La gran Barrera de Coral es un hábitat para gran cantidad de especies, es posible encontrar una gran cantidad de peces que se estima en 1500 distintas especies y más de 4000 especies de moluscos. Además de unas 400 especies de coral. Especies en peligro de extinción, también es posible encontrar en la barrera, especies como dugongo y la gran tortuga verde.
El dugongo (Dugong dugon) es el sirenio actual de tamaño más pequeño
La tortuga verde(Chelonia mydas) es una gran tortuga marina
Peces, tiburones y rayas
Incluye peces de arrecife de coral, peces pelágicos, tiburones de agua caliente, mantas y rayas
Australian bass (Macquaria novemaculeata)
Barcoo grunter (Scortum barcoo)
Bloomfield river cod (Guyu wujalwujalensis)
Barramundi (Lates calcarifer)
Freshwater catfish (eel-tailed catfish) (Tandanus tandanus)
Freshwater sawfish (Pristis microdon)
Golden perch (yellowbelly) (Macquaria ambigua)
Jungle perch (Kuhlia rupestris)
Khaki grunter (Hephaestus tulliensis)
Longfin eel (Anguilla reinhardtii)
Lungfish(Neoceratodus forsteri)
Mangrove jack (Lutjanus argentimaculatus)
Mary River cod(Maccullochella peelii mariensis)
Murray cod (Maccullochella peelii peelii)
Northern saratoga (Scleropages jardinii)
Pacific shortfin eel (Anguilla obscura)
Rainbow fish (Melanotaenia spp.)
Redclaw (Cherax quadricarinatus)
River blackfish (Gadopsis marmoratus)
Silver perch (Bidyanus bidyanus)
Sleepy cod (Oxyeleotris lineolatus)
Snubnose garfish (Arrhamphus sclerolepis)
Sooty grunter (Hephaestus fuliginosus)
Southern saratoga (Scleropages leichardti)
Southern shortfin eel (Anguilla australis)
Spiny crayfish (Euastacus spp.)
Spotted flagtail (Kulia marginate)
Welch's grunter (Bidyanus welchi)
Yabby (Cherax destructor)
Mamíferos
Incluye los dugongos, ballenas, delfines.
Aves
Incluye una gran variedad de aves comunes a los cayos de coral, la costa y las aguas oceánicas.
Reptiles y anfibios
Principalmente las tortugas marinas y serpientes marinas.
Ascidias y otros cordados inferiores
Equinodermos
Incluye las estrellas de mar o estrellas de mar, estrellas de plumas, estrellas brittles, erizos de mar, pepinos de mar o mer
Moluscos
Incluir los caracoles de mar, babosas de mar, nudibranquios, almejas, pulpo, calamar, jibia.
Crustáceos
Incluye los cangrejos, camarones, gambas, percebes, langostas.
Celentéreos, que no sean de coral
Incluye zooanthids, hidroides, anémonas, medusas, corales látigo, corales abanico o gorgonias.
Celenterados
Incluye corales blandos.
Celenterados
Incluye todos los corales duros o escleractinios.
Las esponjas marinas
Gusanos
Incluye una variedad de gusanos marinos, tales como gusanos planos, gusanos de tubo, poliquetos, poliquetos y otros animales como los gusanos.
Organismos microscópicos
Incluye foraminíferos, zooplancton, fitoplancton y jaleas combe.
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