Download - Dinámica Molecular de Proteínas Modelado y Simulación ... · Instalación mas complicada y uso alto y constante de RAM. 4 UNIX Dinámica Molecular – UNSAM – 2017 UNIX: Sistema

Dinámica Molecular de ProteínasDinámica Molecular de ProteínasModelado y Simulación ComputacionalModelado y Simulación Computacional

Profesores: Eliana K. Asciutto & Ignacio J. General2do cuatrimestre 2017

Escuela de Ciencia y TecnologíaUNSAM

Dinámica Molecular de ProteínasDinámica Molecular de ProteínasModelado y Simulación ComputacionalModelado y Simulación Computacional

Introducción a UnixIntroducción a Unix

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UNIX

Dinámica Molecular – UNSAM – 2017

1-1- Cliente ssh/scp: puttyCliente ssh/scp: puttyPermiten conectarse a una máquina remota con Unix, y

usarla a través de la linea de comandos. Instalación muy sencilla.

2-2- Cygwin (en Windows)Cygwin (en Windows)Permite usar Unix en la maquina local y también

conectarse a una remota. Si se instala el cliente X-window, también permite usar programas gráficos de la maquina remota. Instalación medianamente sencilla

3-3- Maquina virtual: VirtualBox, VMWare, etcMaquina virtual: VirtualBox, VMWare, etcEs como tener una maquina completa con Unix en la

maquina local. Y con ella se puede conectar a la remota. Instalación mas complicada y uso alto y constante de RAM.

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UNIX


UNIX: Sistema Operativo creado en AT&T Bell Labs, en 1970. Fue desarrollado en C por Ken Thompson y Dennis Ritchie.

Diseño modular

Conjunto de programas simples

Sistema de archivos (filesystem)

Linea de comandos (shell) y scripts (shell scripting)

PROCESOS COMPLEJOSPROCESOS COMPLEJOS

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UNIX


● Multiusuario, multitarea y portable (por haberse escrito en C)

● Fines de los 70s: Bell Labs dio la licencia de Unix a otros:BSD (UCBerkeley), AIX (IBM), Solaris (Sun)

● 80s: GNU Project (software tipo Unix, pero libre)

● 90s: Linux, basado en Unix, desarrollado por Linus Torvalds

● MacOS es una versión moderna de Unix.

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Sistema de archivos


/ "root"

"essential user command binaries"

bash cat chmod cp date echo grep gunzip gzip hostname kill less ln ls mkdir more mount mv nano open ping ps pwd rm sh su tar touch umount uname

/bin/dev"device files incl. /dev/null"

/home"user home directories"

/proc"process & kernel information files"

/lib"libraries & kernel modules"

/mnt"mount files for temporary filesystems"

/usr"read-only user application support data & binaries"

"standard include files for 'C' code"

"obj, bin, lib files for coding & packages"

/usr/bin"most user commands"

/usr/include

/usr/lib

/usr/local"local software"

/usr/local/bin /usr/local/lib /usr/local/man /usr/local/sbin /usr/local/share

/usr/share"static data sharable accross all architectures"

/usr/share/man"manual pages"

/etc"configuration files for the system"

crontab cups fonts fstab host.conf hostname hosts hosts.allow hosts.deny init init.d issue machine-id mtab mtools.conf nanorc networks passwd profile protocols resolv.conf rpc securetty services shells timezone

/var"variable data files"

/var/cache"application cache data"

"data modified as programmes run"

/var/lib

"lock files to track resources in use"

/var/lock

/var/log"log files"

/var/spool"tasks waiting to be processed"

/var/spool/cron /var/spool/cups /var/spool/mail

/var/opt"variable data for installed packages"

/var/tmp"temporary files saved between reboots"

/sbin"essential system binaries"

fdisk fsck getty halt ifconfig init mkfs mkswap reboot route

/opt"optional software applications"

/root"home dir. for the root user"

By Ppgardne (Own work) [CC BY-SA 4.0 (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0)], via Wikimedia Commons

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Linea de comandos


● Comando: programa que pide a Unix hacer algo

● Forma:

$ comando opciones argumentos

● El comando

$ man nombre-de-un-comando

llama a la man-page (manual) de dicho comando. Allí se explican todas sus opciones.

prompt Suelen empezar con -

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Navegación por el sistema de archivos


$ pwd mostrar directorio actual (print working directory)

$ cd dir cambiar al directorio dir (change directory)

$ cd . ir al directorio actual

$ cd .. ir al directorio padre

$ cd ir al directorio home

$ cd / ir al directorio raiz (root)

$ mkdir dir crear directorio dir (make directory)

$ rmdir dir remover el directorio dir (remove directory)

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Listado de directorio


$ ls listar directorio (list)

