FORCEFIELD: MODELOS MOLECULARES
FORCEFIELD??
BASE:
FORMA FUNCIONAL
Describir cada componente de energía.
La energía de enlace es determinada usando
Oscilaciones armónicas
PARAMETROS
Características de los átomos
Preferencias de los átomos
Limitaciones
ETOTAL = ESTRETCH + EBEND + ES-B + ETORSION + EvdW + EDP-DP
COMPONENTES:
● “Todos los átomos”: consideran todos los átomos de la molécula explícitamente, incluyendo a los hidrógenos.
Los parámetros son raramente transferibles entre distintos campos de fuerza.
Se usan resultados experimentales
FORCEFIELD MODERNOS
Usado para determinar estructuras y energías de hidrocarburos
MM2/MM3/MM4
AMBERAssisted Model Building and Energy
Refinement
PARAMETROS:
•FF
•GAFF
•GLYCAM
Programas:
LEaP is used for preparing input files for the simulation programs
Antechamber automates the process of parameterizing small organic molecules using GAFF
sander is the central simulation program and provides facilities for energy minimization and molecular dynamics with a wide variety of options
nmode calculates normal modes MM-PBSA allows for implicit solvent calculations on
snap shots from molecular dynamics simulations
CHARMM
Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics force field
Usa tanto para moleculas pequeñas como para complejos macroleculas biologicas.
La versión comercial de CHARMM, llamada CHARMm
CHARMM22 Proteínas CHARMM27 ADN – ARN – LIPIDOS
CHARMM27/ CHARMM22 : INTERACCIONES
PROGRAMAS : SIMULACION
MMFF94
Estudio de las interacciones del receptor-ligando. Esto requiere la predicción de las energías
conformacionales y buena predicción de geometrías moleculares
Evitando modelamiento de conformaciones incorrectas del ligando - receptor
Interacciones modelo de van der Waals. Su método mejora el el potencial de Lennard-Jones .
Campos de Fuerza de Segunda Generación
CFF Variedad Compuestos orgánicos MMFF (Merck) MM2,MM3,MM4 (Allinger)
Campos de Fuerza polarizables basados en cargas puntuales
PFF( Polarizable Force Field) DRF90( Van Duijnen) SP-Basis Chemical Potential Equalization
(CPE) approach (Chelli & Procacci) CHARMM Polarizable Force Field (Brooks) AMBER Polarizable Force Field
Campos de Fuerza polarizables basados en multipolos distribuidos
SIBFA (Sum of Interactions Between Fragments Ab initio computed)->moléculas pequeñas y proteínas flexibles)
AMOEBA. ORIENT (procedimiento desarrollado por
Stone) Non-Empirical Molecular Orbital (NEMO).
Campos de Fuerza polarizables basados en DENSIDAD
Gaussian Electrostatic Model (GEM). (basado en ajuste de densidades)
Procedimiento polarizable basado en la aproximación de Kim-Gordon approach (Hutter)
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