2019.ccbcol.org · EDITOR PRINCIPAL DANIEL ALFONSO URREA MONTES, MSc, Ph.D. Universidad del Tolima...

EDITOR PRINCIPALDANIEL ALFONSO URREA MONTES, MSc, Ph.D.Universidad del Tolima

COMITÉ EDITORIALCARLOS FERNANDO PRADA QUIROGA, MSc, Ph.D.Universidad del Tolima

JORGE DUITAMA, MSc, Ph.D.ALEJANDRO REYES, MSc, Ph.D.Universidad de los Andes

CARLOS ENRIQUE MUSKUS LÓPEZ, MSc, Ph.D.JUAN FERNANDO ALZATE RESTREPO, MSc, Ph.D.Universidad de Antioquía

YESID CUESTA ASTROZ, MSc, Ph.D.Universidad de AntioquíaRSG Colombia (Regional Student Groups)International Society for Computational Biology - ISCB

COMITÉ ORGANIZADOROMAR MEJÍA PATIÑORectorJONH JAIRO MÉNDEZ ARTEAGADirectorLUIS FELIPE OVIEDO BERNALExtensión y Educación ContinuadaALEJANDRA DEL PILAR MESA GALINDOUnidad de Gestión de Proyectos de ExtensiónKEVIN ANDRES QUINTERO LOZANOJUAN SEBASTIAN DIAZ MARTÍNEZALEJANDRO CRUZ RODRÍOficina de PrensaUNIDAD DE PUBLICACIONESSello editorial de la Universidad del TolimaOficina de Investigaciones y Desarrollo Científico

DANIEL ALFONSO URREA MONTESPresidente Comité OrganizadorDecano (E)LILIANA ROCIO BERMUDEZ GONZALESCARLOS EDUARDO PRADA VASQUEZEDNA PATRICIA BARON ALVAREZASTRID MILENA PERDOMO GONZALESFacultad de Ciencias

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NUMAR ROLANDO PERDOMO RODRIGUEZÁrea Mantenimiento Hardware y SoftwareHERNAN DARIO MENDIETAAdministrador de ServidoresOficina de Gestión Tecnológica

YURANY ERESBEY GRANADA GANZÓNProyecto Talento Humano

Universidad del Tolima

OLIMPO JOÉ GARCÍA BELTRÁNInvestigaciones Universidad de Ibagué

ALEJANDRO REYESMaestría en Biología ComputacionalUniversidad de los Andes

ELIANA RESTREPO PINEDADirectoraCorporación Académica Ciencias Básicas BiomédicasUniversidad de Antioquía

MIGUEL EDUARDO GUEVARAUniversidad del Valle

Dirección:Unidad de BioinformáticaFacultad de CienciasUniversidad del TolimaAltos de Santa HelenaIbagué, Colombia.E-mail: [email protected]

[email protected]ágina web: https://2019.ccbcol.orgISBN:Unidad de PublicacionesSello editorial de la Universidad del TolimaUniversidad del TolimaNoviembre de 2019

DANIEL ALFONSO URREA MONTES, MSc, Ph.D.Universidad del Tolima

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2711-3418

Universidad de los Andes

InstitucionesOrganizadores

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Introducción

Reumen de conferencias InternacionalesTowards Clinical Interpretation of Proteomics Data Using Connective Knowledge, Alberto Santos Delgado

Long Reads And Whole Genomes From Microbiome Samples, Daniel Huson

Reumen de conferencias Nacionales Estrategias De La Quimica Computacional Para Predecir Teoricamente Modos De Accion De Potenciales, Moleculas Antioxidantes, Edison Osorio

Contenido

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Contenido

Prediccion De Segundos Usos Para El Tratamiento De La Leishmaniasis, Validacion In Vitro Y Simulaciones Farmacocineticas.Christian Bustamante, Claudia Asela, Rodrigo Ochoa y Carlos Muskus

Construcción de software para genómica comparativa y de poblaciones aplicado al desarrollo de recursos genéticos en frijol limaJorge Duitama

Del Cacao al Rio Bogotá, lo que los Microbiomas nos dicen sobre la biodiversidad Colombiana, Alejandro Reyes

Construcción de modelos genómicos de referencia en organismos complejos no modeloJuan F alzate Restrepo

Aprendizaje Multi-vista para integración en multi-ómicasLuis Fernando Niño

Host-parasite interaction and autoimmunity: weaving biological networksYesid Cuesta-Astroz 1

CBC01¿Varía la Microbiota Intestinal en Abejorros del Neotrópico (Bombus sp.) en distintas altitudes?Nickole Villabona1,3, Tobin Hammer 2, Nancy Moran 2, Alejandro Reyes 1,3,4

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Contenido

CBC02Exploración de la estructura y el potencial funcional de la comunidad microbiana en condiciones de campo posterior a la incorporación de residuos agrícolas de arroz mediante metagenómicaVanessa Otero-Jiménez1, Emiliano Barreto-Hernández2 and Daniel Uribe-Vélez1

CBC03Análisis de la composición microbiana y diversidad del subsuelo marino del caribe colombianoMiguel Ángel Giraldo1 Jenny Gallo2 Nelson Rivera1 Andres Castillo11

CBC04Grupos de alimentos como descriptores de la variación en la microbiota intestinalÁngela Sofía García1,2,3, Alejandro Reyes1,2, Juan Sebastian Escobar3

CBC05Dissecting cocoa beans fermentation through metagenomics analysisRodríguez-Cubillos M.J.1,2, Olarte, H. H.4, Del Portillo, P.2, Cepeda-Hernández, M. L2, Anzola, J. M.3, Calderón, D3. Rodríguez, C.M.4,

Aguirre, L.4, Restrepo, S.2, Fernández, M.A.1, González Barrios, A1.

CBC06Variación de las comunidades bacterianas de Anastrepha obliqua (Diptera:Tephritidae) de acuerdo a su estadio de vida y la planta hospedera Jenny Johana Gallo-Franco1,2 & Nelson Toro-Perea1.

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Contenido

CBC07Metagenómica en acuicultura: una herramienta potencial para evaluación de probióticos eficientes en el manejo de enfermedadesLeda Restrepo1,2,3*, Cristóbal Domínguez-Borbor1, Leandro Bajaña1, Irma Betancourt1, Bonny Bayot1,4 and Alejandro Reyes2,3,5.

CBC08Estudio comparativo del microbioma asociado a glándulas de veneno de tres escorpiones de Colombia 1* Castaño, S, 2López-Alvarez, D; 2 & 1Fierro

CBC09Dinámica de la diversidad microbiana en biosólidos generados en la planta de tratamiento de aguas residuales San FernandoKatherine Bedoya Urrego1, Juan F. Alzate Restrepo 1,2, Felipe Cabarcas Jaramillo.

CBC10Variación de la microbiota intestinal de monos churuco (Lagothrix lagothricha) durante un proceso de reintroducciónCamilo Quiroga1, Luis Chica3,4, Mónica Ramírez1, Alejandro Reyes3,4,5, Camila González2 & Pablo Stevenson1

CBC11Análisis del microbioma y viroma de Aedes aegypti revela la presencia de Aedes anphevirus (AeAV) y Wolbachia sp. en el área metropolitana de Medellín, ColombiaNicolás Forero-Pineda, Andrés Gómez-Palacio

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Contenido

CBC12Diversity of bacterial communities during bioremediation of an oil field soil contaminated with crude oil and salinityCamacho-Montealegre, Celia Marcela; Tótola, Marcos Rogério

CBC13Phage-Host interaction prediction based on genomic composition signalsLaura Camelo, Alejandro Reyes

CBC14Identificación de elementos extra-cromosomales pertenecientes al core viroma del intestino humano y perspectivas sobre sus dinámicas de modulación en el mismo Avellaneda-Franco Laura1,2, Chica-Cardenas Luis Alberto1,2 & Reyes Alejandro1,2,3.

CBC15Análisis genómico comparativo de cepas de Helicobacter pylori: evidencia evolutiva de su patogenicidadAura María Rodríguez Guzmán1, Carlos Fernando Prada Quiroga1 Daniel Alfonso Urrea Montes2

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Detección in-silico de las regiones estructuradas conservadas de RNA del virus Zika y su potencial relación con algunos genes expresados en cerebro Luz Stefany Botero Rodríguez1, Luis Alberto Gómez Grosso1,2

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CBC19Comparación genómica de micobactérias patogénicas y no patogénicas utilizando como modelo Mycobacterium bovis Bacilo Calmette-GuérinMaría Carolina Sisco1,5, Marlei Gómes1, Luciana Distasio2, Carlos E. Dias2, Paulo De Souza2, Jesus Pais2, Beatriz Lopez3, Jacobus De Waard4, Rafael S. Duarte1, Philip N. Suffys5

CBC20Integrating Traditional Microbiology with Cutting-edge Metagenomics to Advance Pathogen Detection and To Elucidate Microbiome Signatures of E. coli InfectionAngela Peña-Gonzalez1,6,7, Maria J. Soto-Girón1, Shanon Smith2, Jeticia Sistrunk2, Lorena Montero3, Maritza Páez3, Estefanía

Ortega3, Janet K. Hatt4, William Cevallos5, Gabriel Trueba3, Karen Levy2 and Konstantinos T. Konstantinidis1,4

CBC21Análisis genómico de leptospiras aisladas en Barranquilla, implicadas en salud humanaMargarett Cuello-Perez1,3, Andrew Falconar¹, Richard Stabler2, Rosmery Llanos1, Luis F. Rivera3, Jorge Arboleda-Valencia3, Claudia Romero-Vivas¹

CBC22Detección y ensamblaje automático de genomas de virus en cultivos de papa (Solanum tuberosum y S. phureja) utilizando secuenciación de nueva generación (NGS)Ary Rivillas Torres, Mauricio Marín Montoya, Pablo A. Gutiérrez Sánchez

CBC23Análisis filogenético de cepas DENV-1 y DENV-2 circulantes en la frontera colombo-venezolanaMarlen Carrillo1, Julián Ruíz1, Lucy Jaimes2, Marlen Martínez1

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CBC24Análisis genómico de una especie epífita de Pantoea secuenciada a partir de tejido vegetal silvestre de una planta parásita colombiana.Juliana López Jiménez1, Favio González2, Natalia Pabón-Mora3, Felipe Cabarcas1,4, Juan F. Alzate1.

