Post on 10-Jul-2015
TALLER DE BIOINFORMATICA BUacuteSQUEDA DE SIMILARIDAD EN BASES DE DATOS DE SECUENCIAS
Presentado por KatherineCorrales bravo
Descripcioacuten de paacuteginas
BLAST NCBI
Es otra herramienta del ncbi llamada BLAST (Basic Local Alignment) la cual
encuentra las regionesde similitudlocal entresecuencias de proteiacutenas o de
nucleoacutetidos seguacuten sea el caso y calcula la significacioacuten estadiacutestica de la
similitud entre la secuencia a observar con otras que se encuentre en la red
Tambieacuten se usa parainferir las relaciones evolutivas entre las especies
identificando miembros con linajes cercanos por medio teacutecnicas
bioinformaacuteticas que le proporciona al investigador practicidad y rapidez a la
hora de desarrollar sus investigaciones
Expasy blast
Esta base de datos pertenece al instituto suizo de bioinformaacutetica y funciona
ingresando el nuacutemero de acceso de la proteiacutena de intereacutes y ademaacutes
podemos elegir el programa blast indicado a nuestra buacutesqueda como blastn
blastx blastp entre otros Ademaacutes la buacutesqueda se puede hacer por grupos
taxonoacutemico como bacterias virusfungiacute eucariota metazoa mamalia
rodentiaEtc que da estadiacutesticas precisas en relacioacuten de similitud con la
especie la informacioacuten se puede enviar por correo Ha y la opcioacuten de una
buacutesqueda avanzada por categoriacuteas como las mejores alineaciones
alineacioacuten de huecos entre otros
Ch-EMBnetorg
Ofrece al investigador la posibilidad de elegir entre blastn blastx y blastp Se
pega la secuencia de proteiacutenas que se quiera compara y esta la opcioacuten de
dejar el correo electroacutenico para enviarle los resultados correspondientes y
hay la opcioacuten de buscar en bases de datos de nucleoacutetidos y proteiacutenas
NCBI BLAST
El objetivo de esta herramienta es por medio de la comparacioacuten de
secuencias encontrar regiones de similitud de secuencia que le indican al
investigador pistas funcionales y evolutivas sobre la estrctura y funcioacuten de
una nueva secuencia Se puede elegir varias bases de datos para mejorar la
buacutesqueda como UniProtKnowledgebase UniProtKBSwiss-Prot
UniProtKBSwiss-Protisoforms UniProtKBTrEMBL entre otras
Ab blast
Por medio de una seria de algoritmos especiales es uno de los maacutes raacutepidos
y actualizados buscadores sin requisitos especiales de software o
restricciones de uso Tambieacuten tiene las opciones de BLASTP BLASTN
BLASTX TBLASTN y TBLAST Identifica los errores cuanto antes y ahorra
tiempo
Brassica BLAST server
El servicio se lleva a cabo por WU-BLAST20 seguacuten el paraacutemetro que mejor
convenga al investigador se escojeblastx blastp y blastn ademas de vaias
bases de datos en las seacute que pueden mejorar el sentido de la buacutesqueda Se
puede elegir el nuacutemero de alineaciones y el score respectivo de las
secuencias
JCBI CMR
Es una herramienta que permite al investigador u acceso a todas las
secuencias del genoma bacteriano o cualquier subconjunto de ellos Al igual
que el resto de herramientas biotecnoloacutegicas que hemos visto este tambieacuten
tiene muchas bases de datos en la cual puedo mejorar el sentido de mi
buacutesqueda ademaacutes de dar las alineaciones entre secuencias
DDBJ
Es una herramienta muy completa en la cual el investigador tiene la
posibilidad de elegir entre el nuacutemero de alineamiento que desea el nuacutemero
de escores si tiene filtro o no y demaacutes detalles de la clasificacioacuten taxonoacutemica
del organismo a analizar
httpblastddbjnigacjpblastnlang=en
