Articulación de una Red Internacional de Investigación en ...

Articulación de una Red Internacional de Investigación en Inmunología y Medicina Traslacional (I&MT) desde el Hospital Universitario Nacional – HUN: investigación, salud y educación con equidad.

Universidad Nacional de Colombia Carlos Parra

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PROGRAMA

Articulación de una Red Internacional de Investigación en Inmunología y Medicina Traslacional (I&MT) desde el Hospital Universitario Nacional –

HUN: investigación, salud y educación con equidad.

DIRECTOR DEL PROGRAMA Carlos Alberto Parra López

DEPARTAMENTO DE MICROBIOLOGIA FACULTAD DE MEDICINA

UNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA

(Entidad Ancla)

Noviembre 2017

Bogotá D.C. Colombia



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TABLA DE CONTENIDOS

1. PREINSCRIPCIÓN ................................................................................................................... 5 Título: ................................................................................................................................................ 5 Foco estratégico: ............................................................................................................................... 5 Reto(s): ............................................................................................................................................. 5 Nivel de Madurez Tecnológica: ........................................................................................................... 5 Objetivo del programa: ...................................................................................................................... 5 Resumen ejecutivo: ........................................................................................................................... 5 Proyectos: ......................................................................................................................................... 7 Monto a solicitar: .............................................................................................................................. 9 Entidades participantes: ..................................................................................................................... 9

2. COMPONENTE TÉCNICO Y CIENTÍFICO .................................................................................. 10 Información del programa ................................................................................................................ 10

Título: ....................................................................................................................................................... 10 Foco estratégico: ..................................................................................................................................... 10 Nivel de Madurez Tecnológica: ............................................................................................................... 10 Duración: ................................................................................................................................................. 10 Lugar de ejecución: .................................................................................................................................. 10 Director científico del programa: ............................................................................................................ 11

Conformación del equipo de trabajo: ............................................................................................... 12 Resumen ejecutivo: ......................................................................................................................... 20 Palabras claves: ............................................................................................................................... 22 Planteamiento del problema: ........................................................................................................... 22 Análisis situacional: ......................................................................................................................... 22 Objetivo general: ............................................................................................................................. 24 Objetivos específicos: ...................................................................................................................... 24 Metodología: ................................................................................................................................... 24 DESCRIPCION DE ACTIVIDADES: ........................................................................................................ 25

1. Identificación y uso de marcadores para: (i) el monitoreo de resistencia a antibióticos de patógenos responsables de cuadros infecciosos de alta prevalencia en pacientes hospitalizados (patógenos circulantes en los hospitales) y para (ii) el diagnóstico y el monitoreo de pacientes con cáncer. ..................................................................................................................................................... 25 2. Tamizaje de la actividad anti-tumoral de un polipéptido sintético y evaluación de la utilidad de varios agentes naturales para la producción de vacunas personalizadas basadas en células tumorales como antígeno y células dendríticas autólogas como adyuvante (ver diagrama resumen metodología proyectos # 12, 13 y 14). ......................................................................................................................... 28 3. Selección de neo-antígenos tumorales para el diseño de vacunas terapéuticas personalizadas para inmunoterapia, en pacientes con cáncer de mama, utilizando como vacuna células dendríticas pulsadas con neo-antígenos .................................................................................................................... 29 4. Selección de antígenos de Mycobacterium tuberculosis Beijing like (MtbBl) y diseño de vacunas terapéuticas personalizadas para inmunoterapia, de pacientes con tuberculosis MDR, utilizando como vacuna células dendríticas pulsadas con antígenos exclusivos de MtBl. ................................................ 32 5. La coordinación desde la red de los aspectos operativos, de gobernabilidad, de apropiación social del conocimiento en I+D+i y de educación del Programa. ...................................................................... 33

Proyectos asociados al programa: .................................................................................................... 34 Proyecto 1: ............................................................................................................................................... 34



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Detección genómica de características bacterianas en enterobacterias productoras de carbapenemasas (EPC) y Staphylococcus aureus resistentes a meticilina (SARM) en pacientes provenientes de UCI y Unidad Hematoncológica. ............................................................................................................................................... 34

Proyecto 2: ............................................................................................................................................... 35 Validación y caracterización de potenciales biomarcadores pronóstico y progresión en pacientes con leucemia linfoblástica aguda .............................................................................................................................................. 35

Proyecto 3: ............................................................................................................................................... 36 Evaluación de microRNAs en condiciones de la supresión del crecimiento de células cancerosas: una aproximación desde la medicina de precisión hacia la predicción, la prevención, diagnóstico y tratamiento del cáncer .................................................................................................................................................................. 36

Proyecto 4: ............................................................................................................................................... 37 Establecimiento del perfil de microRNAs circulantes para diagnóstico temprano de cáncer de mama en paciente colombianos ......................................................................................................................................... 37

Proyecto 5: ............................................................................................................................................... 37 Exoma de Cáncer Gástrico en Nariño: Identificación de Biomarcadores para el Tratamiento de la Enfermedad ............................................................................................................................................................................ 37

Proyecto 6: ............................................................................................................................................... 38 Caracterización cuantitativa y funcional de biomarcadores pronóstico de progresión en tumor de ovario y su rol en la interacción con la célula estromal ........................................................................................................ 38

Proyecto 7: ............................................................................................................................................... 39 Biomarcadores asociados a funciones stem relacionados con agresividad tumoral en cáncer de seno ............ 39

Proyecto 8: ............................................................................................................................................... 40 Implementación y validación de protocolos de inmunofenotipificación mediante citometría de flujo multiparamétrica y sistemas automatizados para el diagnóstico y seguimiento clínico de pacientes con leucemias ............................................................................................................................................................ 40

Proyecto 9: ............................................................................................................................................... 40 Cuantificación automática del grado de severidad de la patología gástrica mediante morfometría de láminas virtuales de hematoxilina-eosina e inmunohistoquímica ................................................................................... 40

Proyecto 10:............................................................................................................................................. 42 Immunosurveillance of the lung by NKs prevents idiopatyc pulmonary fibrosis (IPF) ....................................... 42

Proyecto 11:............................................................................................................................................. 42 Evaluación in vitro de un péptido quimérico inhibidor específico de la proteína quinasa c (PKC) en células de pacientes pediátricos con leucemia linfoide aguda de precursores B ................................................................ 42

Proyecto 12:............................................................................................................................................. 43 Uso de células tumorales para el diseño de vacunas personalizadas contra el cáncer de ovario y leucemia .... 43

Proyecto 13:............................................................................................................................................. 45 Inmunoterapia con vacunas sintéticas personalizadas en pacientes con cáncer de mama triple negativo ....... 45

Proyecto 14:............................................................................................................................................. 46 Medicina personalizada para el tratamiento de la tuberculosis MDR: identificación y diseño de antígenos sintéticos y células dendríticas autólogas como vacuna para la inmunoterapia de la tuberculosis MDR .......... 46

Resultados esperados: ..................................................................................................................... 47 Apropiación y transferencia de resultados: ....................................................................................... 50

Productos y capacitación de estudiantes de posgrado ........................................................................... 51 Impactos esperados: ........................................................................................................................ 52 Cronograma consolidado de ejecución de los proyectos: ................................................................... 53 Posibles riesgos y dificultades: ......................................................................................................... 57 Distribución de responsabilidades de las entidades: ......................................................................... 59 Capacidades de las entidades: .......................................................................................................... 61 Antecedentes y trayectoria del equipo de trabajo: ............................................................................ 62

Universidad Cooperativa de Colombia .................................................................................................... 67 Universidad El Bosque ............................................................................................................................. 68 Washington University St. Luis – W.U. .................................................................................................... 69 Hospital Universitario Nacional – HUN.................................................................................................... 70 Fundación Instituto de Inmunología de Colombia – FIDIC ...................................................................... 70



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Bibliografía: ..................................................................................................................................... 71

3. COMPONENTE PRESUPUESTAL ............................................................................................ 72 Presupuesto global .......................................................................................................................... 72 Distribución de los recursos ............................................................................................................. 73

4. COMPONENTE DE FORTALECIMIENTO INSTITUCIONAL ......................................................... 74 Título ............................................................................................................................................... 74 Autores ........................................................................................................................................... 74 Resumen ejecutivo .......................................................................................................................... 74 Duración .......................................................................................................................................... 75 Lugar de ejecución ........................................................................................................................... 75

Vinculación de la IES internacional con IES colombianas: ....................................................................... 75 Movilidades ..................................................................................................................................... 76 Planteamiento del problema ............................................................................................................ 77 Antecedentes .................................................................................................................................. 79

Capacidad de las redes académicas para transformar las culturas de las IES ......................................... 80 Calidad de la educación superior ............................................................................................................ 81 Transferencia y la apropiación social del conocimiento ......................................................................... 83

Marco conceptual ............................................................................................................................ 84 Acreditación institucional ........................................................................................................................ 84 Apropiación y Comunicación Social del Conocimiento ........................................................................... 84 Buenas prácticas como producción, apropiación y transferencia de conocimiento .............................. 85 Fortalecimiento institucional ................................................................................................................... 85

Objetivo general .............................................................................................................................. 87 Objetivos específicos ....................................................................................................................... 88

Objetivos de transferencia y apropiación social del conocimiento: ....................................................... 88 Objetivos operativos: .............................................................................................................................. 88

Equipo de trabajo ............................................................................................................................ 89 Metodología y resultados ................................................................................................................ 90 Resultados y productos esperados ................................................................................................... 92

5. BIBLIOGRAFIA ..................................................................................................................... 93

6. INCREMENTO EN LA PRODUCTIVIDAD, COMPETITIVIDAD Y SOSTENIBILIDAD DE LAS EMPRESAS .............................................................................................................................. 97



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1. PREINSCRIPCIÓN Título: Articulación de una Red Internacional de Investigación en Inmunología y Medicina Traslacional (I&MT) desde el Hospital Universitario Nacional – HUN: investigación, salud y educación con equidad. Foco estratégico: Salud Reto(s): Reto 3: Desarrollo científico y tecnológico para el tratamiento oportuno:

• Condiciones crónicas no transmisibles (Cáncer) • Condiciones transmisibles e infecciosas (Infecciones Asociadas a la Atención en Salud (IAAS),

multirresistencia y tuberculosis) Nivel de Madurez Tecnológica: Con el desarrollo del programa se pretende llegar a un nivel de madurez tecnológica 7 a 8, en relación a la disponibilidad de terapias personalizadas (uso de péptidos con células dendríticas autólogas para inmunoterapia del cáncer). En relación al servicio de diagnóstico clínico por citometría de flujo, se espera llegar a un nivel de madurez tecnológico de 6, del cual se haya determinado la especificidad y sensibilidad de las pruebas de inmuno-monitoreo del paciente con cáncer en comparación con Euroflow® para el diagnóstico de leucemias. En relación al sistema de información basado en REDCap del Hospital Universitario Nacional, (organización del sistema de bases de datos de muestras biológicas pertenecientes a bio-bancos), se espera llegar a un nivel de maduración 5, en el que se completará el proceso de validación. Objetivo del programa: Articular una red internacional de investigación en Inmunología y Medicina Traslacional (I&MT) coordinada desde el Hospital Universitario Nacional de la Universidad Nacional de Colombia (universidad Ancla) conformada por científicos nacionales y extranjeros de cinco Universidades nacionales y varias extranjeras quienes, con el concurso de profesores, estudiantes de pre- y posgrado de ocho facultades de medicina nacionales, implementarán en Colombia un programa de Medicina Traslacional. Resumen ejecutivo: En países desarrollados, durante los últimos cinco años los avances de la Medicina Traslacional (MT) (los progresos de la investigación en el laboratorio aplicados al manejo del paciente en la práctica clínica), se han venido materializando en distintas formas de medicina personalizada. Los progresos inobjetables de la MT en el manejo del cáncer para citar un ejemplo, se han dado gracias al trabajo de científicos que, desde la academia, interactúan con actores del sector productivo y del estado en el marco de alianzas Universidad-Empresa-Estado. Los avances de la MT en el primer mundo contrastan con el desarrollo incipiente de esta disciplina en nuestro medio y pone de manifiesto la brecha creciente entre el grado de desarrollo científico y tecnológico de estos países con el de Colombia. La MT en nuestro medio tiene un desarrollo incierto debido al rezago científico y tecnológico de nuestro país y al limitado desarrollo de proyectos de I+D+i en salud. La inversión del estado colombiano en proyectos I+D+i en salud es insuficiente para disminuir la brecha en materia de MT y no ha habido éxito en la consolidación de equipos de trabajo multidisciplinario de investigadores que optimicen la capacidad instalada de laboratorios de investigación (concentrada en



