Concepción Campos AsensioBibliotecaria-Documentalista Hospital Universitario de Getafeccampos.hugf@salud.madrid.orgTwitter @biblioGETAFEBiblioGETAFE http://ccamposhugf.wordpress.com/

17 de diciembre de 2014

avanzado

PubMed

Nivel principiantes Nivel avanzado

Qué es PubMed

Historia

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Manejo de los resultados

Búsqueda avanzada

Personalización

Pantalla de búsqueda avanzada

Búsqueda booleana con etiquetas de campos

Búsqueda con MeSH

Configuración de una cuenta personal

Definición de filtros para los resultados

Salvar los resultadosde mis búsquedas

Salvar estrategias yCreación de alertas

Ventana de búsqueda básica

Pantalla Advanced Search

555

Clinical Queries: Buscador especializado que tiene incorporados filtros metodológicos: - Clinical Study Category- Systematic Reviews- Medical Genetics

HERRAMIENTAS DE BÚSQUEDA / PubMed Tools

Single Citation Matcher: Busca referencias partiendo de los datos conocidos.

Muy útil para localizar referencias

incompletas, verificar datos...

OTROS RECURSOS / More ResourcesMESH Database: permite buscar por descriptores/ palabras clave (MESH) que la base de datos ha asignado a los referencias.

Journal Database: incluye todas las revistas indizadas en PubMed, y se pueden localizar por: título, abreviatura, ISSN, especialidades…

• Cada campo de un registro bibliográfico, se identifica mediante una etiqueta de dos o más letras (calificadores de campo), que podemos añadir a continuación de cada término entre corchetes: ej.: mycobacterium bovis[mh].

• Tanto los términos de búsqueda como los calificadores de campo, no importa si se escriben en mayúscula o minúscula ni el espacio. Ej.:

cysticercosis [mh] = Cysticercosis[mh] = CYSTICERCOSIS [MH]

• Campos estructurados y no estructurados

Búsqueda con etiquetas de campos

Citas que contengan a Perlman como autor, que trate de tuberculosis y publicado en 1999:

Artículos que traten de la fiebre o hipertermia en la tuberculosis pulmonar:

Artículos de revisiones en inglés que traten sobre la terapéutica del asma en niños preescolares:

Búsquedas Booleanas con calificadores de campo

Pero debes saber que….La búsqueda con etiquetas desactiva el Automatic Term Mapping (ATM)

[ti] puede utilizarse para buscar palabras o frases en el campo de título pero NO para el título completo

Índices

Construcción de Índices de frases

• MedPost: identifica nuevas frases desde los campos de título y abstract de PubMed

• La frase se añade si:• se produce al menos 3 veces en la base de datos• contiene al menos 1 carácter alfabético• tiene como máximo 6 palabras

• Las frases se añaden a los índices de PubMed dos veces al mes

Smith L, Rindflesch T, Wilbur WJ. MedPost: a part-of-speech tagger for bioMedical text. Bioinformatics. 2004 Sep 22;20(14):2320-1. Epub 2004 Apr 8. PubMed PMID: 15073016. Disponible en: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/20/14/2320.long

121212

Pantalla Advanced

Los números de búsqueda se pueden combinar entre sí o con los nuevos términos de búsqueda con la lógica booleana (por ejemplo, # 1 y # 2)

• Acrónimo de Medical Subject Headings (MeSH)• Vocabulario controlado de términos biomédicos que describen

el contenido de cada artículo que se ingresa en la base de datos Medline

• Es una característica distintiva de MEDLINE• Aproximadamente 27.000 términos médicos• Revisados anualmente• Organizados de manera polijerárquica• 1 referencia bibliográfica = 12 términos del Tesauro

Descriptores MeSH

MeSH Browser disponible en: http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html

MeSH Browser disponible en: http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html

Coletti MH, Bleich HL. Medical subject headings used to search the biomedical literature. J Am Med Inform Assoc. 2001 Jul-Aug;8(4):317-23. Erratum in: J Am Med Inform Assoc 2001 Nov-Dec;8(6):597. PubMed PMID: 11418538; PubMed Central PMCID: PMC130076.Coletti MH, Bleich HL. Medical subject headings used to search the biomedical literature. J Am Med Inform Assoc. 2001 Jul-Aug;8(4):317-23. Erratum in: J Am Med Inform Assoc 2001 Nov-Dec;8(6):597. PubMed PMID: 11418538; PubMed Central PMCID: PMC130076.