1) BLASTP EN EL NCBI
Para poder analizar las proteiacutenas descargamos el formato fasta que
me brinda la secuencia de aminoaacutecidos de la proteiacutena a analizar
En esta grafica vemos que tiene 4 proteiacutenas que conserva mucha similitud
con la proteiacutena de nuestro intereacutes mientas que ahiacute michas que se van
alejando mas pero que de igual forma nos puede proporcionar informacioacuten
en un caso dado como la rojo morado y verde Son de relativa confiabilidad
El listado amplia la informacioacuten de la graacutefica no dice los porcentajes exactos
de la similitud entre secuencias el nombre de las proteiacutenas afines y ademaacutes
el valor de E value que indica que entre menos valor maacutes relacionada es la
secuencia como se puede evidenciar son las secuencias de las liacuteneas rojas
que son casi ideacutenticas con la proteiacutena de intereacutes Se concluye que nuestra
secuencia es muy similar con Es similar a la proteiacutena el score que es la
medida estadiacutestica del aproximado que se tiene en comuacuten ambas
secuencias De las proteiacutenas C 23
El blast nos muestra la estructura exacta de las secuenecias de aminoacidos
mas similares con nuestra secuencia
Y ademas su grafica Como podemos evidenciar la imagen de las dos
secuencias son casi identicas
2) BLASTP EN EMBnet
Este buscador es muy similar al del ncbi con la direncia en que en el
ncbi el resultado menos confiable era el negro aquiacute es el azuly
basicamente lo que tenemos en la grafica son 2 proteinas que tiene
sus secuencias casi identicas con la de la proteina estudiada y son
NUCL_MOUSE y NUCL_KAT
Ademas me brinda la posibilidad de ver mas claramente los linajes cercanos
con la ayuda de algoritmos que acomodan las proteinas en un mapa a modo
de arbol que facilita el analisis deacuerdo a la similitud de estas
httpblastncbinlmnihgovblasttreeviewtreeViewcgirequest=pageampblastR
ID=RX1WCVS9015ampqueryID=lcl|62612ampdistmode=onampentrezLim=ampex=ampexl=
ampexh=ampns=100ampscreenWidth=1280ampscreenHeight=1024
Con ayuda del blast de NCBI puedo comparar como varia la misma
secuencia en ambos buscadores ya estas trabajan con distintos algoritmos
En ambos buscadores las secuencias arrojan resultado ideacutentico
3httpblastncbinlmnihgovBlastcgiPROGRAM=tblastnampBLAST_PROGR
AMS=tblastnampPAGE_TYPE=BlastSearchampSHOW_DEFAULTS=onampLINK_LO
C=blasthome
rodentiaEtc que da estadiacutesticas precisas en relacioacuten de similitud con la
especie la informacioacuten se puede enviar por correo Ha y la opcioacuten de una
buacutesqueda avanzada por categoriacuteas como las mejores alineaciones
alineacioacuten de huecos entre otros
Ch-EMBnetorg
Ofrece al investigador la posibilidad de elegir entre blastn blastx y blastp Se
pega la secuencia de proteiacutenas que se quiera compara y esta la opcioacuten de
dejar el correo electroacutenico para enviarle los resultados correspondientes y
hay la opcioacuten de buscar en bases de datos de nucleoacutetidos y proteiacutenas
NCBI BLAST
El objetivo de esta herramienta es por medio de la comparacioacuten de
secuencias encontrar regiones de similitud de secuencia que le indican al
investigador pistas funcionales y evolutivas sobre la estrctura y funcioacuten de
una nueva secuencia Se puede elegir varias bases de datos para mejorar la
buacutesqueda como UniProtKnowledgebase UniProtKBSwiss-Prot
UniProtKBSwiss-Protisoforms UniProtKBTrEMBL entre otras
Ab blast
Por medio de una seria de algoritmos especiales es uno de los maacutes raacutepidos
y actualizados buscadores sin requisitos especiales de software o
