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RELACIÓN DE SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC NOVIEMBRE 2017

SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC SECRETARÍA GENERAL ADJUNTA DE INFORMÁTICA. 1

SOFTWARE CORPORATIVO III. Software de Cálculo Científico y Estadístico

Relación de paquetes de software y aplicaciones disponibles en el CSIC

Software Corporativo El Consejo Superior de Investiga-

ciones Científicas ha realizado, en los últimos años un esfuerzo material, hu-mano y negociador con el objetivo de paliar los déficits que, en materia de software, pudieran existir.

Entre los principales objetivos que han tratado de ser cubiertos está el de ofrecer al personal del CSIC herramien-tas de calidad y con garantía de conti-nuidad para desempeñar las diferentes tareas de una Organización totalmente informatizada.

Otro de los grandes objetivos es el de adecuar las infraestructuras de soft-ware a la legislación vigente y adecuar el funcionamiento interno del CSIC al “Plan de medidas, recomendaciones y buenas prácticas en la adquisición y uso de programas de ordenador por las Administraciones Públi-cas“(CIABSI ahora CPCSAE) teniendo en cuenta la obligatoriedad que tienen tanto los gestores como los empleados públicos de respetar y hacer cumplir la legalidad vigente.

Finalmente se definen tres grandes categorías de software:

✦ Software de uso General ✦ Software de SIG y Teledetección ✦ Software de Cálculo Científico y

Estadístico El primero es aquel que puede estar

instalado en cualquier puesto de trabajo. La segunda categoría se ha destacado por su especificidad y el número de paquetes disponibles. Finalmente el último grupo es aquel que estará instala-do principalmente en puestos de uso científico.

La solicitud de licencias de software

corporativo se realiza desde la Intranet en el apartado de Servicios TIC > Gestor de Peticiones.

FAQ 1 ¿PUEDO USARLO YO? Puede solicitar una licencia de software todo el personal pro-pio del CSIC.

2 ¿QUE NECESITO? El único requisito es ser perso-nal propio del CSIC y estar dado de alta en el Directorio Corporativo, lo que permitirá acceder a la Intranet y al Siste-ma de Peticiones.

3 ¿PUEDO USAR EL SOFT-WARE EN EL ORDENADOR DE MI CASA, YA QUE LO USO PARA TRABAJAR? En general sí es posible, tenien-do que utilizarlo en este caso vía VPN.

4 ¿PUEDO PRESTAR EL SOFTWARE A OTRA PER-SONA? En el CSIC, las licencias de software se distribuyen a título personal.

Está terminantemente prohibido prestar el software licenciado a cualquier otra persona.



Relación de Software Software científico y estadístico PAQUETE DE SOFTWARE O APLICACIÓN

NOTAS

Librerías Numéricas

LIBRERÍAS NAG FORTRAN PLUS (F77 + F90) Completa librería Fortran que proporciona todas las funcionalidades de las librerías Fortran 77 y fl90 a los usuarios de Fortran 90/95. Da acceso a NAG fl90, librería de funciones Fortran 90/95, y a toda la librería de solu-ciones numéricas de NAG para Fortran 77, llevada a Fortran 90/95. Proporciona más de 200 funciones numéricas en Fortran 90/95 y más de 1.100 rutinas de Fortran 77, cubriendo ampliamente todas las áreas de cálculo numérico y estadístico más importantes. Ofrece la flexibilidad y rango de prestaciones necesarias para el desarrollo de aplicaciones Fortran. Para TODAS las PLATAFORMAS.

Lenguajes algebraicos y de manipulación simbólica

MATHEMATICA Herramienta de cálculo numérico y simbólico, visualización y manipula-ción de datos, gráficos y objetos, que proporciona un lenguaje de progra-mación de alto nivel y una interfaz externa que permite salidas a C, For-tran y TEX, además de otras potentes comunicaciones con otros paquetes y con las librerías NAG. Posee un gran número de librerías matemáticas y computacionales especia-lizadas en diferentes áreas. Algunas han sido desarrolladas por el propio fabricante y otras son externas. Para LINUX, WINDOWS y MAC

Paquetes estadísticos

AMOS Complemento de SPSS, Amos contiene las técnicas relativas a lo que se conoce como modelos estructurales, análisis de estructuras de matrices de covarianzas o modelos causales. Incluye algunas opciones convencionales para casos especiales incluyendo modelos lineales generales y análisis facto-rial clásico. Tiene un módulo gráfico muy potente que permite la interpretación de re-sultados incluso a los no-especialistas en modelos de ecuaciones estructura-les que en algunos casos pueden ser muy complejos. SÓLO para WINDOWS.