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Universidades y ausente en las empresas del sector productivo), para poner al alcance de la población los avances de la medicina personalizada. La MT brinda una gran oportunidad a científicos en las Universidades de trabajar en asociación con empresas del sector productivo para adelantar proyectos en I+D+i en salud. A pesar del desarrollo incierto de la MT en Colombia, el país cuenta con un número importante de grupos de investigación que trabajan en cáncer y enfermedades infecciosas, que organizados en una red de investigación podrían contribuir en el mediano plazo a la implementación de nuevas herramientas diagnósticas y tratamientos de medicina personalizada en nuestro medio. El presente programa persigue articular una red internacional de investigación en Inmunología y MT (I&MT) en la que más de 40 investigadores nacionales y extranjeros desarrollaran en cuatro años 14 proyectos de investigación Traslacional. Con el fin de preparar al país para el desafío de poder captar los desarrollos permanentes de la I&MT en el mundo, el fundamento científico de la investigación Traslacional de estos 14 proyectos será incorporado al currículo de los estudiantes de pre-grado de ocho facultades de medicina y pos-grados en ciencias biológicas de cinco Universidades Colombianas: dos Universidades acreditadas (la Universidad Nacional UN y Universidad El Bosque (UEB) y tres no acreditadas (la Fundación Universitaria de Ciencias de la Salud (FUCS) y las Universidades Cooperativa de Colombia (UCC) y La Universidad Surcolombiana (USCO)), las cuales han conformado una alianza para el desarrollo del presente Programa. El Objetivo General del Programa es Articular una red internacional de investigación en Inmunología y Medicina Traslacional (I&MT) coordinada desde el Hospital Universitario Nacional de la Universidad Nacional de Colombia (universidad Ancla) conformada por científicos nacionales y extranjeros de cinco Universidades nacionales y varias extranjeras quienes, con el concurso de profesores, estudiantes de pre- y posgrado de ocho facultades de medicina nacionales, implementarán en Colombia un programa de Medicina Traslacional. Los Objetivos Específicos son (i) Implementar la identificación de marcadores celulares, moleculares y genéticos y su uso para el diagnóstico y monitoreo del cáncer y enfermedades infecciosas, (ii) Utilizar vacunas personalizadas para la inmunoterapia del cáncer y enfermedades infecciosas y (iii) Ejecutar un plan de fortalecimiento inter-institucional, diseñado atendiendo estándares de educación superior de alta calidad, que facilite tanto la gobernabilidad de la Red de Investigación como la apropiación social del conocimiento generado dentro de ella y que favorezca el mejoramiento de indicadores dentro del proceso de acreditación de alta calidad en educación superior de las Universidades participantes en el Programa. Las actividades programadas para alcanzar estos objetivos nos permitirán mostrarle al país un modelo secuencial de investigación Traslacional en cáncer, que inicia en el laboratorio con la identificación de bio-marcadores útiles para el diagnóstico y monitoreo del cáncer, pasa por la identificación en el laboratorio de nuevos agentes naturales y sintéticos con actividad anti-tumoral y termina en la clínica con el uso de los bio-marcadores para el monitoreo del paciente con cáncer y el uso de neo-antígenos para la producción de vacunas personalizadas para la inmunoterapia de pacientes con cáncer. El desarrollo del presente programa favorecerá distintos aspectos necesarios para la implementación de la medicina personalizada en Colombia como son: (i) la vinculación de pacientes a ensayos pre-clínicos y clínicos; (ii) la creación de repositorios de especímenes humanos y cepas bacterianas con fines de medicina personalizada; (iii) la creación de un “spin-off” para la producción de antígenos sintéticos y células dendríticas autólogas como vacuna para la inmunoterapia del cáncer; (iv) la articularán de los planes de trabajo de profesores y estudiantes de posgrado de 12 grupos de investigación nacionales quienes adelantarán 14 proyectos de investigación Traslacional y (v) la incorporación de los fundamentos científicos de la MT al currículo mediante la creación de cuatro cursos inter-institucionales en las áreas de: INMUNOLOGIA; VIROLOGIA; ONCOLOGIA y BASES MOLECULARES DE LA VIRULENCIA EN BACTERIAS. La red contará con la participación de investigadores internacionales de varias universidades internacionales (Universidad de Washington, Saint Louis MO; la Universidad Estatal de Louisiana, New Orleans LA; y la Universidad de Pittsburgh, Pittsburgh PA, en los Estados Unidos de América y la Universidad de Lausana en Suiza). Las cuales favorecerán 12 movilidades internacionales de profesores y Posdocs quienes se entrenaran allí e implementarán luego en sus grupos de



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investigación nacionales tecnologías de punta y los avances recientes de la investigación Traslacional en I&MT. Esta alianza cuenta con el apoyo de tres entidades del sector productivo: la Corporación Hospital Universitario Nacional y la Fundación Salud de los Andes (FSA). La articulación del trabajo de todos será armonizada con la docencia al tenor de un programa de fortalecimiento intra- e inter-institucional acordado entre todos los actores del programa supervisado por un grupo de expertos especializado en educación superior quienes además de proyectar los fundamentos científicos de la I&MT al currículo, cooperará con la gobernanza de la red de investigación. En el marco de este Programa se generarán los siguientes productos académicos: la creación de cuatro cursos en las áreas de (inmunología, virología, oncología y biología molecular de bacterias), la vinculación de 20 estudiantes de Doctorado y la graduación de 31 estudiantes con grado de Maestría; se publicarán al menos 52 artículos en revistas internacionales indexadas. Lo anterior será facilitado por “un banco” de 65 Doctores que hacen parte de la red (ver conformación del equipo de trabajo), tres Programas de Doctorado en Ciencias Biomédicas, un Doctorado en Oncología y una Maestría en Inmunología ofrecidas actualmente por las IES participantes. Entre otros productos se identificarán algunos bio-marcadores útiles para el monitoreo de distintos tipos de cáncer, se producirán vacunas personalizadas para la inmunoterapia de pacientes con cáncer de mama; se evaluará la utilidad de varios agentes naturales y sintéticos para la producción de vacunas basadas en células tumorales de ovario (como antígeno) y células dendríticas autólogas (como adyuvante) para una terapia 100% personalizada del cáncer; se creará el laboratorio de I&MT en el HUN y un “spin-off” Universidad-Empresa entre la UN y la FSA para la producción de moléculas sintéticas en condiciones GMP para inmuno-terapia. Se proyecta el registro de tres (3) patentes relacionadas con: productos naturales con actividad anti-tumoral, y una plataforma para la identificación, diseño y uso de neo-antígenos tumorales como vacuna. Proyectos:

# Titulo proyecto Objetivo general

1

Detección genómica de características bacterianas en enterobacterias productoras de carbapenemasas (EPC) y Staphylococcus aureus resistentes a meticilina (SARM) en pacientes provenientes de UCI y Unidad Hematoncológica. Jinnethe Reyes y Lorena Díaz (UEB)

Evaluar el impacto de la colonización por EPC y SARM en el desarrollo de infección en pacientes hospitalizados en unidades de cuidado intensivo y hemato-oncología de hospitales de alta complejidad en Colombia.

2

Validación y caracterización de potenciales biomarcadores pronóstico y progresión en pacientes con leucemia linfoblástica aguda Alba Lucia Combita (INC)

Validar el papel de los genes ID1/ID3/IGJ e identificar nuevos potenciales biomarcadores con valor predictivo y pronóstico en pacientes con leucemia linfoblástica aguda y caracterizar el papel biológico de los potenciales biomarcadores propuestos en la leucomogénesis así como su potencial uso como blanco terapéutico.

3

Evaluación de microRNAs en condiciones de la supresión del crecimiento de células cancerosas: una aproximación desde la medicina de precisión hacia la predicción, la prevención, diagnóstico y tratamiento del cáncer Luis Alberto Gómez Grosso (INS)

Evaluar la expresión diferencial de microRNAs y establecer potenciales redes funcionales con los mRNAs asociados con la reversión del crecimiento de las células cancerosas.

4

Establecimiento del perfil de microRNAs circulantes para diagnóstico temprano de cáncer de mama en paciente colombianos Laura Fernanda Cifuentes Cardona (UCC)

Establecer un perfil de micro RNAs circulantes para la detección temprana de cáncer de mama en pacientes colombianos



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5

Exoma de Cáncer Gástrico en Nariño: Identificación de Biomarcadores para el Tratamiento de la Enfermedad Carol Yovana Rosero Galindo (UCC)

Caracterizar el exoma de pacientes diagnosticados con adenocarcinoma gástrico de tipo esporádico en el departamento de Nariño.

6

Caracterización cuantitativa y funcional de biomarcadores pronóstico de progresión en tumor de ovario y su rol en la interacción con la célula estromal Luz Dary Gutiérrez Castañeda (FUCS)

Identificar biomarcadores relacionados con la proliferación celular y quimioresistencia de células tumorales y líquido ascítico extraídos de pacientes con diagnóstico de cáncer de ovario

7

Biomarcadores asociados a funciones stem relacionados con agresividad tumoral en cáncer de seno Jean Paul Vernot (UNAL)

Caracterizar fenotípica- y funcionalmente las células presentes en las mamoesferas de líneas celulares de cáncer de seno inducidas por IL-6 e IL-8 con el fin de determinar el impacto del microambiente tumoral en la adquisición de estas propiedades, y de identificar biomarcadores de funciones stem.

8

Implementación y validación de protocolos de inmunofenotipificación mediante citometría de flujo multiparamétrica y sistemas automatizados para el diagnóstico y seguimiento clínico de pacientes con leucemias Lucy Gabriela Delgado (UNAL)

Implementar y validar en el Hospital Universitario Nacional de Colombia (HUN) los protocolos EuroFlow para el diagnóstico y pronóstico de pacientes con leucemia, mediante análisis automatizados.

9

Cuantificación automática del grado de severidad de la patología gástrica mediante morfometría de láminas virtuales de hematoxilina-eosina e inmunohistoquímica Eduardo Romero Castro (UNAL)

Diseñar un método de cuantificación de la lesión gástrica en placas histopatológicas mediante la correlación morfométrica entre las preparaciones de Hematoxílina-Eosina (H&E) e inmunohistoquímica (IHQ).

10

Immunosurveillance of the lung by NKs prevents idiopatyc pulmonary fibrosis (IPF) Mauricio Rojas (U. Pittsburgh)

To identify molecular and cellular markers of immunosenescence of lung NKs associated to aging and IPF.

11

Evaluación in vitro de un péptido quimérico inhibidor específico de la proteína quinasa c (PKC) en células de pacientes pediátricos con leucemia linfoide aguda de precursores B Jean Paul Vernot (UNAL)

Determinar la capacidad inhibitoria de un péptido quimérico (HKPS) inhibidor de la PKC en el crecimiento de células leucémicas de pacientes con LLA de precursores B y en la función de supervivencia que ejercen las células estromales.

12

Uso de células tumorales para el diseño de vacunas personalizadas contra el cáncer de ovario y leucemia Carlos Alberto Parra-López (UNAL)

Evaluar el uso de células tumorales como fuente de antígenos en vacunas personalizadas contra el cáncer de ovario y leucemia utilizando células dendríticas como adyuvante.

13

Inmunoterapia con vacunas sintéticas personalizadas en pacientes con cáncer de mama triple negativo Carlos Alberto Parra-López (UNAL)

Evaluar la inmunogenicidad y seguridad de vacunas basadas en péptidos sintéticos útiles para la inmunoterapia en pacientes con cáncer de mama.



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Medicina personalizada para el tratamiento de la tuberculosis MDR: identificación y diseño de antígenos sintéticos y células dendríticas autólogas como vacuna para la inmunoterapia de la tuberculosis MDR Marta Murcia Aranguren (UNAL)

Identificar epítopes inmunodominantes existentes en cepas de Mycobacterium tuberculosis genotipo Beijing-like circulantes en Colombia, que puedan ser usados como vacunas personalizadas

Monto a solicitar: $ 17.997.650.367- pesos. Entidades participantes:

1. Universidad Nacional de Colombia (UNAL) (ANCLA) 2. Universidad El Bosque (UEB) (Acreditada) 3. Universidad Cooperativa de Colombia (UCC) (No Acreditada) 4. Universidad Surcolombiana (USCO) (No Acreditada) 5. Fundación Universitaria de Ciencias de la Salud (FUCS) (No Acreditada) 6. Universidad de Washington en Saint Louis MO. EE. UU. (Puesto 25 ARWU) 7. Universidad de Pittsburgh, Pittsburgh PA, EE. UU. (Puesto 70 ARWU) 8. Universidad de Lausana (Internacional – Suiza). 9. Universidad Estatal de Louisiana (Internacional – EEUU) 10. Corporación Hospital Universitario Nacional (HUN) 11. Instituto de Genética, Universidad Nacional de Colombia. 12. Fundación Salud de los Andes (FSA) 13. Clínica del Seno 14. Oncocare 15. Hospital El Tunal 16. Instituto Nacional de Cancerología (INC) 17. Instituto Nacional de Salud (INS) 18. Fundación Instituto de Inmunología de Colombia (FIDIC) 19. Merck Sharp & Dohme Corp. (Empresa multinacional) 20. H. Lee Moffitt Cancer Center & Research Institute (Internacional – EEUU) 21. Hospital de la Misericordia (HOMI) 22. Universidad del Valle 23. Universidad de Antioquia 24. Facultad de Medicina Clínica Alemana Universidad del Desarrollo (Internacional - Chile) 25. Hospital Universitario Departamental de Nariño 26. Centro Integral Oncológico Colombiano 27. Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey (Internacional – México) 28. Pontificia Universidad Javeriana



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2. COMPONENTE TÉCNICO Y CIENTÍFICO Información del programa Título: Articulación de una Red Internacional de Investigación en Inmunología y Medicina Traslacional (I&MT) desde el Hospital Universitario Nacional – HUN: “Investigación, Salud y Educación con Equidad”. Foco estratégico: Salud Nivel de Madurez Tecnológica: Con el desarrollo del programa se pretende llegar a un nivel de madurez tecnológica 7 a 8, en relación a la disponibilidad de terapias personalizadas (uso de péptidos con células dendríticas autólogas para inmunoterapia del cáncer). En relación al servicio de diagnóstico clínico por citometría de flujo, se espera llegar a un nivel de madurez tecnológico de 6, del cual se haya determinado la especificidad y sensibilidad de las pruebas de inmuno-monitoreo del paciente con cáncer en comparación con Euroflow® para el diagnóstico de leucemias. En relación al sistema de información basado en REDCap del Hospital Universitario Nacional, (organización del sistema de bases de datos de muestras biológicas pertenecientes a bio-bancos), se espera llegar a un nivel de maduración 5, en el que se completará el proceso de validación. Duración: 48 meses Lugar de ejecución: En Colombia, este Programa se adelantará en departamentos donde operan ocho facultades de medicina de 5 IES colombianas y sus áreas de influencia: En la ciudad de Bogotá D. C., Departamento de Cundinamarca (55%):

• Facultad de Medicina, Universidad Nacional de Colombia (UNAL) (30%). • Facultad de Medicina, Universidad El Bosque (UEB) (20%). • Facultad de Medicina, Fundación Universitaria de Ciencias de la Salud (FUCS) (5%).

