Tema X
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Tema X
AMINOÁCIDOS, PÉPTIDOS Y PROTEÍNASAMINOÁCIDOS, PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS
1.1. IntroducciónIntroducción
2.2. Clasificación de los Clasificación de los
aminoácidosaminoácidos
3.3. EstereoquímicaEstereoquímica
4.4. PropiedadesPropiedades
5.5. Algunas reacciones biológicasAlgunas reacciones biológicas
6.6. Péptidos y proteínasPéptidos y proteínas
6.1. Introducción
6.2. Secuenciación de péptidos
y proteínas
6.3. Estructura de péptidos y
proteínas
Índice
1. Introducción
- Los aminoácidos son ácidos carboxílicos que contienen una función amina. En determinadas condiciones el grupo amina de una molécula y el carboxilo de otra reaccionan uniendo ambos aminoácidos mediante un enlace amida.
- Los aminoácidos son ácidos carboxílicos que contienen una función amina. En determinadas condiciones el grupo amina de una molécula y el carboxilo de otra reaccionan uniendo ambos aminoácidos mediante un enlace amida.
-Los enlaces amida entre aminoácidos se conocen como enlaces petídicos y el producto formado por la unión de dos aminoácidos se llama dipéptido.-La cadena peptídica puede extenderse mediante la incorporación de otros aminoácidos (tripéptidos, tetrapéptidos, etc.). Los polipéptidos contienen muchas unidades de aminoácidos.-Las proteínas son polipéptidos que contienen más de 50 aminoácidos, son polímeros formados por 100-300 aminoácidos.-Las proteínas ejercen muy diversos papeles en los seres vivos: la seda, el pelo, los músculos, el tejido conectivo y casi todos los enzimas son proteínas.
-Los enlaces amida entre aminoácidos se conocen como enlaces petídicos y el producto formado por la unión de dos aminoácidos se llama dipéptido.-La cadena peptídica puede extenderse mediante la incorporación de otros aminoácidos (tripéptidos, tetrapéptidos, etc.). Los polipéptidos contienen muchas unidades de aminoácidos.-Las proteínas son polipéptidos que contienen más de 50 aminoácidos, son polímeros formados por 100-300 aminoácidos.-Las proteínas ejercen muy diversos papeles en los seres vivos: la seda, el pelo, los músculos, el tejido conectivo y casi todos los enzimas son proteínas.
1. Introducción
2. Clasificación de los aminoácidos
- Se clasifican como α, β, γ, etc. De acuerdo con la localización del grupo amino en la cadena carbonada que contiene el ácido carboxílico.
- Se clasifican como α, β, γ, etc. De acuerdo con la localización del grupo amino en la cadena carbonada que contiene el ácido carboxílico.
-Aunque se conocen más de 700 aminoácidos naturales diferentes, hay un grupo de 20 α-aminoácidos que se encuentran normalmente presentes en las proteínas. Todos ellos, excepto la prolina, responden a la misma estructura general:
-Aunque se conocen más de 700 aminoácidos naturales diferentes, hay un grupo de 20 α-aminoácidos que se encuentran normalmente presentes en las proteínas. Todos ellos, excepto la prolina, responden a la misma estructura general:
ProlinaProlina
2. Clasificación de los aminoácidos
CO2
NH3
CO2H3N
CO2H3N
Ácido 1-aminociclopropanocarboxílico: es un α-aminoácido y es el precursor biológico del etileno en la plantas.
Ácido 3-aminopropanoico: conocido como β-alanina. Es un β-aminoácido que constituye una de la unidades estructurales de la coenzima A .
Ácido γ-aminobutanoico: Conocido como ácido γ-aminobutírico (GABA). Es un γ-aminoácido y es el principal neurotransmisor inhibitorio cerebral.