SAS SAS es un entorno integrado y flexible de software que, virtualmente. pue-de utilizarse en cualquier situación para acceder, manejar, guardar, anali-zar y hacer informes de datos. Proporciona un lenguaje de programación de 4ª generación (4GL) flexible y extenso, con una sintaxis tolerante y cientos de elementos y funciones que soportan la programación de cualquier proceso, desde la extración, el for-mateado, la transformación, etc., de todo tipo de datos, hasta su analisis y la elaboración y distribución de informes. Cuenta con una amplia serie de procedimientos pre-escritos (macros) para realizar la mayor parte de las ta-reas comunes e incluye soporte para SQL. Incluye SAS Base, SAS Enterprise, SAS ETS, SAS Stat , SAS Graph y SAS Insight. SÓLO para WINDOWS.

SPSS La librería de módulos de SPSS proporciona un poderoso sistema de análi-sis estadístico y de gestión de datos en un entorno gráfico, utilizando menús descriptivos y cuadros de diálogo sencillos que realizan la mayor parte del trabajo. Dispone de un lenguaje de sintaxis propio con el que pueden reali-zarse análisis más complejos. Ofrece los procedimientos estadísticos avan-zados necesarios para hacer los análisis más fiables y obtener conclusiones más seguras. Como complemento de SPSS Statistics Base, se dispone también de licen-cia de SPSS Neural Networks para modelado de datos no lineales. Para WINDOWS, LINUX y MAC.

STATA Completo paquete estadístico para análisis y manejo de datos y gráficos. Ofrece un gran número de herramientas estadísticas; técnicas avanzadas, tales como modelos de supervivencia, regresiones con datos en panel di-námico (DPD), ecuaciones estimativas generalizadas (GEE), modelos mul-tinivel mezclados, modelos con selección de muestra, ARCH y estimación con muestras complejas; técnicas estándar como modelos lineales generali-zados (GLM), regresiones con respuesta binaria, ANOVA/MANOVA, ARIMA, análisis clúster, tabulaciones básicas y resumen estadístico. Disponible para WINDOWS, LINUX y MAC.

UNSCRAMBLER X con DESIGN EXPERT Unscrambler® es un herramienta integral de análisis de datos para Esta-dística Exploratoria, Análisis Multivariado, Clasificación, Predicción y Di-seño de Experimentos. Las funcionalidades Principal Components Analysis (PCA) y Partial Least Squares (PLS) no tienen paralelo en la industria. Su facilidad de uso y excelentes capacidades de creación de gráficos son alta-mente reconocidas y apreciadas. Con Unscrambler® se descubren patro-nes e interrelaciones en los datos que los métodos estadísticos tradicionales y las inspecciones visuales no pueden revelar. Design Expert® es una herramienta para diseño de experimentos de la empresa Stat-Ease a la que se puede acceder desde Unscrambler X. SÓLO para WINDOWS.

Física e Ingeniería



ASPENONE AspenONE de la compañía AspenTech es la aplicación líder en el merca-do que permite optimizar los procesos de ingeniería. Contiene herramien-tas para la simulación, diseño, monitoreo, optimización y planificación fi-nanciera de plantas químicas, petroquímicas, metalúrgicas y otras indus-trias, accesibles desde una interfaz gráfica fácil de usar. Las capacidades de simulación permiten predecir el comportamiento de un proceso utilizando relaciones de ingeniería básicas tales como balances de materia y energía, equilibrio de fases y cinética de reacciones. Algunas de las herramientas disponibles son Aspen Plus e HYSYS. SÓLO para WINDOWS.

COMSOL Entorno interactivo para el modelado y la simulación de fenómenos físicos y procesos, que puede modelar virtualmente cualquier fenómeno físico que se pueda describir con ecuaciones diferenciales parciales (PDEs), incluyen-do transferencia de calor, movimiento de fluidos, acústica, electromagne-tismo y mecánica estructural, soportando la integración de problemas de diferentes campos (Multifísica). Posee interfaces que permiten su integración con Matlab, así como la im-portación y exportación de la mayor parte de los formatos habituales de fi-cheros de CAD. Además de Comsol Multiphysics, los módulos disponibles son: AC/DC, Acoustics, Batteries & Fuel Cells, CFD, Chemical Reaction Engineering, Heat Transfer, MEMS, Microfluidics, RF, Structural Me-chanics, Subsurface Flow, CAD Import y también LiveLink para Matlab, Livelink para Pro/Engineer, Livelink para Inventor y Livelink para Soli-dWorks. Disponible para LINUX, WINDOWS y MAC.

