El interior de una sola nave, sincrucero y con el testero de formapoligonal, está dividido en cuatrotramos que se señalan por mediasmuestras. Las divisiones estánmarcadas por cuatro arcos fajonesligeramente apuntados . Las bóvedasestán estructuradas por nervaduras(góticas) molduradas y plementos.Los nervios descansan en loscapiteles, a excepción de los delsotocoro, que se apoyan sobreménsulas.

En la iglesia de Huejotzingoexisten varios retablos lateralesque representan escenas de la vidade Cristo, San Francisco, tallas delArcángel Miguel y San Cristóbal,penitentes portando elementos dela pasión y óleos con referencia a laVirgen. Cabe destacar que en susmuros aún se encuentran algunosrasgos de pintura mural original.

El retablo principal es de los poquísimos originales completos del siglo XVI que quedan. Su principal función era didáctica. Su composición iconográfica describía, por medio de óleos y tallas, pasajes de los Evangelios y de la vida de los Santos. Las columnas, ángeles y los motivos florales, todo sobredorado con polvo de oro, trataban de transmitir la visión de la divinidad. Simón Pereyns y Andrés de la Concha realizaron las pinturas; de las esculturas se encargaron Luis de Arciniaga y Pedro Requena y como dorador participó Marcos de San Pedro.

Es de estilo plateresco y muestrabalance entre la representaciónpictórica y escultórica. Se dividehorizontalmente en tres cuerpos yun remate. En el primer cuerpolas columnas son de orden dórico,adornadas con ángeles y festones,además de un gracioso anillo dequerubines antes del capitel. Elsegundo lleva columnas jónicas,con idéntico sabor. A pesar de suscapiteles, también jónicos, lacolumna es plateresca,abalaustrada, lo mismo que elremate. Sus frisos se llenan deamorcillos y de flores que hacenmarco a los nichos de lasesculturas y a los vanos de laspinturas.

En sus pinturas y esculturas sehace referencia a distintospersonajes relevantes delcristianismo como losapóstoles, grandes escritores dela iglesia y distintos santos.Muestra como todos ellosfueron cimientos de la iglesia,elaboraron y difundieron sudoctrina y se sacrificaron por sufe. La raíz que unifica el retabloes Cristo, distintos momentosde su vida corren las entrecalleshasta culminar en lacrucifixión. Es Dios Padre, enel ático, el que contempla,aprueba y consagra el cuerpomístico de la iglesia.

Convento

•Se cree que la construcción del convento de Huejotzingo inició en el año de 1544. Para 1564 ya había un progreso: los muros de ábside estaban totalmente acabados y a los de la nave les faltaban entre tres y cuatro metros para alcanzar la altura definitiva. Las dos portadas se construyeron entre los años 1550 y 1560.

•La construcción de la portada lateral corresponde la año de 1550 y la portada principal debe haberse realizado entre 1555 y 1560. Participó Fray Juan de Alameda como arquitecto y se cree que tenía la aspiración de hacer una réplica del templo de Salomón.

•Se suspendió la construcción del convento (1560-1564)por carencia de medios económicos. A finales de 1564 y principios de 1565 se reinician las actividades de construcción hasta 1571, año en que se terminó de edificar los muros de la iglesia, se hizo además la cubierta y la portada de la sacristía, concluyendo sí el trabajo arquitectónico.

•Después de 1571 se inició la decoración del interior del templo.

La entrada al convento se hace a través de la portería. Ésta presenta plantarectangular sobre la que se alzan los muros que la conforman y el techo de viguería.

Sobre un paño rehundido, la portería se abre al atrio por medio de dosgrandes arcos de medio punto, delimitados por un recuadro en forma de alfiz. Losarcos presentan diferente composición ornamental en su archivolta. La de laizquierda luce la doble cadena de estrangulados eslabones, la del lado derecho estáornamentada por un angosto baquetón que sirve de marco a los grandes rosetonesque se encuentran encuadrados en casetones sucesivos. La decoración de ambasarchivoltas se une en medio dando la impresión de una línea curva.