Universidad Cooperativa de Colombia (UCC) (12%).

• En la ciudad de Pasto, Departamento de Nariño: Facultad de Medicina, Universidad Cooperativa de Colombia, Sede Nariño (6%).

• En la ciudad de Medellín, Departamento de Antioquia: Facultad de Medicina, Universidad Cooperativa de Colombia, Sede Medellín (2%).

• En la ciudad de Villavicencio, Departamento del Meta: Facultad de Medicina, Universidad Cooperativa de Colombia, Sede Villavicencio (2%).

• En la ciudad de Santa Marta, Departamento del Magdalena: Facultad de Medicina, Universidad Cooperativa de Colombia, Sede Santa Martha (2%).

Universidad Surcolombiana de Colombia (USCO), ciudad de Neiva, Departamento del Huila (9%):



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• Facultad de Educación (5%). • Facultad de Medicina (4%).

Universidades Extranjeras (24%):

• Universidad de Washington, Saint Louis., MO. Estados Unidos de América (6%) • Universidad de Pittsburgh, Pittsburgh., PA. Estados Unidos de América (6%) • Universidad de Lausana, Suiza (5%) • Universidad Estatal de Luisiana, New Orleans., LA. Estados Unidos de América (3%) • Universidad de Texas, Houston., TX. Estados Unidos de América (2%) • H. Lee Moffitt Cancer Center (2%)

Director científico del programa: Carlos Alberto Parra-López MD., PH.D. Profesor Titular Departamento de Microbiología Facultad de Medicina Universidad Nacional de Colombia



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Conformación del equipo de trabajo:

Nombres Formación Líneas de Actuación Grupo de Investigación

Temática /Experiencia en

Investigación

Enlace Cvlac


CARLOS ALBERTO PARRA LÓPEZ Doctorado

1. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica – Inmunología

2. Ciencias Médicas y de la Salud -- Biotecnología en Salud -- Biotecnología Relacionada con la Salud

3. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biología Celular y Microbiología

4. Ciencias Médicas y de la Salud -- Ciencias de la Salud -- Enfermedades Infecciosas

Inmunología y Medicina

Traslacional (COL0100636)

Ciencias Médicas y de la Salud CVLac

MARTHA ISABEL MURCIA

ARANGUREN Doctorado Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biología

Celular y Microbiología MICOBAC UN (COL0078428)

Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas CVLac

EDUARDO ROMERO Doctorado Ingeniería y Tecnología -- Ingeniería Médica -- Ingeniería

Médica CIM@LAB

(COL0127129)

Ingeniería y Tecnología -

Ingeniería Médica CVLac

CARLOS GUERRERO Doctorado

1. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Bioquímica y Biología Molecular

2. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Otras Biologías

3. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Genética y Herencia

4. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biología (Teórica, Matemática, Criobiología, Evolutiva)

Biología Molecular del Virus

(COL0000989)


JEAN PAUL VERNOT Doctorado



3. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica -- Fisiología (Incluye Citología)

Fisiología Celular y Molecular

(COL0044045)


LUCY GABRIELA DELGADO Doctorado

1. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica -- Farmacología y Farmacia

2. Ciencias Médicas y de la Salud -- Ciencias de la Salud – Parasitología




6. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Clínica -- Medicina General e Interna

7. Ciencias Médicas y de la Salud -- Ciencias de la Salud -- Salud Pública

Grupo de investigación en

Inmunotoxicología-UNAL

(COL0068495)


ALBA LUCIA COMBITA Doctorado

1. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Clínica – Oncología




5. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas – Virología 6. Ciencias Médicas y de la Salud -- Ciencias de la Salud --

Enfermedades Infecciosas 7. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Clínica --

Hematología

Biología en Cáncer (COL0008629)

Ciencias Médicas y de la Salud --

Medicina Básica CVLac

http://scienti.colciencias.gov.co:8081/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0000259942









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GONZALO HUMBERTO ARBOLEDA

BUSTOS

Doctorado


2. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica -- Genética Humana

3. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica – Neurociencias


Muerte Celular (COL0024006)


Medicina Clínica CVLac

LUIS FERNANDO NIÑO VÁSQUEZ Doctorado Ciencias Naturales -- Computación y Ciencias de la

Información -- Ciencias de la Computación

Laboratorio en Investigación en

Sistemas inteligentes- LISI

(COL0025148)

Ciencias Naturales -- Computación y Ciencias de la Información

CVLac

MANUEL ELKIN PATARROYO Doctorado

1. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Bioquímica y Biología Molecular.


3. Ciencias Naturales -- Ciencias Químicas -- Química Orgánica

4. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas – Biofísica 5. Ciencias Médicas y de la Salud -- Ciencias de la Salud --

Parasitología

Fundación Instituto de

Inmunología de Colombia - FIDIC

(COL0036778)

Ciencias Naturales- Ciencias Biológicas- Ciencias Químicas-

Bioquímica y Biología Molecular-

Biofísica- Parasitología-

Ciencias Médicas y de la Salud

CVLac

MANUEL ALFONSO

PATARROYO Doctorado




Fundación Instituto de

Inmunología de Colombia - FIDIC

(COL0036778)

Ciencias Naturales- Ciencias Biológicas-

Bioquímica y Biología Molecular-

Parasitología-Ciencias Médicas y

de la Salud

CVLac

JUAN JOSÉ YUNIS Maestría


2. Ciencias Médicas y de la Salud -- Otras Ciencias Médicas – Forénsicas

3. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Clínica – Trasplantes


5. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica – Patología

6. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica -- Neurociencias

Patología Molecular

(COL0014574)

Ciencias Médicas y de la Salud-

Genética Humana- Forénsicas- Trasplantes- Patología-

Neurociencias

CVLac

RAFAEL ENRIQUE TEJADA CABRERA

Especialidad Médica

Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Clínica -- Andrología

Inmunología y Medicina

Traslacional (COL0100636)

Ciencias Médicas y de la Salud- Andrología

CVLac

ANGEL YOBANY SANCHEZ

MERCHAN


1. Ingeniería y Tecnología -- Ingeniería Médica -- Ingeniería Médica

2. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica -- Anatomía y morfología



(COL0014574)

Ingeniería y Tecnología.

Ingeniería Médicas- Ciencias Médicas y

de la Salud- Anatomía y morfología-

Medicina General e Interna

CVLac

ORLANDO RICAURTE

GUERRERO Doctorado Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica --

Patología


(COL0014574)

Patología Molecular-Patología

Molecular del Cáncer- Patología

Digestiva

CVLac

BERNARDA JINNETH ACOSTA Doctorado

1. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica – Patología

2. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica -- Anatomía y morfología


(COL0014574)

Cáncer Gástrico- Patología

Oncológica- Cáncer de Colon

CVLac












Página 14

LUIS ALBERTO GOMEZ GROSSO Doctorado





5. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Clínica -- Otros Temas de Medicina Clínica

Fisiología Molecular

(COL0005136)


HERNANDO GUILLERMO

GAITAN Doctorado

1. Ciencias Médicas y de la Salud -- Ciencias de la Salud -- Salud Pública


Evaluación de Tecnologías y

Políticas en Salud (COL0003964)


RICARDO SÁNCHEZ PEDRAZA

Especialidad Clínica/Maestría

1. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Clínica – Psiquiatría


Investigaciones Clínicas en Cáncer

(COL0028444)



RODRIGO PARDO TURRIAGO

Especialidad Clínica/Maestría

1. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Clínica -- Otros Temas de Medicina Clínica

2. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Clínica -- Neurología Clínica

3. Ciencias Médicas y de la Salud -- Ciencias de la Salud – Epidemiología


5. Ciencias Médicas y de la Salud -- Ciencias de la Salud -- Políticas de Salud y Servicios

Investigaciones Clínicas en Cáncer

(COL0028444)



ORLANDO CHAPARRO

GARZÓN Doctorado

1. Ciencias Médicas y de la Salud -- Otras Ciencias Médicas -- Otras Ciencias Médicas


3. Ciencias Médicas y de la Salud -- Biotecnología en Salud -- Tecnologías para la Manipulación de Células, Tejidos, Órganos o el Organismo (Reproducción Asistida)

Biología de Células Madre


ORLANDO ACOSTA LOSADA Doctorado Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Virología Ciencias Naturales Biología Molecular

del Virus CVLac

HUMBERTO ARBOLEDO GRANADOS

Maestría



3. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biología del Desarrollo




Grupo de Neurociencias CVLac

ENRICO NASI LIGNAROLO Doctorado

1. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas – Biofísica 2. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica –

Neurociencias 3. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica --

Fisiología (Incluye Citología)

Ciencias Naturales Neurofisiología Celular CVLac

MARIA DEL PILAR GÓMEZ CORREO

Doctorado (Post-doctorado)

1. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas – Biofísica 2. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica –

Neurociencias 3. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica --

Fisiología (Incluye Citología)

Ciencias Naturales Neurofisiología Celular CVLac

VLADIMIDIR CORREDOR

ESPINEL





Ciencia Médicas y de la Salud

Grupo Inmunología Evolutiva e

Inmunogenética CVLac













Página 15

CARLOS ARTURO CLAVIJO RAMÍREZ

Doctorado Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biología Celular y Microbiología Ciencias Naturales

Modelamiento y Control de Sistemas

Biológicos CVLac

LUIS FERNANDO CADAVID

GUTIERREZ




3. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biología Marina y del Agua


5. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Zoología, Ornitología, Entomología, Ciencias Biológicas del Comportamiento

Ciencias Naturales Grupo Inmunología

Evolutiva e Inmunogenética

CVLac

NUBIA ESTELA MATTA

CAMACHO Doctorado

1. Asociación de Morfología y Datos Moleculares para el Diagnóstico de Hemoparásitos

2. Estandarización de metodologías moleculares para determinar hábito alimenticio en potenciales vectores,

3. Marcadores moleculares para la identificación de sexo en chigüiros y aves

4. Hemoparásitos aviares en Colombia, 5. Importancia del tamaño de la vacuola parasitofora en

la infección generada por Leishmania sp., 6. Identificación molecular de especies de vida silvestre, 7. Identificación de vector para Leucocytozoon, 8. Ecoinmunología,

Ciencias Naturales Caracterización

Genética e Inmunología

CVLac

MARÍA MARCELA CAMACHO NAVARRO

Doctorado

1. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas – Biofísica 2. Ciencias Médicas y de la Salud -- Ciencias de la Salud -

- Salud Pública 3. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biología

Celular y Microbiología 4. Ciencias Médicas y de la Salud -- Ciencias de la Salud -

- Parasitología

Ciencias Naturales Biofísica y Biología de Membranas CVLac

ISMENA VILTE ONA MOCKUS

SIVICKAS


Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Clínica -- Medicina General e Interna


Nutrición y Hormonas CVLac

JORGE EDUARDO CAMINOS PINZÓN

Doctorado

1. Ciencias Médicas y de la Salud -- Ciencias de la Salud -- Nutrición y Dietas

2. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Básica -- Fisiología (Incluye Citología)

3. Ciencias Médicas y de la Salud -- Medicina Clínica -- Endocrinología y Metabolismo (Incluye Diabetes y Trastornos Hormonales)


Endocrinología y Nutrición Básica CVLac

LUIS CUCA SUAREZ Doctorado Ciencias Naturales -- Ciencias Químicas -- Química

Orgánica Ciencias Naturales

Estudio Química y de Actividad Biológica de Rutaceae y

Myristicaceae colombianas

CVLac

JAVIER EDUARDO ROSAS PÉREZ Doctorado


2. Ciencias Médicas y de la Salud -- Biotecnología en Salud -- Biomateriales (Relacionados con Implantes, Dispositivos, Sensores)