LABVIEW El entorno de desarrollo gráfico LabVIEW de National Instruments ayuda a crear aplicaciones flexibles y escalables de diseño, control y pruebas. Con LabVIEW se puede interactuar con señales del mundo real, analizar datos para extraer información significativa y compartir resultados a través de pantallas, reportes y Web. A través de este software es posible también acceder a otros programas, módulos herramientas y drivers de National Instruments, dentro de las áreas: Measurements & Instrumentation, Circuit Design & Simulation, Control & Embedded Systems y Signal Processing & Communications, ta-les como: Control Design and Simulation Module, Real-Time Module, DIAdem, FPGA, Sound and Vibration Measurement Suite, etc. Disponible para WINDOWS, LINUX y MAC.



MATLAB MATLAB es un lenguaje de alto nivel y un entorno interactivo que permi-te realizar tareas de cálculo complejas de forma más rápida que con los lenguajes de programación tradicionales, como C, C++ y Fortran. Permite desarrollar y analizar algoritmos y aplicaciones de forma rápida. Incluye operaciones vectoriales y matriciales que son fundamentales para resolver los problemas científicos y de ingeniería. Es posible diseñar y editar interfa-ces de usuario. Soporta todo el proceso de análisis de datos, desde su ad-quisición desde dispositivos externos y bases de datos, pasando por el pre-procesado, visualización y análisis numérico, hasta la producción de resul-tados con calidad de presentación. También se tiene acceso a la plataforma Simulink para simulación multi-dominio y diseño basado en modelos de sistemas dinámicos y embebidos y a Simulink Control Design. Además de estos productos y de Matlab Com-piler se dispone de licencia para el uso de los siguientes Toolboxes: Bioin-formatics Toolbox, Control Toolbox, Curve Fitting Toolbox, Fuzzy Tool-box, Image Toolbox, Instrument Control Toolbox, Mapping Toolbox, Neural Network Toolbox, Optimization Toolbox, Distributed Computing Toolbox, Partial Differential Equation Toolbox, Signal Toolbox, Statistics Toolbox, Identification Toolbox, Wavelet Toolbox y Matlab Builder JA para Java. Disponible para WINDOWS, LINUX y MAC.

NAG FOUNDATION TOOLBOX Permite el acceso a las rutinas numéricas contenidas en NAG Foundation Library desde Matlab. Contiene un total de 1.415 funciones que dan solu-ción a un amplio rango de problemas matemáticos y estadísticos. NAG Toolbox para Matlab fortalece las capacidades del usuario en áreas tales como: optimización (local y global), minimización y maximización, ecuaciones diferenciales ordinarias y parciales, integración numérica, mí-nimos cuadrados lineales y no lineales, funciones estadísticas, métodos mul-tivariable, análisis de correlación y regresión y estadística no-paramétrica. Disponible para WINDOWS, LINUX y MAC.

Química computacional

ADF El programa ADF implementa la Teoría del Funcional de la Densidad (DFT) para el estudio computacional de propiedades físicas y químicas de moléculas. Cubre un campo de aplicación muy amplio que va desde la química farmacéutica a la ciencia de materiales. Dispone de una interfaz gráfica, ADF GUI desde la que poder preparar los cálculos y visualizar los resultados. Disponible para su uso en el cluster Trueno.

GAUSSIAN Gaussian es un programa para el estudio de estructuras electrónicas, que contiene un gran abanico de metodologías, desde ab initio a semiempíri-cos. Puede ser utilizado para el estudio de moléculas, reacciones y cálculo de propiedades bajo un amplio rango de condiciones. Permite estudiar tan-to especies estables como compuestos que son casi imposibles de analizar experimentalmente, tales como intermedios de corta vida y estructuras de transición. Disponible para su uso en el cluster Trueno.

MOLPRO Molpro es un programa para cálculos ab initio de estructuras electrónicas moleculares. Es adecuado para realizar cálculos computacionales de alta precisión con un tratamiento extensivo del problema de la correlación elec-trónica, utilizando métodos como Interacción de Configuraciones (IC), Coupled Clouster (CC) y métodos relacionados. Utiliza métodos de correlación local que reducen considerablemente el



aumento del coste computacional al aumentar el tamaño de la molécula. De esta forma es posible realizar cálculos ab initio de moléculas de un ta-maño considerable. Disponible para su uso en el cluster Trueno.

