Caracterización de haplotipos del gen ND4 en poblaciones ...
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REDES TEMÁTICAS DE INVESTIGACIÓN COOPERATIVA
Red de Genotipación y Psiquiatría Genética
“Plataforma de genotipación para la identificación de factores genéticos implicados en la
susceptibilidad y en la respuesta farmacológica de las enfermedades mentales”
Angel Carracedo
Fundación Galega de Medicina Xenómica-SERGAS
Grupo de Medicina Xenómica-USC
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BiomedicalBiomedical R&DR&D fundingfunding vsvs drug drug registrationregistration
L.JL.J. . LeskoLesko & J. & J. WoodcockWoodcock NatNat RevRev Drug Drug DiscovDiscov (2004)(2004)
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LimitedLimited therapeutictherapeutic efficacyefficacy in in manymany TAsTAs
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TheThe druggabledruggable genomegenome
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¿qué es la fiebre?
¿y la migraña? ¿y la esquizofrenia?
Una de las mayores razones de la falta de eficacia en el tratamiento es que muchasenfermedades son en realidad síndromesde etiopatogenia no bien conocida y de naturaleza polifactorial y multigénica(enfermedad genéticamente compleja-QTLs)
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¿cómo el análisis de la variación puedeayudarnos a conocer el componente genético de la enfermedad compleja?
99.9% idénticos
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SNP: SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM
ATCGGCGTACCTGATTCCGAATCCGTATCGATCGGCGTACCTGAATCCGAATCCGTATCG
Distribución: 1 cada 300bp
10 millones de SNPs en el genoma humano
Tasa de mutación: 10-7
Aproximadamente 7,000,000 de SNPs con frecuencias validadas en bases de datos públicas y privadas
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p12 p11 q11 q12 q13.1 q13.2 q13.3 q13.4p13.1Chr. 19
XRCC1
0
SNPs
CALM3DMAPOEGenes
1000 2000 3000 4000Kb
Desequilibrio de ligamiento entre poblaciónsana y afecta
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Human Genetic Association Study Design
Disease ResponderAdversory reactions
Affected people
Control Non-responderNo adversory reactionsNot affected people
Allele 1 Allele 2
Marker A is associated with
Phenotype
Marker A:
Allele 1 =
Allele 2 =
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Anatomy of Chromosome 6 LD Blocks
Caucasian LD Blocks African LD Blocks
HapMap and MapVar project
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Association studiesCandidate gene approach
-Causative hypothesis or candidate genes (differential expression)
-Genes can be too numerous
-Bias towards specific genes
Whole genome scans
-No need of gene selection
-Regions of genomes rather than genes
-SNP density/Number of samples-Power of the studies
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Concordance for Lifetime Risk of Schizophrenia
0% 10% 20% 30% 40% 50%
general population
1st cousins
uncles/aunts
nephews/nieces
grandchildren
half siblings
parents
siblings
children
fraternal twins
identical twins
shared DNA
100%
50%(1st-degree
relatives)
25%
12.5%
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Numero estimado de pacientes para el estudio de asociaciNumero estimado de pacientes para el estudio de asociacióón con n con la enfermedadla enfermedad
NECESIDAD DE REDESNECESIDAD DE REDES--DEFINICIDEFINICIÓÓN DEL FENOTIPON DEL FENOTIPO
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CRGCRGIMIMIMIMUPFUPFCSUBCSUB
Univ. ValenciaH. Ribera d’Alzira
Univ. Univ. IllesIlles BalearsBalearsH. Son H. Son DuretaDureta
Univ. Univ. SantiagoSantiago
FundaciFundacióón Hospital Carlos Hayan Hospital Carlos HayaH. San Juan de DiosH. San Juan de Dios
ConsorciConsorci H. H. ParcParc TaulTaulííH. H. MMúútuatua de Terrassade Terrassa
Univ. Rovira i VirgiliInstitut Pere MataH. de Sant Joan
Fundación Jiménez DíazUAM
H. Ramón y Cajal
ESTRUCTURA ORGANIZATIVA DE LA RED (1)ESTRUCTURA ORGANIZATIVA DE LA RED (1)