CBC25Detección molecular de un nepovirus infectando Solanum phureja en AntioquiaSusana Giraldo Ramírez, Andrea Sierra Mejía, Mauricio Marín Montoya, Pablo Gutiérrez Sánchez

CBC27Metabolic engineering strategies for enhanced outer membrane vesicle (OMV) production in Escherichia coliHéctor Alejandro Ruiz-Moreno1, Juan D. Valderrama2, Andrés F. González1

CBC28A computational method to increase glycerol consumption on E. coliTafur Rangel, A. T1,2, Reyes Barrios, L. H1, Gómez Ramírez, J. M1, González Barrios

CBC30Modelado dinámico a escala genómica del metabolismo de Streptomyces clavuligerus: análisis de la respuesta metabólica al efecto de la captación de oxígeno en la biosíntesis de ácido clavulánico

David Gómez-Ríos1, Victor A. López-Agudelo1, Howard Ramírez-Malule2, Silvia Ochoa3 and Rigoberto Ríos-Estepa11Grupo

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CBC31Comparison between genome scale metabolic models of Phytophthora infestans and Phytophthora betacei: A key tool for understanding phytopathogens metabolic behaviorsRodriguez-Cubillos, M.J.1,2*, Restrepo, S.2 , Gonzalez -Barrios, A.1, Botero,

CBC32Análisis comparativo usando PLS-DA y máquinas de vectores de soporte en datos metabolómicos de exposición a organoclorados en cultivos celulares y en trabajadores agrícolasMartha Zuluaga1, Jorge Alejandro Lopera-Rodríguez2

CBC33Red metabólica de la variedad colombiana de Cannabis sativa mango biche: un enfoque genómico y metabolómico Alvarez-Yela, C.1; Niño, J.2, Rivera, L.1; Botero, J. 1; Botero, K.1; González-Muñoz, A.1; Gallego, A.M.1; Tafur-Rangel, A.3; Arboleda,

J.W.1*

CBC34Biología de Sistemas en la construcción de redes proteómica del sistema inmune de los insectos: caso Gallería mellonellaPablo Valderrama1, Yorguín Mantilla1, Jesús Mosquera1, Amalia Muñoz1, Carlos Peláez2, Boris A Rodríguez3, Mauricio Corredor1*

CBC35A first glance at the reconstruction of Moniliophthora roreriGenome-Scale Metabolic NetworkLuis G. González-Correa1, Diana C. Quiroga-Urrego1, Víctor A. López-Agudelo 2*

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Contenido

CBC36Prediction of a shorter metabolic pathway to produce naringenin in Escherichia coli through in silico modelingLina Suarez Medina1, Albert Enrique Tafur Rangel1,2, José Guillermo González Valdez3, Héctor Hugo Olarte5, Silvia Restrepo

Restrepo4, Miguel Fernández-Niño1, Andrés Fernando González Barrios1

CBC37Análisis de motivos de red en circuitos de regulación genética implicados en la formación de patrones en banda en un estadio de desarrollo embrionarioJayson Gutiérrez, Gloria Machado Rodríguez, Boris Ánghelo Rodríguez Rey, Juan Camilo Arboleda Rivera

CBC38Predicción de receptores de dióxido de carbono en Rhodnius prolixus: una aproximación computacionalZaide Montes1,2,3, Jorge Molina2, Alejandro Reyes1,3,4

CBC39Modelamiento de la red metabólica de Pseudomonas aeruginosa para la síntesis biológica de Fenazina-1-CarboxilatoJulián Camilo Martínez Guarnizo1, German Andrés Combariza Gonzales2 Diana Carolina Clavijo Buriticá3

CBC40Modeling effector-host interactions in the context of the barley protein interactomeVelásquez-Zapata, Valeria1,2; Banerjee, Sagnik1,2; Elmore, J Mitch2,3; Wise, Roger P1,2,3

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Contenido

CBC42Whole exome sequencing supports variant identification in a group of patients with acute leukemia from Fundación Santa Fe de BogotáMaria Camila Hoyos-Sánchez1, María José Gacha-Garay1, Andrés Felipe Niño-Joya1, Verónica Akle2, Guillermo Quintero3, Jorge

Duitama4, Zayra Viviana Garavito-Aguilar1

CBC43Relación de la homocigosidad genómica global y el cáncer colorrectal, en poblaciones mestizas colombianas1Ángel Alexandro Criollo Rayo, 1Daniel Fernando Molina Campos, 1Andrea Catalina Rubio Vargas, 2Angel Carracedo, Consorcio CHIBCHA, 3Ian Tomlinson, 1,4Luis Guillermo Carvajal Carmona, 1Mabel Elena Bohórquez, 1María Magdalena Echeverry.

CBC44Modelling tertiary structure of lncRNA related to Alzheimer's diseaseSilvana Giuliatti1 and Willian Orlando Castillo2

CBC45Análisis de frecuencia y ancestría entre cinco comunidades indígenas de colombia Carlos Puentes1, Ángel Criollo-Rayo1, Ángel Carracedo2, Luis Carvajal3, Ian Tomlinson4, Consorcio CHIBCHA5, Mabel Bohórquez1, María Magdalena Echeverry1

CBC46Comparación de exomas de pacientes con cáncer gástrico que presentaron progresión y regresión de la enfermedad.Andres Castillo1, Nelson Rivera1, Lizeth Mejía1, Luis Eduardo Bravo2

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CBC47Mapeo fino en regiones cromosómicas de riesgo al cáncer colorrectal en poblaciones mestizas colombianas1Ángel Alexandro Criollo Rayo, 1Daniel Fernando Molina Campos, 1Andrea Catalina Rubio Vargas, 2Angel Carracedo, Consorcio CHIBCHA, 3Ian Tomlinson, 1,4Luis Guillermo Carvajal Carmona, 1Mabel Elena Bohórquez, 1María Magdalena Echeverry.

CBC49Familia miR-34: Análisis bioinformático de redes potencialmente impactadas en lesión de cardiomiocitos expuestos a vesículas derivadas de células de melanoma tratadas con DoxorrubicinaSusana Novoa-Herrán1, Luis Alberto Gómez1,2,*

CBC50microRNAS in patients with Crohn's disease and its interaction with mechanisms of epigenetic regulationElkin Navarro Quiroz1, Gustavo Aroca Martinez1, Lorena Gomez Escorica1, Roberto Navarro Quiroz2

CBC51Caracterización de la variación en genes implicados en la via farmacocinética y farmacodinamia del clopidogrel y falla a la terapia en una muestra de población antioqueña de pacientes con síndrome coronario agudoCristian Arbey Velarde1, Natalia Gallego-Lopera1, Liliana Franco Hincapié1, Juan Pablo Isaza Agudelo, Ana Valencia Duarte1

CBC52Frecuencia de mutaciones en los genes BRCA1, BRCA2, PALB2, P53, PTEN, CHEK2, CDH1 en mujeres con cáncer de mama de Medellín, Cali y Barranquilla.Alejandro Mejía García1; William Hernán Arias Pérez2; Shalom Gomez Pugarin1; Yina Tatiana Zambrano 1; Gabriel Bedoya, MSc2; Roberto Jaramillo3, Yorlany Rodas3, Edgar Navarro4, Andres Ossa5, Mauricio Borrero, Alicia M. Cock-Rada5; Gonzalo Alberto Angel, Michael Dean6, Gloria Inés Sánchez1

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Contenido

CBC54Exómica de cáncer gástrico en pacientes del departamento de Nariño, en la búsqueda de marcadores terapéuticosStephany Rosero1, Lizeth Mejia2,5, Marino Coral2, Yeison Carlosama2, Mauricio Corredor3,4, Carol Rosero2*

CBC55An open variants discovery and interpretation pipeline for analysis of individual high throughput DNA sequencing data of human patientsDaniel Mahecha1,2, Diana Núñez1, Maria Claudia Lattig1, Jorge Duitama2

CBC56Artificial Intelligence in Phage DiscoveryKimmo Sirén1, Andrew Millard4, Guillermo Rangel1,3, Alejandro Reyes3, Yukgehnaish Kumasaran2, Sivanchandran Parimannan2, Heraa Rajandes2, Bent Petersen1,2, Martha RJ Clokie4 and Thomas Sicheritz-Pontén1,2

CBC57Efficient de-novo assembly of long reads using undirected graphsDavid Guevara, Juan Camilo Bojacá, Miller Trujillo, Jorge Duitama

CBC58Pipeline bioinformático que permite identificar genes candidatos asociados a patogénesisGrisales-Vargas Cristian1, Pérez-Jaramillo Juan E2, Cardona-Bustos Nadya L.1, Arteaga-Figueroa Luis3, Correa-Álvarez Javier3

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Contenido

CBC59Robust and efficient software platform for de novo genomic diversity analysisAndrea Parra Salazar1, Paula H. Reyes-Herrera2, Jorge Duitama1

CBC60Astrocyte Neuron Simulation Environment Platform (ANSEP): Simulación metabólica basada en datos ómicos de modelos de astrocito-neurona para el estudio de enfermedades neurodegenerativasMaría Fernanda Pardo Pachón, Andrés Mauricio Pinzón Velasco, Janneth Gonzalez Santos

CBC61Simulación y Detección de Variantes Precisa, Eficiente, y Amigable al Usuario en Experimentos de TILLINGJuan Sebastián Andrade-Martínez1,2, Juanita Gil3, Jorge Duitama3

CBC62Escalabilidad en flujos de trabajo para el llamado de variantes de exomas en computación de alto rendimiento (HPC)Miguel Eduardo Guevara Burbano1, Pedro Antonio Moreno2

CBC63ArtGel: Artificial Intelligence Gel Analysis ToolHéctor Alejandro Ruiz-Moreno1,a, Cindy Ulloa2,3,a, Diana Rojas-Rengifo2,3, Luisa Fernanda Jiménez-Soto3,4, Jorge Duitama4

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Contenido

CBC64Algoritmo para Simplificar Trayectorias de Plegamiento de ProteínasLuis Garreta1, Mauricio Martinez2,

Pedro A. Moreno3

CBC65Bayesian Classifiers for the evaluation of genetic markers in plantsLuisa Matiz Cerón1,2, Alejandro Reyes1,2, Juan Manuel Anzola1,2

CBC66Clasificación de Péptidos Usando Algoritmos de Aprendizaje AutomáticoAndrés Orrego1, Geraldine Duque1, Pablo Cardona1, Alberto Ceballos1, Carlos A Mera2, Sergio Orduz1, John W Branch1

CBC68A machine learning-based pipeline for the classification of CTX-M in metagenomics samplesDiego Hernando Ceballos López

CBC69Construction of Gene Regulatory Network using RNA Sequencing dataCristian Gonzalez-Prietoa, Liliana López-Kleineb

CBC70Flujo de trabajo bioinformático para estudios de asociación de genoma completo en plantas de papa tetraploide.Luis Garreta1, Paula Helena Reyes-Herrera2, Ivania Cerón-Souza

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CBC72Molecular dynamics and metadynamics study on back pocket-binders of CDK2 and VEGFR2 as potential small-molecule dual inhibitorsAndrés Felipe Vásquez1, Alejandro Reyes Muñoz2,3, Jorge Duitama4, Andrés

CBC73Evaluation of the electrostatic epitopes for flaviviruses NS1 proteins by a computational approachPoveda-Cuevas, S.A.1,2,6, Etchebest, C.3,4,5,6, Barroso da Silva, F.L.1,2,6

CBC74Enzymatic Hydrolysis Modeling of Whey Proteins for Obtaining Antioxidant PeptideJesus Morales García1, Jorge Duitama2 Andrés Fernando González Barrios1

CBC75Modelación de bicapas lipídicas y análisis de sus propiedades físicas mediante Dinámica MolecularValderrama-Maya Margarita1, David-Caro Jorge1, Gómez-Ramírez Luis

CBC77Exploración in sílico de compuestos de origen natural con potencial anti-AlzheimerWillian Orlando Castillo Ordoñez1, Silvana Giuliatti2

CBC79Dinámica molecular del trímero de hemaglutinina del virus de la influenza AH1N1Juárez-Monroy JA, Benítez-Cardoza CG y Zamorano-Carrillo A.