MeSH Vocabulary Type Examples

Headings Body Weight, Kidney, Dental Cavity Preparation, Self Medication, Brain Edema, Oseltamivir

Subheadings adverse effects, genetics, contraindications, ultrastructure

Publication Types Letter, Review, Practice Guideline, Twin Study

Supplementary Concept Records

cordycepin, albuterol-ipratopium, carbon monoxyde dehydrogenase, nocturnin

Medical Subject Headings (Vocabulario MeSH ®)

Entry Terms:•Neoplasms, Pulmonary

•Neoplasm, Pulmonary

•Pulmonary Neoplasm

•Neoplasms, Lung

•Lung Neoplasm

•Neoplasm, Lung

•Pulmonary Neoplasms

•Lung Cancer

•Cancer, Lung

•Cancers, Lung

•Lung Cancers

•Cancer of Lung

•Pulmonary Cancer

•Cancer, Pulmonary

•Cancers, Pulmonary

•Pulmonary Cancers

•Cancer of the Lung

Lung Neoplasms Tumors or cancer of the LUNG.

MeSH Entry Terms (Ejemplo)

Estructura jerárquica del MeSH

MeSH Tree in Use

Si en un artículo se discute de más de 3 conceptos principales relacionados, se indizará con el encabezamiento MeSH más general bajo el cual están todos jerarquizados.  

• Los encabezamientos específicos también pueden ser indexados pero no como Major Topics.

Ejemplo: Si el artículo discute sobre las infecciones por Helicobacter pylori, Clostridium difficile, peptostreptococci y vancomycin-resistant enterococci

será indizado como BACTERIAL INFECTIONS

(Ejemplo PMID 9360057 y 22763792)

Indización: la regla del 3

• Algunos encabezamientos son considerados para cada artículo (“check tags”)

• Incluye:

• Species (incluidos Humans)

• Sex

• Age groups (para humans)

• También periodos históricos de tiempo y embarazo

• Generalmente son indizados aunque solo sean meramente mencionados, a diferencia de otros MeSH headings

Check tags

•Describen un aspecto (cualificadores) particular de un encabezamiento MeSH

•Hay 83 subheadings organizados por categorías:

Administration & dosage Adverse effects Complications Diagnosis Drug therapy Epidemiology Organization & administration Pharmacokinetics Prévention & control Surgery Therapeutic use

•Ejemplo: Lung Neoplasms/diagnosis

Subheadings / Subencabezamientos o cualificadores

Disponible en: http://www.nlm.nih.gov/mesh/2012/introduction/subhierarchy.html con enlaces a las definiciones

adverse effects poisoning toxicity

physiology genetics growth & development immunology metabolism biosynthesis blood cerebrospinal fluid deficiency enzymology pharmacokinetics urine physiopathology secretion

therapy diet therapy drug therapy nursing prevention & control radiotherapy rehabilitation surgery transplantation

Subheading Groupings (Ejemplos)

Estructura jerárquica completa y definiciones están disponibles en: http://www.nlm.nih.gov/mesh/2012/introduction/subhierarchy.html

Review

Editorial

Letter

Interactive Tutorial

Clinical Trial, Phase III

Twin Study

Lista completa de tipos y enlaces a las definiciones está disponible en: http://www.nlm.nih.gov/mesh/pubtypes.html

Publication Types EJEMPLOS JERARQUÍA

Revised 2014/03

MeSH Heading vs. SCR: ¿Porqué ambos?

MeSH Headings

Disposición jerárquica

Subheadings

Actualización anual

Entry Terms

Sin jerarquía:• no búsqueda ampliada

No subheadings

Actualización semanal

Entry Terms

Mapeo de Heading

Puede convertirse en MeSH HeadingSearch Results (# records)

Xanthophylls [nm] 2000

Xanthophylls [mh] 2923

Xanthophylls 3166

OTROS RECURSOS / More ResourcesSeleccionamos MeSH dentro del menú More Resources de la página de inicio de PubMed

The MeSH Database

Una vez en la pantalla de MeSH Database, escribimos Eye y pulsamos Search

MeSH Database

En el resultado encontrado, pinchamos en Eye

Subheadings o subencabezamientos

MeSH Major Topic y Do Not Explode

Nos aparece el registro completo para Eye

Este término está situado en dos ramas

Posición del término en la estructura jerárquica

Términos relacionados de posible interés

313131

...

Término que escribo: Probiotics

Pulsar sobre “Search”...

En niños con diarrea ¿la administración

de probióticos produce una disminución

de la Intensidad y/o de la duración

de la diarrhea?

Introducimos “probiotics” en la ventana de Mesh Database

323232

Término Mesh “Probiotics”: leer la definición y escoger uno o varios subdescriptores

Definición

Subencabezamientos: escoger

el o los que tengan relación con

nuestra pregunta

...Así que marcaremos la casilla

“therapeutic use”Del término “Probiotics” nos interesa

su utilidad terapéutica...