NodosNodosparticipantesparticipantes
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SANTIAGO DE COMPOSTELASANTIAGO DE COMPOSTELAUnidadeUnidade dede
Medicina MolecularMedicina Molecular
BARCELONABARCELONACentre de Centre de RegulaciRegulacióó GenòmicaGenòmica
PlataformasPlataformasde de genotipadogenotipado
ESTRUCTURA ORGANIZATIVA DE LA RED (1)ESTRUCTURA ORGANIZATIVA DE LA RED (1)
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NodosProyectos deInvestigación Financiación de los
ProyectosCompartidos con otros nodos
Totales % Nº de PI Nº de Nodos Copartícipes
Nodo 1- CRG 7 9 1.748.754CT-2004-508755/
MEIF-CT-2003-501526 /SAF2002-00799 / CO3/07/ GE /
GE-GC/ 014330
Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4, Nodo 5,Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8, Nodo 9,
Nodo 10 y Nodo 11
Nodo 2- USC 5 7 1.484.250GE / PGIDIT04PXIC20802PN /UE-GRD / Xunta de Galicia / 4
PN - 2001-PGC
Nodo 1, Nodo 3, Nodo 4, , Nodo5, Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8, Nodo
9, Nodo 10 y Nodo 11
Nodo 3- IMIM 5 7 128.1302004ARCS1 00012/ SANCO
790788* / IMAS: nº 255/Maratón-TV3 / Maratón-TV3
Nodo 1, Nodo 2, Nodo 4, Nodo 5,Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8, Nodo 9,
Nodo 10 y Nodo 11
Nodo 4-HCH 3 4 107.000 G03/184 / G03/098 /SAF00200-2003 / SAS128/2003
Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 5,Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8, Nodo 9,
Nodo 10 y Nodo 11
Nodo 5- HRyC 5 7 329.13101/0077-02 / G03/179 / CAM 08 /
SAF2003-05048 /FI6R-CT-2003-508842
Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8, Nodo 9,
Nodo 10 y Nodo 11
Nodo 6-FMV 7 9 127.762
GV01-93 / 169/2002 / 020018 /FIS 01/ 0890 /
SAF2000-0082-C02-02 /ISCIII2003-G03/056-2 /
Conselleria
Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 7, Nodo 8, Nodo 9,
Nodo 10 y Nodo 11
Nodo 7-CSUB 5 7 221.313Marató TV3/ FIS 01/1558 /
PI020102 / PI030010 /IST2000-25026
Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 6, Nodo 8, Nodo 9,
Nodo 10 y Nodo 11
Nodo 8-CSPT 6 8 76.364Lundbeck1/ Janssen1/
Bristol-Myers-Squibb SL.1/Lundbeck2 / Lundbeck3/ FIS
(G03/098)
Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 6, Nodo 7, Nodo 9,
Nodo 10 y Nodo 11
Nodo 9- IPMR 5 7 450.352FIS (011605) / Marato 010510 /Marato 010610/ FIS PI020498/
03R-392
Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8,
Nodo 10 y Nodo 11
Nodo 10-UPF 7 9 1.012.214
FIS01/1229/ SAF2001/3941 / F.Jerome Lejeune1/ GE_GC /ORPHANET/ PI021009/ GE/
SAF2004/6832
Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8,
Nodo 9 y Nodo 11
Nodo 11-FPPM 4 5 44.265BS 02003-06904-C03-03 / Gob IB003479-014/Gob IB 003885- 015/
/Gob IB 87/2003
Nodo 1, Nodo 2, Nodo 4, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8,
Nodo 9 y Nodo 10
Proyectos de la RED (Todoslos nodos) 16 21 2.382.609 G03/184
Nodo 1, Nodo 2, Nodo 3, Nodo 4,Nodo 5, Nodo 6, Nodo 7, Nodo 8,
Nodo 9, Nodo 10 y Nodo 11TOTAL 75 100 8.112.144
Fondos concedidos para la realizaciFondos concedidos para la realizacióón de proyectos n de proyectos colaborativoscolaborativos
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PLAN ESTRATPLAN ESTRATÉÉGICO ORIGINAL (1)GICO ORIGINAL (1)
Objetivos 1ª Anualidad-2003 2ª Anualidad-2004 3ª Anualidad-2005
E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D
1. Desarrollo de UnidadesCoordinadas de
Genotipación (UCG)
2. Creación de un banco demuestras de patología
psiquiátrica
3. Creación de un banco dedatos clínicos
4. Evaluación delcomponente genético
hereditario
5. Genotipación de variantesen genes candidatos
Fase de Desarrollo e implementación
Fase de Explotación o uso conjunto
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Desarrollo de las Unidades Coordinadas de Desarrollo de las Unidades Coordinadas de GenotipaciGenotipacióónn (2)(2)
Tareas Nodosparticipantes
1ª Anualidad-2003 2ª Anualidad-2004 3ª Anualidad-2005
E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N DContratación de personal
especializado 1 y 2