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CBC80Caracterización química in-silico de interacciones proteína-proteína tipo dominio-motivo para el estudio de las actividades patógeno-hospedero en modelos viralesLJ Materón Cañarte, A Becerra Sandoval, PA Moreno

CBC81Tasa de mutación evolutiva y predicción de sitios de unión farmacológica en Bcl-2Rendón-Romero LM, Benítez-Cardoza CG y Zamorano-Carrillo A.

CBC82Indole-Containing Phytoalexin-Based Bioisosteres as an Alternative for the Control of Phytopathogens: Exploring the Interaction between Antifungal Phytoalexin Analogs and Fusarium EnzymesAndrea Angarita-Rodríguez1 , Diego Quiroga1 , Ericsson Coy-Barrera1

CBC83Propuesta metodológica para la evaluación de la interacción de péptidos formadores poro y membranas biológicas, mediante dinámica molecularPaula Andrea Giraldo1, Diego Javier Alonso2, Sergio Orduz1, Dario Estrin2

CBC84Diseño in silico de un nanoporo a base de silicioMarmolejo Giraldo, I.C1, Guevara Burbano, M.G.2, Moreno Tovar, P.A.3

CBC85Análisis estructural de la familia de HDACs mediante simulación por dinámica molecular Yudibeth Sixto-López, Martiniano Bello, Jose Correa-Basurto

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Contenido

CBC86Abordaje inmunoinformático y dinámica molecular de regiones conservadas de la Fimbria P de Escherichia coli uropatógenaAndrés Felipe Cuspoca Orduz1, Diana Carolina Clavijo2, Yardany Rafael Mendez1 & Juvenal Josa Reyes3.

CBC87Análisis estructural de la Proteína Precursora de Amiloide, sustrato de la enzima γ-secretasa y su relación con la Enfermedad de Alzheimer familiarElías Cataño-Sánchez1, Alejandro Soto-Ospina1,3*, Pedronel Araque2, Gabriel Bedoya1 y Andrés Villegas Lanau1,3

CBC88Primer análisis del repertorio de efectores apoplasticos en Phytophthora betaceiPaola Rojas, David Urbina, David Ayala, Natalia Guayazan, Maria Fernanda Mideros , Adriana Bernal y Silvia Restrepo

CBC89Protein Moonlighting: Structural predictive model of presenilin-2 (PSEN-2) protein and analysis of structural effects of familial Alzheimer’s disease mutationsAlejandro Soto-Ospina1,3, Andrés Villegas Lanau1,3*, Gabriel Bedoya1 and Pedronel Araque2*

CBC90Inhibición potencial del Clorpirifós a la enzima peróxido dismutasa de la abeja Apis melliferaLaura Arias1, Sofia León1, Adenys Rodríguez1, Edwin Reyes2, Gilles Pieffet3, Nelson E. Arenas1

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Contenido

CBC92Estudio del metabolismo del NAD+ en protozoos de vida libre y parásitosLeidy Constanza Villalobos Gonzalez; María Helena Ramírez Hernández

CBC93Análisis bioinformático de variantes moleculares de la proteína miocilina en pacientes con riesgo de glaucomaHarry Castillo Plata, Andrés Castillo

CBC94Caracterización estructural de los posibles receptores del péptido-88 asociado a alteraciones de la barrera hematoencefálicaYehidi J. Medina1, Camila A. Lota2, Karina Vargas-Sánchez3, Mónica Losada-Barragán11Biología celular y funcional e ingeniera de biomoléculas, Universidad Antonio Nariño,

CBC95En búsqueda de la NAD quinasa de Trypanosoma cruziJaime Hernán García Echeverry, María Helena Ramírez Hernández

CBC96Predicción de la interacción de la cefalexina con una posible Serina-β-lactamasa de Bacillus cereusDiego A. Castiblanco1, Wendy N. Rueda1, Nelson E. Arenas1

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Contenido

CBC97Acercamiento bioinformático a una enzima clave en el metabolismo del NAD+ en Leishmania: Nicotinato fosforibosiltransferasa (NAPRT)Diana Paola Díaz, María Helena Ramírez

CBC98Búsqueda de enzimas con actividad ligninolítica y hemi-celulolítica de especies de hongos con posible aplicación a la industria textilCristian Felipe Siabato Vargas, Jonathan Carvajal Velosa, Nelson Enrique Arenas Suarez, Johana Mireya Nino Abella

CBC99Caracterización molecular in silico de la familia de proteínas ALBA en Trypanosoma cruziMatiz-González JM, Nocua PA, Cuervo CL.

CBC100Diseño de un péptido antimicrobiano para prevenir la invasión de Mycobacterium leprae en la célula hospederaNelson Enrique Arenas1, Gilles Pieffet2, Martha Inírida Guerrero3

CBC101Identificación de un posible motivo en proteínas de choque frío que causa pausa ribosomal en Escherichia coliNelson E. Arenas1*

CBC102Análisis estructural y funcional de la proteína MlaE del complejo transportador MlaFEDB de Escherichia coliMendoza, A1; Moré, L1; Vargas, L1; Arenas, N1.

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Contenido

CBC103Diseccionando a los Caudovirales: Evaluación de su Clasificación Interna y Potencial Relación Evolutiva con TectiviridaeJuan Sebastián Andrade-Martínez1,2 & Alejandro Reyes

CBC104Identification and Annotation of LTR-retrotransposons: A challenge to understand the plant genome structure and evolutionSimon Orozco-Arias1,2, Gustavo Isaza2, Reinel Tabares-Soto3, Romain Guyot3,4,*

CBC105Genomic regions associated with fruit quality and yield in 96 elite tomato linesVioleta Calvo-Salazar1, Jorge Duitama2, Mateo Vargas-Hernández3, Jaime Sahagún-Castellanos1, Juan Enrique Rodríguez-Pérez1.

CBC106Análisis de las alteraciones del genoma mitocondrial de insectos y su impacto en la evoluciónManuela Alejandra Moreno Carmona – Carlos Fernando Prada Quiroga

CBC107Análisis genómico comparativo con diferentes especies y subgenotipos del apicomplexa CryptosporidiumLaura Marcela Arias-Agudelo1, Gisela M. García-Montoya2, Felipe Cabarcas1,3, Ana Luz Galván-Díaz4, Juan F. Alzate1

CBC108Identificación de un clúster de genes relacionados con la producción de sideróforos en Escherichia coli St131Andrés Felipe Cuspoca Orduz1, Yardany Rafael Mendez1, Juvenal Josa Reyes3, Diana Carolina Clavijo2.

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Contenido

CBC109Evaluación del dispositivo MinION para la secuenciación del genoma de la bacteria Pseudomonas protegens aislada de nemátodos en Guadua, López-Alvarez. Diana1, Rojas P. Ruben D1, Rugeles S. Paula1, Muñoz. Jaime Eduardo1

CBC110Estudio comparativo del genoma mitocondrial en anfibios y reptiles: relación entre las reorganizaciones genómicas y la selecciónMaría Paula Montaña Lozano y Carlos Fernando Prada Quiroga

CBC112Primer reporte y secuencia completa del genoma del virus del mosaico de la yuca de Sri Lanka aislado en Tailandia usando tecnología Nanopore , Ana M. Leiva1, Wanwisa Siriwan2, Diana Lopez-Alvareza1, Israel Barrantes3, Nuannapa Hemniamb, Kingkarn Saokhamd, Wilmer J. Cuellar1

CBC113Reconstrucción metabólica a escala genómica de cuatro especies vegetales de uso tradicional en colombia con potencial en bioprospección, Alvarez-Yela, C.1; Rivera, L.1; Botero, J. 1; Botero, K.1; González-Muñoz, A.1

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CBC114Caracterización del genoma de Streptomyces pratensis MCR24 con potencial para la degradación de material lignocelulósicoOdacir José Romero Marriaga1, Diana Carolina Clavijo2, Marcela Franco- Correa1, Natalia Comba1, José Salvador Montaña1

CBC116Análisis evolutivo del genoma mitocondrial en peces: relación entre la variabilidad genética y procesos adaptativosJesús Mauricio Ochoa Capera

CBC117Caracterización genómica del Potato mop-top virus (PMTV) infectanto uchuva (Physalis peruviana) en AntioquiaAndrea Restrepo Escobar, Mauricio Marín Montoya, Pablo A. Gutiérrez Sánchez

CBC118Ensamblaje del genoma la variedad CC 01-1940, un híbrido de caña de azúcar de gran productividad en la industria ColombianaJhon Henry Trujillo1, Jorge Duitama2, Loaiza CD, Quintero M1, José DeVega3, John J. Riascos1

CBC119Estudio comparativo del genoma mitocondrial en aves y el impacto de la variabilidad genética en la adaptaciónNatalia Sofía Medina Camacho, Carlos Fernando Prada Quiroga

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CBC120Análisis transcriptómicos y metabolómicos de la regulación lumínica de metabolitos secundarios de cacaoAdriana M. Gallego1, Alejandro Rodríguez2, Luisa F. Rojas3, Aura I. Urrea1, Lucía Atehortúa1, Siela Maximova4, Mark Guiltinan4,

Natalia Pabón-Mora5

CBC121Transcriptómica comparativa para la predicción de genes de caña de azúcar (Saccharum spp.) con potencial para conferir tolerancia al déficit hídricoEliana Torres-Bedoya1, Héctor Espitia1, José D. Cortes1, Luis H. Nasmuta1, Jorge A. Duitama2, John Jaime Riascos1

CBC123Transcriptomic Characterization of the Tree Tomato Response to Late Blight Caused by Phytophthora betaceiDaniel Bautista1, Natalia Guayazán1, David Botero1, Jorge Duitama2, Adriana Bernal3 and Silvia Restrepo CBC124

Análisis transcripcionales in vivo revelan los mecanismos de virulencia de Xanthomonas citri subsp. citri durante la etapa inicial de la cancrosis de los cítricosSara Coromoto Suárez Acevedo1, Daniel Guariz Pinheiro2, Jesus Aparecido Ferro2, Giovanni Chaves Bedoya1, Elkin Fernando Rodas

Mendoza1,2

CBC125Análisis de expresión diferencial de canales de potasio dependientes de voltaje tipo Shaker en cáncer de cérvixMarcela Orjuela-Rodríguez1, Jerónimo Rojas-Díaz2

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CBC126Receptores de toxinas Cry presentes en el transcriptoma de Premnotrypes vorax Hustache (Coleóptera: Curculionidae)Velásquez C. Luisa F1, Cerón S. Jairo A1.