Ciencias de la vida

AMBER Amber es un conjunto de programas para la simulación molecular de bio-moléculas. Amber es también el campo de fuerzas que se utiliza para estas simulaciones. El programa se distribuye en dos partes: Amber y AmberTools. Amber-Tools consiste en una serie de paquetes que se pueden utilizar indepen-dientemente de Amber, pero no al revés. Incluye programas para la preparación de estructuras, tales como LEaP, programas de cálculo de energías, tales como sander, y programas de aná-lisis, como ptraj. Disponible para su uso en el cluster Trueno.

DISCOVERY STUDIO Es un novedoso conjunto de programas desarrollado por Accelrys, actual-mente BIOVIA, que sustituye a su anterior programa Insight y que con-tiene herramientas para el modelado y simulación en el campo de Ciencias de la Vida. Dispone de una interfaz gráfica para visualizar las estructuras y desde la que se puede acceder con facilidad a las herramientas disponibles. Disponibles todos los módulos contenidos en la Suite, tales como: CHARMM, Biopolymer y Análisis. Disponible para LINUX y WINDOWS.

SCHRODINGER Schrödinger esta considerado como el líder en el desarrollo de software de simulación química para uso en investigación farmacéutica y de biotecno-logía. El rango de productos cubre desde programas generales de modeli-zación molecular a una serie integrada de software para diseño de fárma-cos, módulos para Docking y técnicas QSAR. Dentro de esta Suite, se dispone de los programas: Canvas, CombiGlide, ConfGen, Core Hopping, Desmond, Epik, Glide, Impact, Jaguar, Knime Extensions, Liaison, LigPrep, MacroModel, Maestro, MINTA, pka Predic-tor, Phase, Prime, Prime X, QikProp, QSite, SiteMap y Strike. Disponible para LINUX, WINDOWS y MAC.

SYBYL Software para la modelación de moléculas orgánicas y diseño de fármacos. Incluye herramientas amigables para la construcción, optimización y com-paración de estructuras, visualización de estructuras y datos asociados, ca-pacidad para la anotación, copia y captura de estructuras por pantalla. Contiene herramientas de Modelización Molecular (SYBYL/Base, Dyna-mics, MOLCAD). Técnicas para Biología Estructural (Biopolymer, Ad-vanced Protein Modeling). Herramientas Ligand-Based (GALAHAD, GASP, DISCOtech, Topomer CoMFA, QSAR/CoMFA, Advanced CoMFA, HQSAR, Distill, Tuplets, cLogP.) Herramientas Receptor-Based (Surflex-Dock, CScore). Herramientas para Representación Estructural (UNITY/Base, UNITY/3D, Topomer Search, CONCORD Stand ALo-ne, Confort, Advanced Computation, StereoPlex, ProtoPlex). Herramien-tas para diseño de Librerías Químicas (CombiLibMaker/Legion, Selector, DiverseSolutions) y una plataforma para análisis de datosPantheon. Disponible para LINUX , WINDOWS y MAC.

Bioinformática



DNASTAR’s LASERGENE EVOLUTION SUITE Software para realizar alineamientos de dos secuencias o de secuencias múltiples, identificar genes, ensamblar contiguos (conjunto de fragmentos contiguos superpuestos) de secuencias Sanger, crear clones virtuales, dise-ñar cebadores y utilizar toda una serie de herramientas de análisis globales. Lasergene Evolution Suite está diseñado en torno a MegAlign (para el aná-lisis y alineamiento de ADN y secuencias de proteínas) y MegAlign Pro (nueva aplicación complementaria) e incluye también varias aplicaciones y herramientas potentes para el análisis de secuencias. Las aplicaciones in-cluidas en la Suite son: MegAlign, MegAlign Pro, SeqMan Pro, Gene Quest, Cloning Suite, SeqNinja y GenVision. Disponible para WINDOWS y MAC.

GENEIOUS Software para Biología Molecular y Genética desarrollado por la empresa Biomatters. Permite el alineamiento de secuencias de ADN y proteínas, en-samblaje y su posterior análisis para su uso en disciplinas tales como Agri-cultura y Botánica, Ecología y Genética de Conservación, Genómica, Mi-crobiología y Virología, Genética de Poblaciones y Biología Evolutiva y Biología Sintética. Disponible para LINUX , WINDOWS y MAC.