3. Ingeniería y Tecnología -- Nanotecnología -- Nanoprocesos (Aplicaciones a Nanoescala)


Sistemas para Liberación

Controlada de Moléculas

Biológicamente Activas

CVLac

MAURICIO URQUIZA

MARTINEZ Doctorado

1. Ciencias Naturales -- Ciencias Químicas -- Química Física 2. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Biofísica

Ciencias Naturales Fisicoquímica Orgánica CVLac

JAVIER EDUARDO GARCIA

CASTAÑEDA Doctorado

1. Ciencias Naturales -- Ciencias Químicas -- Química Orgánica



Ciencias Naturales Síntesis y aplicación

de moléculas peptídicas

CVLac













Página 16

FABIO ANCÍZAR ARISTIZÁBAL GUTIÉRREZ

Doctorado






Farmacogenética del Cáncer CVLac

ANDRÉS MAURICIO

PINZÓN VELASCO Doctorado




4. Ciencias Médicas y de la Salud -- Biotecnología en Salud -- Tecnología para la Identificación y Funcionamiento del ADN, Proteínas y Encimas y como Influencian la Enfermedad)

Ciencias Naturales

Grupo de Investigación en Bioinformática y

Biología de Sistemas

CVLac

ADRIÁN GABRIEL SANDOVAL

HERNANDEZ Doctorado


2. Ciencias Naturales -- Ciencias Biológicas -- Métodos de Investigación en Bioquímica


Ciencias Médicas y de la Salud Muerte Celular CVLac



Investigación

Enlace Cvlac

UNIVERSIDAD DEL BOSQUE

GLORIA NATASHA VANEGAS GÓMEZ Doctorado

1. Caracterización molecular de los mecanismos de resistencia a antibióticos en bacterias. 2. Estudio de factores de virulencia y elementos genéticos móviles bacterianos. 3. Estudio del sistema de dos componentes de Enterococcus gallinarum en la resistencia a glicopéptidos 4. Estudios estructurales y funcionales de VanT: Una proteína necesaria para la resistencia a vancomicina en enterococos 5. Infección de Células endoteliales con enterococos clínicos 6. Investigación de la prevalencia de resistencia a antibióticos en bacterias Gram positivas en Colombia 7. Resistencia a macrólidos en Staphylococcus aureus y Staphyloccocci coagulasa negativo (SCN) provenientes de aislamientos colombianos

Laboratorio de Genética

Molecular Bacteriana

(COL0012542)

Ciencias de la Salud

CVLac

JAVIER ANTONIO ESCOBAR PÉREZ Maestría CVLac

JACQUELINE CHAPARRO

OLAYA Doctorado

1.- Aplicación de técnicas moleculares en el estudio de enfermedades infecciosas. 2.- Blancos quimioterapéuticos en Plasmodium y mecanismos moleculares de resistencia a antimaláricos. 3.- Estrategias de invasión de Apicomplexa. 4.- Parasitosis intestinales.

Laboratorio de Parasitología

Molecular (COL0056725)

Medicina Básica CVLac

SANDRA VARGAS CRUZ Maestría 1. Ciencias Sociales y Salud

2. Epidemiología y Análisis de Situación de Salud 3. Política y Gestión en Salud 4. Salud Familiar, Medicina Familiar y Atención Primaria en Salud

Medicina Comunitaria

Universidad El Bosque

(COL0044555)


CVLac

MONICA GABRIELA

HUERTAS VALERO Doctorado CVLac











Página 17

ALEXANDRA PORRAS RAMÍREZ Doctorado CVLac

DIANA MARIA CÁRDENAS ZULUAGA

Maestría 1. Epidemiología Genómica en Cáncer 2. Genética Médica 3. Malnutrición

Nutrición, Genética y

Metabolismo (COL0101651)

Medicina Clínica

CVLac

SANDRA PAOLA PERDOMO VELASQUEZ

Doctorado CVLac

MARIA VIRGINIA VILLEGAS BOTERO Maestría

1. Resistencia antimicrobiana en enterococos y estafilococos 2. Educación continuada 3. Epidemiología molecular en Staphylococcus aureus y enterococos 4. Virulencia y genética molecular bacteriana de enterococos y estafilococos 5. Resistencia antimicrobiana en aislamientos bacterianos provenientes de animales

UGRA (COL0074821) Medicina Clínica

CVLac

DIANA PANESSO BOTERO Doctorado CVLac

JINNETHE CRISTINA REYES

MANRIQUE Doctorado CVLac

SANDRA LILIANA RINCÓN NUÑEZ Maestría CVLac

SANDRA LORENA DÍAZ ORTIZ Doctorado CVLac

CESAR AUGUSTO ARIAS

HERNÁNDEZ Doctorado CVLac

MARÍA CONSUELO ROMERO SÁNCHEZ

Doctorado

1. Biotecnología 2. Inmunogenética 3. Medicina oral y periodontal 4. Microbiología Oral 5. Regeneración tisular & células stem en Odontología

Uibo (COL0012499)

Otras Ciencias Médicas

CVLac

SANDRA JANNETH PERDOMO LARA Doctorado CVLac

MIGUEL HERNANDO

PARRA AVILA Maestría CVLac

DIEGO FERNANDO GUALTERO ESCOBAR

Maestría CVLac

ELIANA PATRICIA CALVO TAPIERO Doctorado 1. Ciencias Naturales- Ciencias Biológicas- Bioquímica y

Biología Molecular. 2. Ciencias Médicas y de la Salud - Ciencias de la Salud - Enfermedades Infecciosas.

Virología (COL0022164) Ciencias de la Salud

CVLac

CAROLINA CORONEL RUIZ Maestría CVLac

MYRIAM LUCÍA VELANDIA ROMERO

Doctorado 1. Apoyo diagnóstico 2. Biotecnología 3. Enfermedades transmitidas por fluidos corporales 4. Patogénesis viral 5. Neurovirología 6. Resistencia Bacteriana

Virología (COL0022164) Ciencias de la Salud

CVLac

JAIME EDUARDO CASTELLANOS

PARRA Doctorado CVLac

FÉLIX GIOVANNI DELGADO TIRIA Maestría CVLac

JORGE MIGUEL OTERO BERNAL

Especialidad Clínica

1.- Experimentos clínicos en salud 2.- Hematología clínica 3.- Oncología Clínica y Traslacional

Oncología (COL0066605) Medicina Clínica

CVLac

ANDRÉS FELIPE CARDONA ZORRILLA

Doctorado CVLac























Página 18

DIANA CAROLINA RUBIO LEÓN Doctorado

1.- Ciencias sociales y Salud Pública 2.- Comunicación y salud 3.- Gestión de la atención en salud 4.- Política y Salud Pública 5.- Salud y ambiente

Complejidad y Salud Pública (COL0122301)

Ciencias de la Salud CVLac

DIANA SUSANA GRANADOS FALLA Doctorado

1.- Respuesta inmune a agentes infecciosos 2.- Inmunoterapia 3.- Inmunotoxicología

Grupo de investigación en

Inmunotoxicología-UNAL

(COL0068495)


CVLac

CAROLINA VIZCAÍNO

SARMIENTO PÉREZ

Doctorado CVLac



Investigación

Enlace Cvlac

UNIVERSIDAD COOPERATIVA DE COLOMBIA

SANDRA MILENA GUAUQUE

OLARTE


1. Genómica y Bioinformática 2. Farmacogenómica 3. Biología Molecular de Enfermedades

Cardiovasculares 4. Vigilancia Tecnológica para la realización de pruebas

diagnósticas 5. Investigación clínica de la estenosis de la válvula

aortica 6. Periodontitis y enfermedades cardiovasculares

GIOD (COL0046237)

BIOINFORMÁTICA. FARMACOGENÓMICA CVLac

LAURA FERNANDA CIFUENTES CARDONA

Doctorado

1. Biología Molecular del Cáncer a. Cáncer de mama b. Cáncer de Cabeza y Cuello

2. Estudio de la variabilidad genética a nivel de DNA en poblaciones humanas

GIOD (COL0046237)

CANCER. BIOLOGÍA MOLECULAR Y GENÉTICA DEL

CANCER. BIOMARCADORES

CVLac

CAROL YOVANNA ROSERO GALINDO Doctorado

1. Biología Molecular 2. Vectores de transmisión de malaria 3. Caracterización genética de Anopheles darlingi 4. Biogenética, procesos bioquímicos y moleculares

asociados al binomio salud-enfermedad 5. Genética de poblaciones 6. Genética evolutiva

Grupo Interdisciplinario de Investigación

en Salud-Enfermedad

(COL0045347)

CANCER. BIOLOGÍA MOLECULAR Y GENÉTICA DEL

CANCER. BIOMARCADORES

CVLac

WILDEMAN ZAPATA BUILES Doctorado

1. Inmunología 2. Inmunovirologia 3. Respuesta inmune y resistencia natural a la infección

viral 4. Biología de la infección por VIH/SIDA y otros virus 5. Enfermedades transmisibles y no transmisibles y su

impacto en la comunidad 6. Salud Pública y Epidemiología

Infettare (COL0112548)

INMUNOLOGÍA Y ENFERMEDADES

INFECCIOSAS CVLac

JUAN CARLOS HERNANDEZ

LOPEZ


1. Inflamación 2. Inmuno-virología Humana 3. Infecciones Oportunistas 4. Biología Molecular del VIH 5. Respuesta inmune en la infección por VIH-1 6. Receptores tipo Toll en infecciones virales

Infettare (COL0112548)


INFECCIOSAS CVLac

MARLEN MARTINEZ GUTIERREZ

Doctorado Virus Tropicales GRICA Clasificación A


INFECCIOSAS CVLac












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JOSE VICENTE ROJAS

CARABALLO Doctorado

1. Expresión y purificación de proteínas recombinantes 2. Caracterización de la respuesta inmune en monos

Aotus 3. Evaluación de la respuesta inmunológica 4. Caracterización del perfil de expresión génica en

infecciones por parásitos 5. Desarrollo de vacunas contra parásitos de afectación

animal y humana 6. Actividad de compuestos naturales frente a

parásitos de afectación humana 7. Síntesis y evaluación de la actividad antiparasitaria

de derivados de esfingolípidos

CIST (COL009842)

INMUNOLOGÍA, ENFERMEDADES INFECCIOSAS y

VACUNAS

CVLac

JOSE ALDEMAR USME CIRO Doctorado Vectores Virales y Terapia Génica CIST

(COL009842) VIROLOGÍA CVLac

CRISTIAN JAVIER FONG REALES Doctorado

Genética Humana a. Hemoglobinopatías b. Marcadores asociados a enfermedades inflamatorias

GIOD (COL0046237)

GENÉTICA DE POBLACIONES APLICADA A

ENFERMEDADES HUMANAS

CVLac

CONSTANZA ELENA DUQUE

VELEZ Doctorado

1. Genética evolutiva 2. Genética de enfermedades humanas

a. Diabetes Mellitus b. Trastorno afectivo Bipolar c. HPV16

GIOM (COL0047889)

GENÉTICA DE POBLACIONES APLICADA A

ENFERMEDADES HUMANAS

CVLac

FRANCISCO JOSE TORRES HOYOS Doctorado 1. Física Nuclear y Aplicaciones Médicas

2. Bioingeniería Neurocognición (COL0052341)

FISICA Y APLICACIONES

MÉDICAS - TUMORES CVLac

ALVARO ANTONIO SANCHEZ

CARABALLO

Doctorado Salud Pública CIENCIAS DE LA SALUD CVLac

Nombres Formación Líneas de Actuación Grupo de

Investigación Temática /Experiencia

en Investigación Enlace Cvlac

UNIVERSIDAD SURCOLOMBIANA

JAIRO ANTONIO RODRIGUEZ RODRIGUEZ

Doctorado

1. Ciencias Médicas y de la Salud- Ciencias de la Salud- Enfermería 2. Ciencias Sociales- Psicología. 3. Ciencias Médicas y de la Salud-Ciencias de la Salud- Salud Pública. 4. Humanidades- Otras historias- Historia de la Ciencia y Tecnología.

Parasitología y Medicina Tropical

(COL0014556)


HENRY OSTOS ALFONSO Maestría

1. Ciencias Naturales- Ciencias Biológicas-Genética y Herencia. 2. Ciencias Médicas y de la Salud- Medicina Clínica- Medicina General e Interna

Laboratorio de Medicina Genómica

(COL0035331)


NELSON ERNESTO LÓPEZ JIMÉNEZ


1. Ciencias Sociales- Ciencias de la Educación- Educación General

Grupo de investigación

PACA (COL0017413)

Investigación Educativa CVLac












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Nombres Formación Líneas de Actuación Grupo de

Investigación Temática /Experiencia

en Investigación Enlace Cvlac

FUNDACIÓN UNIVERSITARIA DE CIENCIAS DE LA SALUD

CARLOS HUGO ESCOBAR SOTO Doctorado

1. Ciencias Naturales- Ciencias Biológicas-Bioquímica y Biología Molecular. 2. Ciencias Médicas y de la Salud- Biotecnología en Salud- Biotecnología Relacionada con la Salud

Ciencias Básicas en Salud (CBS) (COL0122384)


LUZ DARY GUTIÉRREZ CASTAÑEDA

Doctorado

1. Ciencias Médicas y de la Salud- Medicina Básica -Genética Humana 2. Ciencias Médicas y de la Salud- Medicina Clínica- Medicina General e Interna. 3. Ciencias Médicas y de la Salud- Biotecnología en Salud- Biotecnología Relacionada con la Salud. 4. Ciencias Naturales- Ciencias Biológicas- Genética y Herencia.