restricciones de uso Tambieacuten tiene las opciones de BLASTP BLASTN
BLASTX TBLASTN y TBLAST Identifica los errores cuanto antes y ahorra
tiempo
Brassica BLAST server
El servicio se lleva a cabo por WU-BLAST20 seguacuten el paraacutemetro que mejor
convenga al investigador se escojeblastx blastp y blastn ademas de vaias
bases de datos en las seacute que pueden mejorar el sentido de la buacutesqueda Se
puede elegir el nuacutemero de alineaciones y el score respectivo de las
secuencias
JCBI CMR
Es una herramienta que permite al investigador u acceso a todas las
secuencias del genoma bacteriano o cualquier subconjunto de ellos Al igual
que el resto de herramientas biotecnoloacutegicas que hemos visto este tambieacuten
tiene muchas bases de datos en la cual puedo mejorar el sentido de mi
buacutesqueda ademaacutes de dar las alineaciones entre secuencias
DDBJ
Es una herramienta muy completa en la cual el investigador tiene la
posibilidad de elegir entre el nuacutemero de alineamiento que desea el nuacutemero
de escores si tiene filtro o no y demaacutes detalles de la clasificacioacuten taxonoacutemica
del organismo a analizar
httpblastddbjnigacjpblastnlang=en
1) BLASTP EN EL NCBI
Para poder analizar las proteiacutenas descargamos el formato fasta que
me brinda la secuencia de aminoaacutecidos de la proteiacutena a analizar
En esta grafica vemos que tiene 4 proteiacutenas que conserva mucha similitud
con la proteiacutena de nuestro intereacutes mientas que ahiacute michas que se van
alejando mas pero que de igual forma nos puede proporcionar informacioacuten
en un caso dado como la rojo morado y verde Son de relativa confiabilidad
El listado amplia la informacioacuten de la graacutefica no dice los porcentajes exactos
de la similitud entre secuencias el nombre de las proteiacutenas afines y ademaacutes
el valor de E value que indica que entre menos valor maacutes relacionada es la
secuencia como se puede evidenciar son las secuencias de las liacuteneas rojas
que son casi ideacutenticas con la proteiacutena de intereacutes Se concluye que nuestra
secuencia es muy similar con Es similar a la proteiacutena el score que es la
medida estadiacutestica del aproximado que se tiene en comuacuten ambas
secuencias De las proteiacutenas C 23
El blast nos muestra la estructura exacta de las secuenecias de aminoacidos
mas similares con nuestra secuencia
Y ademas su grafica Como podemos evidenciar la imagen de las dos
secuencias son casi identicas
2) BLASTP EN EMBnet
Este buscador es muy similar al del ncbi con la direncia en que en el
ncbi el resultado menos confiable era el negro aquiacute es el azuly
basicamente lo que tenemos en la grafica son 2 proteinas que tiene
sus secuencias casi identicas con la de la proteina estudiada y son
NUCL_MOUSE y NUCL_KAT
Ademas me brinda la posibilidad de ver mas claramente los linajes cercanos
con la ayuda de algoritmos que acomodan las proteinas en un mapa a modo
de arbol que facilita el analisis deacuerdo a la similitud de estas
httpblastncbinlmnihgovblasttreeviewtreeViewcgirequest=pageampblastR
ID=RX1WCVS9015ampqueryID=lcl|62612ampdistmode=onampentrezLim=ampex=ampexl=
ampexh=ampns=100ampscreenWidth=1280ampscreenHeight=1024
Con ayuda del blast de NCBI puedo comparar como varia la misma
secuencia en ambos buscadores ya estas trabajan con distintos algoritmos
En ambos buscadores las secuencias arrojan resultado ideacutentico
3httpblastncbinlmnihgovBlastcgiPROGRAM=tblastnampBLAST_PROGR
AMS=tblastnampPAGE_TYPE=BlastSearchampSHOW_DEFAULTS=onampLINK_LO
C=blasthome
NCBI BLAST
El objetivo de esta herramienta es por medio de la comparacioacuten de
