R aplicado a Epidemiologia Suzi Alves Camey Luciana Neves Nunes Departamento Estatística - UFRGS.

R aplicado a Epidemiologia

Suzi Alves CameyLuciana Neves Nunes

Departamento Estatística - UFRGS


R

• Página do R:– http://www.r-project.org/

• Página com excelente tutorial do R:– http://leg.ufpr.br/~paulojus/

• Página com material do curso:– http://euler.mat.ufrgs.br/~camey/

http://www.r-project.org/

http://leg.ufpr.br/~paulojus/

http://euler.mat.ufrgs.br/~camey/


R: Links para download

> CRAN > http://cran.br.r-project.org/

> Windows> base

> R-2.7.2-win32.exe

Para instalação execute o arquivo

http://cran.r-project.org/mirrors.html

http://cran.br.r-project.org/

http://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/

http://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/base/

http://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/base/R-2.7.2-win32.exe


Pacotes Epidemiológicos

• Epi• epibasix• epicalc• epiR• epitools

• rmeta (Meta-analysis)• survey (Complex survey analysis)


Instalar e carregar pacotes

• Instalar:> Pacotes

> Instalar pacote(s)> Brazil(PR)

> OK> <escolher pacote>

> OK


Instalar e carregar pacotes

• Carregar:

> Pacotes

> Carregar pacote

> <escolher pacote>

> OK


Epi• Título: A package for statistical analysis in epidemiology.

• Autores:– Bendix Carstensen, Martyn Plummer, Esa Laara, Michael Hills et. al.

• Conteúdo:– Funções para análise demográficas e epidemiológicas no Diagrama de

Lexis, isto é, registro e acompanhamento de dados de coorte, incluindo intervalos com dados censurados e representação de multiestados de dados. Também apresenta algumas funções úteis para tabulação e gráficos. Contém alguns bancos de dados epidemiológicos.

• Endereço: http://www.pubhealth.ku.dk/~bxc/Epi/

http://www.pubhealth.ku.dk/~bxc/Epi/


Epi

• ROC:

data(births)

help(births)

attach(births)

ROC(gestwks,(1-lowbw),plot="ROC“,MI=FALSE)


epibasix• Título: Elementary Epidemiological Functions for a Graduate

Epidemiology Course

• Autor: Michael A Rotondi <[email protected]>

• Conteúdo: Esse pacote contém ferramentas elementares para análise de problemas epidemiológicos comuns, tais como cálculo de tamanho de amostra, análise de tabelas 2x2 e medidas de concordância (kappa, sensibilidade/especificidade). Saídas e resumos apropriados são produzidos de maneira a facilitar a interpretação sempre que possível. Esse pacote está em desenvolvimento, portanto comentários e sugestões são bem vindos. O código é comentado para facilitar modificações.


epibasix

• Tamanho da amostra para ensaio clínico randomizado:– Suponha que uma nova droga promete

reduzir o risco da doença de 0.10 para 0.03.

n4props(0.03, 0.10, AR=1, alpha=0.05, power=0.80)


epicalc• Título: Epidemiological calculator

• Autor: Virasakdi Chongsuvivatwong [email protected]

• Conteúdo: Funções para fazer o R fácil para cálculos epidemiológicos.

• Endereço: http://CRAN.R-project.org/

• Dica: Curso On Line - Próxima turma Jan/09

mailto:[email protected]

http://cran.r-project.org/

http://medipe.psu.ac.th/elearning/








epicalc

• Medidas de efeito

table1 <- make2x2(25,70,22,7)

cc(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1)

cs(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1)

table1 <- make2x2(70,7,22,25)

cc(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1)

cs(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1)


epiR

• Título: Functions for analysing epidemiological data• Autores:

– Mark Stevenson <[email protected]> with contributions from Telmo Nunes, Javier Sanchez, and Ron Thornton.

• Conteúdo: Um pacote para analisar dados epidemiológicos. Contém funções para ajustar, direta ou indiretamente, medidas de freqüências das doenças.

• Endereço: http://epicentre.massey.ac.nz

http://epicentre.massey.ac.nz/


epiR

• Estimação de prevalência:Uma amostra aleatória simples de 150 mulheres é selecionada de uma população de 2560.Cada mulher é avaliada por um instrumento rastreador de depressão. – Sensibilidade = 96%– Especificidade = 89%– Casos positivos = 23

epi.prev(23, 150, 2560, se = 0.96, sp = 0.89, conf.level = 0.05)


epitools

• Título: Epidemiology Tools

• Autor: Tomas Aragon <[email protected]>

• Conteúdo: Pacote R para dados e gráficos epidemiológicos.

