En la selva húmeda: jaguarundí, jabirú, boa, coralillo, culebra labios blancos, cocodrilo, tortugas gravada y casquito; gecko y nauyaca.

 Nombre común: JAGUARUNDI.

Nombre científico: Puma yaguarondi.

Otros nombres: yaguarundí, leoncillo, gato nutria,

gato colorado, onza.

Nombre común: Cigüeña jabirú.

Nombre Científico: Jabiru mycteria.

Se la encuentra en las cercanías de los humedales, pantanos y lagunetas desde Yucatán hasta Argentina y son gregarios, es decir, viven sólo en una zona sin migrar a otros lugares.

 Nombre común: boa constrictora.

Nombre científico: Boa constrictor.

Nombre común: boa común 

Nombre científico: Boa constrictor imperator.

Nombre común: Coralillo de Sonora

Nombre científico: Micruroides euryxanthus euryxanthus.

Nombre común: Culebra labios blancos maya.

Nombre científico: Symphimus mayae.

Nombre común: Cocodrilo de Morelet o Cocodrilo Mexicano

Nombre científico: Crocodylus moreletii

Nombre común: Tortuga de oreja roja

tortuga gravada, Tortuga pintada, Icotea, Jicotea.

Nombre científico: Trachemys scripta

Nombre común: Tortuga casquito, escorpión, tortuga estuche, morrocoy de agua, y tortuga de pecho quebrado.

Nombre científico: tortuga estuche 

Nombre común: Cigüeña Americana ó Gaitán.

Nombre científico: Mycteria americana.

Nombre común: Pavo ocelado.

Nombre científico: Meleagris ocellata.

Nombre común: Pelícano blanco americano.

 Nombre científico: Pelecanus erythrorhynchos.

Nombre Común: Jaguar.

Nombre Científico: Panthera onca.

Nombre Popular: Oso hormiguero.

Nombre Científico: Myrmecophaga tridactyla.

Nombre común: Mico de noche.

Nombre científico: Potos flavus.

Nombre común: Cacomixtle.

Nombre científico: Bassariscus sumichrasti.

En bosques: tlacuache, comadreja, murciélago, tigrillo, armadillo, ocelote, garza, zopilote, águila pescadora, faisán negro y chachalaca.

Nombre común: Ocelote.

Nombre científico: Leopardus pardalis

antes Felis pardalis.

Nombre común: Tigrillo.

Nombre científico: Leopardus wiedii antes Felis wiedii.

Nombre común: Tlacuache.

Nombre científico: Didelphis virginiana.

En los humedales : nutria, flamenco, pato y sapo excavador.

Nombre común: Flamenco americano.

Nombre científico: Phoenicopterus ruber.

Nombre común: Nutria de río.

Nombre científico: Lontra longicaudis.

Nombre común: Pato real.

Nombre científico: Cairina moschata.

Nombre común; Sapo excavador mexicano Nombre científico: Rhinophrynus dorsalis.

En los manglares:

En ambientes acuáticos: cangrejo ermitaño, coral, camaroncillo, langostino, delfín, entre otros.

Nombre común: Cangrejo ermitaño.

Nombre científico: Paguristes puncticeps.

Nombre común: Coral Cuerno de Alce.

Nombre científico: Acropora palmata.

Nombre común: Camarón Café.Nombre científico: Farfantepenaeus aztecus.

Nombre común: Pez Loro Brilloso.

Nombre científico: Sparisoma viride.

Nombre común: Barracuda.

Nombre científico: : Sphyraena borealis.

Nombre común: Pulpo Maya.

Nombre científico: Octopus maya.

Nombre común: Tortuga Golfina.

Nombre científico: Lepidochelys olivase.

Nombre común: Pastos Marinos.

Nombre científico: Thalassia testudinum.

Nombre común: Manatí.

Nombre científico: Trichechus manatus.

Nombre común: Delfín Nariz de Botella.