secuencias encontrar regiones de similitud de secuencia que le indican al
investigador pistas funcionales y evolutivas sobre la estrctura y funcioacuten de
una nueva secuencia Se puede elegir varias bases de datos para mejorar la
buacutesqueda como UniProtKnowledgebase UniProtKBSwiss-Prot
UniProtKBSwiss-Protisoforms UniProtKBTrEMBL entre otras
Ab blast
Por medio de una seria de algoritmos especiales es uno de los maacutes raacutepidos
y actualizados buscadores sin requisitos especiales de software o
restricciones de uso Tambieacuten tiene las opciones de BLASTP BLASTN
BLASTX TBLASTN y TBLAST Identifica los errores cuanto antes y ahorra
tiempo
Brassica BLAST server
El servicio se lleva a cabo por WU-BLAST20 seguacuten el paraacutemetro que mejor
convenga al investigador se escojeblastx blastp y blastn ademas de vaias
bases de datos en las seacute que pueden mejorar el sentido de la buacutesqueda Se
puede elegir el nuacutemero de alineaciones y el score respectivo de las
secuencias
JCBI CMR
Es una herramienta que permite al investigador u acceso a todas las
secuencias del genoma bacteriano o cualquier subconjunto de ellos Al igual
que el resto de herramientas biotecnoloacutegicas que hemos visto este tambieacuten
tiene muchas bases de datos en la cual puedo mejorar el sentido de mi
buacutesqueda ademaacutes de dar las alineaciones entre secuencias
DDBJ
Es una herramienta muy completa en la cual el investigador tiene la
posibilidad de elegir entre el nuacutemero de alineamiento que desea el nuacutemero
de escores si tiene filtro o no y demaacutes detalles de la clasificacioacuten taxonoacutemica
del organismo a analizar
httpblastddbjnigacjpblastnlang=en
1) BLASTP EN EL NCBI
Para poder analizar las proteiacutenas descargamos el formato fasta que
me brinda la secuencia de aminoaacutecidos de la proteiacutena a analizar
En esta grafica vemos que tiene 4 proteiacutenas que conserva mucha similitud
con la proteiacutena de nuestro intereacutes mientas que ahiacute michas que se van
alejando mas pero que de igual forma nos puede proporcionar informacioacuten
en un caso dado como la rojo morado y verde Son de relativa confiabilidad
El listado amplia la informacioacuten de la graacutefica no dice los porcentajes exactos
de la similitud entre secuencias el nombre de las proteiacutenas afines y ademaacutes
el valor de E value que indica que entre menos valor maacutes relacionada es la
secuencia como se puede evidenciar son las secuencias de las liacuteneas rojas
que son casi ideacutenticas con la proteiacutena de intereacutes Se concluye que nuestra
secuencia es muy similar con Es similar a la proteiacutena el score que es la
medida estadiacutestica del aproximado que se tiene en comuacuten ambas
secuencias De las proteiacutenas C 23
El blast nos muestra la estructura exacta de las secuenecias de aminoacidos
mas similares con nuestra secuencia
Y ademas su grafica Como podemos evidenciar la imagen de las dos
secuencias son casi identicas
2) BLASTP EN EMBnet
Este buscador es muy similar al del ncbi con la direncia en que en el
ncbi el resultado menos confiable era el negro aquiacute es el azuly
basicamente lo que tenemos en la grafica son 2 proteinas que tiene
sus secuencias casi identicas con la de la proteina estudiada y son
NUCL_MOUSE y NUCL_KAT
Ademas me brinda la posibilidad de ver mas claramente los linajes cercanos
con la ayuda de algoritmos que acomodan las proteinas en un mapa a modo
de arbol que facilita el analisis deacuerdo a la similitud de estas
httpblastncbinlmnihgovblasttreeviewtreeViewcgirequest=pageampblastR