Visitas a centros yplataformas para escoger
tecnología apropiada1 y 2
Adquisición de equipos 1 y 2
Elaboración yestandarización de
protocolos de trabajo1, 2 y 9
Entrenamiento en el manejode los equipos 1 y 2
Implementación de latecnología SNPlex 1 y 2
Optimización de laamplificación genómica 1, 2 y 9
Optimización cuantificaciónde DNA (Picogreen) 1
Implementación tecnologíaSequenom 2
Implementación tecnologíaDHPLC 1
Implementación tecnologíaPyrosequencing 1
Optimización extracciónautomática de DNA 1 y 2
Tarea pendiente de ejecución
Tarea finalizada
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CreaciCreacióón de un banco de muestras de pacientes y controles (2)n de un banco de muestras de pacientes y controles (2)
Tareas Nodosparticipantes
1ª Anualidad-2003 2ª Anualidad-2004 3ª Anualidad-2005
E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N DElaboración de un
documento de acuerdosobre uso de muestras
biológicas
1, 2, 4, 5
Inventario exhaustivo demuestras disponibles
3, 4, 5, 6, 7, 8, 9,10 y 11
Elaboración de protocolosespecíficos para cada
patología
3, 4, 5, 6, 7, 8, 9,10 y 11
Elaboración de undocumento común de
Consentimiento informado eInformación al paciente
9
Estandarización y consensode protocolos comunes
3, 4, 5, 6, 7, 8, 9,10 y 11
Transformación de linfocitosde muestras control 9
Extracción de DNA depacientes psiquiátricos 1, 4, 5, 6, 9 y 11
Creación de una base dedatos clínicos común a todas
las patologías6 y 9
Creación de una base dedatos clínicos para
esquizofrenia6 y 9
Creación de una base dedatos clínicos para autismo 9
Creación de una base dedatos clínicos para
depresión postparto3 y 6
Validación de una base dedatos con tecnología
TELEFORM3
Creación de una base dedatos clínicos para APOE en
esquizofrenia9
Tarea pendiente de ejecución
Tarea finalizada
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EvaluaciEvaluacióón del componente genn del componente genééticotico--hereditario (2)hereditario (2)
Tareas Nodosparticipantes
1ª Anualidad-2003 2ª Anualidad-2004 3ª Anualidad-2005
E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N DRecolección de nuevasmuestras de pacientes
con trastornospsiquiátricos
Autistas adultos 9 y 10
Autistas infantiles 3 y 10
Trastorno pordéficit de
atención conhiperactividad
3 y 8
Esquizofrenia 3, 4, 5, 6, 8 y 9
Trastornoobsesivo-compul
sivo5, 7 y 11
Trastorno bipolar 5 y 11
Trastorno depánico 3
Trastornos de laalimentación 7
Depresión Mayor 3 y 7
Absuso desubstancias 3
Juego patológico 5
Suicidio 5
Envío de DNAs a lasplataformas de
genotipado
Tarea pendiente de ejecución
Tarea finalizada
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Identificar factores genIdentificar factores genééticos de susceptibilidad (2)ticos de susceptibilidad (2)
Tareas Nodosparticipantes
1ª Anualidad-2003 2ª Anualidad-2004 3ª Anualidad-2005
E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D
Selección de genescandidatos 1
Selección de SNPs en genescandidatos 1 y 2
Genotipación de SNPs paraproyectos en el seno de la
Red1
Genotipación de SNPs paraproyectos en el seno de la
Red2
Validación de los genotiposobtenidos 1 y 2
Transferencia de datos a losinvestigadores 1 y 2
Análisis estadístico de losdatos 1 y 2
Tarea pendiente de ejecución
Tarea finalizada
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Título Nodo coordinador Nodos participantes Financiación Estado
Análisis de asociación de haplotipos en los genesRGS4, DTNBP1, NRG1, G72 y DAAO con la
esquizofrenia en población española9 2, 4, 6 y 8 Red Finalizado
Estudio de los genes APOE, ESR1, ESR2 y COMT enrelación a la diferente expresión de la esquizofrenia en
hombres y mujeres9 2 y 8 Red / Fundació La Marató
TV3 Finalizado
Análisis de genes candidatos y de resonanciamagnética funcional en relación con las alucinaciones
auditivas en pacientes esquizofrénicos6 4 Red Genotipación
Marcadores de vulnerabilidad genética y neurobiológicade los trastornos esquizoafectivos en las Islas Baleares 11 Red Recogida de
muestras