H3N CH C
R
O
O
CO2
H2N
2. Clasificación de los aminoácidos
Nombre Abreviación
Estructura
Aminoácidos con extremos de cadenas non polares
Glicina Gly(G)
Alanina Ala (A)
Valina Val(V)
Leucina Leu(L)
Isoleucina
Ile(I)
Metionina
Met(M)
H2N
O
OH
NH2
O
OH
NH2
O
OH
NH2
O
OH
NH2
O
OH
NH2
S
O
OH
Nombre Abreviación Estructura
Prolina Pro(P)
fenilalanina Phe (F)
Triptófano Trp(w)
Aminoácidos con extremos de cadenas polares pero no ionizados
Asparagina Asn(N)
Glutamina Gln (Q)
NH
O
OH
NH2
O
OH
H2N
HN
O
OH
NH2O
H2N
O
OH
NH2
O
H2N
O
OH
Nombre Abreviación
Estructura
Aminoácidos con extremos de cadena polares pero no ionizados
Serina Ser (S)
Treonina Thr(T)
Aminoácidos con extremos de cadenas ácidos
Ácido apártico
Asp(D)
Ácido glutámico
Glu (E)
Tirosina Tyr(Y)
NH2
HO
O
OH
NH2
OH O
OH
NH2O
HO
O
OH
NH2
O
HO
O
OH
Nombre Abreviación
Estructura
Cisteína Cys(C)
Aminoácidos con extremos de cadena básicos
Lisina Lys(K)
Arginina Arg (R)
Histidina His (H
NH2
HO
O
OH
NH2
HS
O
OH
NH2
H2N
O
OH
NH2
NH
NH
H2N
O
OH
NH2HN
N
O
OH
2-Clasificación de los aminoácidos
3. Estereoquímica
- La glicina es el aminoácido más sencillo y es aquiral.
-En los demás -aminoácidos el carbono es un centro estereogénico.
- Las configuraciones se especifican mediante la notación D y L. Todos los aminoácidos que provienen de proteínas tienen configuración L, aunque se conocen α-aminoácidos naturales de la serie D.
- La glicina es el aminoácido más sencillo y es aquiral.
-En los demás -aminoácidos el carbono es un centro estereogénico.
- Las configuraciones se especifican mediante la notación D y L. Todos los aminoácidos que provienen de proteínas tienen configuración L, aunque se conocen α-aminoácidos naturales de la serie D.
3. Estereoquímica
CO2
H3N H
H
CO2
H3N H
R
CO2
NH3H
RGlicina
(Aquiral)L-aminoácido
(Proyección de Fischer y en perspectiva)
- El cambio de la configuración en aquellos aminoácidos que poseen sólo un centro estereogénico conduce a la obtención de su enantiómero. Para un aminoácido con más de un centro estereogénico el cambio de configuración del carbono α de L a D da lugar a un diastereoisómero.
- El cambio de la configuración en aquellos aminoácidos que poseen sólo un centro estereogénico conduce a la obtención de su enantiómero. Para un aminoácido con más de un centro estereogénico el cambio de configuración del carbono α de L a D da lugar a un diastereoisómero.
CO2
H3N H
CH2CH3
H3C H
CO2
H NH3
CH2CH3
H3C H
3. Estereoquímica
L-Isoleucina D-Allo-Isoleucina
4. Propiedades
- Los aminoácidos son sustancias mucho más polares de lo que uno esperaría de acuerdo con su fórmula molecular. - Las propiedades que presentan, sólidos cristalinos solubles en agua, se atribuyen al hecho de que la forma estable es un zwitterión o sal interna.
- Los aminoácidos son sustancias mucho más polares de lo que uno esperaría de acuerdo con su fórmula molecular. - Las propiedades que presentan, sólidos cristalinos solubles en agua, se atribuyen al hecho de que la forma estable es un zwitterión o sal interna.
- Los aminoácidos son anfóteros, contienen un grupo ácido y uno básico.- Los aminoácidos son anfóteros, contienen un grupo ácido y uno básico.
4. Propiedades
Formas zwitteriónicas de un aminoácido
H3N CH C
R
O
O
H2N CH C
R
OH
O
H3N CH C
R
O
O
H2N CH C
R
O
O
H3N CH C
R
OH
O-H+
+H+
-H+
+H+
Especie presente en medio ácido
Especie presente en medio básico
ZwitteriónEspecie presente en medio neutro
Curva de valoración de la glicina. - Valores de pH menores que pKa1: la especie a es la mayoritaria. - Valores entre pKa1 y pKa :la principal especie es el zwitterión (b). La concentración del zwitterión es máxima en el punto isoeléctrico pI.- Valores superiores a pKa2: la especie c es la presente en mayor concentración.