Los dos arcos concurren al centro,apoyándose sobre un granbalaustre con dos astrágalos en laparte media del fuste, que estáornamentado con formasflamígeras, especie de estríasencontradas y líneas entrelazadasque semejan formas de cestería. Elcapitel está ornamentado conformas vegetales muy estilizadasque recuerdan hojas de acanto;éstas dan la sensación deprolongarse, en forma de guía,para terminar unos pequeñosroleos.

En los extremos, los arcosse apoyan sobre medidas nuestras,de fuste liso y basa ática, su base ycapitel es moldurado yornamentado con perlasisabelinas.

De la portería se pasa al vestíbulo, a través de una pequeña puerta que se abre hacia laportería por medio de un sencillo arco conopial. En el vestíbulo, en el muro del ladoderecho, se abre la puerta por la que se comunicaba éste con la que fuera la capilla de laTercera Orden.La puerta está conformada por un arco ligeramente rebajado que descansa sobre anchasjambas. Sobre el dintel, y a manera de frontón toro, corre una moldura, en cuya puertacentral se encuentra el emblema de los terciarios rodeados por el cordón franciscano.

La capilla en la actualidad está totalmente destruida, sólo se conservan losmuros en donde aún se aprecian algunas huellas de pinturas al fresco.

En el testero meridional se encuentra la puerta que nos conduce al claustro,encuadrada por el cordón franciscano dispuesto en forma de alfiz.

El claustro presenta planta cuadrada, sobre la cual se levantan los corredores que la delimitan, los que a la vez comunican con diversas dependencias del convento.

Los corredores del claustro bajo se abren hacia el patio, por medio de arcos de medio punto, sostenidos por cuatro columnas por lado de basa ática y fustes lisos; en tanto que los del claustro alto ostentan arcos rebajados, apoyados sobre columnas similares a las del claustro bajo. El techo de ambos claustros es de viguería. Sólo encontramos ornamentación en algunas de las basas, como las del ángulo suroeste del claustro bajo, que están decoradas con grandes perlas isabelinas, hojas de acanto y flores.

Ambos claustros se comunican por medio de una escalera que arranca desde la sacristía; comunica también con el coro, así como con el pasillo que conduce a las celdas (ocho en total). Al mismo pasillo conduce otra escalera que arranca desde el refectorio. El claustro bajo se comunica a la vez con el refectorio y con la sacristía.

En el claustro se localiza la biblioteca, la cual está situada encima de la portería. Hacia el exterior, el vano se abre por tres sencillas ventanas.

Al final del pasillo que conduce a las celdas, y a través de una de ellas, se encuentra una pequeña terraza que mira hacia la huerta del convento.

En el muro colindante con el templo, tanto en el claustro alto como en el bajo, se encuentranvarios nichos, en cuyo interior se alojan mesas para altares. Los de la planta baja se abren pormedio de arcos escarzanos; de éstos, el único que está decorado es el que se encuentra enprimer lugar, su archivolta está ornamentada con rosetones tallados en piedra. Los nichos dela planta alta son cinco en total. De izquierda a derecha, el primero luce un arco rebajado ymoldurado; el segundo una arco escarzano decorado en su intradós con dos escudos queostentan JHS; el tercero y cuarto son iguales al interior, en tanto que el quinto está construidopor un arco rebajado ornamentado en su extradós con rosetones.

Entre los objetos importantesque se conservan en el interiordel convento encontramos unlavabo colectivo ubicado junto ala sacristía, es policromado y subase está decorada con formasvegetales a base de flores yhojas; en la sala De Profundisexiste otro, con un nicho enforma de venera empotrado enel muro. Alrededor del nicho sedistribuyen tres querubines, loscuales se encuentran unidos poruna especie de guía con hojas, lapalangana es de barro,probablemente de fines del sigloXVIII.

En la cocina se encuentra el primitivo fogón con su monumental chimenea.

El convento presenta un fuerte carácter gótico, por la composición de la rosca de los arcos y por la forma de matar los cubos de las esquinas en los corredores. También se aprecian elementos renacentistas, como son los arcos de medio punto y las hermosas pinturas al fresco que decoran los interiores.