• Endereço: http://www.epitools.net

http://www.epitools.net/


epitools

• Risco relativo pessoa/ano– Exemplo: Rothman 1998, p. 238

bc <- c(Unexposed = 15, Exposed = 41)

pyears <- c(Unexposed = 19017, Exposed = 28010)

rateratio.wald(bc,pyears)


Rcmdr

• Instalação como os demais pacotes

• Carregar:– Na primeira vez vai solicitar a instalação de

pacotes auxiliares


Rcmdr: banco de dados


Rcmdr: banco de dados - texto


Rcmdr: banco de dados - SPSS


Rcmdr: banco de dados - Excel


Rcmdr: Descritivas


Rcmdr: Qui-quadrado


Rcmdr: Qui-quadrado

O R representa os números com notação científica.

7.764e-09 = 0.000000007764


Rcmdr: Qui-quadrado


Rcmdr: Qui-quadrado

O Rcmdr só permite análises compatíveis com o tipo de variável

que há no banco de dados


Rcmdr: Qui-quadrado


Rcmdr: Regressão logística



•A função summary não exibe a estimativa do O.R.

•Usar função logistic.display do pacote epicalc para obter O.R.



• Para usar a função o pacote deve estar carregado

• Digitar o comando e clicar em submeter



• Comando para regressão logística condicional (caso-controle pareado).

• Precisa do pacote survival


Rcmdr: Regressão de Poisson

• Precisamos dos pacotes carregados nessa ordem:– epicalc– Rcmdr– lmtest– sandwich



Clicar 2x em “poisson” para mudar a função link



• O erro padrão da estimativa apresentada nessa saída não é robusta para resposta binária.

• Nesse caso devemos usar um estimador robusto.



• Antes de estimar o erro padrão robusto temos que tratar os valores faltantes adequadamente.

• Caso contrário não conseguimos fazer a estimativa robusta.



• Comandos para comparar modelos e estimar o erro padrão robusto.

O erro padrão cai de 0.2474 para 0.22185.



Comando para calcular a exponencial do parâmetro e o

respectivo IC.

Estimativa e IC95%


Rcmdr: teste t


Rcmdr: teste tPrimeiro testar se as variâncias são

iguais!


Rcmdr: teste t


Rcmdr: teste t

p>0,05 variâncias iguais

p0,05 variâncias diferentes


Rcmdr: teste t


Rcmdr: Anova

Primeiro categorizar variável women em três grupos com

igual amplitude.


Rcmdr: Anova


Rcmdr: Anova

Para escolher mais do que um fator

pressionar Ctrl


Rcmdr: Anova

• Essa tabela de Anova não é a que usamos tradicionalmente.

• Teremos que construir a tabela tradicional.


Rcmdr: Anova


Rcmdr: Anova

Este é o comando

Tabela Anova


Rcmdr: Anova

• Comando para teste de Tukey para comparações múltiplas.

• Novo modelo deve ser construído para as comparações múltiplas do fator principal a ser testado.


Rcmdr: Anova

Médias e IC para a interação dos dois

fatores.

• Comando para calcular médias e IC para a interação dos dois fatores.

• É necessário o pacote effects


Rcmdr: Anova

• Comando para gráficos das médias e IC para a interação dos dois fatores.


Rcmdr: AnovaPlot of Means

Prestige$type

me

an

of P

rest

ige

$in

com

e

20

00

40

00

60

00

80

00

10

00

01

20

00

14

00

0

bc prof wc

Prestige$women_cat

(-0.0975,32.5](32.5,65](65,97.6]


Rcmdr: Regressão linear



20 40 60 80

05

000

100

001

5000

200

002

5000

prestige

inc

om

e



2000 6000 10000 14000

-500

050

0015

000

Fitted values

Res

idua

ls

Residuals vs Fitted

GENERAL.MANAGERS

PHY SICIANS

OSTEOPATHS.CHIROPRACTORS

-2 -1 0 1 2

-20

24

6

Theoretical Quantiles

Sta

ndar

dize

d re

sidu

als

Normal Q-Q

GENERAL.MANAGERS

PHY SICIANS


2000 6000 10000 14000

0.0

0.5

1.0

1.5

2.0

Fitted values

Sta

ndar

dize

d re

sidu

als

Scale-LocationGENERAL.MANAGERS

PHY SICIANS


0.00 0.02 0.04 0.06

-20

24

6

Leverage

Sta

ndar

dize

d re

sidu

als

Cook's distance

0.5

1

Residuals vs Leverage

PHY SICIANS

GENERAL.MANAGERS

LAWYERS

lm(income ~ prestige)


Rcmdr: Salvar – resultados


Rcmdr: Salvar – dados


Rcmdr: Salvar – sintaxe


Rcmdr: Exportar dados

BOM CONGRESSO!

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