Curva de valoración de la glicina. - Valores de pH menores que pKa1: la especie a es la mayoritaria. - Valores entre pKa1 y pKa :la principal especie es el zwitterión (b). La concentración del zwitterión es máxima en el punto isoeléctrico pI.- Valores superiores a pKa2: la especie c es la presente en mayor concentración.
a b ca b c
4. Propiedades
H3N CH C
R
O
O
H2N CH C
R
O
O
H3N CH C
R
OH
O-H+
+H+
-H+
+H+
-La glicina se caracteriza por dos pKa: uno corresponde a la posición más ácida (pKa1) y el otro a la menos ácida (pKa2). Otros aminoácidos con cadenas laterales neutras presentan valores de pKa similares a los de la glicina.- El punto isoeléctrico pI corresponde al valor de pH para el cual el aminoácido no tiene carga neta, corresponde a un máximo en la concentración del zwitterión.
-La glicina se caracteriza por dos pKa: uno corresponde a la posición más ácida (pKa1) y el otro a la menos ácida (pKa2). Otros aminoácidos con cadenas laterales neutras presentan valores de pKa similares a los de la glicina.- El punto isoeléctrico pI corresponde al valor de pH para el cual el aminoácido no tiene carga neta, corresponde a un máximo en la concentración del zwitterión.
4. Propiedades
Aminoácido pKa1 pKa2 pI
Glicina 2.34 9.60 5.97
Alanina 2.34 9.69 6.00
Valina 2.32 9,62 5.96
Leucina 2.36 9,60 5.98
Isoleucina 2.36 9,60 6.02
Metionina 2.28 9,21 5.74
Prolina 1.99 10.60 6.30
fenilalanina 1.83 9,13 5.48
Triptofan 2.83 9,39 5.89
Asparagina 2.02 8,80 5.41
Glutamina 2.17 9,13 5.65
Serina 2.21 9,15 5.68
Treonina 2.09 9,10 5.60
pKa1:ionización del grupo carboxílico; pKa2: deprotonación del ión amonio
- Aquellos aminoácidos que poseen cadenas laterales que contienen grupos ácidos o básicos se caracterizan mediante tres valores de pKa. El valor del pKa extra (puede ser pKa2 o pKa3) refleja la naturaleza de la función presente en la cadena lateral.- Los puntos isoeléctricos de estos aminoácidos se encuentran a medio camino entre los valores de los pKa del monocatión y del monoanión.
- Aquellos aminoácidos que poseen cadenas laterales que contienen grupos ácidos o básicos se caracterizan mediante tres valores de pKa. El valor del pKa extra (puede ser pKa2 o pKa3) refleja la naturaleza de la función presente en la cadena lateral.- Los puntos isoeléctricos de estos aminoácidos se encuentran a medio camino entre los valores de los pKa del monocatión y del monoanión.
- Las propiedades ácido-base de la cadena lateral de los aminoácidos son importantes tanto para las propiedades de las proteínas que los contienen como para el análisis de mezclas de aminoácidos que pueden ser separados en base a su capacidad para dar o aceptar protones.
- Las propiedades ácido-base de la cadena lateral de los aminoácidos son importantes tanto para las propiedades de las proteínas que los contienen como para el análisis de mezclas de aminoácidos que pueden ser separados en base a su capacidad para dar o aceptar protones.
4. Propiedades
Aminoácido pka1 pKa2 pKa3 pI
Ácido Aspártico 1.88 3.65 9.60 2.77
Ácido Glutámico 2.19 4.25 9.67 3.22
Tirosina 2.20 9.11 10.07 5.66
Cisteína 1.96 8.18 10.28 5.07
Lisina 2.18 8.95 10.53 9.74
Arginina 2.17 9.04 12.48 10.76
Histidina 1.82 6.00 9.17 7.59
5. Algunas reacciones biológicas
- El ácido glutámico se forma en la mayoría de los organismos por reacción de ácido α-cetoglutárico y amoníaco. El ácido α-cetoglutárico, intermedio del ciclo de Krebs, se forma a partir de la rotura metabólica de carbohidratos, grasas y proteínas provenientes de los alimentos.
- El proceso es una aminación reductora (formación de imina y reducción de ésta) catalizada por un enzima y por acción de un agente reductor (un coenzima). La reducción de la imina intermedia tiene lugar de forma estereoselectiva dando lugar únicamente al ácido L-glutámico.
- El ácido glutámico se forma en la mayoría de los organismos por reacción de ácido α-cetoglutárico y amoníaco. El ácido α-cetoglutárico, intermedio del ciclo de Krebs, se forma a partir de la rotura metabólica de carbohidratos, grasas y proteínas provenientes de los alimentos.