Nombre científico: Tursiops truncatus.

Animales en peligro de extinción: mono aullador, mono araña, anguila y cacerolita de mar.

Nombre común: Mono araña.

Nombre científico: Ateles geoffroyi.

Nombre común: Cacerolita de mar ó cangrejo herradura.

Nombre científico: Limulus polyphemus.

Nombre común: Mono aullador.

Nombre científico: Alouatta caraya.

Nombre común: Anguila ciega yucateca.

Nombre científico: Ophisternon infernale

Arrecifes de coral: se desarrollan en las aguas costeras claras y poco profundas de los trópicos.

Arrecifes coralinos: además de las anémonas de mar y las medusas, el grupo de criaturas con tentáculos incluye a los alcionarios, las gorgonias (abanicos de mar), los corales solitarios y los corales de fuego; los corales negros y los corales duros o pétreos.

Los arrecifes son áreas de refugio de las especies marinas y además producen gran cantidad de arena favoreciendo la formación de bancos de arena que constituyen playas y dunas.

Algunos ejemplos de especies de fauna y flora marina son: anémona gigante ( Condylactis gigantea), coral cerebro ( Diploria strigosa), coral de fuego ( Millepora alcicornis), coral negro ( Antipathes pennacea, A. lenta, A. grandis y A. bichitoena), camarón limpiador moteado ( Periclimenes yucatanicus), cangrejo ermitaño rojo (paguristes cadenati), caracol reina (strombus gigas), tiburón gata ( Ginglymostoma cirratum), tintorera ( Galeocerdo cuvieri), tiburón limón ( Negaprion brevirostris), tiburón toro ( Carcharhinus leucas), tiburón martillo ( Sphyrna mokarra), raya águila ó pinta ( Aetobatus narinari), barracuda, morena moteada ( Gymnothorax moringa), morena verde ( Gymnothorax funebris), caballito de mar ( Hippocampus reidi), mero ( Epinephelus guttatus), pez mariposa ( Chaetodon capistratus), pez ángel azul ( Holacanthus isabelita), pez damisela ( Eupomacentrus fuscus), pez loro reina ( Scarus vetula), pez loro arco iris ( Scarus guacamaia), tortuga caguama ( Caretta caretta), tortuga carey ( Eretmochelys imbricata) y la tortuga verde o blanca ( Chelonia mydas), entre otros.

Nombre común: Pez trompeta .

Nombre científico: aulostomus maculatus.

Nombre común: Camarón limpiador moteado.

Nombre científico: periclimenes yucatanicus.

Nombre común: Morena verde.

Nombre científico: gymnothorax funebris.

Nombre común: Tortuga de carey.

Nombre científic : Eretmochelys imbricata.

Nombre común: Anémona Gigante.

Nombre científico: condylactis giganea.

Nombre común: Coral de fuego.

Nombre científico: Millepora alcicornis.

Nombre común: Tiburón sarda.

Nombre científico: Carcharhinus leucas.

Nombre común: Tiburón limón.

Nombre científico: Negaprion brevirostris.

Nombre común: Raya jaspeada.

Nombre científico: Aetobatus narinari.

Nombre común: Morena moteada.

Nombre científico: Gymnothorax moringa.

Nombre común: Caballito de mar.

Nombre científico: Hippocampus reidi.

Nombre común: Mero colorado.

Nombre científico: Epinephelus guttatus.

Nombre común: Pez mariposa.

Nombre científico: Chaetodon capistratus.

Nombre común: Pez loro reina.

Nombre científico: Scarus vetula.

Nombre común: Pez loro arco iris.

Nombre científico: Scarus guacamaia.

Nombre común: Tortuga verde o blanca.

Nombre científico: Chelonia mydas.

Nombre común: Tortuga caguama

Nombre científico: Caretta caretta.

Fauna que se encuentra en peligro de extinción debido a la caza irracional: lagarto, venado, manatí y varias especies de tortugas.