Post on 16-Jul-2020
PRÁCTICA 4
Alicia AlberoSantiago BueyGuillermo CruzDaniel FraileAlberto García
Construcción de árboles con parsimonia y distancias
MEGA – Instalación
● Descargar paquete de instalación según SO de la página web https://www.megasoftware.net/
● Se recomienda versión gráfica● Usuarios Windows -> ejecutar instalador como Administrador. Si presenta
problemas desactivar el uso de control de cuentas de usuario. (User account control)
● Más información: https://www.megasoftware.net/web_help_10/index.htm#t=Part_I_Getting_Started%2FInstalling_MEGA%2FInstalling_MEGA.htm
MEGA – Empezar a usar
Herramientas
Sesión
MEGA – Empezar a usar
● Para los análisis las secuencias deben estar ALINEADAS (tener la misma longitud con gaps si son necesarios)
○ Se pueden alinear mediante MEGA
● Abrir/activar fichero de secuencias 1. File -> Open A File/Session
2. Seleccionar alinear o analizar
● Alinear -> abre directamente la herramienta de alineado de MEGA● Analizar -> nos pedirá el tipo de datos (proteínas/DNA, mitocondrial…) y cargará
los datos en la sesión
MEGA – Empezar a usar
● Proceso de análisis de ficheros
Selección de tipo de secuencia Selección de tipo de código
genético
MEGA – Empezar a usar
● Los ficheros que abramos se cargarán en nuestra sesión
● Podemos guardar una sesión: Data -> Save Session
Ficheros cargados
MEGA – Cálculo de distancias
● Opciones para el cálculo ● Resultado
Se puede exportar a txt, Excel o MEGA
MEGA - Árboles por distancias (NJ/UPGMA)
1
2NJ
UPGMA
MEGA - Árboles por distancias (NJ/UPGMA)
● Opciones para el análisis (tanto NJ como UPGMA)
MEGA – Árboles por máxima parsimonia (MP)
1
2
MEGA – Árboles por máxima parsimonia (MP)
MEGA – Visualización y edición de árboles
1. Exportar a MEGA2. Exportar a PDF3. Exportar a imagen4. Herramientas de edición
del árbol
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4
ETE treeview
- ETE Toolkit es una librería python para la visualización de grandes árboles
filogenéticos
- Versión online (treeview) para realizar la práctica: http://etetoolkit.org/treeview/
- Permite ver un árbol filogenético junto con el multialineamiento que lo ha generado
- Introducir árbol pegándolo en el formulario o subiendo un archivo
- El formato del árbol obligatoriamente en formato newick (.nwk)
- Introducir el multialineamiento para visualizarlo también, es opcional
- Si se introduce, en formato fasta obligatoriamente
OPCIONES
- Visualizar solo el árbol: Subir únicamente el fichero en formato newick y pulsar botón View Tree!
OPCIONES
- Visualizar árbol y traducción de los nombres y linajes de las especies. Treeview ofrece una integración transparente con la base de datos de taxonomía de NCBI, y si se usan “taxids” de NCBI como nombre de las hojas, o TaxID.nombreSecuencia, se consigue una traducción sobre la marcha de los nombres y linajes de las especies.
OPCIONES
- Visualizar árbol y traducción de los nombres y linajes de las especies, ejemplo:
OPCIONES
- Visualizar árbol y alineamiento. Se puede visualizar el multialineamiento, y se colocará la secuencia alineada al lado de su nodo hoja.
- IMPORTANTE: El nombre de la secuencia en el árbol DEBE COINCIDIR con el que tiene en el alineamiento para que se muestre correctamente, de lo contrario el alineamiento no se mostrará.Esto puede ocurrir ya que a veces en el fichero Newick los caracteres espacio aparecen como barra baja.
OPCIONES
- Visualizar árbol y alineamiento. Aligned blocks:
OPCIONES
- Visualizar árbol y alineamiento. Condensed format:
- IMPORTANTE: Para que se muestre en este formato, las bases tienen que estar en mayúsculas en el formulario donde se incluye el alineamiento o en el archivo formato fasta. Si están en minúsculas no se muestra nada.
ITOL
ITOL
Herramienta online de visualización de árboles filogenéticos.
https://itol.embl.de/upload.cgi
● Altamente personalizable y programable
● Interfaz interactivo
● Capaz de exportar árboles en varios formatos
● Capaz de cargar arboles grandes
Subir un árbol
Formatos: Newick, Nexus, PhyloXML y archivos .jplace y .qza.
Visualización del árbol
OPCIONES
Existen dos tipos de opciones, las del menú de la derecha y las que aparecen al hacer click en una rama u hoja.
OPCIONES
Las opciones de este menú permiten aplicar cambios generales a todo el árbol como cambiar su disposición, fuentes, colores,...
Además en la pestaña Export se puede exportar como imagen o fichero de texto
OPCIONES
El otro menú permite cambiar colores, estilo, … de una hoja o rama o incluso de sus descendientes.
OPCIONES
Con las opciones antes mencionadas se ha marcado en rojo la orden Artiodactyla y en verde la familia Cervidae.