- El proceso es una aminación reductora (formación de imina y reducción de ésta) catalizada por un enzima y por acción de un agente reductor (un coenzima). La reducción de la imina intermedia tiene lugar de forma estereoselectiva dando lugar únicamente al ácido L-glutámico.
- El ácido L-glutámico no es, por tanto, un aminoácido esencial. No es necesario tomarlo en la dieta ya que los animales pueden sintentizarlo.
5. Algunas reacciones biológicas
Ácido α-cetoglutárico Ácido L-glutámico
O
OH
O
HO
O
NH3
NH2
O
HO
O
OHEnzima
Agente redutor+
-El ácido L-glutámico es un intermedio clave en la síntesis de otros aminoácidos, por ejemplo la L-alanina, mediante un proceso conocido como transaminación.
-El ácido L-glutámico es un intermedio clave en la síntesis de otros aminoácidos, por ejemplo la L-alanina, mediante un proceso conocido como transaminación.
5. Algunas reacciones biológicas
O
OH
O
HO
ONH3
O
HO
O
O+
O
O
OH
NH3
O
O
+Enzimas
Ácido pirúvico ácido L-glutámico L-Alanina Ácido α-cetoglutámico
ácido L-glutámico Ácido pirúvico Imina Imina reordenada
1era etapa: la formación de la imina 2º etapa: Un enzima cataliza la transferencia de l protón para obtener un nuevo isómero de la imina
NH2O
HO
O
O
O
O
HO
NO
HO
O
O
O
HO
+ 1º etapa NO
HO
O
O
O
HO
H2º etapa
baseH-ácido
3º etapa: La hidrólisis de la iminia reordenada conduce al formación del anilina y ácido α-cetoglutámico
NO
HO
O
O
O
HO
+ H2O OO
HO
O
O
O
HO
H2N+
Imina reordenada Ácido α-cetoglutárico L-Alanina
- La L-fenilalanina se clasifica como un aminoácido esencial que sirve como precursor biológico de su derivado p-hidroxilado, la L-tirosina.- Algunas personas carecen del enzima necesario para dicha transformación y la L-fenilalanina que toman en su dieta sufre un proceso metabólico diferente formando ácido fenilpirúvico:
- La L-fenilalanina se clasifica como un aminoácido esencial que sirve como precursor biológico de su derivado p-hidroxilado, la L-tirosina.- Algunas personas carecen del enzima necesario para dicha transformación y la L-fenilalanina que toman en su dieta sufre un proceso metabólico diferente formando ácido fenilpirúvico:
-El ácido fenilpirúvico puede provocar retraso mental en niños (fenilcetonuria).-La descarboxilación de la histidina, por ejemplo, produce histamina, un potente vasodilatador presente normalmente en los tejidos. La histamina es responsable de muchos síntomas asociados con alergias, los antihistamínicos reducen los síntomas mediante el bloqueo de la acción de la histamina.
-El ácido fenilpirúvico puede provocar retraso mental en niños (fenilcetonuria).-La descarboxilación de la histidina, por ejemplo, produce histamina, un potente vasodilatador presente normalmente en los tejidos. La histamina es responsable de muchos síntomas asociados con alergias, los antihistamínicos reducen los síntomas mediante el bloqueo de la acción de la histamina.
5. Algunas reacciones biológicas
L-fenilanlanina
NH2
O
OHEnzimas
Ácido fenilpirúvico
O
O
OH
H2NHN
N
NH2HN
N
O
OH Enzimas
-CO2
Histidina Histamina
La química del cerebro y del sistema nervioso central se ve afectada por la presencia de los neurotransmisores, algunos de ellos formados a partir de tirosina.
La química del cerebro y del sistema nervioso central se ve afectada por la presencia de los neurotransmisores, algunos de ellos formados a partir de tirosina.
5. Algunas reacciones biológicas
NH2
O
OH
HO
HO
NH2
HO
O
OH
NH2HO
HO
HO
OH
NH2
HO
Tirosina 3,4-dihidroxifenilalanina
Dopamina
Epinefrina(Adrenalina)
HO
OH
NH
HO
norepinefrina(Noradrenalina
6. Péptidos y proteínas
En péptidos, polipéptidos y proteínas los aminoácidos se unen unos a otros mediante enlaces amida. El enlace amida entre un grupo amino de una aminoácido y el carboxilo de otro se denomina enlace peptídico.