Ciencias Básicas en Salud (CBS) (COL0122384)


Resumen ejecutivo: En países desarrollados, durante los últimos cinco años los avances de la Medicina Traslacional (MT) (los progresos de la investigación en el laboratorio aplicados al manejo del paciente en la práctica clínica), se han venido materializando en distintas formas de medicina personalizada. Los progresos inobjetables de la MT en el manejo del cáncer para citar un ejemplo, se han dado gracias al trabajo de científicos que, desde la academia, interactúan con actores del sector productivo y del estado en el marco de alianzas Universidad-Empresa-Estado. Los avances de la MT en el primer mundo contrastan con el desarrollo incipiente de esta disciplina en nuestro medio y pone de manifiesto la brecha creciente entre el grado de desarrollo científico y tecnológico de estos países con el de Colombia. La MT en nuestro medio tiene un desarrollo incierto debido al rezago científico y tecnológico de nuestro país y al limitado desarrollo de proyectos de I+D+i en salud. La inversión del estado colombiano en proyectos I+D+i en salud es insuficiente para disminuir la brecha en materia de MT y no ha habido éxito en la consolidación de equipos de trabajo multidisciplinario de investigadores que optimicen la capacidad instalada de laboratorios de investigación (concentrada en Universidades y ausente en las empresas del sector productivo), para poner al alcance de la población los avances de la medicina personalizada. La MT brinda una gran oportunidad a científicos en las Universidades de trabajar en asociación con empresas del sector productivo para adelantar proyectos en I+D+i en salud. A pesar del desarrollo incierto de la MT en Colombia, el país cuenta con un número importante de grupos de investigación que trabajan en cáncer y enfermedades infecciosas, que organizados en una red de investigación podrían contribuir en el mediano plazo a la implementación de nuevas herramientas diagnósticas y tratamientos de medicina personalizada en nuestro medio. El presente programa persigue articular una red internacional de investigación en Inmunología y MT (I&MT) en la que más de 40 investigadores nacionales y extranjeros desarrollaran en cuatro años 14 proyectos de investigación Traslacional. Con el fin de preparar al país para el desafío de poder captar los desarrollos permanentes de la I&MT en el mundo, el fundamento científico de la investigación Traslacional de estos 14 proyectos será incorporado al currículo de los estudiantes de pre-grado de ocho facultades de medicina y pos-grados en ciencias biológicas de cinco Universidades Colombianas: dos Universidades acreditadas (la Universidad Nacional UN y Universidad El Bosque (UEB) y tres no acreditadas (la Fundación Universitaria de Ciencias de la Salud (FUCS) y las Universidades Cooperativa de Colombia (UCC) y La Universidad Surcolombiana (USCO)), las cuales han conformado una alianza para el desarrollo del presente Programa.





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El Objetivo General del Programa es Articular una red internacional de investigación en Inmunología y Medicina Traslacional (I&MT) coordinada desde el Hospital Universitario Nacional de la Universidad Nacional de Colombia (universidad Ancla) conformada por científicos nacionales y extranjeros de cinco Universidades nacionales y varias extranjeras quienes, con el concurso de profesores, estudiantes de pre- y posgrado de ocho facultades de medicina nacionales, implementarán en Colombia un programa de Medicina Traslacional. Los Objetivos Específicos son (i) Implementar la identificación de marcadores celulares, moleculares y genéticos y su uso para el diagnóstico y monitoreo del cáncer y enfermedades infecciosas, (ii) Utilizar vacunas personalizadas para la inmunoterapia del cáncer y enfermedades infecciosas y (iii) Ejecutar un plan de fortalecimiento inter-institucional, diseñado atendiendo estándares de educación superior de alta calidad, que facilite tanto la gobernabilidad de la Red de Investigación como la apropiación social del conocimiento generado dentro de ella y que favorezca el mejoramiento de indicadores dentro del proceso de acreditación de alta calidad en educación superior de las Universidades participantes en el Programa. Las actividades programadas para alcanzar estos objetivos nos permitirán mostrarle al país un modelo secuencial de investigación Traslacional en cáncer, que inicia en el laboratorio con la identificación de bio-marcadores útiles para el diagnóstico y monitoreo del cáncer, pasa por la identificación en el laboratorio de nuevos agentes naturales y sintéticos con actividad anti-tumoral y termina en la clínica con el uso de los bio-marcadores para el monitoreo del paciente con cáncer y el uso de neo-antígenos para la producción de vacunas personalizadas para la inmunoterapia de pacientes con cáncer. El desarrollo del presente programa favorecerá distintos aspectos necesarios para la implementación de la medicina personalizada en Colombia como son: (i) la vinculación de pacientes a ensayos pre-clínicos y clínicos; (ii) la creación de repositorios de especímenes humanos y cepas bacterianas con fines de medicina personalizada; (iii) la creación de un “spin-off” para la producción de antígenos sintéticos y células dendríticas autólogas como vacuna para la inmunoterapia del cáncer; (iv) la articularán de los planes de trabajo de profesores y estudiantes de posgrado de 12 grupos de investigación nacionales quienes adelantarán 14 proyectos de investigación Traslacional y (v) la incorporación de los fundamentos científicos de la MT al currículo mediante la creación de cuatro cursos inter-institucionales en las áreas de: INMUNOLOGIA; VIROLOGIA; ONCOLOGIA y BASES MOLECULARES DE LA VIRULENCIA EN BACTERIAS. La red contará con la participación de investigadores internacionales de varias universidades internacionales (Universidad de Washington, Saint Louis MO; la Universidad Estatal de Louisiana, New Orleans LA; y la Universidad de Pittsburgh, Pittsburgh PA, en los Estados Unidos de América y la Universidad de Lausana en Suiza). Las cuales favorecerán 12 movilidades internacionales de profesores y Posdocs quienes se entrenaran allí e implementarán luego en sus grupos de investigación nacionales tecnologías de punta y los avances recientes de la investigación Traslacional en I&MT. Esta alianza cuenta con el apoyo de tres entidades del sector productivo: la Corporación Hospital Universitario Nacional y la Fundación Salud de los Andes (FSA). La articulación del trabajo de todos será armonizada con la docencia al tenor de un programa de fortalecimiento intra- e inter-institucional acordado entre todos los actores del programa supervisado por un grupo de expertos especializado en educación superior quienes además de proyectar los fundamentos científicos de la I&MT al currículo, cooperará con la gobernanza de la red de investigación. En el marco de este Programa se generarán los siguientes productos académicos: la creación de cuatro cursos en las áreas de (inmunología, virología, oncología y biología molecular de bacterias), la vinculación de 20 estudiantes de Doctorado y la graduación de 31 estudiantes con grado de Maestría; se publicarán al menos 52 artículos en revistas internacionales indexadas. Lo anterior será facilitado por “un banco” de 65 Doctores que hacen parte de la red (ver conformación del equipo de trabajo), tres Programas de Doctorado en Ciencias Biomédicas, un Doctorado en Oncología y una Maestría en Inmunología ofrecidas actualmente por las IES participantes. Entre otros productos se identificarán algunos bio-marcadores útiles para el monitoreo de distintos tipos de cáncer, se producirán vacunas personalizadas para la inmunoterapia de pacientes con cáncer de mama; se evaluará la utilidad de varios agentes naturales y sintéticos para la producción de vacunas basadas en células tumorales de ovario (como antígeno) y células dendríticas autólogas (como adyuvante) para una terapia 100% personalizada del cáncer; se creará el laboratorio de I&MT en el HUN y un “spin-off” Universidad-Empresa entre la UN y la FSA para la producción de moléculas sintéticas en condiciones GMP para inmuno-terapia. Se proyecta el registro de tres



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(3) patentes relacionadas con: productos naturales con actividad anti-tumoral, y una plataforma para la identificación, diseño y uso de neo-antígenos tumorales como vacuna. Palabras claves:

1. MEDICINA PERSONALIZADA 2. AGENTES NATURALES Y SINTÉTICOS CON ACTIVIDAD ANTI-TUMORAL 3. OMICAS CLINICAS 4. VACUNAS TERAPEUTICAS EN CANCER 5. BIOMARCADORES EN CANCER 6. RESISTENCIA BACTERIANA A ANTIBIOTICOS

Planteamiento del problema: En países desarrollados, los avances de la Medicina Traslacional (MT) (los progresos de la investigación en el laboratorio aplicados al manejo del paciente en la práctica clínica), materializados en distintas formas de medicina personalizada son fruto de la investigación traslacional en la que actores del sector productivo y del estado participan en el marco de alianzas Universidad-Empresa-Estado. El avance de la MT en el primer mundo contrasta con su desarrollo incipiente en nuestro medio y nos pone de presente el alto grado de desarrollo científico y tecnológico de países desarrollados con respecto al de Colombia. La MT brinda una gran oportunidad a científicos en las Universidades de trabajar en asociación con empresas del sector productivo para adelantar proyectos en I+D+i. Sin embargo, la inversión del estado colombiano en proyectos en I+D+i en salud ha sido insuficiente y en Colombia la investigación en salud reposa en grupos de investigación que trabajan de manera aislada y no existe el hábito de trabajo en equipo. Por todo lo anterior el desarrollo en nuestro país de la MT es incierto. Consideramos que para aminorar la brecha existente entre países desarrollados y Colombia en materia de desarrollo I+D+i en salud y para poner al alcance de la población colombiana los avances de la medicina personalizada, es necesario incentivar alianzas de grupos multidisciplinarios de investigadores de Universidades nacionales y extranjeras quienes, trabajando en equipo optimicen la capacidad instalada de laboratorios de investigación (concentrados actualmente en las Universidades) y transfieran los resultados de su trabajo a la sociedad dentro de la Estrategia Nacional de Apropiación Social de la Ciencia, la Tecnología y la Innovación según la cual el deber ser de la innovación y la investigación es la apropiación social del conocimiento con impacto en el desarrollo social y económico del país. Análisis situacional: La implementación de investigación en Medicina Traslacional, sobre la cual versa este proyecto, es un verdadero desafío de la medicina del siglo XXI. Este proyecto está enmarcado dentro del plan de desarrollo de la investigación científica del nuevo Hospital Universitario Nacional de la Universidad Nacional de Colombia (HUN). Dentro de los objetivos de la Corporación HUN está brindar a los colombianos una medicina humanizada al alcance de todos (con Equidad) que sea producto de procesos de investigación de alta calidad de los grupos de investigación de la UN. Como parte del proceso se persigue implementar en el mediano plazo un programa de investigación en Medicina Traslacional. Para poner al alcance de la población colombiana los avances necesarios para ofrecer soluciones a problemas de salud de la población, es necesario la consolidación de equipos de trabajo multidisciplinario de investigadores que en asociación con la empresa privada potencien los saberes y optimicen la capacidad instalada de laboratorios de investigación.



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En materia de investigación traslacional, el componente técnico científico del presente programa tiene su énfasis en tres tipos de estudios sobre los que reposan las bases del fundamento actual de algunas modalidades de medicina personalizada:

I. Las ciencias “ómicas” y la biología de sistemas han revolucionado el estudio de la biología. Estas ciencias combinadas brindan hoy un acervo de información que sometido a la “minería de datos” facilitada por los continuos desarrollos bio-informáticos, han permitido avances en el grado de comprensión de la biología y la identificación de bio-marcadores con valor diagnóstico y pronostico en distintos tipos de enfermedades. Es por esto que el uso de ciencias “ómicas” y bio-informatica para la identificación y uso de marcadores con fines de diagnóstico y monitoreo de enfermedades infecciosas (bases genéticas de la multi-drogo-resistencia) y el cáncer (bio-marcadores genéticos, moleculares y celulares), son materia de investigación de los proyectos #1 a #10 del programa.

II. Nuevos diseños y métodos de evaluación de la actividad anti-tumoral de agentes naturales y

sintéticos son necesarios para el descubrimiento de nuevas drogas contra el cáncer (ver proyectos #11 y #12. Muchos productos que exhiben actividad anti-tumoral in vitro no alcanzan los estudios clínicos por su toxicidad in vivo. Sin embargo, el uso de compuestos que inducen de manera eficiente la muerte de células tumorales in vitro quizás brinden la posibilidad de su uso para la producción de células tumorales muertas luego del tratamiento con estos compuestos que sirvan como fuente de antígeno para la inmunoterapia del cáncer. En este Programa, el Proyecto 12 persigue evaluar la utilidad de compuestos naturales con capacidad anti-tumoral in vitro para generar células tumorales que luego de ser co-cultivadas con células dendríticas (adyuvante) in vitro tengan la capacidad de madurar células dendríticas humanas, útiles para la inmunoterapia del cáncer.