Ciencia de los materiales

MATERIALS STUDIO Entorno de modelado y simulación en el área de materiales desarrollado por Accelrys, actualmente BIOVIA. Combina métodos tales como Mecá-nica Molecular (MM), Dinámica Molecular (DM), Mecánica Cuántica (QM) y modelado en mesoescala en un entorno fácil de usar. Versión actualizada del programa Cerius2 que puede ejecutarse en el mar-co de una arquitectura cliente/servidor, lo que permite no sólo ampliar el espectro de accesibilidad de usuarios, sino también mejorar el rendimiento y eficiencia de los procesos. Disponibles todos los módulos contenidos en la Suite tales como: Ad-sorption Locator, Amorphous Cell, Blends, Castep, Compass, Conformers, Discover, Dmol3, DPD, Equilibra, ForcitePlus, GULP, Mesodyn, Morphology, ONETEP, Polymorph, QMERA, QSAR, Reflex, Sorption, Synthia y VAMP. Disponible para LINUX (sólo en modo servidor, sin interfaz gráfica) y WINDOWS (modo cliente y servidor).

Compiladores

COMPILADORES PARALELOS DE INTEL

FORTRAN Y C++

Los compiladores de Intel permiten optimizar aplicaciones para 32 y 64 bits. Esta gama de compiladores ofrece un excelente rendimiento a la hora de programar aplicaciones de alto nivel. Para completar las prestaciones que se pueden conseguir con estos compi-ladores también incluyen una amplia gama de librerías adicionales que cu-bren un amplio abanico de funciones. Entre éstas están las Integrated Per-formance Primitives (IPP) y las Math Kernel Lybrary (MKL). Disponible para WINDOWS, LINUX y MAC.



COMPILADORES PARALELOS PGI FORTRAN,

C Y C++

PGI CDK (Cluster Development Kit) es un conjunto de compiladores para Fortran, C y C++ y herramientas de desarrollo compatible con estaciones de trabajo Linux de 32 y 64 bits (AMD64 e Intel 64). Contiene los siguientes componentes: PGF95, PGF77, PGHPF, PGCC OpenMP, PGC++ OpenMP, PGPROF, PGDBG, MPICH MPI, MPICH2 MPI, MVAPICH MPI y ScaLAPACK Disponible para LINUX

Utilidades

CHEMBIODRAW Software especialmente diseñado para químicos y biólogos que permite di-bujar las estructuras de los compuestos químicos de un modo rápido y sen-cillo. Cuenta con una gran variedad de herramientas, símbolos y posibili-dades para poder abordar la representación de casi cualquier sistema quí-mico. Además, cuenta con una librería de estructuras que puede resultar muy útil para dibujar sistemas complejos. Programas disponibles: ChemBioDraw, Chem3D, ChemFinder y E-Notebook para WINDOWS y ChemDraw para MAC.

COPOL Software para el estudio y descripción de reacciones de copolimerización binaria en cadena, llevadas a cabo en reactores discontinuos, y gobernadas por el modelo terminal. Permite, conocidas las relaciones de reactividad, describir -en función de la conversión- las características composicionales y microestructurales de la reacción. Permite también determinar las propias relaciones de reactividad usando la metodología clásica de analizar compo-sicionalmente reacciones a baja conversión. Disponible para WINDOWS.

MESTRENOVA Software para la visualización, procesado y análisis de datos de Resonancia Magnética Nuclear (RMN) y para la predicción de espectros de RMN a partir de la estructura molecular. Permite el procesado automático de datos de RMN de todos los principales fabricantes de espectrómetros presentes en el mercado. Posee un gran nú-mero de funciones de procesado y de funciones de análisis, así como un poderoso lenguaje de scripting para la automatización de todo tipo de ope-raciones. Disponible para WINDOWS, LINUX y MAC.

ORIGIN Software para analizar datos y generar gráficos técnicos. Permite analizar la información y maquetar los resultados de un estudio o una investigación. Permite importar datos de otras aplicaciones como Matlab, LabVIEW o Microsoft Excel o crear rutinas personalizadas dentro de Origin utilizando lenguaje C, funciones NAG, Python o R. SÓLO para WINDOWS.

SIGMAPLOT Software de la empresa SYSTAT para el tratamiento de datos, análisis es-tadístico y la creación de gráficos de alta calidad. Es de gran ayuda para la visualización y presentación de los resultados. Se integra perfectamente con Microsoft Office, por lo que puede tomar los datos de Microsoft Excel y presentar los resultados posteriores con Micro-soft Power Point. SÓLO para WINDOWS.

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