimerpaso
Bibliografía
• Bioinformatics Algorithms:an activelearning approach.P.Compeau andP.Pevzner.ActiveLearning Publishers,2014– Unacopiadisponible enAbrahamZacut:
AZ/2/681.3,COMbio
• Bioinformáticaaniveldeusuario:– Bioinformatics for Dummies.TRoddend
Robinson.Wiley Publishing, 2005– BioinformaticsandFunctionalGenomics.
JonathanPevsner,2ndEd.WileyPublishing, 2009
• Biología:conceptosbásicos– The Cell,Avery ShortIntroduction.T.
AllenandG.Cowling.OxfordUniversityPress,2011
Bibliografía• Bioinformatics Algorithms:an activelearningapproach.– BasadoenuncursodeCoursera
• https://www.coursera.org/course/bioinformatics– Constituirá labasedelaasignatura,por temas:
• Tema1à Capítulo1• Tema2à Capítulo3• Tema3à Capítulo3• Tema4à Capítulo4• Tema5à Capítulo7• Tema6à Capítulo7
– Lasfigurasnopropiasysinreferenciaprocedendeestelibroodelcursoasociado.
Horario,Tutorías,Contacto
• Horario:– Martesde16a20h– AulaSUN(tentativo)
• Tutorías:– Martesde16:30a19h– CasadelParque#1
• Contacto:– [email protected]
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