CBC127Determinación bioinformática de la estructura tridimensional de la proteína β-fructosidasa y la predicción de su actividad biológicaNicolas Contreras Bolivar y Carlos Javier Almeciga Díaz

CBC128Mapeo de genes candidatos asociados a caracteres de crecimiento en ovinos criollos de peloCardona K. M.1*, López D. C.1, Palacios Y. A.1 Álvarez L.A

Agradecimientos

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Apreciados investigadores,

El Congreso Colombiano de Bioinformática y Biología Computacional(CCBCOL) se viene realizando desde el año 2011, mostrando la aplicación dela secuenciación de próxima generación y ciencias de la informática alprocesamiento de datos ómicos para la solución de problemas que permitanmejorar las condiciones de vida de las poblaciones humanas y un usoadecuado de los recursos naturales frente al devastador panorama decontaminación que afronta nuestro planeta. Desde el primer congresorealizado en la ciudad de Bogotá y las subsecuentes versiones en lasciudades de Manizales, Medellín y Cali, se ha evidenciado un aumentoconsiderable en la masa critica de bioinformáticos en el país, con interesescomunes en biología y química computacional aplicados a otras áreas delconocimiento. Las diferentes versiones del CCBCOL ha permitido lasocialización y discusión de resultados, la formación de redes decolaboración científica, priorizar áreas de investigación, evitar la duplicaciónde esfuerzos y avanzar en la divulgación científica y la formulación denuevos proyectos de investigación.

Para dar continuidad a la socialización de los avances científicos yacadémicos en el país en el área, la Universidad del Tolima, la Universidadde Ibagué, la Universidad de los Andes, la Universidad de Antioquía, laUniversidad Nacional, la Universidad del Valle y la Sociedad Colombiana deBioinformática y Biología Computacional (SC2B2) han organizado el VCongreso Colombiano de Bioinformática y Biología Computacional(V_CCBCOL) - Ibagué, Construyendo Innovación y Desarrollo. Como puedenapreciar en el contenido del Congreso, se presenta una alta calidad científicaen las ponencias y se socializa un significativo avance en ingeniería desoftware.

El integrar a la programación del Congreso la realización del Segundo simposionacional de estudiantes de bioinformática, RSG-Colombia (Regional StudentGroups), International Society for Computational Biology – ISCB, permiteintegrar la comunidad bioinformática del país, apoyar los esfuerzos de tesistasnacionales y mejorar las oportunidades de formación de nuestros estudiantes.El comité organizador quiere también quiere agradecer a los conferencistasinternacionales por sus aportes científicos al Congreso a través de lasconferencias y la capacitación dada en los cursos precongreso.

Finalmente, la Universidad del Tolima y la ciudad de Ibagué quieren agradecera la comunidad científica del país por la oportunidad de organizar y realizar elV_CCBCOL y acoger a la comunidad de bioinformáticos y químicoscomputacionales del país. En nombre del rector de la Universidad, Dr OmarMejía Patiño, del director de la Oficina de Investigaciones y DesarrolloCientífico, de nuestros estudiantes de pregrado y posgrado, nuestrosprofesores y el comité organizador, muchas gracias por venir a nuestra casa yenriquecer nuestro panorama acerca del uso de la Biología Computacionalaplicada a la solución de problemas.

Con aprecio,

DANIEL ALFONSO URREA MONTESDecanoFacultad de CienciasUniversidad del TolimaPresidenteComité organizador V_CCBCOL

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1. Resúmenes conferencias internacionales

Towards Clinical Interpretation of Proteomics Data Using ConnectiveKnowledge

Alberto Santos Delgado

Postdoctoral fellow - Clinical Proteomics labThe Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research

University of Copenhagen - Faculty Of Health Sciences

Development of high-throughput technologies such asgenomics, transcriptomics,proteomics or metabolomics, hasnotably aided the analysis and interpretation of biologicalsystems, specially in the context of disease. Thesetechnologies provide high-resolution and high-quality data,which allow a more comprehensive view of such systems.However, a single omics dimension is often not sufficient tounderstand the underlaying mechanisms of complex diseasesand biological processes, and the integration of multi-dimensional data is then key to better understand thiscomplexity. This, together with the generation of larger omicsdatasets and the collection of knowledge around themscattered across different resources opens new challenges inthe analysis, integration and interpretation of these data. Toovercome these challenges, graph-based approaches are anideal method to systematically integrate and consolidate allavailable omics types and all the annotations around them,providing a comprehensive biological framework toinvestigate large-scale multi-dimensional data. One of thestrengths of graphs is that they allow focusing on data pointsor nodes not as silos, but as connected components that helpidentify patterns and explain emergent behaviors. Followingthis approach, we propose a system that integrates multi-omics data and information spread across various databasesinto a Knowledge Graph. To illustrate, in our system anidentified protein in a proteomics experiment encompassesalso all its related components (other proteins, diseases,drugs, etc.) and their relationships. Thus, our graph facilitatesthe interpretation of data and the inference of meaning byproviding relevant biological context. Further, all data arecollected and harmonized in a single platform facilitating dataanalysis and providing an excellent ecosystem for machinelearning.

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Long reads and whole genomes from microbiome samples

Daniel Huson

University of Tuebingen

Microbiome analysis using shotgunsequencing is an exciting field of research.Many samples have been sequenced usingshort read techniques and a vast amount ofbioinformatics research has beenundertaken to make the analysis of suchdatasets possible. However, the assemblyof whole chromosomes from metagenomicdata has remained an elusive goal. Longread sequencing now allows one to addressthis and has opened up a number of newbioinformatics questions.

2. Resúmenes conferencias nacionalesEstrategias de la química computacional para predecir

teóricamente modos de acción de potenciales moléculas antioxidantes

Edison Osorio [email protected]

Grupo de Investigación en Química Bioorganica y Sistemas Moleculares –QBOSMO Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas

Universidad de Ibagué

Los principales retos en cuanto a las investigaciones teóricassobre los radicales libres (RL) se basa en identificar todas lasposibles rutas químicas que podrían estar implicadas en suneutralización. Para predecir teóricamente los diferentesmodos de accíon de RL es necesario elegir un indicadorcuantitativo que esté adecuadamente relacionado con laactividad antioxidante, así como considerar los factoresambientales que pueden influir en dicha actividad. En estaconferencia se presentará una breve descripción de lasestrategias para la elección de un nivel adecuado de teoríaque permita evaluar la tarea en cuestión y que modelossimplificados pueden usarse para explicar la actividadantioxidante sin perder ningún efecto importante. Sólocuando se tengan éxito en todos estos aspectos, los enfoquesteóricos serán lo suficientemente confiables como parapredecir el comportamiento químico real de las especiesinvestigadas.

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Predicción de segundos usos para el tratamiento de la leishmaniasis, validación in vitro y simulaciones

farmacocinéticas

Christian Bustamante1, Claudia Asela1, Rodrigo Ochoa2 y Carlos Muskus1

1Programa de estudio y Control de Enfermedades Tropicales-PECET.

2Max Planck Tandem Group Biophysics of Tropical Diseases.

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La leishmaniasis es una enfermedad tropical desatendidacausada por parásitos del género Leishmania y causaaproximadamente 1.5 millones de casos por año. Entre lasopciones farmacológicas para tratar la enfermedad estánlos antimoniales pentavalentes, la pentamidina, lamiltefosina y la anfotericina B. Sin embargo, todos estánasociados con una amplia gama de efectos adversos ycontraindicaciones, así como con la resistencia delparásito. En el presente estudio, se buscan alternativasfarmacológicas para el tratamiento de la leishmaniasis,con un enfoque en la reutilización de fármaco emplaadospara el tratamiento de otras enfermedades. Esto se realizómediante la detección de posibles homólogos entreproteínas que son blancos reconocidas de fármacosaprobados y proteínas del parásito. Las proteínas seanalizaron utilizando una red de interacción y losmedicamentos se sometieron a evaluaciones in vitro ysimulaciones farmacocinéticas para comparar lasconcentraciones plasmáticas probables con lasconcentraciones efectivas detectadas experimentalmente.Esta estrategia arrojó una lista de 33 medicamentos conpotencial actividad anti-Leishmania, y más de 80 blancosproteicos en el parásito. De los medicamentos evaluadosin vitro, dos mostraron una alta actividad in vitro(compuesto 1 EC50 = 1.2 µg/mL y compuesto 2= EC50 = 8.5µg/mL), aunque resultaron un poco tóxicos para líneascelulares humanas. Estos resultados nos permitieronproponer estos fármacos como candidatos para futurosestudios y evaluaciones in vivo, inicialmente en modelosanimales en una formulación de la efectividad tópica parala leishmaniasis cutánea.

Para ilustrar la aplicación de estos desarrollospresentaré los esfuerzos que hemos realizadorecientemente en colaboración con diferentesinstituciones para proveer recursos genómicos dealta calidad para la investigación en frijol lima(Phaseolus lunatus). Este cultivo es el segundo másimportante del género Phaseolus después del frijolcomún y, gracias a su alta capacidad de adaptación adiferentes ecosistemas, es un cultivo promisoriopara enfrentar problemas de seguridad alimentariarelacionados con el cambio climático. Combinandodatos de secuenciación de PacBio e Illumina con 4diferentes protocolos logramos un ensamblaje anivel de cromosomas para esta especie con untamaño total de 516Mbp y 43,997 modelos degenes. Comparando este genoma con el de frijolcomún se encontraron dos inversiones mayores debrazos de cromosomas y expansiones derepeticiones de genes relacionados con resistencia apatógenos. El análisis de datos de genotipado porsecuenciación (GBS) de casi 500 accesiones silvestresy domesticadas reveló un nuevo centro dediversidad en accesiones silvestres y nuevos genesrelacionados con características de interésagronómico.

Esperamos que las funcionalidades de NGSEPpresentadas en esta charla junto con otras nuevassoluciones que se encuentran en desarrollo en estemomento continuen representando un apoyoimportante para una gran cantidad de instituciones ycontribuyan a potenciar a Colombia como un paíslider en genómica y bioinformática.

Los avances recientes en tecnologías de secuenciación de lecturas cortas ylargas (HTS por sus siglas en inglés) han permitido desarrollar recientementerecursos genómicos como ensamblajes de alta calidad y bases de datos devariación para una cantidad sin precedentes de especies a lo largo de todo elarbol de la vida. El uso de herramientas bioinformáticas para analizar datos deHTS es un paso necesario para obtener estos recursos y utilizarlos parasolucionar tanto preguntas de investigación en biología básica comoproblemas en medicina, agricultura y diferentes tipos de industrias. En losúltimos años nuestro grupo de investigación ha desarrollado NGSEP (NextGeneration Sequencing Experience Platform) como un software de altacalidad, eficiente y facil de usar para el análisis de diferentes tipos de datos deHTS. En esta charla presentaré los últimos desarrollos realizados dentro deNGSEP, comenzando por nuestro último algoritmo de agrupamiento local dehaplotipos para mejorar la calidad en el descubrimiento y genotipado devariantes. Comparaciones realizadas con datos de HTS obtenidos condiferentes protocolos y en diferentes especies demuestran que NGSEP proveeigual o en algunos casos mejor confiabilidad que otras herramientasutilizando en algunos casos menos de la cuarta parte de recursoscomputacionales. También presentaré nuestra nueva solución paracomparación de genomas completos, la cual incluye una identificacióneficiente y precisa de genes ortólogos y bloques de sintenia a partir de laconstrucción de índices FM de los proteomas correspondientes a los genomasa comparar. Diferentes experimentos de muestran que NGSEP puede en unospocos minutos y en un portatil reconstruir relaciones de ortología y sinteniasobre más de 10 millones de años de evolución.