ID=RX1WCVS9015ampqueryID=lcl|62612ampdistmode=onampentrezLim=ampex=ampexl=
ampexh=ampns=100ampscreenWidth=1280ampscreenHeight=1024
Con ayuda del blast de NCBI puedo comparar como varia la misma
secuencia en ambos buscadores ya estas trabajan con distintos algoritmos
En ambos buscadores las secuencias arrojan resultado ideacutentico
3httpblastncbinlmnihgovBlastcgiPROGRAM=tblastnampBLAST_PROGR
AMS=tblastnampPAGE_TYPE=BlastSearchampSHOW_DEFAULTS=onampLINK_LO
C=blasthome
Brassica BLAST server
El servicio se lleva a cabo por WU-BLAST20 seguacuten el paraacutemetro que mejor
convenga al investigador se escojeblastx blastp y blastn ademas de vaias
bases de datos en las seacute que pueden mejorar el sentido de la buacutesqueda Se
puede elegir el nuacutemero de alineaciones y el score respectivo de las
secuencias
JCBI CMR
Es una herramienta que permite al investigador u acceso a todas las
secuencias del genoma bacteriano o cualquier subconjunto de ellos Al igual
que el resto de herramientas biotecnoloacutegicas que hemos visto este tambieacuten
tiene muchas bases de datos en la cual puedo mejorar el sentido de mi
buacutesqueda ademaacutes de dar las alineaciones entre secuencias
DDBJ
Es una herramienta muy completa en la cual el investigador tiene la
posibilidad de elegir entre el nuacutemero de alineamiento que desea el nuacutemero
de escores si tiene filtro o no y demaacutes detalles de la clasificacioacuten taxonoacutemica
del organismo a analizar
httpblastddbjnigacjpblastnlang=en
1) BLASTP EN EL NCBI
Para poder analizar las proteiacutenas descargamos el formato fasta que
me brinda la secuencia de aminoaacutecidos de la proteiacutena a analizar
En esta grafica vemos que tiene 4 proteiacutenas que conserva mucha similitud
con la proteiacutena de nuestro intereacutes mientas que ahiacute michas que se van
alejando mas pero que de igual forma nos puede proporcionar informacioacuten
en un caso dado como la rojo morado y verde Son de relativa confiabilidad
El listado amplia la informacioacuten de la graacutefica no dice los porcentajes exactos
de la similitud entre secuencias el nombre de las proteiacutenas afines y ademaacutes
el valor de E value que indica que entre menos valor maacutes relacionada es la
secuencia como se puede evidenciar son las secuencias de las liacuteneas rojas
que son casi ideacutenticas con la proteiacutena de intereacutes Se concluye que nuestra
secuencia es muy similar con Es similar a la proteiacutena el score que es la
medida estadiacutestica del aproximado que se tiene en comuacuten ambas
secuencias De las proteiacutenas C 23
El blast nos muestra la estructura exacta de las secuenecias de aminoacidos
mas similares con nuestra secuencia
Y ademas su grafica Como podemos evidenciar la imagen de las dos
secuencias son casi identicas
2) BLASTP EN EMBnet
Este buscador es muy similar al del ncbi con la direncia en que en el
ncbi el resultado menos confiable era el negro aquiacute es el azuly
basicamente lo que tenemos en la grafica son 2 proteinas que tiene
sus secuencias casi identicas con la de la proteina estudiada y son
NUCL_MOUSE y NUCL_KAT
Ademas me brinda la posibilidad de ver mas claramente los linajes cercanos
con la ayuda de algoritmos que acomodan las proteinas en un mapa a modo
de arbol que facilita el analisis deacuerdo a la similitud de estas
httpblastncbinlmnihgovblasttreeviewtreeViewcgirequest=pageampblastR
ID=RX1WCVS9015ampqueryID=lcl|62612ampdistmode=onampentrezLim=ampex=ampexl=
ampexh=ampns=100ampscreenWidth=1280ampscreenHeight=1024