En péptidos, polipéptidos y proteínas los aminoácidos se unen unos a otros mediante enlaces amida. El enlace amida entre un grupo amino de una aminoácido y el carboxilo de otro se denomina enlace peptídico.
- Por acuerdo las estructuras peptídicas se escriben de manera que el grupo amino se escribe a la izquierda y el carboxilo a la derecha. Así los extremos izquierdo y derecho de los péptidos corresponden al extremo amino y al carboxílico, respectivamente. La alanina es el aminoácido N-terminal en la alanilglicina y la glicina es el aminoácido C-terminal.- El orden preciso de enlace en un péptido es su secuencia de aminoácidos y se especifica usando las abreviaturas de tres letras correspondientes a cada aminoácido conectadas por guiones.- Los aminoácidos individuales que componen un péptido son llamados residuos.
- Por acuerdo las estructuras peptídicas se escriben de manera que el grupo amino se escribe a la izquierda y el carboxilo a la derecha. Así los extremos izquierdo y derecho de los péptidos corresponden al extremo amino y al carboxílico, respectivamente. La alanina es el aminoácido N-terminal en la alanilglicina y la glicina es el aminoácido C-terminal.- El orden preciso de enlace en un péptido es su secuencia de aminoácidos y se especifica usando las abreviaturas de tres letras correspondientes a cada aminoácido conectadas por guiones.- Los aminoácidos individuales que componen un péptido son llamados residuos.
6.1. Introducción
HN
O
OH
NH2
O
Alanilglicina
Aminoácido N-terminal
Aminoácido C-Terminal
Glicina
Alanina
Hechos estructurales importantes:
- El enlace peptídico muestra una geometría plana.
- La conformación más estable con respecto a dicho enlace tiene los dos carbonos en anti, uno con respecto al otro.
- La rotación en torno al enlace amida es lenta debido a la deslocalización del par electrónico sin compartir del nitrógeno en el grupo carbonilo, lo que da al enlace C-N cierto carácter de enlace doble.
Hechos estructurales importantes:
- El enlace peptídico muestra una geometría plana.
- La conformación más estable con respecto a dicho enlace tiene los dos carbonos en anti, uno con respecto al otro.
- La rotación en torno al enlace amida es lenta debido a la deslocalización del par electrónico sin compartir del nitrógeno en el grupo carbonilo, lo que da al enlace C-N cierto carácter de enlace doble.
6.1. Introducción
La encefalina es un pentapéptido.La encefalina es un pentapéptido.
6.1. Introducción
HO
NH
O
O
HN
O
NH
+H3N H O
HN COO-
H
H
Tyr Gly Gly Phe Leu
Algunos péptidos presentan modificaciones estructurales, un ejemplo es la oxitocina.Algunos péptidos presentan modificaciones estructurales, un ejemplo es la oxitocina.
6.1. Introducción
HN
O
H2N
O
NH
H
N
OO
NH
SS
H
HN
O
H
O
H2N
O
NH
OHN O
HHN
O
H2N H
OH
HH3CH2C(H3C)HC
H
O
H2N
ANÁLISIS DE AMINOÁCIDOS EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS
-Existen distintos niveles en la estructura peptídica, uno de ellos es la estructura primaria, que consiste en la secuencia ordenada de aminoácidos que forman la cadena completa y que resulta, en gran medida, determinante del resto de los niveles estructurales del péptido o la proteína.
- La determinación de ésta, por tanto, ha resultado un enorme avance para la bioquímica (F. Sanger, premio Nobel de Química 1958). La estrategia básica consiste en :
1.Determinar qué aminoácidos están presentes y en qué relación molar.
2. Romper el péptido en pequeños fragmentos, separarlos y determinar su composición en aminoácidos.
3. Identificar los aminoácidos de N y C terminales del péptido original y de cada fragmento.
4. Organizar la información de manera que los fragmentos puedan unirse para revelar la secuencia completa.
ANÁLISIS DE AMINOÁCIDOS EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS
-Existen distintos niveles en la estructura peptídica, uno de ellos es la estructura primaria, que consiste en la secuencia ordenada de aminoácidos que forman la cadena completa y que resulta, en gran medida, determinante del resto de los niveles estructurales del péptido o la proteína.
- La determinación de ésta, por tanto, ha resultado un enorme avance para la bioquímica (F. Sanger, premio Nobel de Química 1958). La estrategia básica consiste en :
1.Determinar qué aminoácidos están presentes y en qué relación molar.