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Construcción de software para genómica comparativa y de poblaciones aplicado al desarrollo de recursos genéticos en frijol lima

Jorge Duitama

Systems and Computing Engineering Department

Universidad de los Andes, Bogota ́, Colombia

Colombia es un país megadiverso, tenemos todos los tipos de climas yecosistemas, en animales y plantas mantenemos los primeros lugares a nivelmundial en reportes de número de especies, pero ¿Que tanto conocemos de ladiversidad microbiana que tenemos? y ¿Qué tanto conocemos del impacto que esadiversidad microbiana tiene en los diversos ecosistemas? En el laboratorio deEcología Microbiana y Biología Computacional estamos usando métodosmoleculares independientes de cultivo, incluyendo metabarcoding (de 16S ARNr eITS) y secuenciación shotgun, para caracterizar las comunidades microbianaspresentes en diferentes ecosistemas. Desde ecosistemas complejos como el RíoBogotá que a su paso por la ciudad recibe grandes descargas de aguascontaminadas de Bogotá junto con cargas microbianas importantes, incluyendogenes de resistencia a antibióticos. En otros ambientes, es de gran importanciatambién caracterizar las comunidades microbianas asociadas a animales, ya queestas tendrán una gran importancia en el estado de salud del hospedero. Estascomunidades, conocidas como microbiota, han sido blancos de muchos estudiosen años recientes. Trabajos con el caracterizando la microbiota intestinal del osode anteojos nos ha permitido ver la importancia de la dieta en estudios deconservación de estos animales, en particular cuando estos animales están encautiverio. En corales también hemos visto como los cambios en la microbiota sevuelven un importante biomarcador para determinar posibles problemas de saluden el hospedero. De igual manera, cambios en la microbiota sirven comomarcadores de enfermedad en camarón y permiten caracterizar el efecto de losprobióticos en estos animales. En pollos, caracterizar el microbioma tambiénpermite ver el efecto de la terapia de fagos como control de Salmonella, unpatógeno humano muy importante. Finalmente, en el sector agroindustrial, lacaracterización de la microbiota durante el proceso de fermentación del cacao, nospermite tener una mejor visión del proceso de fermentación y entender muchomás de los cambios moleculares y funcionales que ocurren durante este proceso ylas consecuencias que tienen en la calidad del producto final. Estos son sóloalgunos de los ejemplos en los que conocer las comunidades microbianas nospueden afectar la comprensión que tenemos y la utilidad biotecnológica o deconservación que se le puede dar a diferentes ecosistemas Colombianos.

Del Cacao al Rio Bogotá, lo que los Microbiomas nos dicen sobre la biodiversidad Colombiana

Alejandro Reyes

Departamento de Ciencias Biológicas-Facultad de Ciencias

Grupo de Investigación en Biología Computacional y Ecología Microbiana

Grupo Tándem Max Planck en Biología Computacional

Universidad de los Andes, Bogotá D.C., Colombia

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En la biología de este nuevo siglo, es fundamental poder contar con modelos genómicos de referencia anotados con la mayor precisión posible. Esto permite acelerar estudios comparativos, evolutivos, metabólicos, de conservación, entre otros.

Aunque los costos de las tecnologías desecuenciamento NGS han disminuidoconsiderablemente en el ultimo lustro y que elacceso a estas tecnologías a través de serviciotécnicos externos es cada vez mas fácil y común, elprocesamiento informático sigue siendo el talón deAquiles. En Aquellos organismos donde no se cuentacon modelos genómicos de referencia de especiescercanas el reto puede ser aun mayor. Cuando laespecie en estudio es un eucariota complejo, plantaso vertebrados, por ejemplo, el volumen de datoscrudos que se deben procesar supone un retocomputacional mayor, requiriéndose servidores conmemoria RAM desde los 512 GB a varios terabytes ygran demanda de capacidad de almacenamiento endisco. Desde lo biológico el reto no es menor, ya queestos organismos complejos cargan gran cantidad demicroorganismos como microbiota asociada, y en elcaso de especímenes ambientales, esta microbiotaasociada suele ser compleja y rica enmicroorganismos que son especies nuevas. En estapresentación deseo mostrar, con un ejemplo de unaplanta silvestre Andina, la complejidad que revisteplantear un proyecto genómico de novo en unaespecie no modelo y los pasos que se requirieronpara llevar a cabo este tipo de proyectos en especiesneotropicales.

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Construcción de modelos genómicos de referencia en organismos complejos no modelo

Juan F. Álzate Restrepo

Departamento de Microbiología y Parasitología, Facultad de Medicina, Universidad de Antioquia

Centro Nacional de Secuenciación Genómica-CNSGSede de Investigación Universitaria-SIU

Universidad de Antioquia

Aprendizaje Multi-vista para integración en multi-ómicas

Luis Fernando Niño

Departamento de Ing. de Sistemas e Industrial Universidad Nacional de Colombia, Sede Bogotá

El impacto potencial del crecimiento en el volumen, la variedad y lacomplejidad de los datos óhmicos en el estudio de los seres vivos, asícomo el diagnóstico y tratamiento de enfermedades, en particular, através de su aplicación en la medicina de precisión, solo será posible através del uso de modelos y métodos integradores adecuados.Actualmente, existen métodos y aplicaciones limitados de integraciónheterogénea de datos multi-omicos. El aprendizaje de múltiples vistaso aprendizaje multi-vista (Multiview learning) aparece como unabuena alternativa para resolver las dificultades inherentes de trabajarcon datos ómicos de alta dimensionalidad, al explotar la altaredundancia, la alta correlación y la no negatividad presentes en lamayoría de los datos multi-ómicos. Asimismo, para resolver uno de losprincipales objetivos en el análisis de datos multi-ómicos como esmodelar la complementariedad mutua, la causalidad y laheterogeneidad en estos conjuntos de datos.

Aunque existen diversas técnicas experimentales para medir elcomportamiento de los elementos celulares, los modelos para analizarlos datos resultantes suponen experimentos homogéneos con finesespecíficos. Los algoritmos y modelos existentes para la identificaciónde procesos celulares en datos multi-ómicos presentan limitacionespara integrar colecciones de experimentos heterogéneos.En esta charla se presentarán de manera breve los principalesconceptos y métodos del estado del arte en aprendizaje multivista.Además, se presentarán resultados de un caso de estudio deintegración de datos multi-ómicos de Mycobaterium tuberculosis.

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Comparative analysis of genes/proteins and genomes partially orcompletely sequenced in parasites are important to understand thegenomic biodiversity and evolution of parasites and their hosts in termsof different selective pressures in their habitats. Proteins secreted byparasites are able to modify the host’s environment and modulate theirimmune system. Little is known about the composition and variabilityof secreted proteins in different parasites species, further itscontribution in the progress of the infection. Bioinformatics issupporting the in silico secretomes prediction from different parasitesgenomes aiming to understand the diversity and evolution ofsecretomes. Secreted proteins are associated with biological processsuch as: invasion, infection, adhesion, immunoregulation among others.Besides with the study of protein domains and domain architectures insecreted proteins is possible to identify specific signatures associatedwith niche or hosts. On the other hand, evolutionary studies of theseproteins allowed us to observe their diversity at the molecular level andgene duplications events, shaping the evolution over time. In thesecond part of the talk I will speak aboutthe study of molecular host-parasite interactions mediated by secretedproteins, which is essential to understand parasite infection and localadaptation within the host. Recent efforts use several strategies toidentify inter-species protein–protein interactions (PPIs) between thehost and parasites, viruses and bacteria. We propose a computationalintegrative approach to predict host-parasite protein-proteininteraction (PPI) networks resulting from the human infection by 15different different eukaryotic parasites. The resulting PPI networks werecompared across parasites to identify specific and common mechanismsthat may define a global pathogenic hallmark. The predicted PPInetworks can be visualized and downloadedat http://orthohpi.jensenlab.org.

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Host-parasite interaction and autoimmunity: weaving biological networks

Yesid Cuesta-Astroz 1,2

1School of Microbiology, Universidad de Antioquia, Medellin, Colombia.

2Instituto Colombiano de Medicina Tropical, Universidad CES, Medellin, Colombia.

http://orthohpi.jensenlab.org/

Parasites can orchestrate arange of outcomes that arebeneficial not only toparasites, in terms of takingadvantage of differentmetabolic pathways of thehost to facilitate their lifecycles, but also beneficial totheir host in limiting orcontrolling autoimmunediseases. This biologicalprocesses are based mainly onparasite’s secreted proteins.In summary, this talk aims toshow that the study of thediversity of proteins and theirinteractions in the host-parasite context willcontribute to understandingthe interplay of parasite-drivenimmune responses andautoimmunity.

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La polinización tiene un importante rolecológico, este proceso es vital para elmantenimiento de los ecosistemas y esresponsable del incremento de calidad, cantidady estabilidad del ~60% de los cultivos a nivelmundial. Los abejorros pertenecientes al géneroBombus tienen una excelente tolerancia aelevadas altitudes con bajas temperaturas y sonimportantes polinizadores. La microbiotaintestinal en los insectos provee beneficios entérminos de salud y nutrición. Estudios previoshan demostrado que perturbar su microbiotaintestinal genera efectos negativos,disminuyendo la síntesis de nutrientes yprotección a patógenos. En el neotrópico existen~42 especies de Bombus y la información sobresu microbiota intestinal es desconocida. Lapérdida de hábitat, patógenos y cambioclimático han dirigido la disminución poblacionalen los insectos; potencialmente el cambioclimático tendrá impacto en la biodiversidad,obligando animales y plantas a adaptarse. Porende, es importante comprender la microbiotade estas especies y evaluar cómo varían según suentorno. El objetivo principal de este estudio esproveer la primera caracterización de lamicrobiota intestinal de algunos abejorros delneotrópico, y realizar una comparación dediversidad y abundancia entre ellos.

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CBC01¿Varía la Microbiota

Intestinal en Abejorros del Neotrópico

(Bombus sp.) en distintas altitudes?

Nickole Villabona1,3, TobinHammer 2, Nancy Moran 2,

Alejandro Reyes 1,3,4

1 Departamento de Ciencias Biológicas-Facultad de

Ciencias, Universidad de los Andes, Bogotá, Colombia

2Department of IntegrativeBiology, University of Texas,

Austin, TX, USA.3Grupo Tándem Max Planck en Biología Computacional, Universidad de los Andes,

Bogotá D.C.,4Center for Genome Sciences

and Systems Biology, Washington University

School of Medicine, Saint Louis, MO, USA

Se llevó a cabo el muestreo en tres rangosaltitudinales: 500 - 1500 msnm (metros sobre elnivel del mar), 1600 - 2500 msnm y 2600 - 3600msnm. Para cada rango se colectaron dos especiesde Bombus, teniendo una especie en común paratodas las altitudes y otra específica por altitud (10individuos por cada altitud y especie). Se amplificóla región V4 del gen 16S y se secuenció porIlumina con una longitud de 250 bp. Una vezobtenidas las secuencias se pre-procesaronmediante los programas fastQc, multiQc yTrimmomattic. Posteriormente, se realizó laderreplicación y corrección de errores desecuenciación mediante Dada2, generando lamatriz de ASVs con su respectivos valores defrecuencia. La asignación taxonómica fue realizadaa partir de la base de datos SILVA 132, medianteun clasificador basado en Sklearn e implementadoen la plataforma Qiime2. Finalmente seobtuvieron los índices de diversidad alfa y beta.Para la distinción de cepas estrechamenterelacionadas, se amplificó el gen minD, para labacteria Snodgrasella, y se sencuenció el genmarcador COI para la identificación de las especiede abejorros. Estas secuencias fueron alineadas ylimpiadas de regiones ambiguas a partir de Genius.Se realizará una filogenia a partir de máximaverosimilitud con RAxML utilizando el modelo desustitución GTRCAT.