-l (long) con mucha info, modo, tamaño, dueño, hora

-h (human readable) tamaños en kilo, mega, giga-bytes

-t (time) ordenar por tiempo

-r (reverse) revertir el orden

-a (all) mostrar todos los archivos, incluso ocultos

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Permisos, Dueño (Owner) y Grupo


r: read w: write x: execute

ignacio@nacho-ecyt:~$ lltotal 64Klrwxrwxrwx. 1 ignacio labo 11 Sep 7 2016 disk2 -> /mnt/disk2/-rwxr--r--. 1 ignacio labo 2.2K Oct 27 2016 mybackup.bshdrwxrwxr-x. 4 ignacio labo 63 Dec 6 2016 eclipse_workspacedrwxrwxr-x. 8 ignacio labo 4.0K May 9 14:36 applicationsdrwxr-xr-x. 5 ignacio ignacio 91 May 10 10:04 Documents-rw-rw-r--. 1 ignacio labo 11K Jun 23 13:25 leap.logdrwxrwxr-x. 4 ignacio labo 4.0K Jun 23 14:54 Calibre Librarydrwxrwxr-x. 10 ignacio labo 4.0K Jul 21 15:18 trabajodrwxr-xr-x. 2 ignacio ignacio 4.0K Jul 24 14:02 Desktopdrwxrwxr-x. 5 ignacio labo 4.0K Aug 7 08:44 MEGAdrwxr-xr-x. 5 ignacio ignacio 8.0K Aug 11 10:28 Downloads

d rwx r-x r-x

usuario

grupo

otrosdirectorio

Dueño

Grupo

TamañoFecha última modificación(time stamp)permisos

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Permisos, Dueño (Owner) y Grupo


$ chmod u+x user + executeu-x user – executeg+r group + readg-r group – reado+w other + writeo-w other – write

$ chgrp labo Downloads Cambia el grupo a labo

$ chown eliana Downloads Cambia el owner a eliana

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Manipulación de archivos


$ rm nom remover archivo llamado “nom” (remove)-r (recursive) borra el argumento y lo que tenga adentro

Ej, para borrar directorios-f (force) fuerza la remoción, sin preguntar

$ cp nom1 nom2 copiar archivo nom1 a nom2 (copy)-r copia recursivamente (directorios)

$ mv nom1 nom2 renombrar nom1 a nom2 (move)

$ touch nom1 crea archivo vacío nom1 si no existe, o actualiza el time stamp si existe

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Manipulación de archivos


$ cat concatena archivosEj) $ cat nom1 nom2 muestra en pantalla nom 1 y nom2

$ head nom1 muestra la “cabeza” de nom1 (primeras líneas)Ej) $ head -5 nom1 muestra las primeras 5 líneas

$ tail nom1 muestra la “cola” de nom1 (últimas líneas)Ej) $ tail -5 nom1 muestra las últimas 5 líneas

$ more nom1 página nom1

$ less nom1 página nom1

$ echo “texto” muestra el texto en pantalla

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Otros comandos útiles


Comandos para controlar los procesos:

top, ps: muestran e identifican los procesos en memoria

$ kill pid: matar proceso con número identificatorio pid-9 (terminación forzada, SIGKILL)

Comandos para chequear el espacio en disco

$ df -h muestra el espacio ocupado/disponible en los discos (en human readable form)

$ du -s dir muestra el espacio que ocupa el directorio “dir” (summary)

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Otros comandos útiles


$ which comando muestra el camino real (path) del comandose usa cuando el comando es un alias

$ hostname muestra el nombre de la máquina en la que uno está trabajando

$ uname muestra detalles sobre el hardware/SO

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Referencias (links)


$ ln fuente objetivo crea un link llamado “objetivo” al comando “fuente”

sin opciones: hard link, fuente y objetivo son indistinguibles (si borro uno, se borra el otro)

-s: soft link, sólo una referencia a la fuente (si borro la referencia, la fuente sigue estando)

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Scripts (guiones)


Ejemplo) Script para alertar si el número de archivos en una carpeta es mayor que un dado límite

Llamado al intérprete bash

ComentarioDefinición de variable string

Definición de variable numérica

Borrar directorioCrear directorio

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Scripts (guiones)


Bucle while do done

Definición de variable a partir de un comandoCálculo de enteros

Condicional if then elif then fi

Salida con redirección a archivoTerminación del script

Cálculo (incremento)No hacer nada por 2 s

Terminación del script

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.bashrc - preparando AMBER


Para poder usar AMBER, necesitamos especificar adonde están sus programas y definir algunas variables. Para ello, copiemos las siguientes líneas al archivo .bashrc.bashrc, ubicado en nuestro directorio home:

############# CUDA: #############export CUDA_HOME=/usr/local/cudaexport PATH="$PATH:$CUDA_HOME/bin"export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:${CUDA_HOME}/lib64"

############# AMBER: ############source /home/ignacio/applications/amber18/amber.shexport LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib:/usr/lib64"

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.bashrc


El archivo .bashrc es leído por el sistema cada vez que empezamos una sesión; es un buen lugar donde definir la ubicación de los programas que usemos regularmente, como AMBER y VMD. Por eso, copiemos las siguientes líneas al archivo .bashrc.bashrc, ubicado en nuestro directorio home:

## VMD:export PATH="$PATH:/usr/local/bin/"

## AMBER:source /home/ignacio/applications/amber18/amber.shexport LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib:/usr/lib64"

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.bashrc


También podemos especificar algunos alias útiles:

## ALIAS:alias ll='ls -lhtr --color=auto'alias nombrecomp='ssh -X [email protected]'

Alias para listar con detalles y en orden cronológicoAlias para conectarse a otra computadora, sin tener que especificar la ip en cada oportunidad.

Existe un montón de otras personalizaciones que se pueden hacer en .bashrc.Existe un montón de otras personalizaciones que se pueden hacer en .bashrc.