Cristina Villaverde Unidad de Coordinación GBIF España [email protected] gbif.es
La iniciativa internacional del GBIF y La criptogamia en España: retos y oportunidades
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F. PandoFund. Areces, 2004
La iniciativa internacional del GBIF y La criptogamia en
España: retos y oportunidades
Francisco PandoGBIF.ES, Unidad de
Coordinación
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• Que es GBIF• ¿por qué GBIF?• Programa de GBIF• Implementación de GBIF en España • Participación y resultados• Criptogamia en España y GBIF• Los portales de datos de GBIF• Oportunidades de financiación• Retos • Reflexiones finales
Sumario
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Iniciativa GBIF
• Es una iniciativa internacional, a 10 años vista, para hacer accesible por Internet toda la información disponible sobre los organismos vivos conocidos a nivel mundial (se ha hablado de GBIF como el “proyecto genoma humano” de la biodiversidad)
• A instancias de la OCDE (1996, MegaScience Forum)• Los miembros ordinarios de GBIF son estados• Los estados miembros se comprometen a establecer un
nodo nacional de GBIF que –entre otras cosas-- será portal de esta información, además contribuyen económicamente a la inciativa
Global Biodiversity Information Facility
Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad
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•Junio de 1999: el Consejo de Ministros de la OCDE acuerda crear GBIF•Marzo del 2001: GBIF nace oficialmente•2002: La Secretaría Mundial del GBIF se instala en Copenague •2003: Primer plan de trabajo anual de GBIF y primeras convocatorias de proyectos y contratos
Cronología de GBIF
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¿Por qué GBIF?• "Saber que sabemos" resulta complicado --cuando no
imposible-- porque:• La información se generar y almacena de modo disperso en
proyectos, colecciones y centros, de manera que no hay un punto donde podamos obtener toda la información que existe sobre una especie --o conjunto de especies-- para un ámbito determinado (geográfico, de hábitat, temporal,…). Proporcionar acceso unificado a todos esos recursos existentes, accesibles pero dispersos es objetivo de GBIF.
• Las estilización propia de los trabajos científicos --derivada de las limitaciones impuestas por la publicación en papel-- hace que sólo se publique los resultados, omitiendo toda la información generada y recopilada para llegar a los mismos. Esto obliga a los botánicos a repetir los mismos trabajos una y otra vez, con toda la ineficiencia que conlleva. Esto no es algo nuevo como ya lo dijo HEYWOOD (1974). Contribuir y promocionar que todos esos datos científicos sean accesible y reutilizables también es objetivo de GBIF.
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• Contenido–Informatización de las colecciones de Historia Natural–Catálogo electrónico de nombres científicos–“Species bank”: bases de datos con información sobre especies (descripciones, claves, imágenes, …)–Biblioteca Virtual de la Biodiversidad
• Informática–Tecnología e interoperabilidad de bases de datos (estándares, infraestructura informática)
• Formación y cooperación–Nuevos miembros–Convenios Internacionales–Formación
Programas temáticosIniciativa GBIF
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El catálogo electrónico de nombres de organismos conocidos para la ciencia posibilitará el enlace entre muchos tipos de bases de datos biológicas y no biológicas
Iniciativa GBIFContenidos y relaciones
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Museo Nacional de Ciencias Naturales
Real Jardín Botánico
Resolución del MCYT
Consejo Superior de Investigaciones Científicas
Nodo Nacional de GBIFUnidad de Coordinación
ImpleméntaciónGBIF en España
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España firma el MoUPlan de actuaciónAbril 2001
Resolución del MCYT
Sesiones informativas
Trabajos iniciales
GBIF.ES UC, arranca
De la voluntad política a la realidadGBIF en España
Febrero 2001
Invierno 2002
Otoño 2002
Julio 2002
Julio 2003
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– Estructura en red (U. coordinación + centros y proyectos)
– Unidad de Coordinación dentro de un centro– Sin presupuesto para financiar proyectos
Propuesta de implementaciónGBIF en España
ANEP
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El sistema de información del nodo español del GBIF está formado por una Unidad de Coordinación (UC) y por una federación de bases de datos integrada por los Centros Asociados a la Red (CAR)
GBIF.ES = UC +CARGBIF en España
• Acceso unificado • Información distribuída
Los proveedores de datos retienen el control sobre los mismos
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Esta misión se plasma en las siguientes tareas:• Proporcionar soporte técnico (información, formación,
estándares, software y asesoramiento)• Asegurar la coherencia entre las iniciativas nacionales
y la arquitectura informática de GBIF, para garantizar la interoperabilidad
• Investigar como maximizar el valor de los datos, al desarrollar herramientas de análisis, validación y visualización de los mismos
• Recopilar y difundir información relevante para las colecciones y para el conocimiento y gestión de la información sobre biodiversidad
GBIF en EspañaUnidad de Coordinación
Misión: apoyar a las colecciones, centros y proyectos relevantes sobre biodiversidad para que participen en GBIF
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• Base de datos de centros y proyectos (http://www.gbif.es/InformeColecciones.php)
• Apoyo y seguimiento a proyectos y centros participantes• Software de informatización y gestión de colecciones y
proyectos• Informatización de datos• Otras herramientas informáticas• Portal de comunicación• Portal de datos y servicio de alojamiento de datos• Talleres de bioinformática• Difusión y fomento de la participación• Participación a nivel internacional (con TDWG, con el
Secretariado de GBIF, con otros Nodos)
GBIF en EspañaActividades
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Participación: centros y proyectos GBIF en España
37 centros83 bases de datos1.577.304 registros
http://www.gbif.es/Participantes.php
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Que hay de criptogamia• Algas y Fitoplancton
– CeDoc de Biodiversitat Vegetal: BCN-Phycophyta– Institut d'Ecologia Litoral: IEL_Algae– Institut d'Ecologia Litoral: IEL_Phyto– Real Jardín Botánico Madrid: MA-Algae– SANT herbarium algae collection– Universidad de Málaga: MGC-Algae
• Hongos y Líquenes– Universidad Complutense, Dpto. de Biolog. Veg. II, Fac. Farmacia, , Madrid: MAF-Lich– Universidad de Córdoba. Dpto. de Botánica, Ecología y Fisiología Vegetal: Fungi-COFC– Flora Mycologica Iberica– Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Fungi– Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Funhist– Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Lichen
• Musgos y Hepáticas– Universidad de Murcia, Dpto. Biología Vegetal (Botánica): MUB-HEPATICAE– Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Musci– Real Jardín Botánico, Madrid: MA-Hepat
• Los datos consultables son importantes (más de 220.000 registros en total) pero aún tan solo una fracción de lo que existe y debería ser accesible.