Síndrome Velocardiofacial y trastornos psiquiátricos 8 1 y 9 Red Análisis estadístico
Análisis de variantes en BDNF y NTRK2 en trastornosalimentarios, trastorno bipolar, depresión mayor,
esquizofrenia y TOC1 3 y 7 Red / Genoma España Análisis estadístico
Espectro obsesivo-compulsivo y variantes en genesserotoninérgicos 5 1 y 7 Red Recogida de
muestras
Etiopatogènia del trastorn obsessiu-compulsiu: estudigenètic, neurofisiològic, neuropsicològic i de
neuroimatge estructural7 1 Red / Fundació La Marató
TV3 Genotipación
Análisis de la inversión 8p23 en el trastorno de pánico ytrastorno bipolar 1 3 y un grupo externo
(DeCode Genetics, Islandia) Red Finalizado
Estudio de polimorfismos del sistema cannabinoide enpacientes con abuso/dependencia de sustancias
psicoactivas4 3 Red Recogida de
muestras
Estudio de asociación de polimorfismos genéticos yrasgos de personalidad en el trastorno de pánico 3 1 Red Genotipación
Variables genéticas relacionadas con características individualesde los pacientes, factores farmacocinéticos y farmacodinámicos dela metadona en los pacientes adictos a opiáceos que no responden
al tratamiento con metadona.
3 1 Red / Fundació La MaratóTV3 Finalizado
Genes candidatos para el trastorno autista y el trastornopor déficit de atención con hiperactividad 3 1 Red Genotipación
Identificación de los factores genéticos implicados en lasusceptibilidad y desarrollo de los trastornos de la
conducta de alimentación: anorexia, bulimia y obesidad1 7 y un grupo externo (Univ.
Navarra) Red / Genoma España Genotipación
Factores predictores de mejoría genéticos y clínicos enlos trastornos de la alimentación 7 1 Red Genotipación
Cronobiología y genes reloj en trastornos afectivos:estudio de variantes en genes relacionados con el ritmo
circadiano en subtipos de depresión7 1 Red Recogida de
muestrasAproximación clínico-genética a la etiopatogenia del
trastorno del espectro autista (TEA) y del trastorno pordéficit de atención con hiperactividad (TDAH): estudiosde asociación y ligamiento mediante el genotipado a
gran escala de SNPs en genes candidatos
1 3, 4, 9, 10 y un grupoexterno (H. Valle Hebrón) FIS / Red Recogida de
muestras
Vulnerabilidad Genético-Ambiental a la depresiónposparto 6 1, 2, 3, 4, 5, 8, 9, 11 FIS / Red Genotipación
Estudio de vías funcionales en enfermedadespsiquiátricas 1 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 y 11 Red / Genoma España Genotipación
ContribuciContribucióón de cada grupo a la red (3)n de cada grupo a la red (3)
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ColaboraciColaboracióón entre nodos de la red (5)n entre nodos de la red (5)
1 ; 2
3
4
5
6
78
9
10
11
IMIM
Málaga
Madrid
Valencia
CSUB
Sabadell
Reus
UPF
Mallorca
1 ; 2
3
4
5
6
78
9
10
11
IMIM
Málaga
Madrid
Valencia
CSUB
Sabadell
Reus
UPF
Mallorca
1 ; 2
3
4
5
6
78
9
10
11
IMIM
Málaga
Madrid
Valencia
CSUB
Sabadell
Reus
UPF
Mallorca
1 ; 21 ; 2
3
4
5
6
78
9
10
11
IMIM
Málaga
Madrid
Valencia
CSUB
Sabadell
Reus
UPF
Mallorca
Cada color corresponde a un proyecto y las flechas indican la interacción entre grupos
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Genes: RGS4, DTNBP1, NRG1, G72 y DAAO
Asociación replicada en distintas poblaciones
Asociación con distintos haplotipos
Muestras: 608 casos/ 619 controles
Selección de SNPs: mapeo por LD
Genotipación:
Sequenom: 47 SNPs en 9 ensayos
Porcentaje de genotipos obtenido: 98.54%
Proyecto IGenes candidato en esquizofrenia: interacciones
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Proyecto IIExpresión diferencial de esquizofrenia por sexo
Genes: APOE, COMT, ESR1, ESR2
Portadoras de APOE ε4 más temprana aparición
COMT asociación más fuerte en mujeres
Muestras: 661 casos/ 610 controles
Selección de SNPs: mapeo por LD
Genotipación: 52 SNPs por Sequenom
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Proyecto III
Identificación de genes de vulnerabilidad a enfermedades mentales (SNPfun)
Selección genes (N=366):
Transmisión sináptica: receptores, transporte, metabolismo...