Con ayuda del blast de NCBI puedo comparar como varia la misma
secuencia en ambos buscadores ya estas trabajan con distintos algoritmos
En ambos buscadores las secuencias arrojan resultado ideacutentico
3httpblastncbinlmnihgovBlastcgiPROGRAM=tblastnampBLAST_PROGR
AMS=tblastnampPAGE_TYPE=BlastSearchampSHOW_DEFAULTS=onampLINK_LO
C=blasthome
DDBJ
Es una herramienta muy completa en la cual el investigador tiene la
posibilidad de elegir entre el nuacutemero de alineamiento que desea el nuacutemero
de escores si tiene filtro o no y demaacutes detalles de la clasificacioacuten taxonoacutemica
del organismo a analizar
httpblastddbjnigacjpblastnlang=en
1) BLASTP EN EL NCBI
Para poder analizar las proteiacutenas descargamos el formato fasta que
me brinda la secuencia de aminoaacutecidos de la proteiacutena a analizar
En esta grafica vemos que tiene 4 proteiacutenas que conserva mucha similitud
con la proteiacutena de nuestro intereacutes mientas que ahiacute michas que se van
alejando mas pero que de igual forma nos puede proporcionar informacioacuten
en un caso dado como la rojo morado y verde Son de relativa confiabilidad
El listado amplia la informacioacuten de la graacutefica no dice los porcentajes exactos
de la similitud entre secuencias el nombre de las proteiacutenas afines y ademaacutes
el valor de E value que indica que entre menos valor maacutes relacionada es la
secuencia como se puede evidenciar son las secuencias de las liacuteneas rojas
que son casi ideacutenticas con la proteiacutena de intereacutes Se concluye que nuestra
secuencia es muy similar con Es similar a la proteiacutena el score que es la
medida estadiacutestica del aproximado que se tiene en comuacuten ambas
secuencias De las proteiacutenas C 23
El blast nos muestra la estructura exacta de las secuenecias de aminoacidos
mas similares con nuestra secuencia
Y ademas su grafica Como podemos evidenciar la imagen de las dos
secuencias son casi identicas
2) BLASTP EN EMBnet
Este buscador es muy similar al del ncbi con la direncia en que en el
ncbi el resultado menos confiable era el negro aquiacute es el azuly
basicamente lo que tenemos en la grafica son 2 proteinas que tiene
sus secuencias casi identicas con la de la proteina estudiada y son
NUCL_MOUSE y NUCL_KAT
Ademas me brinda la posibilidad de ver mas claramente los linajes cercanos
con la ayuda de algoritmos que acomodan las proteinas en un mapa a modo
de arbol que facilita el analisis deacuerdo a la similitud de estas
httpblastncbinlmnihgovblasttreeviewtreeViewcgirequest=pageampblastR
ID=RX1WCVS9015ampqueryID=lcl|62612ampdistmode=onampentrezLim=ampex=ampexl=
ampexh=ampns=100ampscreenWidth=1280ampscreenHeight=1024
Con ayuda del blast de NCBI puedo comparar como varia la misma
secuencia en ambos buscadores ya estas trabajan con distintos algoritmos
En ambos buscadores las secuencias arrojan resultado ideacutentico
3httpblastncbinlmnihgovBlastcgiPROGRAM=tblastnampBLAST_PROGR
AMS=tblastnampPAGE_TYPE=BlastSearchampSHOW_DEFAULTS=onampLINK_LO
C=blasthome
En esta grafica vemos que tiene 4 proteiacutenas que conserva mucha similitud
con la proteiacutena de nuestro intereacutes mientas que ahiacute michas que se van
alejando mas pero que de igual forma nos puede proporcionar informacioacuten
en un caso dado como la rojo morado y verde Son de relativa confiabilidad
El listado amplia la informacioacuten de la graacutefica no dice los porcentajes exactos
de la similitud entre secuencias el nombre de las proteiacutenas afines y ademaacutes
el valor de E value que indica que entre menos valor maacutes relacionada es la