2. Romper el péptido en pequeños fragmentos, separarlos y determinar su composición en aminoácidos.
3. Identificar los aminoácidos de N y C terminales del péptido original y de cada fragmento.
4. Organizar la información de manera que los fragmentos puedan unirse para revelar la secuencia completa.
6.2. Secuenciación de péptidos y proteínas
1. Análisis de aminoácidos.
Se lleva a cabo la hidrólisis completa de los enlaces peptídicos mediante el tratamiento con disolución acuosa de HCl 6M y calefacción durante 24 h.
La mezcla de aminoácidos se separa mediante cromatografía de intercambio iónico (basada en las diferentes propiedades ácido-base) y se establece la proporción coloreando los residuos (con ninhydrina).
El proceso se encuentra totalmente automatizado y sólo requiere del orden de 10-5-10-7 g de péptido.
6.2. Secuenciación de péptidos y proteínas
2. Hidrólisis parcial del péptido.
- La hidrólisis enzimática (petidasas, proteasas o enzimas proteolíticas) es una hidrólisis selectiva que permite convertir el péptido en fragmentos más pequeños.
- Por ejemplo, un grupo de enzimas pancreáticas, conocidas como carbopeptidasas, catalizan sólo la hidrólisis del enlace peptídico del aminoácido C-terminal. La tripsina, enzima digestivo del intestino, cataliza sólo la hidrólisis de los enlaces peptídicos que involucran al grupo carboxilo de la lisina o arginina. Así, otras muchas enzimas digestivas se usan en al hidrólisis selectiva de péptidos.
HN CH C
R
O
HN CH C
R'
O
HN CH C
R''
O
El sitio catalizado de la Quimotripsina cuando R’ es un grupo aromático
6.2. Secuenciación de péptidos y proteínas
3. Análisis de los residuos terminales.
- Una secuencia de aminoácidos es ambigua a no ser que se conozca el sentido en que debe leerse. Es necesario conocer cuál es el extremo N y C- terminal.
- Como vimos antes, la hidrólisis catalizada por carbopetidasas rompe el aminoácido C-terminal, lo que permite identificarlo.
- Para identificar el aminoácido N-terminal se suele aprovechar que el grupo amino puede actuar como nucleófilo (frente a la menor nucleofilia de los N que forman parte de los enlaces amida).
6.2. Secuenciación de péptidos y proteínas
O2N
NO2
F + H2N CH C
CH(CH3)2
O
HN CH C
CH2C6H5
O
HN CH2 C
O
HN CH C
CH3
OH
O
1-fluoro-2,4-dinitrobenceno Val-Phe-Gly-Ala
O2N
NO2
CH C
CH(CH3)2
O
HN CH C
CH2C6H5
O
HN CH2 C
O
HN CH C
CH3
OH
O
DNP-Val-Phe-Gly-Ala
O2N
NO2
CH COH
CH(CH3)2
O
H2N CH COH
CH2C6H5
O
H2N CH2 COH
O
H2N CH C
CH3
OH
O
+ + +
DNP-Val Phe Gly Ala
6.2. Secuenciación de péptidos y proteínas
Un ejemplo: la cadena B de la insulina- La reacción de la cadena peptídica con 1-fluoro-4-nitrobenceno
determina el extremo N-terminal.- La hidrólisis catalizada por pepsina dan cuatro péptidos (en azul)
pero sin puntos de solapamiento entre ellos.- Los péptidos en rojo llenan los espacios entre los representados en
azul.- La secuencia en amarillo se aísla mediante la hidrólisis catalizada
por tripsina.
6.2. Secuenciación de péptidos y proteínas
La degradación de Edman (P. Edman) permite el análisis secuencial y automatizado de péptidos basada en un método estándar para analizar el residuo N-terminal, simplemente empezando por el extremo N-terminal y continuando hacia el C-terminal, identificando un aminoácido detrás de otro.
Mejora en la secuenciación de pétidos: degradación de Edman y secuenciación
automatizada.