III. Medicina personalizada en cáncer. El avance de la investigación en cáncer adelantada en países

desarrollados permite avizorar que en estos países varios tipos de cáncer serán en el mediano plazo enfermedades tratables. Varios tipos de terapia personalizada brindan hoy en día a pacientes con cáncer avanzado periodos libres de enfermedad de varios años. Estos resultados son producto de la implementación de regímenes de inmuno-terapia que, por su alta especificidad, en contraste con terapias convencionales como la quimio- o la radioterapia, no compromete la calidad de vida del paciente tratado. Sin embargo, a pesar de los avances en herramientas diagnósticas y de tratamiento del cáncer en el mundo desarrollado, en nuestro medio el cáncer continúa siendo una importante causa de muerte que va en aumento. El cáncer gástrico recientemente se ha convertido en la tercera causa de muerte de hombres con vida laboral activa y el cáncer de mama es una de las principales causas de muerte de mujeres en Colombia. La alta morbilidad-mortalidad por cáncer en nuestro medio es atribuida a la falta de diagnóstico y tratamiento oportunos; a los altos costos de la atención en salud del paciente con cáncer y al rezago que en materia de investigación en cáncer tiene nuestro país. Con el fin de modificar este escenario en Colombia, en el presente Programa desarrollaremos los proyectos #13 y #14 los cuales representan un verdadero desafío de la Medicina Traslacional aun en países desarrollados. En estos proyectos, la combinación del uso de metodologías ómicas y bioinformáticas nos permitirán la selección de neo-antígenos tumorales (o antígenos de un agente infeccioso), para el diseño de antígenos sintéticos que sumado al uso de células dendríticas autólogas producidas a partir de monocitos del paciente (utilizadas como adyuvante natural) y producidas por la Fundación Salud de los Andes (SOJ IMMUNOLOGY) que están siendo utilizadas en el primer Ensayo Clínico Fase I/II en Colombia para la inmunoterapia del cáncer de mama en una alianza UN-Empresa (FSA) y Colciencias (Anexo_CONTRATO 502), nos permitirá por primera vez ofrecer en nuestro medio el uso de vacunas 100% personalizadas para la inmuno-terapia de cualquier tipo de cáncer y para combatir algunos agentes infecciosos.

En el caso particular del proyecto #13 se producirán vacunas 100% personalizadas para el cáncer de mama triple negativo, un cáncer de alta morbi-mortalidad de la mujer en Colombia. Según el



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Instituto Nacional de Cancerología, a nivel nacional la incidencia de cáncer de mama es de 7.627 casos por 100000 habitantes. Es importante resaltar que la incidencia de los tumores de mama (3106 por 100000 habitantes), es más alta en mujeres que habitan los departamentos: Amazonas, Antioquia, Casanare, Cauca, Caquetá, Cesar, Choco, Guainía, Guaviare, La Guajira, Meta, Nariño, Norte de Santander, Valle del Cauca, Vichada, y Vaupés donde tuvo lugar el conflicto armado. El principio del acceso universal de la población general a los avances de la Medicina Traslacional desde el HUN nos permite asegurar que los logros de este proyecto serían de gran ayuda en un futuro para mejorar la atención de pacientes con cáncer de mama triple negativo a nivel nacional.

Objetivo general: El Objetivo General del Programa es articular una red internacional de investigación en Inmunología y Medicina Traslacional (I&MT) coordinada desde el Hospital Universitario Nacional de la Universidad Nacional de Colombia (universidad Ancla) conformada por científicos nacionales y extranjeros de cinco Universidades nacionales y varias extranjeras quienes, con el concurso de profesores, estudiantes de pre- y posgrado de ocho facultades de medicina nacionales, implementarán en Colombia un programa de Medicina Traslacional. Objetivos específicos:

1. Implementar la identificación de marcadores celulares, moleculares y genéticos y su uso para el diagnóstico y monitoreo del cáncer y enfermedades infecciosas.

2. Utilizar vacunas personalizadas para la inmunoterapia del cáncer y enfermedades infecciosas.

3. Ejecutar un plan de fortalecimiento inter-institucional, diseñado atendiendo estándares de educación superior de alta calidad, que contribuya a la gobernabilidad de la Red de Investigación, a la apropiación social del conocimiento generado dentro de ella y al mejoramiento de indicadores de acreditación de alta calidad en educación superior de las Universidades participantes en el Programa.

Metodología: Para el cumplimiento de los objetivos del Programa se desarrollarán cuatro grupos de actividades necesarias para:

1. La identificación y uso de marcadores para: (i) el monitoreo de resistencia a antibióticos de patógenos responsables de cuadros infecciosos de alta prevalencia en pacientes hospitalizados (patógenos circulantes en los hospitales) y para (ii) el diagnóstico y el monitoreo de pacientes con cáncer.

2. El tamizaje de la actividad anti-tumoral de un polipéptido sintético y evaluación de la utilidad de

varios agentes naturales para la producción de vacunas personalizadas basadas en células tumorales como antígeno y células dendríticas autólogas como adyuvante.

3. La selección de neo-antígenos tumorales para el diseño de vacunas terapéuticas personalizadas para

inmunoterapia, en pacientes con cáncer de mama, utilizando como vacuna células dendríticas pulsadas con neo-antígenos.



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4. La selección de antígenos de Mycobacterium tuberculosis Beijing like (MtBl) y diseño de vacunas terapéuticas personalizadas para inmunoterapia de pacientes con tuberculosis MDR, utilizando como vacuna células dendríticas pulsadas con antígenos exclusivos de MtBl.

5. La coordinación desde la red de los aspectos operativos, de gobernabilidad, de apropiación social

del conocimiento en I+D+i y de educación del Programa. DESCRIPCION DE ACTIVIDADES:

1. Identificación y uso de marcadores para: (i) el monitoreo de resistencia a antibióticos de patógenos responsables de cuadros infecciosos de alta prevalencia en pacientes hospitalizados (patógenos circulantes en los hospitales) y para (ii) el diagnóstico y el monitoreo de pacientes con cáncer.

En el Programa, serán evaluados tres grupos de marcadores: marcadores genéticos, moleculares y celulares. Uso de ciencias OMICAS para la identificación de marcadores GENETICOS. Identificación y uso de marcadores para el monitoreo de resistencia a antibióticos de patógenos responsables de cuadros infecciosos de alta prevalencia en pacientes hospitalizados (patógenos circulantes en los hospitales). Las ciencias OMICAS y la biología de sistemas han revolucionado el estudio de la biología. En este Programa las ciencias OMICAS serán utilizadas en cinco (5) proyectos. La evolución rápida de los sistemas de secuenciación de última generación ha permitido la generación de información nueva proveniente de los genomas. En el proyecto #1_Detección genómica de características bacterianas en Enterobacterias productoras de carbapenemasas (EPC) y Staphylococcus aureus resistentes a meticilina (SARM) en pacientes provenientes de UCI y Unidad Hematoncológica, el grupo UGRA de la Universidad El Bosque liderado por el Dr. Cesar Arias MD, MSc, PhD es líder en Latinoamérica en estudios de resistencia antibiótica y epidemiologia molecular en bacterias Gram positivas específicamente Staphylococcus y Enterococcus desde el año 2000 en Colombia. En este proyecto, el grupo UGRA persigue la identificación en Enterobacterias productoras de carbapenemasas (EPC) y Staphylococcus aureus resistentes a meticilina (SARM), de marcadores genéticos útiles para el monitoreo de infección en pacientes hospitalizados en unidades de cuidado intensivo y hemato-oncología de hospitales de alta complejidad en Colombia, con el fin de determinar la incidencia de colonización de estos microrganismos y evaluación de factores de riesgo. La realización de este proyecto de gran importancia para el programa nacional de control de multi-drogo-resistencia (MDR) de patógenos hospitalarios en grupos de pacientes de alto riesgo, es posible gracias a la amplia experiencia del grupo UGRA en este tipo de estudios y a la robusta infra-estructura de laboratorio y amplia experiencia del personal humano con el que cuenta. Todos los grupos de la red tendrán en el grupo UGRA (coordinado por Laura Días y Jinnet Reyes) guía para la implementación colección y procesamiento de muestras y análisis de datos ómicos. Por su experiencia el grupo colaborará en la interface entre los grupos extranjeros expertos en ómicas de bacterias (Universidad de Houston Texas) y ómicas de células eucariotas (Profesor Jovanny Zabaleta (LSU, New Orleans, LA); y con el Profesor Takis Benos del Departamento de Biología Computacional y de Biología de Sistemas de la Universidad de Pittsburgh), quienes son expertos en análisis de transcriptoma y exoma de células eucariotas. En el marco de la red el grupo UGRA implementara este tipo de análisis útil en los Proyectos #2 a #6 de leucemia, melanoma, cáncer de mama y gástrico los cuales persiguen identificar marcadores GENETICOS con valor diagnóstico y pronóstico en pacientes con estos tipos de cáncer. Así las cosas, este grupo además de ser un referente nacional en este momento para estudios ómicos de bacterias se espera al final del Programa haya implementado análisis ómicas de células eucariotas (exoma,



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transcriptoma). Por la complejidad del recurso humano, infra-estructura de laboratorio y bioinformática necesarios para este tipo de estudios, se espera que el grupo UGRA impacte favorablemente en la reducción de costos de este tipo de análisis en los proyectos #2 a #6. El Proyecto #2 “Validación y Caracterización de Potenciales Biomarcadores Pronóstico y Progresión en Pacientes con Leucemia Linfoblástica Aguda” es presentado por la Profesora Alba Lucia Combita, líder del grupo Biología Celular del Cáncer del Instituto Nacional de Cancerología en Bogotá. En este trabajo la Profesora Combita continua un trabajo previo con el que persigue validar en pacientes con Leucemia Linfoblástica Aguda- B (LLA-B) una firma genética de alta expresión de los genes ID1/ID3/IGJ asociada con la resistencia a la quimioterapia de pacientes tratados, establecida en trabajos previos gracias a la colaboración de su grupo con los grupos de la la Profesora Sandra Quijano de la Pontificia Universidad Javeriana en Bogotá, y el Profesor Jovanny Zabaleta de LSU en New Orleans, LA, EE. UU (Cruz-Rodriguez, Combita et al. 2017). La validación de esta firma genética en un número más amplio de pacientes, confiamos ayude a determinar la estratificación del riesgo en pacientes colombianos con LLA-B en quimioterapia. Gracias a un importante número de Doctores con que cuenta la red (Ver Conformación equipo de trabajo), los proyectos #3 “Evaluación de microRNAs en Condiciones de la Supresión del Crecimiendo de Células Cancerosas: una Aproximación desde la Medicina de Precisión hacia la Prediccción, la Prevención, Diagnóstico y Tratamiento del Cáncer” y #4 “Establecimiento del perfil de microRNAs Circulantes para Diagnóstico Temprano de Cáncer de Mama en Paciente Colombianos” favorecerán el trabajo colaborativo acerca de la implementación de metodologías para la caracterización y cuantificación de microRNAs en dos tipos de tumores (melanoma y mama) propuestos por dos grupos de investigación, uno de Bogotá, del Profesor Luis Alberto Gómez del Instituto Nacional de Salud en Bogotá y el grupo de la Profesora, Laura Fernanda Cifuentes Cardona de la UCC en Pasto, Nariño. Por su parte la Profesora Carol Yovana Rosero Galindo de la UCC en Pasto quien adelantará el Proyecto #5: “Exoma de Cáncer Gástrico en Nariño: Identificación de Biomarcadores para el Tratamiento de la Enfermedad” podrá contar con la colaboración del grupo de los Profesores de la Universidad Nacional en Bogotá: Luis Fernando Niño (Departamento de Ingeniería, Universidad Nacional de Colombia), Luis Fernando Cadavid (Departamento de Biología, Facultad de Ciencias) y Andrés Pinzón (Instituto de Genética, Facultad de Medicina) de la UN, Bogotá, expertos en el análisis bioinformático de exoma y transcriptoma. Además del uso de los marcadores genéticos, dos proyectos del Programa: #6 “Caracterización Cuantitativa y Funcional de Biomarcadores Pronóstico de Progresión en Tumor de Ovario y su Rol en la Interacción con la Célula Estromal” propuesto por la Profesora Luz Dary Gutiérrez Castañeda de la Fundación Universitaria de Ciencias de la Salud (FUCS) y #7 “Biomarcadores Asociados a Funciones Stem Relacionados con Agresividad Tumoral en Cáncer de Seno” propuesto por el Profesor Jean Paul Vernot exploran la identificación de marcadores MOLECULARES con valor pronóstico en pacientes con estos dos tipos de cáncer de la mujer. La identificación de marcadores CELULARES útiles para el diagnóstico y monitoreo de pacientes será evaluada en los proyectos: #8 a #10. El Proyecto #8: “Implementación y Validación de Protocolos de Inmunofenotipificación mediante Citometría de Flujo Multiparamétrica y Sistemas Automatizados para el Diagnóstico y Seguimiento Clínico de Pacientes con Leucemias”, es presentado por el Dr. David Bernal, investigador principal del Grupo de Investigación en Inmuno-Oncología Clínica (GIIOC) de la Fundación Salud de los Andes (FSA, entidad aliada en este proyecto). Este proyecto se realizará en el laboratorio de Medicina Traslacional, unidad de Citometría de Flujo. Contará con la participación de la Profesora Gabriela Delegado directora del Departamento de Farmacia de la Facultad de Ciencias de la UN en Bogotá, de las Dras. Carolina Vizcaino y Diana Granados de la Universidad del Bosque. Este proyecto persigue proyectar el uso de un sistema de inmuno-monitoreo basado en Citometrìa de Flujo, originalmente diseñado para pacientes con cáncer de mama (Bernal-Estevez, Sanchez et al. 2016) (ver Anexo_ARTICULO ENVIADO A BMC cáncer), al cual recientemente el Dr. Bernal le incorporó