secuencia como se puede evidenciar son las secuencias de las liacuteneas rojas
que son casi ideacutenticas con la proteiacutena de intereacutes Se concluye que nuestra
secuencia es muy similar con Es similar a la proteiacutena el score que es la
medida estadiacutestica del aproximado que se tiene en comuacuten ambas
secuencias De las proteiacutenas C 23
El blast nos muestra la estructura exacta de las secuenecias de aminoacidos
mas similares con nuestra secuencia
Y ademas su grafica Como podemos evidenciar la imagen de las dos
secuencias son casi identicas
2) BLASTP EN EMBnet
Este buscador es muy similar al del ncbi con la direncia en que en el
ncbi el resultado menos confiable era el negro aquiacute es el azuly
basicamente lo que tenemos en la grafica son 2 proteinas que tiene
sus secuencias casi identicas con la de la proteina estudiada y son
NUCL_MOUSE y NUCL_KAT
Ademas me brinda la posibilidad de ver mas claramente los linajes cercanos
con la ayuda de algoritmos que acomodan las proteinas en un mapa a modo
de arbol que facilita el analisis deacuerdo a la similitud de estas
httpblastncbinlmnihgovblasttreeviewtreeViewcgirequest=pageampblastR
ID=RX1WCVS9015ampqueryID=lcl|62612ampdistmode=onampentrezLim=ampex=ampexl=
ampexh=ampns=100ampscreenWidth=1280ampscreenHeight=1024
Con ayuda del blast de NCBI puedo comparar como varia la misma
secuencia en ambos buscadores ya estas trabajan con distintos algoritmos
En ambos buscadores las secuencias arrojan resultado ideacutentico
3httpblastncbinlmnihgovBlastcgiPROGRAM=tblastnampBLAST_PROGR
AMS=tblastnampPAGE_TYPE=BlastSearchampSHOW_DEFAULTS=onampLINK_LO
C=blasthome
El listado amplia la informacioacuten de la graacutefica no dice los porcentajes exactos
de la similitud entre secuencias el nombre de las proteiacutenas afines y ademaacutes
el valor de E value que indica que entre menos valor maacutes relacionada es la
secuencia como se puede evidenciar son las secuencias de las liacuteneas rojas
que son casi ideacutenticas con la proteiacutena de intereacutes Se concluye que nuestra
secuencia es muy similar con Es similar a la proteiacutena el score que es la
medida estadiacutestica del aproximado que se tiene en comuacuten ambas
secuencias De las proteiacutenas C 23
El blast nos muestra la estructura exacta de las secuenecias de aminoacidos
mas similares con nuestra secuencia
Y ademas su grafica Como podemos evidenciar la imagen de las dos
secuencias son casi identicas
2) BLASTP EN EMBnet
Este buscador es muy similar al del ncbi con la direncia en que en el
ncbi el resultado menos confiable era el negro aquiacute es el azuly
basicamente lo que tenemos en la grafica son 2 proteinas que tiene
sus secuencias casi identicas con la de la proteina estudiada y son
NUCL_MOUSE y NUCL_KAT
Ademas me brinda la posibilidad de ver mas claramente los linajes cercanos
con la ayuda de algoritmos que acomodan las proteinas en un mapa a modo
de arbol que facilita el analisis deacuerdo a la similitud de estas
httpblastncbinlmnihgovblasttreeviewtreeViewcgirequest=pageampblastR
ID=RX1WCVS9015ampqueryID=lcl|62612ampdistmode=onampentrezLim=ampex=ampexl=
ampexh=ampns=100ampscreenWidth=1280ampscreenHeight=1024
Con ayuda del blast de NCBI puedo comparar como varia la misma
secuencia en ambos buscadores ya estas trabajan con distintos algoritmos
En ambos buscadores las secuencias arrojan resultado ideacutentico
3httpblastncbinlmnihgovBlastcgiPROGRAM=tblastnampBLAST_PROGR
AMS=tblastnampPAGE_TYPE=BlastSearchampSHOW_DEFAULTS=onampLINK_LO
C=blasthome
El blast nos muestra la estructura exacta de las secuenecias de aminoacidos