+ H2N CH C
R
O
HN PÉPTIDO
fenilisotiocyanato
N C SHN CH C
R
O
HN PÉPTIDOHN C
S
N CH
C
R
OHN PÉPTIDO
HN
C
S
N CH
C
R
OH2N PÉPTIDO
HN
C
S
H
+HCl
N CH
C
R
O
HN
C
S
Cl-
HClHN CH
C
R
O
HN C
S
Cl
HN CH
C
R
ON
CS
Cl
H
HN CH
C
R
O
N
CS
6.2. Secuenciación de péptidos y proteínas
ESTRUCTURA SECUNDARIA EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNASESTRUCTURA SECUNDARIA EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS
- La estructura secundaria de un péptido consiste en la relación conformacional del aminoácido vecino más cercano con respecto a otro.
- L. Pauling y R. B. Corey establecieron que ciertas conformaciones peptídicas eran más estables que otras.
- Dos disposiciones especialmente estables son: la hélice α y la hoja plegada β.
- Ambas conformaciones se basan en:
- La geometría del enlace peptídico es plana y la cadena principal se dispone en conformación anti.
- Se pueden formar enlaces de hidrógeno cuando el grupo N-H de un residuo y el grupo C=O de otro se encuentran próximos en el espacio. Aquellas conformaciones que maximizan el número de estos enlaces se encuentran particularmente estabilizadas.
ESTRUCTURA SECUNDARIA EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNASESTRUCTURA SECUNDARIA EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS
- La estructura secundaria de un péptido consiste en la relación conformacional del aminoácido vecino más cercano con respecto a otro.
- L. Pauling y R. B. Corey establecieron que ciertas conformaciones peptídicas eran más estables que otras.
- Dos disposiciones especialmente estables son: la hélice α y la hoja plegada β.
- Ambas conformaciones se basan en:
- La geometría del enlace peptídico es plana y la cadena principal se dispone en conformación anti.
- Se pueden formar enlaces de hidrógeno cuando el grupo N-H de un residuo y el grupo C=O de otro se encuentran próximos en el espacio. Aquellas conformaciones que maximizan el número de estos enlaces se encuentran particularmente estabilizadas.
6.3. Estructura de péptidos y proteínas
Hoja plegada β o lámina β
En esta disposición los aminoácidos forman
una cadena en forma de zigzag, mediante la
formación de enlaces de hidrógeno entre los
grupos N-H y los C=O de cadenas adyacentes
antiparalelas. Ej: fibroína de la seda.
Hélice α
Se forma al enrollarse la estructura primaria
helicoidalmente sobre sí misma. Se debe a la
formación de enlaces de hidrógeno entre el -
C=O de un aminoácido y el -NH- del cuarto
aminoácido que le sigue. Ej: queratina del pelo,
cuernos, uñas, lana.
6.3. Estructura de péptidos y proteínas
ESTRUCTURA TERCIARIA EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNASESTRUCTURA TERCIARIA EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS- La estructura terciaria de una proteína consiste en el plegamiento de la cadena. La forma en que se pliega la cadena afecta tanto a sus propiedades físicas como a su función biológica.
- Las proteínas estructurales, tales como las presentes en la piel, el pelo, los tendones, la lana o la seda, pueden tener una estructura secundaria tanto de hélice como de hoja plegada β, pero en general tienen una forma alargada de longitud varias veces el diámetro de la cadena. Se denominan proteínas fibrosas y tienden a no ser solubles en agua.
- Otras proteínas, incluyendo la mayoría de los enzimas, operan en agua. Éstas se denominan globulares y tienen una forma más o menos esférica:
ESTRUCTURA TERCIARIA EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNASESTRUCTURA TERCIARIA EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS- La estructura terciaria de una proteína consiste en el plegamiento de la cadena. La forma en que se pliega la cadena afecta tanto a sus propiedades físicas como a su función biológica.
- Las proteínas estructurales, tales como las presentes en la piel, el pelo, los tendones, la lana o la seda, pueden tener una estructura secundaria tanto de hélice como de hoja plegada β, pero en general tienen una forma alargada de longitud varias veces el diámetro de la cadena. Se denominan proteínas fibrosas y tienden a no ser solubles en agua.
- Otras proteínas, incluyendo la mayoría de los enzimas, operan en agua. Éstas se denominan globulares y tienen una forma más o menos esférica:
Mioglobina
6.3. Estructura de péptidos y proteínas
La estructura terciaria de una proteína depende de diversos factores:- Su estructura primaria y secundaria.- Su entorno. En proteínas globulares la parte lipofílica se sitúa hacia el interior y los grupos polares en la superficie. El estado nativo de una proteína es la estructura terciaria en la cual expresan su actividad biológica.- Conocer el plegamiento de la proteína permite entender el mecanismo por el que un enzima cataliza las reacciones. Ej: carboxipeptidasa.