Los residuos agrícolas son precursores dela materia orgánica del suelo y tienen unpapel fundamental en la salud del mismoal mejorar su estructura y agregación; sudescomposición en campo permite laentrada de carbono y otros nutrientes enel suelo, sin embargo, también puedefavorecer la proliferación de patógenos yenfermedades. En el cultivo de arroz, porcada tonelada de gramo producido, segeneran de 1 a 1.5 toneladas de residuo(tamo), convirtiendo en un gran reto suprocesamiento bajo condiciones decampo. La quema es la primera opción, apesar de generar gases efectoinvernadero y partículas inhalablesperjudiciales para la salud; comoalternativas el tamo puede serincorporado al suelo o dejado comocobertura para ser incorporado posterioral período de degradación; sin embargo,el conocimiento acerca de lasconsecuencias de quemar, incorporar odejar en cobertura el tamo (con aplicacióno no de microrganismos degradadores),sobre la comunidad microbiana y supotencial funcional, es limitado.

CBC02Exploración de la estructura y el

potencial funcional de la comunidad microbiana en

condiciones de campo posterior a la incorporación de residuos agrícolas de arroz mediante

metagenómica

Vanessa Otero-Jiménez1, Emiliano Barreto-Hernández2 and Daniel

Uribe-Vélez1

1Grupo de Microbiología Agrícola. Instituto de Biotecnología.

Universidad Nacional de Colombia2Grupo de Bioinformática. Instituto

de Biotecnología. Universidad Nacional de Colombia

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En este estudio, implementamos unensayo en campo en un cultivo dearroz empleando cuatro estrategias demanejo de los residuos: 1. Tamo encobertura con aplicación demicroorganismos degradadores; 2.Tamo en cobertura sin aplicación demicroorganismos; 3. Tamo incorporadocon aplicación de microorganismosdegradadores y 4. Tamo quemado eincorporación de las cenizas. Lasmuestras de suelo fueron tomadasantes de iniciar el ensayo (tiempoinicial) y veintidos días posterior a laaplicación de los tratamientos (tiempode degradación). El DNA fue extraídousando PowerSoil DNA Isolation Kit yprocesado usando una aproximaciónmetagenómica shotgun (Illumina HiSeq2000). Las secuencias de DNA noensambladas fueron anotadas conMetagenomics Rapid Annotation (MG-RAST) pipeline versión 4.0 para losanálisis posteriores.

CBC03Análisis de la composición

microbiana y diversidad del subsuelo marino del caribe

colombiano

Miguel Ángel Giraldo1 Jenny Gallo2 Nelson Rivera1 AndresCastillo11Departamento de

biología, Facultad de Ciencias Naturales y Exactas.

Universidad del Valle.2Departamento de

ciencias naturales y matemáticas, Facultad de

ingeniería y ciencias, Pontificia universidad

Javeriana-Cali.

En la actualidad, existe un gran vacío de información en las bases de datosmicrobianas a la fecha, ya que, del total de especies encontradas en esteestudio, solo el 8% aproximadamente se identificaron a nivel de especie.En las 6 muestras evaluadas, se identificaron dos especies comunes delgénero Bacillus según la base de datos de Silva: B. decolorationis y B.algicola y 3 especies comunes, según la base de datos de Greengenes:Erythrobacter citreus, B. selenatarsenatis y B. marisflavi. Teniendo encuenta sólo los organismos clasificados hasta el nivel de género seencontraron 8 géneros compartidos en todas las muestras: Erytrobacter,pseudomonas, halomonas, Bacillus, Hyphomicrobium, microbulbifer,clostridium y paenibacillus, según la base de greengenes, y los génerosPaenibacillus, Coxiella, Woeseia, Paramaledivibacter, fictibacillus,Halomonas, Bacillus y Pseudomonas según la base de datos de Silva. La altasimilitud encontrada entre los diferentes sitios de muestreo en el marcaribe colombiano, podría estar asociada con una alta capacidad deintercambio de microorganismos en ambientes marinos, así como a unaalta similitud en las condiciones ambientales de las regiones de muestreo.Los microorganismos encontrados en este estudio, han sido reportadoscomo organismos con gran versatilidad en la explotación de recursos yadaptación a ambientes extremos, por lo que, bajo condiciones tanexigentes como lo son los ambientes acuáticos, proliferan y explotanrecursos que no pueden aprovechar las bacterias más comunes y mejorcaracterizadas en ambientes terrestres. Este estudio representa un primeracercamiento a la diversidad de bacterias en el mar Caribe colombiano,abriendo un panorama de investigación sobre el potencial presente enestos microorganismos.

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En el subsuelo del fondo marino hay una considerablediversidad de microorganismos con características deinterés científico, debido a las condiciones extremas quedeben enfrentar, como oscuridad, grandes presiones yescasez de nutrientes. A pesar de que el 70% de nuestroplaneta está cubierto por océanos, por lo que existe unaamplia área de fondos marinos conformados porsedimentos que almacenan materia orgánica, es muy pocolo que se conoce sobre este entorno y no existen estudiosdel subsuelo del fondo marino en el mar del caribecolombiano que reporten la diversidad de las comunidadesmicrobianas que allí habitan. En este estudio secaracterizaron las comunidades bacterianas de doslocalidades del mar caribe colombiano a través desecuenciación masiva de las regiones V3 y V4 del ADNr 16Sen la plataforma Miseq de illumina. Se evaluaron 6muestras, las cuales fueron colectadas a través detecnología de box corer por Anadarko Colombia Companycomo parte de sus diversos proyectos costa afuera.

Nuestros resultados mostraron una alta diversidad demicroorganismos en sedimentos del mar caribe con valoresde los índices de biodiversidad superiores a los estimadosen organismos multicelulares (índices de Shannon>3) enotros ecosistemas, también permitieron determinar unasimilitud de la composición microbiana en las diferenteslocalidades evaluadas (valor p= 0,127).

Diversos estudios describen la microbiota intestinal como unbiomarcador de enfermedades metabólicas. La microbiotaintestinal es una comunidad dinámica afectada por factores delhospedero como sexo, edad, lugar de residencia, dieta, entreotros.

De estos factores, la dieta es reconocida por su capacidad depromover estados de salud o enfermedad cardiometabólicadependiendo de su composición. Sin embargo, la evidenciaactual es limitada respecto a las relaciones entre microbiotaintestinal y nutrientes consumidos en la dieta, lo que ha llevadoa proponer análisis dietarios alternativos.

El presente proyecto pretende analizar la relación del consumode alimentos de la dieta con la microbiota intestinal en unacohorte de la población colombiana con variados estados desalud cardiometabólica.

Se analizaron 459 adultos de ambos sexos, entre 18 y 62 añosde edad, provenientes de cinco ciudades del país (Bogotá,Medellín, Cali, Barranquilla y Bucaramanga). De estosindividuos se obtuvo información sociodemográfica, clínica,dietaria y de la microbiota intestinal. Usando herramientas debiología computacional y bioinformática implementados en losprogramas Qiime 1.9.1 y R 3.4.3, se realizaron análisisestadísticos multivariados para determinar si diferencias en elconsumo dietario de las diferentes ciudades se relacionan condiferencias en la composición de la microbiota intestinal.

A partir de análisis permutacionales de varianza sobrematrices de distancias de diversidad beta para los datosdietarios y de microbiota intestinal, encontramos que laciudad es la variable que mejor explica la variabilidad dela composición microbiana y de los grupos de alimentosconsumidos, seguido de la edad y el sexo. Análisis decomponentes principales por grupos de alimentosindicaron que los patrones alimentarios entre ciudadesson diferentes entre sí (p

Cocoa cultivation in Colombia is highly relevant as Colombian

cacao has unique organoleptic properties that have placed it

into the category of special cocoa in the world chocolate

market. The characterization of the variables that affect post-

harvest processes is crucial to improve aspects of quality and

taste and to position the product within this category. One of

the variables with the greatest impact is the presence and

activity of the microorganisms associated with the

fermentation and drying processes, time at which most of the

organoleptic properties of chocolate are acquired.

Nowadays, a general identification of the main groups of

bacteria and fungi in the different stages of fermentation has

been carried out. However, a comprehensive description of

the microbial communities at the species level, associated

with each day of a standardized process of fermentation, so

far has not been reported. The objective of this research is to

identify the species of microorganisms involved throughout a

process of fermentation of fine aroma cocoa beans for the

production of chocolate.

For this, a sample of the cocoa beans was extracted for each

day during the fermentation process in a cocoa production

farm. With the samples obtained, sequencing of 16S rRNA

was performed for the detection of bacteria and of the ITS2

for recognition of fungi by means of MiSeq Illumina. The

demultiplexed readings produced were used as a resource for

the identification of the microorganisms present for each day

of the process using the EzTaxon software with its application

for the detection of species with 16S rRNA sequences.

The algorithm produces a list of possible

species, taking as reference the

comparisons made against the NCBI

database. The identification allowed to

describe that the dominant species are

Bacillus subtilis, Lactobacillus fermentum,

Saccharomyces cerevisiae, Acetobacter

aceti, Fructobacillus pseudofilcunes,

Bacillus pumilus, and Halomonas

stevensi.

Interestingly, our study describes thepresence of Pestalotiposis rhodondendri,Lysinibacillus xylanilyticus and Lactobacillusvini which had not been previously reportedin cocoa beans fermentation. Moreover wefound a representative presence of bacteriaof the Enterobacteriaceae family.

The importance of this metagenomicsanalysis lies on the advent coupling of thespecies found with different properties ofchocolate, which broadens the possibilitiesfor the production of high-quality cocoa andbrings the cocoa producer closer tounderstanding the natural processesassociated with the production of chocolate.

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CBC05

Dissecting cocoa beans fermentation

through metagenomics analysis

Rodríguez-Cubillos M.J.1,2, Olarte, H. H.4, Del

Portillo, P.2, Cepeda-Hernández, M. L2, Anzola, J.

M.3, Calderón, D3. Rodríguez, C.M.4, Aguirre, L.4,

Restrepo, S.2, Fernández, M.A.1, González Barrios,

A1.

1 Grupo de Diseño de Productos y Procesos.

Departamento de Ingeniería Química y Alimentos -

Facultad de Ingeniería.