333333

Para ello en la ventana “PubMed search builder”, pulsamos sobre el botón “Add to search builder”, y el término, con su subencabezamiento, aparece en la ventana

El siguiente paso es introducir este término Mesh con su subdescriptor en la ventana “PubMed Search Builder”

343434

Introducimos el nuevo término y hacemos clic sobre “Search”...

Volvemos a repetir los anteriores pasos con el nuevo término “Diarrhea”

... Así que marcamos aquellos subdescriptores que se refieran a tratamiento: “diet therapy”, “drug therapy” y “therapy”

353535

...y lo hacemos seleccionando:

1): el operador booleano AND

2): haciendo clic posteriormente sobre botón de

“Add to search builder”

Siguiente paso: añadir este término con sus subdescriptores al PubMed Search Builder”

Para lanzar nuestra búsqueda y ver los resultados

recuperados con esta estrategia hacemos clic en el botón de “Search PubMed”

363636

Resultado

Limitamos el resultado marcaremos, por ejemplo, “Meta-Analysis”

(tipo de artículo), “All Child” (Edad)

Desde 1996 en MEDLINE para cada MeSH de una sustancia química y fármaco hay asignado uno o más encabezamientos que describen su acción farmacológica (“Pharmacological Action” o PA)

Cómo se indizan los medicamentos

Cómo se indizan los medicamentos

Dos formas de usar los PA

1. Cuando buscamos por la acción específica de un medicamento, la etiqueta del término de la acción es [mh]Medicamento AND Pharmacological Action [mh]

Ej.: recupera artículos sobre el litio como antidepresivo

2. Cuando buscamos por un grupo de medicamentos con una misma acción farmacológica con una enfermedad la etiqueta es [pa]Enfermedad AND Pharmacological Action[pa]

Ej.: recupera artículos sobre cualquier medicamento antidepresivo

y desorden de pánico

• MeSH es el vocabulario controlado para la indización temática y búsqueda en MEDLINE/PubMed

• Hay cuatro tipos de MeSH:

• Headings

• Subheadings

• Publication Types

• Supplementary Concept Records

• MeSH utiliza sinónimos conocidos como “Entry terms”

• MeSH tiene una organización jerárquica o arbórea

• Los indizadores designan los temas principales de los artículos como MeSH Major Topics

• Para encontrar los término MeSH hay que usar la MeSH Database

• Utilizar My NCBI Site Preferences para personalizar la visualización de PubMed (más adelante)

Resumiendo…

•Realizar búsquedas mediante la opción MeSH Database es sólo una de las múltiples formas de buscar en PubMed•Las búsquedas son más precisas pero menos sensibles•Debemos tener en cuenta que si buscamos por MeSH la búsqueda es más precisa pero se pierde todas aquellas referencias más recientes no incorporadas a MEDLINE

Consideraciones finales

Medline Indexing Online Training Course disponible en:http://www.nlm.nih.gov/bsd/indexing/training/USE_010.htm

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Es una herramienta que permite guardar/recuperar en un servidor remoto (accesible en cualquier momento con solo conectarse a Internet) estrategias de búsqueda, crear alertas, guardar referencias bibliográficas e incluso personalizar, mediante la elección de filtros, el uso de PubMed.

Es necesario un registro previo

Crear una cuenta MyNCBI1

2

Crear una cuenta MyNCBI

My Bibliography

My Bibliography

Crear filtros

Hospital Universitario de Getafe, Spain

Artículos que sean ECC o RS: (randomized controlled trial[Publication Type] OR (randomized[Title/Abstract] AND controlled[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract])) OR systematic[sb]

Temática Atención Primaria: ("primary care" OR “Primary Healthcare” OR "family practice" OR "family physician" OR "family physicians" OR “Primary Care Physician” OR “Primary Care Physicians” OR "general practice" OR "general practitioners" OR "general practitioner" OR “family medicine” OR "Primary Health Care"[Mesh] OR "Physicians, Primary Care"[Mesh] OR "Primary Care Nursing"[Mesh])

Ancianos: (geriatr* OR elder* OR older OR "senior citizen" OR "senior citizens" OR retired OR retirement OR Retiree* OR "social security" OR "nursing home" OR "assisted living" OR "nursing home" OR "nursing homes" OR pension* OR senil* OR dementia OR grandparent* OR grandmother* OR grandfather* OR grandma* OR grandpa* OR septuagenarian* OR octagenarian* OR sexagenarian* OR nonagenarian* OR centenarian* OR supercentenarian*) AND (aged[mesh]OR elderly[TI] OR AGED[TI] OR SENIOR[TI] OR "aged, 80 and over")

Filtros

Salvar estrategias y crear alertas bibliográficas

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