Post on 11-Apr-2015
Ecología Molecular – TP 7
Selección natural
Adaptación
El caracol curador
4 muestras de 40 individuos
10 loci, izoenzymas
2
3 Isla
1
20 km
Paso 4: Fst por pares y permutaciones
3
1
20 km
ml de bava
z: valor fenotípico de un indivudog: efecto medio del genotipoe: efecto del ambiente
z = g + e
Cultivo
Componente genética
31
ml de bava
31
ml de bava
B1=1,070
VB1=0,128B3=2,336
VB3=0,290
Fst = 0,145
Qst = 0,49
¿Conclusión?
Escaneo GenómicoDetección de Loci Outliers
Cuenca del Río Limarí: se muestrearon 3 sitios.
Cuenca del Río Maipo: se muestrearon 3 sitios.
Se amplificaron 136 AFLP.
Basilichthys microlepidotus
Objetivos:
• Determinar loci bajo selección entre las cuencas
• Determinar loci bajo selección dentro de cada cuenca
Programa Mcheza: Marcadores dominanteshttp://popgen.eu/soft/mcheza/
Selección direccional:
• reduce la diversidad genética dentro de la población • incrementa la diferenciación entre las poblaciones.
Selección balanceadora: • responsable de la mantención de la variación genética, es decir mantiene diferentes alelos en los loci seleccionados. • Tiende a la homogenización de las frecuencias alélicas, por lo tanto disminuye la diferenciación genética entre las poblaciones.
Se contruyen set de datos con los loci neutrales, loci bajo selección
balanceadora y bajo selección direccional.
Cuenca del Río Limarí
Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3
Limarí 1 0.0
Limarí 2 -0.035 (0.99) 0.0
Limarí 3 -0.035 (0.99) -0.035 (0.99) 0.0
Tabla: Fst pareados y p values para loci bajo selección balanceadora
Tabla: Fst pareados y p values para loci neutrales
Comparaciones pareadas para loci neutrales y bajo selección balanceadora
Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3
Limarí 1 0.0
Limarí 2 0.073 (0.00) 0.0
Limarí 3 0.031 (0.005) 0.075 (0.00) 0.0
Cuenca del Río Maipo
Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3
Limarí 1 0.0
Limarí 2 -0.034 (0.99) 0.0
Limarí 3 -0.0325 (0.99) -0.029 (0.99) 0.0
Tabla: Fst pareados y p values para loci bajo selección balanceadora
Tabla: Fst pareados y p values para loci neutrales
Comparaciones pareadas para loci neutrales y bajo selección balanceadora
Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3
Limarí 1 0.0
Limarí 2 0.037 (0.00) 0.0
Limarí 3 0.073 (0.00) 0.082 (0.00) 0.0
Entre cuencas
RNA-seqDetección de genes con
expresión génica diferencial
Cuenca del Río Maipo: se muestrearon 4 sitios.2 sitios de alta contaminación y 2 sitios con
menor contaminación (3 individuos por sitio, 2 en SFM).
Objetivo
Determinar genes con expresión diferencial entre individuos habitando zonas contaminadas y no
contaminadas
Pasos previos
- Filtrado de los datos
- Ensamble de novo
- Mapeo de los fragmentos (reads)
- Conteo de los reads en cada contig
- Selección de contigs con expresión en todos los individuos
Determinación de genes expresados diferencialmente
MeV: MultiExperiment Viewer
31 genes con expresión diferencial entre los individuos
de zonas contaminadas y no
contaminadas
Pero, algunos genes podrían estar
sesgados por un solo individuo!!!
6 contigs con expresión diferencial entre los individuos habitando zonas contaminadas y no
contaminadas
4 sobre expresados en contaminación
2 sub expresados en contaminación
Ornitina descarboxylasa-like Proteína nuclear cisteína rica en serina-1-like Factor de transcripción Junb-likeFosfoenolpiruvato citosólico
Quimotripsina b-likeProbable proteína
ubiquitina ligasa DTX2-like
Ornitina descarboxylasa-like (ODC-like): activación de ODC ha sido asociada con la promoción y progresión de tumores.
Estudios han y no detectado actividad de la descarboxilasa asociados a ODC-like.
Proteína nuclear cisteína rica en serina-1-like
Factor de transcripción Junb-like
Posiblemente asociados a la supresión de
tumores.
Posiblemente asociados a la supresión de
tumores.
Fosfoenolpiruvato citosólico: tiene actividad fosfoenolpiruvato carboxiquinasa y ha sido considerada como una de las
enzimas controladoras de la gluconeogénesis.
Dos contigs sub-expresados en los individuos que habitan zonas contaminadas:
Quimotripsina b-like
Probable proteína ubiquitina ligasa DTX2-like
Ambos involucrados en la degradación de las proteínas
Organismos de zonas contaminadas presentan menor degradación de proteínas que los individuos que habitan
zonas no contaminadas