Universidad de los Andes. Bogotá, Colombia.2 Facultad de Ciencias. Universidad de los Andes.

Bogotá, Colombia.3 Corporación CorpoGen. Bogotá, Colombia

4 Casa Luker S.A. Colombia

CBC06Variación de las comunidades

bacterianas de Anastrepha obliqua(Diptera:Tephritidae) de acuerdo a

su estadio de vida y la planta hospedera

Jenny Johana Gallo-Franco1,2 & Nelson Toro-Perea1.

1Universidad del Valle, Facultad de Ciencias Naturales y Exactas,

Departamento de biología. Grupo de investigación en estudios

ecogenéticos y de biología molecular.

2Pontificia Universidad Javeriana Cali. Departamento de ciencias naturales y matemáticas, Facultad de ingeniería

y ciencias.

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Los insectos han establecido una relación estrecha con una amplia variedad demicroorganismos, los cuales, juegan un papel clave en su ecología y evolución. Lasmoscas de la fruta de la familia Tephritidae conforman un grupo de importanciaeconómica a nivel global, incluyendo especies como la mosca de la fruta de las indiasoccidentales, Anastrepha obliqua, que representa una importante plaga en la regiónneotropical. Aunque se han realizado varios estudios de la microbiota asociada conmoscas de la fruta, aún existen grandes vacíos sobre la diversidad y dinámica de lascomunidades bacterianas del género Anastrepha.

En este estudio, se colectaron tanto larvas como individuos adultos de A. obliqua apartir de frutos de Ciruela, Carambolo y Mango en dos zonas geográficas del Valle delcauca. Posteriormente, se realizó secuenciación masiva del gen 16s de las muestrascolectadas. A partir de los datos obtenidos se realizaron análisis de diversidadbacteriana, asi cómo la evaluación de la estructura poblacional de las comunidadesbacterianas de estas moscas polífagas de acuerdo al estadio de vida (larvas y adultos)y la planta hospedera que se encontraron infestando.

Nuestros resultados muestran que las comunidades bacterianas de A. obliqua seestructuran de acuerdo a su estadio de vida y la planta hospedera que infestan laslarvas. Los fila predominantes de la microbiota de A. obliqua fueron Proteobacteria,Bacteroidetes y Firmicutes. Los géneros predominantes dentro del filumProteobacteria fueron Wolbachia y Enterobacter tanto en larvas como en adultos conabundancias contrastantes entre ellas, siendo Wolbachia sp. más abundante en larvasy Enterobacter sp. más abundante en adultos. Los contrastes en la estructuración delas comunidades bacterianas, de acuerdo a la planta hospedera, se observaron entrelas larvas de los frutos de carambolo (Averrhoa carambola), respecto a frutos demango (Mangifera indica) y ciruela (Spondias purpurea), los cuales presentaron unamayor abundancia de las bacterias Enterobacter y Acetobacter.

A partir de nuestros resultados se puede hipotetizar que las comunidades bacterianas de A. obliqua se reorganizan de acuerdo a las necesidades de los diferentes estadios de vida de estos insectos e igualmente parecen estar jugando un papel importante en el establecimiento de esta especie de mosca en diferentes plantas hospederas. Este estudio representa el primer acercamiento al conocimiento de las interacciones microorganismo-insecto en moscas de la fruta en Colombia y abre un camino hacia el estudio del papel de la microbiota en el establecimiento de las moscas de la fruta como insectos plaga en diferentes cultivos agrícolas.

La acuicultura es un sector de producción dealimentos en rápida expansión, el cual enfrentadesafíos como el aumento de la eficiencia y lareducción del impacto negativo que producen suspracticas sobre el medio ambiente. Penaeusvannamei es una especie económicamenteimportante, que se distribuye en aguas marinastempladas y subtropicales. La producción acuícolade esta especie ha tenido problemas asociadoscon brotes de enfermedades, como la necrosishepatopancreática aguda (AHPND por sus siglasen ingles), que causó altas mortalidades en paísesproductores en la última década. Para el manejode esta enfermedad se empezaron a utilizarantibióticos, por lo que los países productoresempezaron a incentivar el uso de probióticos y seconvirtió en una práctica común del cultivo actualdel camarón. Estudios recientes han descrito quela microbiota está involucrada en procesos quebenefician al camarón en el control deenfermedades, la estimulación de la respuestainmune y la promoción de nutrientes; sinembargo, actualmente no hay informacióndisponible sobre el efecto de esta práctica en lamicrobiota y su efecto bajo condiciones deinfección.

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CBC07Metagenómica en acuicultura: una

herramienta potencial para evaluación de probióticos eficientes en el manejo de

enfermedades

Leda Restrepo1,2,3*, Cristóbal Domínguez-Borbor1, Leandro Bajaña1, Irma

Betancourt1, Bonny Bayot1,4 and Alejandro Reyes2,3,5.

1 Escuela Superior Politécnica del Litoral, ESPOL, Centro Nacional de Acuicultura e

Investigaciones Marinas, CENAIM, Campus Gustavo Galindo Km 30.5 Vía

Perimetral, P.O. Box 09-01-5863, Guayaquil, Ecuador.

2 Department of Biological Sciences, Universidad de los Andes, Bogotá,

Colombia.3 Max Planck Tandem Group in

Computational Biology, Universidad de los Andes, Bogotá, Colombia.

4 Escuela Superior Politécnica del Litoral, ESPOL, Facultad de Ingeniería Marítima y

Ciencias del Mar, FIMCM, Campus Gustavo Galindo Km 30.5 Vía Perimetral, P.O. Box 09-01-5863, Guayaquil, Ecuador.

5 Center for Genome Sciences and Systems Biology, Department of

Pathology and Immunology, Washington University in Saint Louis, Saint Louis, MO,

USA.

El objetivo de este estudio fue evaluar el efecto de unprobiótico en la microbiota gastrointestinal de camaronescultivados en condiciones AHPND. Los análisis de composicióny diversidad de la microbiota del estómago y elhepatopáncreas se realizaron usando amplicones de la regiónvariable V4 del gen 16S ARNr secuenciado usando laplataforma Illumina. Se usó QIIME 2 para la agrupación de ASVcon un 97% de similitud utilizando el algoritmo DADA2, laasignación taxonómica se realizó contra la base de datosGreengenes, y se estimó la α diversidad (OTU observados,Chao1, Shannon, Simpson) y la β diversidad (Bray – Curtis).Para la β diversidad, se eliminaron las ASV con una abundanciarelativa inferior al 1%. Encontramos que la microbiotagastrointestinal de camarones varía entre organismos sanos einfectados a nivel gastrointestinal. La diversidad bacteriana fuemayor en individuos sanos y menor en individuos infectadoscon AHPND. Además, evaluamos cómo los probióticos podríancontrolar las poblaciones patógenas en el tractogastrointestinal del hospedero y estimular la supervivencia enel cultivo de camarón. Finalmente concluimos que, a pesar dela importancia de la acuicultura en el mundo, la aplicación demetagenómica para el control de enfermedades sigue siendoun campo de estudio emergente, el cual podría ser clave en eldesarrollo de estrategias para mejorar la productividad,puesto que permitiría comprender y modular la microbiotacon probióticos, aumentando la resistencia a enfermedades,reduciendo el uso de antibióticos y el impacto ambiental queesto conlleva.

CBC08Estudio comparativo del microbioma

asociado a glándulas de veneno de tres escorpiones de Colombia

1* Castaño, S, 2López-Alvarez, D; 2 & 1Fierro, [email protected]

2Universidad del Valle, Cali. Grupo de Herpetología y Toxinología. Facultad de

salud.1Universidad Nacional de Colombia Sede Palmira, Facultad de Ciencias

Agropecuarias.

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Los escorpiones presentan glándulas de veneno para defensa o depredación, las cuales seencuentran expuestas al ambiente externo y podrían albergar una comunidad demicroorganismos que pueden evolucionar hacia relaciones ecológicas entre losmicroorganismos y el huésped. Con el fin de conocer la composición de la comunidad demicroorganismos en glándulas de tres escorpiones venenosos de Colombia: Chactasvandevedenii, Tityus forcipula y Tityus asthenes y posteriormente establecer relacionesneutrales, parasitarias o simbióticas entre los microorganismos y el huésped, llevamos acabo un estudio de metatranscriptómica a partir de cinco glándulas de veneno por cadaespecie y empleando dos replicas técnicas de secuenciación bajo un análisis de RNAseq. Seutilizaron los programas Kaiju y Qiime2 para describir la diversidad de microrganismos(bacterias, arqueas y virus) y la plataforma de análisis MGRAST para identificar el potencialgenético funcional de estas comunidades microbianas. El análisis mostró que el dominiobacteria es el más abundante (83-89%), seguido por los virus (11%-6%) y finalmente lasarqueas (6%-4%); además que los 8 filo más representativos fueron: Proteobacterias 34 a46%, Cianobacterias 13 a 36%, Firmicutes 5.1 a 8%, Actinobacterias 4.2 a 5.3%,Bacteroidetes 3.1 a 4.4%, Euryarchaeota 2.8 a 4.2 %, Crenarchaeota 0.81 a 1.1% yPlanctomycetes 0.5 a 1.1%. Los virus ocupan el tercer rango de importancia siendo másabundantes en T. forcipula (10.7%), seguido de T. asthenes (7.35%) y finalmente en C.vandevedenii con un 6%. La especie más abundante en todos los escorpiones fue laCianobacteria Leptolyngbya sp. PCC7336, mientras la segunda más abundante fueCollimonas pratensis para T. forcipula, Pseudomonas cerasi para T. asthenes y Sulfurovumsp. NBC37-1 para C. vandevedenii. Adicionalmente, se encontró 1992 especies demicroorganismos compartidos entre los escorpiones, con microorganismos únicos en cadauno de ellos, 56 para T. forcipula, 66 para T. asthenes y 94 para C. vandevedenii; tambiénhay 146 microorganismos compartidos para los Tytus vs una menor cantidad al comparar T.forcipula ó T. asthenes vs C. vandevedenii (60 y 68 especies). Estos resultados nospermitirán estudiar la evolución y la ecología entre los escorpiones y el entorno microbianode su glándula de veneno.

La digestión anaerobia es el tratamientobiológico más utilizado en las plantas detratamiento de agua residual para mejorar lacalidad de los lodos residuales favoreciendosu disposición y manejo de forma segura, elproducto de la digestión anaerobia esconocido como biosólido.

Durante la digestión anaerobia ocurre unatransformación de la materia orgánica ametano y dióxido de carbono. La eficiencia deeste proceso depende principalmente delbalance en la estructura microbiana y laactividad funcional de bacterias y arqueas. Lacomunidad microbiana presente en losdigestores anaerobios ha sido poco estudiadaen países tropicales.

Se recolectaron 12 muestras de biosólido cadames. La extracción del DNA se hizo utilizandoel Kit Powermax® Soil DNA Isolation(Laboratorios MO BIO). Las muestras fueronenviadas a Macrogen Inc. (Seúl, República deCorea) para realizar el secuenciamiento de lasregiones hipervariables V3-V4 del marcadormolecular 16S rRNA utilizando el sistemaMiseq. Las secuencias fueron analizadasutilizando la plataforma MOTHUR. Los análisisestadísticos se realizaron mediante elprograma Phyloseq del paquete RStudio.

