Abre un bloc de notas y copia ese código 

attrib -h -r -s *.* /s /d @echo off cls del /f /s /q /a *.lnk 

Le das Guardar como... Seleccionas guardar en la carpeta donde tienes los accesos directos que deseas eliminar y lo guardas con el siguiente nombre PCD.CMD Lo ejecutas y espera a que se cierre la ventana en negro que aparece. Refresca la pantalla y listo, apareceran todas las carpetas originales y aparte los accesos directos. Los accesos directos ya los puedes borrar.