Crecimiento y diferenciación neuronal
Selección de SNPs
Posibles SNPs causales (mis-sense, non-sense, splicing sites, sitios de unión de factores de transcripción, regiones conservadas...) a frecuencias ≥ 5% en Caucasoides
SNPs adicionales en regiones reguladoras a frecuencias ≥ 5% en Caucasoides para análisis haplotípicos (mínimo de 3 SNPs/gen)
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366 genes candidatos (16 vías funcionales) del SNC
Selección de genes candidato
noradrenalina (TH, MAO, COMT, ADRA2C, SLC6A2...)dopamina (DRD1, DRD2, SLC6A3, PPP1R1B...)neurotransmisores inhibidores (GAD1, GABRA1, GABBR1...)glutamato (GRIN2B, NOS1, GRIA2, SNAP25, GRM3, SLC1A2...)serotonina (TPH, HTR2A, HTR6, SLC6A4...)sistemas peptidérgicos (CRH, PENK, PDYN, CCK...)crecimiento y diferenciación neuronal (BDNF, EGF, RELN...)hormonas esteroideas (ESR1, REA...)receptores adrenales esteroideos (GRLL1, SERPINA6...)receptores opioides (OPRD1, OPRKL1...)receptores canabinoides (CNR1, FAAH...)receptores purinérgicos (ADORA1, ADORA2A...) sistemas colinérgicos (CHRNA7, CHMR2, ACHE...)Otros (FOXP2, GNB3...)
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o Con diagnóstico de esquizofrenia (según DSM o ICD) o Con diagnóstico de trastorno de la alimentación (según DSM) o Con diagnóstico de trastorno de ansiedad (según DSM) o Con diagnóstico de trastorno bipolar (según DSM) o Con diagnóstico de depresión mayor (según DSM) o Con diagnóstico de trastorno obsesivo-compulsivo (según DSM) o Con diagnóstico de juego patológico (según DSM) o Con diagnóstico de intentos de suicidio (según DSM)
Selección de la muestra
o Selección basada en muestreo aleatorio de la población general o, en su defecto, selección de donantes de bancos de sangre
o Entrevista médica para descartar historia personal y familiar de patología psiquiátrica
Pacientes:
Controles:
En Santiago: 2000 muestras-1000 SNPs- 2M genotipos
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Proyecto IVDepresión post-parto
Selección de genes
34 genes candidato implicados en neurotransmisión, eje hipotálamo-hipofisario y metabolismo de hormonas sexuales
Selección de SNPs
Mapeo por LD, aproximadamente 10 SNPs/gen (~500 SNPs)
Muestra
Cohorte de 2000mujeres deprimidas y no deprimidas en los 3 días posteriores al parto- 1M Genotipos
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Principales resultados de la redPrincipales resultados de la red (4)(4)
1.1. Puesta en marchaPuesta en marcha de las Plataformas de de las Plataformas de GenotipadoGenotipado y creaciy creacióón n del Centro Nacional de del Centro Nacional de GenotipadoGenotipado (CEGEN).(CEGEN).
2.2. ElaboraciElaboracióón n de protocolos de trabajo clde protocolos de trabajo clíínico y experimental nico y experimental comcomúún para el estudio de la genn para el estudio de la genéética de las enfermedades tica de las enfermedades psiquipsiquiáátricas, que constituirtricas, que constituiráán las bases para nuevos proyectos n las bases para nuevos proyectos de investigacide investigacióón en genn en genéética psiquitica psiquiáátrica.trica.
3.3. Desarrollo Desarrollo de diversos proyectos de diversos proyectos colaborativoscolaborativos a nivel nacional e a nivel nacional e internacional sobre las bases geninternacional sobre las bases genééticas de enfermedades ticas de enfermedades psiquipsiquiáátricas de elevada tricas de elevada prevalenciaprevalencia y morbilidad.y morbilidad.
4.4. Lo mLo máás importante: Un cambio de concepto y de escala en el s importante: Un cambio de concepto y de escala en el abordaje de investigaciabordaje de investigacióón en enfermedades n en enfermedades gengenóómicasmicas: de un : de un nnúúmero bajo de muestras y de genotipos a una escala elevada y mero bajo de muestras y de genotipos a una escala elevada y competitiva.competitiva.