mas similares con nuestra secuencia
Y ademas su grafica Como podemos evidenciar la imagen de las dos
secuencias son casi identicas
2) BLASTP EN EMBnet
Este buscador es muy similar al del ncbi con la direncia en que en el
ncbi el resultado menos confiable era el negro aquiacute es el azuly
basicamente lo que tenemos en la grafica son 2 proteinas que tiene
sus secuencias casi identicas con la de la proteina estudiada y son
NUCL_MOUSE y NUCL_KAT
Ademas me brinda la posibilidad de ver mas claramente los linajes cercanos
con la ayuda de algoritmos que acomodan las proteinas en un mapa a modo
de arbol que facilita el analisis deacuerdo a la similitud de estas
httpblastncbinlmnihgovblasttreeviewtreeViewcgirequest=pageampblastR
ID=RX1WCVS9015ampqueryID=lcl|62612ampdistmode=onampentrezLim=ampex=ampexl=
ampexh=ampns=100ampscreenWidth=1280ampscreenHeight=1024
Con ayuda del blast de NCBI puedo comparar como varia la misma
secuencia en ambos buscadores ya estas trabajan con distintos algoritmos
En ambos buscadores las secuencias arrojan resultado ideacutentico
3httpblastncbinlmnihgovBlastcgiPROGRAM=tblastnampBLAST_PROGR
AMS=tblastnampPAGE_TYPE=BlastSearchampSHOW_DEFAULTS=onampLINK_LO
C=blasthome
2) BLASTP EN EMBnet
Este buscador es muy similar al del ncbi con la direncia en que en el
ncbi el resultado menos confiable era el negro aquiacute es el azuly
basicamente lo que tenemos en la grafica son 2 proteinas que tiene
sus secuencias casi identicas con la de la proteina estudiada y son
NUCL_MOUSE y NUCL_KAT
Ademas me brinda la posibilidad de ver mas claramente los linajes cercanos
con la ayuda de algoritmos que acomodan las proteinas en un mapa a modo
de arbol que facilita el analisis deacuerdo a la similitud de estas
httpblastncbinlmnihgovblasttreeviewtreeViewcgirequest=pageampblastR
ID=RX1WCVS9015ampqueryID=lcl|62612ampdistmode=onampentrezLim=ampex=ampexl=
ampexh=ampns=100ampscreenWidth=1280ampscreenHeight=1024
Con ayuda del blast de NCBI puedo comparar como varia la misma
secuencia en ambos buscadores ya estas trabajan con distintos algoritmos
En ambos buscadores las secuencias arrojan resultado ideacutentico
3httpblastncbinlmnihgovBlastcgiPROGRAM=tblastnampBLAST_PROGR
AMS=tblastnampPAGE_TYPE=BlastSearchampSHOW_DEFAULTS=onampLINK_LO
C=blasthome
Ademas me brinda la posibilidad de ver mas claramente los linajes cercanos
con la ayuda de algoritmos que acomodan las proteinas en un mapa a modo
de arbol que facilita el analisis deacuerdo a la similitud de estas
httpblastncbinlmnihgovblasttreeviewtreeViewcgirequest=pageampblastR
ID=RX1WCVS9015ampqueryID=lcl|62612ampdistmode=onampentrezLim=ampex=ampexl=
ampexh=ampns=100ampscreenWidth=1280ampscreenHeight=1024
Con ayuda del blast de NCBI puedo comparar como varia la misma
secuencia en ambos buscadores ya estas trabajan con distintos algoritmos
En ambos buscadores las secuencias arrojan resultado ideacutentico
3httpblastncbinlmnihgovBlastcgiPROGRAM=tblastnampBLAST_PROGR
AMS=tblastnampPAGE_TYPE=BlastSearchampSHOW_DEFAULTS=onampLINK_LO
C=blasthome
Con ayuda del blast de NCBI puedo comparar como varia la misma
secuencia en ambos buscadores ya estas trabajan con distintos algoritmos
En ambos buscadores las secuencias arrojan resultado ideacutentico
3httpblastncbinlmnihgovBlastcgiPROGRAM=tblastnampBLAST_PROGR
AMS=tblastnampPAGE_TYPE=BlastSearchampSHOW_DEFAULTS=onampLINK_LO
C=blasthome
En ambos buscadores las secuencias arrojan resultado ideacutentico
3httpblastncbinlmnihgovBlastcgiPROGRAM=tblastnampBLAST_PROGR
AMS=tblastnampPAGE_TYPE=BlastSearchampSHOW_DEFAULTS=onampLINK_LO
C=blasthome