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Que más hay
• Un aspecto interesante de GBIF y que muestra su dimensión colaborativa es que no solo permite consultar los datos provenientes de España, en este caso, si no también los concerniente a su territorio que están en bases de datos de fuera del país.
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Un ejemplo: hongos de la Península Ibérica
46 bases de datos16 países45.000 registros con
coordenadas
http://data.gbif.org
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www.gbif.es/datos
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Ejemplo del nuevo portal de GBIF
http://data.gbif.org/
demo de data.gbif.org
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• En el Nodo Nacional de GBIF la participación de todas las instituciones depositarias de colecciones, y proyectos con información en biodiversidad es fundamental. La información que contiene cada colección –grande o pequeña- es única. Al participar en GBIF, los centros y colecciones contribuirán con sus datos a la visión de la biodiversidad que, a todas las escalas, proporcionará la red de GBIF; obteniendo y obtendrán además apoyo técnico, visibilidad y reconocimiento.
• Para que esta participación tenga un efecto real, los centros y proyectos implicados pueden financiar la informatizando de sus datos y su publicación en internet -entre otras maneras - mediante las “Acciones Complementarias" específicas de GBIF del Plan Nacional I+D+I
Oportunidades de financiación
http://www.gbif.es/financiacion.php
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http://www.gbif.es/financiacion.php
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Retos
• Criptogamia para todos los públicos
• Comunicar datos, no solo resultados
• Nuevas técnicas requiere formación
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Retos
• Los datos hechos públicos exigen mayor rigor en su presentación y una documentación meticulosa ya que datos serán usados en contextos muy diferentes del original.
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Ejemplo: el helecho machoFl. ibericaDryopteris filix-masDryopteris affinis
ssp. affinisssp. borrerissp. stilluppensis
Dryopteris oreadesDryopteris submontanaDryopteris pallida
ssp. pallidaspp. balearica
Dryopteris carthusanaDryopteris expansaDryopteris dilatata
Fl. Països Catalans Dryopteris austriaca
ssp. assimilisssp. dilatatassp. spinulosa
Dryopteris filix-mas
ssp. borrerissp. filix-masssp. oreades
Dryopteris villarii
ssp. submontanassp. balearica
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Conocimiento explícito e implícito
nombre
quien
cuando
…
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Donde estamos
• Establecer el significado de una identificación es en el mejor de los casos un ejercicio de exegesis basado en conocimiento implícito y asunciones
• Esto es un tremendo obstáculo para que la colección sea útil a un mayor número de usuarios y por tanto para su importancia
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Explicitar el conocimiento…
Quien hace la identificación Cuando • Tipo de identificación (fiabilidad)• Calificadores de la identificación (precisión)• Exactitud ( sistema de referencia taxonomia)
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Exactitud (ref. a taxonomía)
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Retos• La publicación de datos debe ser
promocionada. Las iniciativas a favor del "Scientific Data Open Access", que distintas instituciones (Comisión Europea, Convenio de la biodiversidad, GBIF) apoyan,
• pero además ésta debe ser considerada como un mérito científico (para que los investigadores hagan de esta actividad parte de su rutina de trabajo.
• las publicaciones científicas deben hacer constar el uso en las mismas (citar) de los datos obtenidos por Internet, como se hace en la actualidad con las publicaciones impresas.
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• Formación. La puesta de datos en Internet es el colofón de una serie de procesos donde los datos se compilan, depuran, almacenan y mantiene. El aprendizaje de las técnicas que estas tareas conllevan debe ser parte de la formación del investigador.
Retos
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20 talleres en 3 años
Gestion de datos, modelado de la biodiversidad, calidad de datos, georeferenciación, gestión de colecciones, etc.
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A modo de conclusion
La criptogamia ya no es lo que era:
– La información que producimos es (debe ser) consumida por un público más amplio
– Los datos (y no solo los resultados) son valiosos y deben ser “publicados”
– De la fragmentación a la integración: primero las citas, después las especies
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Francisco Pando
ResponsableAlberto G. Talaván
Coordinador de proyectosSilvia Lusa
Administradora del sistema informático y red de datosIsabel Ortega
Soporte a usuarios y documentaciónIbon Tamayo
Desarrollos informáticos
GBIF-ES es el Nodo Nacional de Información sobre Biodiversidadpatrocinado por el Ministerio Español de Educación y Ciencia, gestionado por el Consejo Superior de Investigaciones Científicas
W W W . G B I F . ES
Unidad de CoordinaciónGBIF en España