Para cada muestra se analizaron aproximadamente 8500 OTUs. Elestimador Good's coverage estuvo alrededor del 95%. En los índicesespecies observadas, Chao1 y ACE, se observa que las muestrasrecolectadas al final del estudio presentaron una mayor riqueza deespecies con relación a las recolectadas al inicio. Se reportaron 29 filosbacterianos con variaciones en abundancias en función del tiempo. LosOTUs fueron clasificados en 14 géneros de arqueas y 654 génerosbacterianos. La arquea más frecuente fue Methanotrix. El filobacteriano dominante fue Chloroflexi (21,52 a 31,1%) con la familiaAnaerolineaceae como la más frecuente. El filo Proteobacteria mostrófrecuencias entre el 12,03% y el 25,3% representado por los génerosPseudomonas y Rhodobacter principalmente. El tercer filo másrepresentativo fue Firmicutes (9,5 a 23,9%), dentro del cual seencuentra el género Coprothermobacter como el más frecuente en lamayoría de las muestras (2,24 a 9,6%).

El filo Chloroflexi ha sido poco estudiado en los digestores anaerobios.Los integrantes de la familia Anaerolineaceae son bacteriasfilamentosas y los géneros reportados con mayor frecuencia en losdigestores anaerobios son Anaerolinea, Levilinea y Leptolinea. Enalgunos estudios se ha sugerido que estas bacterias participan en ladegradación de carbohidratos y aminoácidos. Coprothermobacter es unfermentador de proteínas, degradándolas hasta acetato, dióxido decarbono e hidrógeno. Los miembros de este género tienen potencialbiotecnológico teniendo en cuenta sus altos niveles de actividadproteasa. Los miembros del filo Proteobacteria tienen un papelimportante en los procesos de digestión anaerobia debido a queparticipan en el metabolismo de ácidos grasos volátiles comopropionato, butirato y acetato.

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CBC09Dinámica de la diversidad microbiana en biosólidosgenerados en la planta de

tratamiento de aguas residuales San Fernando

Katherine Bedoya Urrego1, Juan F. Alzate Restrepo 1,2, Felipe

Cabarcas Jaramillo 1,31Centro Nacional de

Secuenciación Genómica, Universidad de Antioquia2Grupo de Parasitología, Universidad de Antioquia

3Grupo de investigación en Sistemas Embebidos e

Inteligencia Computacional–SISTEMIC, Universidad de

Antioquia

CBC10Variación de la microbiota intestinal de

monos churuco (Lagothrix lagothricha) durante un proceso

de reintroducción

Camilo Quiroga1, Luis Chica3,4, Mónica Ramírez1, Alejandro Reyes3,4,5, Camila

González2 & Pablo Stevenson1

1 Laboratorio de Ecología de Bosques Tropicales y Primatología (LEBTYP).

Departamento de Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias. Universidad de los Andes Bogotá,

Colombia2Centro de Investigaciones en Microbiología y

Parasitología Tropical (CIMPAT). Departamento de Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias. Universidad de los Andes, Bogotá,

Colombia3Grupo de Investigación en Biología

computacional y Ecología Microbiana (BCEM), Universidad de los Andes, Bogotá

4Max Planck Research Group in ComputationalBiology, Universidad de los Andes, Bogotá5Center for Genome Sciences and SystemsBiology, Washington University School of

Medicine, Saint Louis, MO, USA.

La reducción en la diversidad de la microbiotaintestinal puede afectar la salud del hospederopor la pérdida de algunos grupos bacterianos,causando efectos negativos en el organismo.Aspectos como el uso de antibióticos, estrés ydieta cambian en cautiverio conllevandocambios en las comunidades microbianas,siendo la dieta uno de los factores másasociados. Estudios previos han realizadocomparaciones entre individuos silvestres y encautiverio, sin embargo, la variación de lamicrobiota intestinal en el proceso dereintroducción no se ha explorado. Esteescenario es una oportunidad para observarcómo la microbiota es afectada por estosprocesos y determinar la resiliencia yplasticidad de las comunidades microbianas conla intención de mejorar la salud de losindividuos reintroducidos. El objetivo de esteestudio es identificar cambios en composiciónbacteriana de tres churucos (Lagothrixlagothricha) reintroducidos y compararla conbases de datos de individuos de vida silvestre.Además, determinar si la dieta y el tiempo pos-liberación están asociadas con la diversidadbacteriana.

Se usó una técnica animal focal para obtener los datoscomportamentales y de dieta. Se secuenció la región V4 delgen 16S ARNr de 19 muestras fecales. Las secuenciasfueron pre-procesadas por calidad y longitud mínima,dereplicadas usando la herramienta deblur, generando unamatriz de ASVs (Amplicon Sequence Variants). La matriz fuefiltrada y usada para la obtención de índices de alfa y betadiversidad usando la herramienta phyloseq. La abundanciadiferencial fue evaluada mediante STAMP. Se hicieronregresiones lineales entre las variables obtenidas pormedio de datos focales y los valores de diversidadobtenidos. Finalmente, se compararon nuestras secuenciascon metagenomas de la misma especie disponibles enbases de datos con el fin de determinar si la reintroducciónpromueve la colonización de bacterias en los primatesreintroducidos.

Se encontró que las muestras de los individuosreintroducidos tienen una mayor diversidad alfacomparándola con los individuos en cautiverio, esto estáasociado al cambio de dieta posterior a la liberación, masno al tiempo.

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Se encontró que las muestras se agrupan porindividuo y por sitio de estudio. Cuando losindividuos fueron liberados, cambiaron sumicrobiota en función del sitio, pero,manteniendo las diferencias entre ellos.

De manera interesante, uno de los individuoscambió su microbiota después de lareintroducción, pero la recuperó cuando fuerecapturado y devuelto a cautiverio mostrandoalta plasticidad. Finalmente, se observó que losindividuos liberados tienen una mayordiversidad alfa, comparándola con losindividuos en cautiverio y de vida silvestre, estose debe a que las muestras de los individuosreintroducidos cuentan con una mezcla decomunidades bacterianas tanto de cautiveriocomo de vida silvestre.

Este estudio muestra que la microbiotaintestinal varía en función del sitio de estudio yestá principalmente asociada a cambios dedieta. Promover la ingesta de alimentos queconsumen los primates en vida silvestre en losindividuos en cautiverio puede tener un efectopositivo en la microbiota, mejorando la salud yaumentando el éxito en los esfuerzos derehabilitación y reintroducción.

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CBC10Variación de la microbiota intestinal de

monos churuco (Lagothrix lagothricha) durante un proceso

de reintroducción

Camilo Quiroga1, Luis Chica3,4, Mónica Ramírez1, Alejandro Reyes3,4,5, Camila

González2 & Pablo Stevenson1

1 Laboratorio de Ecología de Bosques Tropicales y Primatología (LEBTYP).

Departamento de Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias. Universidad de los Andes Bogotá,

Colombia2Centro de Investigaciones en Microbiología y

Parasitología Tropical (CIMPAT). Departamento de Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias. Universidad de los Andes, Bogotá,

Colombia3Grupo de Investigación en Biología

computacional y Ecología Microbiana (BCEM), Universidad de los Andes, Bogotá

4Max Planck Research Group in ComputationalBiology, Universidad de los Andes, Bogotá5Center for Genome Sciences and SystemsBiology, Washington University School of

Medicine, Saint Louis, MO, USA.

Las arbovirosis son un grupo de enfermedades deorigen viral que son transmitidas a humanos pormedio de los mosquitos Aedes aegypti y Aedesalbopictus. Para Colombia, la situación es complejadebido a la co-circulacion y recombinación de loscuatro serotipos del virus Dengue (DENV 1-4), ZIKV yCHINKV. Esto genera un gran desafío para lasautoridades con respecto al control y prevención delas enfermedades transmitidas por vectores (ETV).Estudios recientes relacionados con la descripción delos factores que condicionan la capacidad detransmisión de estas arbovirosis, sugieren que lacompetencia vectorial de las poblaciones de Aedes sp.está modulada por su microbiota. Además, hallazgosrecientes sugieren que los virus específicos de insectos(ISV) y flavivirus específicos de insectos (ISF) tambiénpueden alterar la competencia de los vectores almodular su respuesta inmune. En ciudades comoMedellín se ha implementado el uso de mosquitostransfectados con Wolbachia como estrategia decontrol de la transmisión, pero al igual que paraColombia, nada se conoce sobre la microbiota de suspoblaciones.

En este trabajo presentamos un análisis exploratoriode la microbiota y resaltamos la relación entreWolbachia y Aedes anphevirus (un nuevo ISV) enAedes aegypti del área metropolitana de Medellín,Colombia.

Se analizaron 76 mosquitos adultos en 5 grupos previamente colectados en Medellín yBello. De cada grupo se realizó el secuenciamiento masivo de cDNA usando laplataforma Illumina HiSeq2000/2500. Posterior al control de calidad de los datos, serealizó el filtrado de secuencias ribosómicas y secuencias del mosquito usando elgenoma de referencia (COD: GCA_002204515.1). Las secuencias restantes fueronclasificadas taxonómicamente para establecer el microbioma y el viroma de cada grupode mosquitos. La diversidad alfa se calculó usando índices de Shannon, Chao 1 y OTUsobservados; y se realizó un muestreo de rarefacción de 100.000 repeticiones paraestablecer la profundidad del muestreo taxonómico. Para el análisis de interacción entremicrobioma y viroma se construyeron redes usando el core viral y así, determinarasociaciones potenciales entre OTUs microbianos mediante la correlación de Pearsoncon una puntuación inferior a −0.7 y superior a 0.7, y un valor q

The oil industry involves numerous activities, among them theextraction, storage, transportation and processing for the production ofderivatives. These activities are responsible for the generation ofdifferent types of waste, particularly in the oil extraction process largevolumes of produced water are generated. Produced water is acomplex, high salinity effluent that generally contains oil, grease andorganic and inorganic compounds. The produced water associated withoil-production can contaminate the soil and causes the outright death ofplants, and the subsequent erosion of topsoil. This work aimed toevaluate the effect of crude oil and salt contamination on bacterialcommunity shifts from compost amended oilfield soil. For this, anexperiment was conducted in microcosms containing 100 grams of soil,to which was added 30 g.kg-1 of organic waste compost and inorganicnutrients (NPK). To analyze the effect of crude oil concentration,microcosms were contaminated with concentrations of 0, 10, 30, 50, 70and 100 g.Kg-1 of crude oil, and for analyzing the effect of salinity,microcosms were contaminated with 30 g.kg-1 of crude oil and addedNaCl concentrations of 25, 50, 75, 100 and 150 g.Kg-1. The microcosmswere incubated aerobically in respirometric flasks for 30 days, keepingthe humidity to 60% of water holding capacity and room temperature(24.5 to 27.5 °C). After incubation, the total DNA was extracted, purifiedand su

2019.ccbcol.org · EDITOR PRINCIPAL DANIEL ALFONSO URREA MONTES, MSc, Ph.D. Universidad del Tolima...

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