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el análisis automatizado de los resultados mediante el uso de programas como SPADE, FLOCK y CITRUS (ver tesis doctoral dirigida por el Profesor Carlos Parra en el Anexo_TESIS DOCTORAL DAVID BERNAL). Con la participación del Dr. Bernal, en este proyecto se da continuidad a la alianza entre la FSA y la Facultad de Medicina de la UN en Bogotá, formalizada mediante convenio de cooperación entre las partes (Anexo_CONVENIO_FM UN-FSA), la cual ha permitido el desarrollo de proyectos de investigación conjuntos dese hace varios años en cuyo marco se han desarrollado una tesis de Doctorado (Laureada), cuatro tesis de Maestría (Meritorias) y dos Trabajos de Grado en Biología; se han formado dos jóvenes investigadores de Colciencias, tres estudiantes en Semilleros de Investigación, han participado 10 estudiantes de Pregrado de la Carrera de Medicina de la UN en Bogotá y se han publicado varios artículos científicos (Parra-Lopez, Bernal-Estevez et al. 2014, Bernal-Estevez, Sanchez et al. 2016, Bernal-Estévez, Tovar et al. 2016). El Proyecto #9 “Cuantificación Automática del Grado de Severidad de la Patología Gástrica mediante Morfometría de Láminas Virtuales de Hematoxilina-Eosina e Inmunohistoquímica” persiguen por primera vez en Colombia la identificación de bio-marcadores celulares morfométricos (ya establecidos en enfermedades neurodegenerativas, por el proponente, el Profesor Romero de la Facultad de Medicina UN, con el uso de microscopia digital automatizada (Rueda, Gonzalez et al. 2014)), en este caso en lesiones precursoras de malignidad (gastritis y metaplasia) del cáncer gástrico, con el fin de prevenir el desarrollo de este tumor que es la primera causa de muerte en Colombia de hombres en edad laboralmente activa y de muy alta incidencia en el Departamento de Nariño. Para desarrollar este trabajo contaremos con el valioso apoyo del Centro de Investigaciones de Enfermedades Digestivas y Nutricionales del Hospital Universitario Departamental de Nariño, en Pasto, Nariño, dirigido por el Dr. Álvaro Bedoya, quien gracias a un proyecto que le fue aprobado por el sistema general de regalías por 11 mil millones de pesos monitoreará periódicamente con biopsia (n=9) un total de cinco mil pacientes en cerca de 52 municipios de Nariño en que el cáncer gástrico tiene alta incidencia (Anexo_Dr. ALVARO BEDOYA, UDENAR). El Proyecto #10 Immunosurveillance of the lung by NKs prevents idiopatyc pulmonary fibrosis (IPF) (Inmunovigilancia del tejido pulmonar por células NK es un factor protector contra la fibrosis pulmonar idiopática (IPF). La vinculación de la Facultad de Medicina de la Universidad de Pittsburgh (University UPMS) representa una importante fortaleza de la Red de Investigación en I&MT. En este programa el Profesor Mauricio Rojas en colaboración del Profesor Carlos Parra proponen adelantar este estudio que consiste en analizar el posible papel de las células NK en el pulmón como posible factor que confiere resistencia al desarrollo de IPF). El Profesor Rojas es Medico egresado de la UN, actualmente se desempeña como Director Científico del Simons Center, un centro especializado en medicina regenerativa adscrito al Departamento de Medicina de UPMS. No hay mucha información publicada sobre la biología de células NKs en IPF. Sin embargo, los investigadores en el laboratorio del Dr. Rojas revelaron recientemente dos hallazgos que se espera contribuyan significativamente a la comprensión de la patogénesis de la IPF. En primer lugar, los fibroblastos IPF son células senescentes que secretan mediadores de inflamación y fibrosis (Alvarez, Cardenes et al. 2017), y en segundo lugar, experimentos de RNA-seq de células individuales reveló una disminución significativa de NKs y un aumento en el número de fibroblastos en el lóbulo afectados por IFP. Esta discrepancia entre los números de NK y fibroblastos encontrados en la lesión de IPF sugiere un role de células NK en la inmuno-vigilancia de fibroblastos senescentes en pacientes con IPF que pudiese ser explorado como posible bio-marcador y para diseñar estrategias de inmunoterapia. Como Director del Simons Center el Profesor Rojas ha manifestado su disposición para establecer un Acuerdo de Cooperación Académica para el Fomento de la Investigación entre la Universidad Nacional De Colombia Facultar de Medicina, el Simons Center y El Instituto de Envejecimiento de la Facultad De Medicina de la Universidad de Pittsburgh (UPMS). En el marco de este acuerdo investigadores colombianos podrían realizar visitas académicas de corta duración (hasta por un año) en el marco del proyecto a Colombia Científica (ver Anexo_CARTA DE INTENCION PROFESOR M. ROJAS y Anexo_ PROPUESTA DE ACUERDO ENTRE LA UN y UPMS).



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2. Tamizaje de la actividad anti-tumoral de un polipéptido sintético y evaluación de la utilidad

de varios agentes naturales para la producción de vacunas personalizadas basadas en células tumorales como antígeno y células dendríticas autólogas como adyuvante (ver diagrama resumen metodología proyectos # 12, 13 y 14).

Con base en el conocimiento de la biología de células malignas, en el proyecto #11: “Evaluación in vitro de un péptido quimérico inhibidor específico de la proteína quinasa c (PKC) en células de pacientes pediátricos con leucemia linfoide aguda de precursores B”, el Profesor Jean Paul Vernot de la Facultad de Medicina de la UN evalúa la actividad anti-tumoral de un polipéptido sintético (ya patentado) que fue diseñado por él con el fin de inhibir la actividad biológica de una proteína que contribuye al carácter maligno de células de leucemia (Vernot, Perdomo-Arciniegas et al. 2015). El proyecto #12 “Uso de células tumorales para el diseño de vacunas personalizadas contra el cáncer de ovario y leucemia”, explora la utilidad de procesos in vitro implementados en el laboratorio del Profesor Carlos Parra, (ver Figura y Anexo_TESIS DE MAESTRIA ALEJANDRA INFANTE) para el tamizaje de la actividad anti-tumoral de distintos agentes (drogas un virus oncolítico y agentes naturales caracterizados por el Profesor Cuca de la Facultad de Ciencias UN cuya actividad antitumoral ha sido estudiada por el Profesor Arboleda en el Instituto de Genética, y además la actividad anti-tumoral de un virus oncolítico estudiado por el Profesor Carlos Guerrero (Guerrero, Guerrero et al. 2016) de la Facultad de Medicina en proceso de ser patentado para el tratamiento del cáncer). Con este proyecto el Programa le apunta a potenciar el uso de nuestra bio-diversidad para el descubrimiento de nuevas herramientas terapéuticas contra el cáncer. Si bien, existe una gran cantidad de trabajo en relación a la caracterización de compuestos naturales que exhiben actividad antitumoral in vitro, muchos de ellos quizás no pueden ser utilizados en la clínica por su toxicidad in vivo. El uso de estos compuestos para inducir muerte celular inmunogénica de células tumorales in vitro que luego son utilizadas como fuente de antígeno en vacunas basadas en células dendríticas, quizás sea una forma de aprovechar la actividad antitumoral de compuestos naturales que por su toxicidad no pueden ser utilizados in vivo para el tratamiento de los tumores. El Proyecto #12 evalúa la capacidad anti-tumoral de productos naturales y un virus oncolítico para la producción de células tumorales útiles como vacunas personalizadas para la inmunoterapia del cáncer de ovario utilizando los pasos del proceso que se ilustra en la figura.



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Figura. Sistema de tamizaje in vitro de actividad anti-tumoral de distintos tratamientos (tomado de tesis de Maestría de la Estudiante Alejandra Infante). Luego del tratamiento de células tumorales con el agente inductor de muerte (compuestos naturales o sintéticos, virus oncolítico radiación etc.), se evalúa el grado de inducción de muerte mediante MTT. Luego se evalúa por Citometría de Flujo (FC): (i) viabilidad y apoptosis (medición de Aqua y Anexina V respectivamente), (ii) análisis del estatus mitocondrial (DIOC6(3)) y del Ciclo celular (PI/ Hoechst) (no mostrado) y (iii) la expresión de los marcadores de Muerte Celular Inmunogénica: Calreticulina (CRT), secreción de ATP al medio y de la nucleoproteína High Mobiliy Group Box I (HMGB-1), por las células tumorales tratadas. En algunos experimentos se puede explorar adicionalmente en estas células la expresión de factores de muerte celular: BAX, BID, ROS, NF-κβ, PPARγ, BCL-2, HSP-90, COX-2, PARP y Caspasas 3-7 y 8. Una vez establecido que el tratamiento induce MCI, se someten las células a separación celular por Ficoll Histopaque para obtener fracciones enriquecidas en células viables y células muertas y en cada una de estas fracciones se precisa el nivel de expresión de los marcadores de MCI. Alternativamente, las células tratadas marcadas con Anexina V+, CRT +, AQUA +, pueden ser separadas en un separador celular (FACSAria II BD) del cual se obtienen células Anexina V y AQUA que son co-cultivadas en sendos cultivos con DC inmaduras por 48 h luego de lo cual se evalúa: (i) la maduración de DCs mediante la medición por FC de la expresión de CCR7, CD80, CD83, CD209 en células CD11c+; (ii) la secreción de citoquinas pro-inflamatorias IL-1β, IL-8, IL-6, IL-12, TNF-α e IL-10 (no mostrado) y (iii) la capacidad de fagocitosis de células tumorales por APCs. Además de la activación y capacidad fagocítica de DCs se explora la capacidad de DCs co-cultivadas con células tumorales tratadas para estimular LT medida en términos de (i) su capacidad para estimular linfocitos T en Reacción Mixta de Linfocitos (capacidad de estas células para inducir la proliferación (CFSE y Ki67) y la expresión temprana de linfocitos T (CD69-CD154); (ii) su capacidad para inducir la formación de conjugados de DCs/LTs (conjugados CD11c+CD3+CD4+) y finalmente, (iii) su capacidad de inducir mediante presentación cruzada la expansión de linfocitos T CD8+ efectores y de memoria específicos para un antígeno tumoral.

3. Selección de neo-antígenos tumorales para el diseño de vacunas terapéuticas personalizadas para inmunoterapia, en pacientes con cáncer de mama, utilizando como vacuna células dendríticas pulsadas con neo-antígenos

Proyecto #13: Inmunoterapia con vacunas sintéticas personalizadas en pacientes con cáncer de mama triple negativo.