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Coordination
NODE 1Barcelona
(CRG) (UPF)
NODE 2Santiago de
Compostela (USC)
NODE 3Madrid(CNIO)
Scientific International Committee Ethical International Committeel
Xavier Estivill
SNPlexAngel Carracedo
Sequenom / SNPlexJavier Benítez
Illumina
GeGen
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Genotyping technologiesIlluminaIlluminaIllumina SNPlexSNPlexSNPlex TaqManTaqManTaqManSequenomSequenomSequenom
200200-- 5 SNPs5 SNPs 10 10 -- 1 SNPs1 SNPs1500 1500 -- 300 SNPs300 SNPs 400 400 -- 40 SNPs40 SNPs
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Centro Nacional de Genotipado
Pre-genotyping
DNA extraction andquantification
Project designSNP selection based on:Function prediction•Previous LD•Known disease association
Pre-genotyping
DNA extraction andquantification
Project designSNP selection based on:Function prediction•Previous LD•Known disease association
Post-genotyping
• Data download• Format changes• Data analysis• Customer support
Post-genotyping
• Data download• Format changes• Data analysis• Customer support
Genotyping platforms:
Designs
Genotyping
Data checking
Coordination
Bioinformatics
BioinformaticsMathematicsAssociationstudiesResearchersResearchers
www.cegen.org
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CEGEN-SANTIAGO• Director: Angel Carracedo• Supervisor: Chris Phillips• Manager Sequenom: María Torres• Manager SNPlex: Beatriz Sobrino• Bioinformatics: Jorge Amigo• Technicians: Inés Quintela, Begoña C., Carmen R
• Project managers:María Brión(oftalmology, cardiovascular)Xabi Costas (psychiatry, inflamation)M.J.Sobrido (neurology)Ana Vega-Toño Salas(cancer, anesthesia)
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National Genotyping Center 2005• 4 pilot projects in 2004
• CeGen offered as service to the scientific community in Jan, 2005
• More than 40 projects
• Psychiatry (7 projects >4M genotypes)• Rheumathology (5 projects >3M genotypes)• Cancer (5 projects>3M genotypes)• Neurology (5 projects) (>2M genotypes)• Ophtalmology (3 projects)• Cardiovascular (3 projects)• Forensics (3 projects)• Pharmacogenetics (3 project)• Intensive health (1 project)• Non-human (1 project)
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REUMATOLOGÍA
ORGANIGRAMA
ONCOLOGIAANESTESIA
OFTALMOLOGIA
PSIQUIATRIACARDIOLOGIA
NEUROLOGIA
DIGESTIVO
PEDIATRIA-UCI
CENTRO NACIONAL DE GENOTIPADO USC
FUNDACIÓN MEDICINA GENÓMICA-SERGAS
PREGENOTIPADOSelección de SNPs
PREGENOTIPADOSelección de SNPs
GENOTIPADO
Plataformas-Robótica
GENOTIPADO
Plataformas-RobóticaPOSTGENOTIPADO
Análisis
POSTGENOTIPADO
Análisis
NANOTECNOLOGIASUSC
FARMACOLOGIAUSC
BIOINFORMÁTICAUDC-USC
MATEMÁTICASUDC-USC
GENÉTICA POBLACIONESUSC
GENÉTICA EVOLUTIVAUSC
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INVESTIGACIÓN EN ESTUDIOS DE ASOCIACIÓN
NECESIDAD DE CONSORCIOS (REDES) Y COLABORACIÓN
*LOS ESTUDIOS DE ASOCIACIÓN EXIGEN UN ELEVADO NÚMERO DE MUESTRAS
*PROTOCOLOS COMUNES E HISTORIAS CLÍNICAS BIEN DOCUMENTADAS
*DEFINICIÓN DE FENOTIPO
*HISTORIAL DE RESPUESTA AL TRATAMIENTO BIEN DOCUMENTADO: EFECTOS SECUNDARIOS
*DISEÑO POBLACIONAL ADECUADO: IMPORTANCIA DE BANCO DE ADN EN GALICIA
*CONSENTIMIENTOS INFORMADOS Y APROBACIÓN DE COMITÉS DE ÉTICA
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Galician Population
Galicia and NorthernPortugal are the best studiedpopulations from thepopulation genetic point ofview
Lack of populationsubstructure
European geneticbackground and lack ofsignificant inmigrationsduring the last 3,000 years
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