VARIACIÓN NUCLEOTÍDICA EN EL GENOMA

Carla Das MartíMódulo: Genómica y proteómica

Máster Genética Avanazada, UAB.17/06/2013

Introducción• Conceptos previos:

SNP: polimorfismo de un nucleótido simple. SNV: variante de un nucleótido simple. Singleton: SNPs presentes sólo una vez en la muestra/genoma. Indels: inserciones y deleciones. Sitios heteroplasmáticos: procendente de dos variedades de DNA.

• Representación gráfica del crecimiento poblacional:

Rápido crecimiento de la población humana.

Incremento de variantes raras en el genoma

Identificación de algunas enfermedades

• Estudio Europeos

Asiáticos Genoma mitocondrial

Africanos

7.098 muestras

• Se usaron sólo los SNVs, excepción: indels y sitios heteroplasmáticos.

• Se agruparon los SNVs en dos categorias:• Dataset 1: todos los SNVs identificados en los 7.098

genomas.• Dataset 2: todos los SNVs con la excepción de singletons

que aparecieron sólo una vez en el genoma.

Resultados

La gran diferencia de los SNVs entre la categoria 1 y

la 2

Existencia de singletons

SNVs

Ka/Ks < 1 selección purificadora. Actúa la deriva

genética.

• A pesar de que los valores de Watterson θ fueron corregidos, se ve valores mayores en dataset 1 que en dataset 2.

• Comparación entre los tres grupos de poblaciones.

• Mayor número de SNVs en los europeos, pero los africanos son los que mayor variabilidad nucleotídica en el genoma tienen (con un número menor de SNVs).

• Menor frecuencia de mutación en selección negativa con respecto a la neutra.

• Diferencias debidas a la historia demográfica y la tasa de crecimiento entre las tres poblaciones.

• Estimación de frecuencia de mutaciones deletéreas.

• Indentificación de mutaciones patogénicas en los 7098 genomas.

Conclusiones

• Se estimaron los umbrales de frecuencia de mutaciones deletéreas bajo la asunción de la historia geográfica.

• Aunque el umbral de frecuencia fue bajo, se detectaron un gran número de variantes candidatas relacionadas con mutaciones patógenas.

• La principal razón de las mutaciones patógenas es por el rápido crecimiento de las poblaciones.

• Las variaciones raras y su acumulación en el genoma mitocondrial pueden contribuir a la causa de enfermedades con efecto fenotípico.

Referencias

• Demographic history and rare allele sharing among human populations. Simon Gravela, Brenna M. Henna, Ryan N. Gutenkunstb, Amit R. Indapc, Gabor T. Marthc, Andrew G. Clarkd, Fuli Yue, Richard A. Gibbse, The 1000 Genomes Projecte, and Carlos D. Bustamantea,1.

• Recent explosive human population growth has resulted in an excess of rare genetic variants. Alon Keinan1* and Andrew G. Clark1,2.

• Poor man’s 1000 genome project: recent human population expansion confounds the detection of disease alleles in 7,098 complete motichondrial genomes. Hle Lim Klm1* and Stephan C. Schuster1,2.

Gracias por vuestra atención!!