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RACIONAL Los tumores humanos normalmente albergan una cantidad considerable de mutaciones somáticas. Si estas son presentadas al Complejo Mayor de Histocompatibilidad clase I (MHCI) por células presentadoras de antígenos del paciente con cáncer, los péptidos que contienen estas mutaciones tienen el potencial de ser inmunogénicos para el sistema inmune adaptativo, del paciente ya que estos péptidos por ser neo-antígenos “no propios” serán reconocidos por linfocitos T ya que estos no hacen parte del repertorio de antígenos propios responsables de la inducción de tolerancia de los linfocitos T en el timo. Por lo tanto, los neo-antígenos tumorales deberían ser considerados como importantes candidatos para el desarrollo de vacunas terapéuticas para cáncer [1]. El principal escollo para el desarrollo de dichas vacunas terapéuticas para la inmunoterapia del cáncer es la identificación de los neo-antígenos tumorales. En estudios recientes [1], [4], [5], [9] se han planteado metodologías novedosas para la identificación de dichos neo-antígenos basadas en técnicas computacionales, las cuales están en proceso de desarrollo y cuya implementación en nuestro país es uno de los objetivos del presente proyecto. ESTRATEGIA DE TRABAJO, METODOLOGIA Y ACTIVIDADES GENERALES. Con la guía del Dr. Robert D. Schreiber de la Universidad de Washington University, director del Center for Human Immunology and Immunotherapy Programs en la Washington University Saint Louis (USA) y pionero de este tipo de estudios, nos proponemos implementar en nuestro medio la infraestructura necesaria para la producción de vacunas personalizadas basadas en péptidos para uso en pacientes con cáncer. Por las limitadas opciones terapéuticas, mal pronóstico y alta tasa de mutaciones del cáncer de mama triple negativo, en el marco de este programa realizaremos el primer estudio clínico con vacunas personalizadas en 20 pacientes con este tumor. Para obtener el transcriptoma el programa cuenta con el apoyo de la UNIDAD DE GENETICA Y RERSISTENCIA ANTIMICROBIANA, UGRA, de la Universidad El Bosque ((Dra., Dra. Jinnethe Reyes y Dra. Lorena Díaz) quienes son investigadoras de la Universidad El Bosque y participan en la alianza y pondrán a disposición del programa su experiencia e infraestructura de laboratorios y equipos para obtener el transcriptoma de los tumores en cada paciente. Una vez obtenido el transcriptoma del tumor este será depurado con el fin de identificar proteínas con mutaciones de un amino-ácido no sinónimas. Se espera que este ejercicio arroje un número de varios miles de mutaciones. Haciendo uso de algoritmos predictivos “in sillico” se realizará un tamizaje de las mutaciones con el fin de identificar – dentro de la secuencia de aminoácidos que flanquean el amino-ácido alterado en la proteína y acorde con el haplotipo de cada paciente - epítopes estables para los antígenos HLA clase I y clase II. Una vez identificadas las epítopes más estables (IC50 ≤ 200 nM), se sintetizarán péptidos de nueve amino-ácidos que serán utilizados como antígeno in vitro con el fin de evidenciar la inmunogenicidad de la epítope mutada utilizando la secuencia nativa como control. Los resultados publicados por varios grupos confirman que epítopes mutadas seleccionadas por metodologías “in sillico” estimulan eficientemente linfocitos T CD8+ anti-tumorales en cada paciente mientras que la epítope nativa no lo hace. La depuración del transcriptoma y el análisis bio-informático en busca de mutaciones únicas en los tumores será liderada en Colombia por el Profesores Luis Fernando Niño en la Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional experto en análisis bio-informáticos de bases de datos. Para la selección de epítopes contaremos con la colaboración del Profesor Manuel Alfonso Patarroyo quien tiene amplia experiencia en el manejo de bases de datos generadas en las ciencias ómicas y en la predicción de epítopes respectivamente. Para esta parte del trabajo contaremos con la asesoría internacional de investigadores del McDonall Genetic Institute (Universidad de Washington en Saint Louis MO) quienes han implementado la plataforma de análisis denominada pVacSeq (para el diseño de vacunas personalizadas); el apoyo del centro de Ómicas Clínicas del Centro Medico de la Universidad de Pittsburgh (Pittsburgh, PA); el apoyo del Dr. Jovanny Zabaleta experto en ciencias ómicas (Luisiana State University). La cuantificación en sangre periférica de las pacientes del repertorio de linfocitos T CD8 productores de IFN-g con actividad citotóxica en respuesta a las epítopes mutadas será evaluada por ELISPOT y citometría de flujo por David



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Bernal (Investigador de la Fundación Salud de los Andes (FSA), en Bogotá), Nicolás Lalinde y Manuela Llano en el laboratorio del Grupo Inmunología y Medicina Traslacional (I&MT) en la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional en Bogotá. Para los análisis inmunológicos propuestos con el fin de evidenciar la inmunogenicidad de las neo-epítopes predichas en cada paciente contaremos con la asesoría del Profesor Pedro J. Romero (Universidad de Lausana, Suiza). Una vez establecida la inmunogenicidad de las epítopes estas serán utilizadas como antígenos en seis dosis de vacuna utilizando Células Dendríticas (DCs) autólogas como adyuvante las cuales serán producidas bajo condiciones de Buenas Prácticas Clínicas por David Bernal y Mauren Ortiz (FSA) en la facilidad para la producción de DCs humanas con fines de inmunoterapia de la Fundación Salud de los Andes (FSA). Alternativamente al uso de péptidos como antígenos se diseñarán mini-genes que codifique para varias neo-epítopes los cuales serán transfectados en DCs autólogas de cada paciente con el propósito de inducir la producción de las neo-epítopes en estas células, para esta parte del trabajo contaremos con la colaboración del Profesor Patarroyo (FIDIC, Bogotá). Además de establecer la seguridad y la inmunogenicidad de DCs pulsadas con péptidos tumorales o con mini-genes como vacuna DNA, en este estudio Fase I-II los resultados del inmuno-monitoreo en sangre de linfocitos T específicos para el antígeno mutado en las pacientes vacunadas serán cotejados con la respuesta clínica del tumor con el fin establecer correlaciones entre inmunogenicidad y respuesta clínica del tumor inducida por la vacuna. Esto será realizado utilizando un sistema de inmuno-monitoreo implementado por nuestro grupo con el que ha sido posible demostrar correlaciones entre respuesta clínica e inmunogenicidad de los tumores inducida por la terapia neo-adyuvante con Doxorrubicina y Ciclofosfamida en pacientes con carcinoma de mama vacunadas o no con DCs autólogas en un ensayo clínico Fase I-II adelantado actualmente por nuestro grupo. NOTA IMPORTANTE: Un ensayo piloto del presente estudio titulado “Estudio clínico Fase I de inmunoterapia con vacunas sintéticas personalizadas en pacientes con cáncer de mama triple negativo.” – proyecto 58253 Ocupó el primer lugar en la lista de elegibles de la convocatoria 777 de Colciencias 2017. META: Ensayo clínico Fase I de Inmunoterapia de pacientes con cáncer de mama triple negativo con células dendríticas pulsadas con neo-antígenos tumorales. RESULTADO ESPERADO: Neo-antígenos expresados por el tumor de pacientes con cáncer de mama triple negativo vacunadas con seis dosis de células dendríticas pulsadas con estos neo-antígenos generan linfocitos T específicos contra el tumor en todas las pacientes vacunadas. PLAZO 48 meses.



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4. Selección de antígenos de Mycobacterium tuberculosis Beijing like (MtbBl) y diseño de

vacunas terapéuticas personalizadas para inmunoterapia, de pacientes con tuberculosis MDR, utilizando como vacuna células dendríticas pulsadas con antígenos exclusivos de MtBl.

El Proyecto #14: Identificar epítopes inmunodominantes existentes en cepas de Mycobacterium tuberculosis genotipo Beijing-like (MtbBl) circulantes en Colombia, que puedan ser usados como vacunas personalizadas”, este proyecto es presentado por la Profesora Martha Murcia del Departamento de Microbiología de la Facultad de Medicina de la UN en Bogotá. La Profesora Murcia es líder en el país en estudios de epidemiología molecular de micobacterias. En su trabajo ha tenido éxito en la secuenciación de varias cepas de M. tuberculosis Beijing like” (MtbBl) multi-drogo-resistente (MDR) las cuales son un importante problema de salud. La llegada al país de cepas de M. tuberculosis MDR e incluso extremadamente resistentes al tratamiento (XDR) ponen de manifiesto la necesidad de crear nuevas estrategias de terapia contra la infección por este tipo de patógenos altamente virulentos responsables de alta mortalidad de las personas que infectan. En el programa utilizando una metodología idéntica a la utilizada para predicción de neo-epítopes en tumores (ver Proyecto #13 en esta sección), se identificarán dentro de una serie de antígenos de MtbBl antígenos de este patógeno que son presentados eficientemente en el contexto de moléculas MHC clase I y II del humano. En los experimentos propuestos se demostrará como prueba de concepto que epítopes predichas mediante esta aproximación son reconocidos por Linfocitos T tanto CD4 como CD8 de individuos humanos.

Figura. Diagrama general de la metodología implementada en el programa de medicina traslacional (Proyectos # 12, 13 y 14). 1) Vinculación de paciente con una lesión tumoral o infecciosa (tuberculosis); 2) Aislamiento de células cancerígenas o bacterias resistentes al tratamiento; 3) Análisis por diferentes sistemas de ómicas y aplicación de algoritmos de bioinformática para la predicción de epítopes inmuogénicas (neo-antígenos bacterianos, mutaciones puntuales de células tumorales) y síntesis; 4); evaluación de la sensibilidad de células cancerígenas propias del paciente a tratamientos convencionales o a nuevos compuestos; 5) selección de medicamentos o compuestos que induzcan muerte celular inmunogénica (MCI); 6) obtención de monocitos del paciente para generación de células dendríticas (DCs); 7) maduración de DCs pulsadas con péptidos específicos o con células tumorales en estado de MCI; 8) vacunación con DCs pulsadas con péptidos inmunogénicos en combinación con el tratamiento específico del paciente (cirugía, quimioterapia o antibioticoterapia); y 9) seguimiento clínico y celular del paciente mediante inmuno-monitoreo o análisis de ómicas.

ÓMICAS

BIOINFORMÁTICA

Células�Cancerígenas�

Monocito�Célula�Dendrítica�

madura

Bacterias�resistentes�

Cirugía/Quimioterapia/Antibióticos��

Inmuno-monitoreo��

Marcadores�ómicas��

Años�

14�PROYECTOS10�GRUPOS�DE�INVESTIGACIÓN�

Componentes�Naturales�QuimioterapiasVirus�Oncolítico

Química�Analítica�

Muerte�Celular�Inmunogénica

Lesión�Neo-epítopes�

(péptidos�personalizados)

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5. La coordinación desde la red de los aspectos operativos, de gobernabilidad, de apropiación social del conocimiento en I+D+i y de educación del Programa.

Ver programa de fortalecimiento institucional En resumen, la ejecución de las actividades programadas para alcanzar los objetivos del Programa permitirán mostrarle al país un modelo secuencial de investigación Traslacional en cáncer, que inicia en el laboratorio con la identificación de bio-marcadores útiles para el diagnóstico y monitoreo del cáncer, pasa por la identificación en el laboratorio de nuevos agentes naturales y sintéticos con actividad anti-tumoral y termina en la clínica con el uso de los bio-marcadores para el monitoreo del paciente con cáncer y el uso de neo-antígenos para la producción de vacunas personalizadas para la inmunoterapia de pacientes con cáncer (ver diagrama resumen metodología proyectos # 12, 13 y 14). El desarrollo del presente programa favorecerá distintos aspectos necesarios para la implementación de la medicina personalizada en Colombia como son: (i) la vinculación de pacientes a ensayos pre-clínicos y clínicos; (ii) la creación de repositorios de especímenes humanos y cepas bacterianas con fines de medicina personalizada; (iii) la creación de un “spin-off” para la producción de antígenos sintéticos y células dendríticas autólogas como vacuna para la inmunoterapia del cáncer; (iv) la articularán de los planes de trabajo de profesores y estudiantes de posgrado de 12 grupos de investigación nacionales quienes adelantarán 14 proyectos de investigación Traslacional y (v) la incorporación de los fundamentos científicos de la MT al currículo (ver programa de Fortalecimiento Institucional). Todo lo anterior se encontrará integrado en un sistema en línea articulado desde el Hospital Universitario Nacional (HUN) mediante una página web (ver mapa del sitio web) cuyo eje central es la articulación de la Red Internacional de Investigación en Inmunología y Medicina Traslacional.

Mapa de sitio Web. Estructura propuesta para la página web del HUN, donde el eje central es la articulación de la red de investigación en inmunología y medicina traslacional. Se describen los principales elementos contenidos en la página web: Miembros de la red, donde se mencionan todas las instituciones participantes; los productos y servicios generados y ofertados por el HUN en colaboración con la Red; la descripción y avances en cada uno de los 14 proyectos articulados por las diferentes instituciones y grupos de investigación; la visión y misión establecida en la Red; Eventos

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linfoblástica aguda

Evaluación de microRNAs en condiciones de la supresión del crecimiento de células cancerosas: una aproximación desde la medicina de precisión hacia la predicción, la prevención,

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Establecimiento del perfil de microRNAs circulantes para diagnóstico temprano de cáncer de mama en paciente

colombianos

Exoma de Cáncer Gástrico en Nariño: Identificación de Biomarcadores para el Tratamiento de la Enfermedad

Caracterización cuantitativa y funcional de biomarcadores pronóstico de progresión en tumor de ovario y su rol en la

interacción con la célula estromal

Biomarcadores asociados a funciones stem relacionados con agresividad tumoral en cáncer de seno

Implementación y validación de protocolos de inmunofenotipificación mediante citometría de

flujo multiparamétrica y sistemas automatizados para el diagnóstico y seguimiento clínico de

pacientes con leucemias

Cuantificación automática del grado de severidad de la patología gástrica mediante morfometría de

láminas virtuales de hematoxilina-eosina e inmunohistoquímica

Immunosurveillance of the lung by NKs prevents idiopatyc pulmonary fibrosis (IPF)

Evaluación in vitro de un péptido quimérico inhibidor específico de la proteína quinasa c (PKC) en células de pacientes pediátricos con leucemia

linfoide aguda de precursores B

Uso de células tumorales para el diseño de vacunas personalizadas contra el cáncer de ovario y

leucemia

Inmunoterapia con vacunas sintéticas personalizadas en pacientes con cáncer de mama

triple negativo

Medicina personalizada para el tratamiento de la tuberculosis MDR: identificación y diseño de

antígenos sintéticos y células dendríticas autólogas como vacuna para la inmunoterapia de la

tuberculosis MDR

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