Hay rumores de que Morden sigue vivo y de que ha reunido de nuevo a su antiguo ejército.

La armada regular es enviada a investigar. Paralelamente un meteorito gigante cae en la

tierra. Los halcones peregrinos confirman y avisan a los Gorriones y al Ikari Team que se

trata del Gral. Donald Morden. Se descubre también que éste forma una base subterránea

en el cráter. Ha reunido tecnología Ptololemaica, tecnología alienígena aplicada

(Amadeus), SV001 y SV002 formando un ejército devastador de BOSS.

Además, se ha aliado de nuevo a los Marcianos, pese a que le habían traicionado 8 años

antes y secuestrado hace 6, estropeando sus planes de dominación mundial.

En el final de la segunda misión el jugador es capturado nuevamente por los marcianos

que lo habían hecho en metal slug 3 en la última misión, pero mientras los Marcianos y

Morden son atacados por otra raza de alienígenas procedentes del meteorito, el jugador

consigue liberarse de los aros que le lanzan. Se muestra un clip de soldados rebeldes

sacando a "Root Mars" del fondo del mar con ayuda de los Marcianos debido a que el líder

de los marcianos fue derrotado por el jugador hace mucho tiempo y Rootmars cayó al mar.

También son atacados antes de sacar por completo a "Root Mars". vemos también que

llegan 2 de los nuevos aliens que se llevan a 2 marcianos y se los van comiendo, llega otro

alien y le propina un golpe al General Morden y este cae al suelo, y finalmente Rootmars,

logra salir del mar, no lo volvemos a ver, sino hasta la misión 4, cuando parece que éste

captura al jugador pero no, Rootmars ayuda al jugador a acabar con la nueva amenaza

alienígena, esta vez, Rootmars tiene 2 disparadores a un lado de su cerebro, con ellas les

dispararás a los aliens nuevos, si se acercan muchas cosas más, utiliza sus ondas

cerebrales para acabarlos con facilidad, pero trata de no usarla tanto.

En cada versión anterior del juego terminaba enfrentándose con un enemigo de cierto nivel

de tecnología, resistentes, de posiciones estratégicas, fuego cruzado, emboscadas y

persecuciones por misión. En Metal Slug 6 el jugador se enfrentará a todos los niveles más

a una nueva modalidad de ataque que es el de masas, al mismo tiempo.

No habrá alianzas esta vez para defender el planeta, salvo las últimas misiones, pues para

este punto entre los Gorriones y en mayor parte por los nuevos alienígenas más de la

mitad de la armada regular y rebelde han sido aniquiladas (sin contar que los Marcianos de

Mars People entran en pánico ante la presencia de los nuevos alienígenas y se paralizan).

Vemos que en la última misión los soldados rebeldes se unen al jugador, para ayudarlo a

acabar con la nueva raza de alienígenas, después los marcianos son hechos prisioneros

por los aliens y el jugador los libera uno por uno, al final te enfrentarás con el líder de los

nuevos aliens, un gigantesco monstruo de color gris con negro, con cara de calavera y

enormes dientes; éste rompe los pisos con una energía azulada.