La estructura terciaria de una proteína depende de diversos factores:- Su estructura primaria y secundaria.- Su entorno. En proteínas globulares la parte lipofílica se sitúa hacia el interior y los grupos polares en la superficie. El estado nativo de una proteína es la estructura terciaria en la cual expresan su actividad biológica.- Conocer el plegamiento de la proteína permite entender el mecanismo por el que un enzima cataliza las reacciones. Ej: carboxipeptidasa.
- La región interna del enzima donde se localizan los grupos funcionales que participan en la actividad catalítica se conoce con el nombre de sitio activo.
- La región interna del enzima donde se localizan los grupos funcionales que participan en la actividad catalítica se conoce con el nombre de sitio activo.
H3N CH C
CH3
NH
O
Péptido CH CO
OR
OH
H
Zn2+
H2N
C
H2N
Arg-145
6.3. Estructura de péptidos y proteínas
COENZIMAS- Los coenzimas, cofactores o grupos prostéticos interaccionan tanto con los enzimas como con el sustrato para producir los cambios químicos correspondientes que la proteína no puede hacer por sí misma (ej: reacciones de oxidación o reducción).- El grupo prostético hemo (una porfirina) se encuentra rodeado por la mioglobina (proteína del músculo). Esta proteína es capaz de almacenar el oxígeno gracias a que éste se coordina al Fe2+ del grupo hemo, que no se oxida a Fe3+ (incapaz de unirse a oxígeno) porque se encuentra protegido por esta proteína.
COENZIMAS- Los coenzimas, cofactores o grupos prostéticos interaccionan tanto con los enzimas como con el sustrato para producir los cambios químicos correspondientes que la proteína no puede hacer por sí misma (ej: reacciones de oxidación o reducción).- El grupo prostético hemo (una porfirina) se encuentra rodeado por la mioglobina (proteína del músculo). Esta proteína es capaz de almacenar el oxígeno gracias a que éste se coordina al Fe2+ del grupo hemo, que no se oxida a Fe3+ (incapaz de unirse a oxígeno) porque se encuentra protegido por esta proteína.
6.3. Estructura de péptidos y proteínas
ESTRUCTURA CUATERNARIA DE LAS PROTEÍNAS: HEMOGLOBINAESTRUCTURA CUATERNARIA DE LAS PROTEÍNAS: HEMOGLOBINA
- Algunas proteínas están formadas por ensamblaje de dos o más cadenas. La forma en que estas subunidades se encuentran organizadas se denomina estructura cuaternaria.- La hemoglobina es una proteína de la sangre encargada del transporte de oxígeno, uniéndose a éste y transportándolo hasta los músculos donde se almacena en la mioblobina. La hemoglobina se une a oxígeno de la misma forma que la mioglobina, a través del grupo hemo, pero es mucho más grande que ésta. La hemoglobina es un ensamblaje de cuatro grupos hemo y cuatro cadenas protéicas, dos llamadas α y dos β.- Algunas sustancias, por ejemplo CO, mucho más fuertemente al Fe que el oxígeno por lo que interfieren con el transporte y almacenamiento de oxígeno pudiendo provocar resultados letales.
ESTRUCTURA CUATERNARIA DE LAS PROTEÍNAS: HEMOGLOBINAESTRUCTURA CUATERNARIA DE LAS PROTEÍNAS: HEMOGLOBINA
- Algunas proteínas están formadas por ensamblaje de dos o más cadenas. La forma en que estas subunidades se encuentran organizadas se denomina estructura cuaternaria.- La hemoglobina es una proteína de la sangre encargada del transporte de oxígeno, uniéndose a éste y transportándolo hasta los músculos donde se almacena en la mioblobina. La hemoglobina se une a oxígeno de la misma forma que la mioglobina, a través del grupo hemo, pero es mucho más grande que ésta. La hemoglobina es un ensamblaje de cuatro grupos hemo y cuatro cadenas protéicas, dos llamadas α y dos β.- Algunas sustancias, por ejemplo CO, mucho más fuertemente al Fe que el oxígeno por lo que interfieren con el transporte y almacenamiento de oxígeno pudiendo provocar resultados letales.
hemoglobin protease, Escherichia coli(http://www.pdb.org/) DOI:10.1074/jbc.M412885200
6.3. Estructura de péptidos y proteínas