ProcesosbasicosdeimagenusandoImageJ

ManuelGrañaMasterIngenieríaBiomédica

UPV/EHU

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Inicio

•  DownloadImageJ1.44– hEp://rsbweb.nih.gov/ij/download.html

•  LainstalaciónesinmediatapuestoqueesunaaplicaciónJava

•  RequerimientossistemaoperaNvo:todoslossistemas

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Plandetrabajo

•  Operacionessobrelasimágenesmuestraqueproporcionalainstalaciónbásica

•  Paracadacasoindicaré–  LaimagenuNlizada–  ElNpodeprocesosinespecificarlosdetalles,elalumnodebe

navegarenlosmenusparaencontrarlaoperaciónapropiada–  Laimagenresultadoqueelalumnodebereproducir

•  Elalumnodebeconstruirunpowerpointsimilaraestecon–  Elresultadoobtenidoencadacaso–  Eldetalledelasoperacionesquehaempleado,indicando

parámetrosdelasoperaciones/filtros

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Profiles

•  Lasfilasdelasimagenessonfuncionesquepuedenvisualizarsecomoplots,valoresaltoscorrespondenconcoloresclarosenlaimagen

•  Podemosusarlaherramientadeseleccionrectangularparaseleccionarunafiladelaimageny

•  Plotearelprofile

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•  Imagendeprueba:boats.gif•  Resultadosareproducir

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Imagenescomosuperficies3D

•  Lasimagenessonsuperficiesenunespacio3D,equivalentesaunafunciónescalarconrango2D

•  Podemosvisualizarestaestructuramedianteelplugincorrespondiente

•  lasuavizaciónNeneelefectodeconverNrlasuperficieenunabandaconunrangodevaloresreducidoycambiossuaves

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•  Imagendeprueba:blobs.gif

•  Resultadosesperados:detallesdecoloryfondopuedencambiarentresistemasoperaNvos

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Suavizacion

•  Elprocesovisualdesuavización(smoothing)produceimagenescadavezmasdifuminadas(blurred).

•  Iterandoelprocesodesmoothingsepuedereproducirvisualmentelosresultadosanteriores

•  ParaobservarqueefecNvamenteseestáproduciendoun“alisamiento”podemosvisualizarlosmáximoslocalesdetectadosenlaimagen

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•  Imagen:blobs.gif•  Resultadosesperadosdelaiteracion

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LatransformadadeFourier

•  LatransformadadeFouriernosdainformaciondelacomposicióndelaimagencomounamezcladeondassinusoidalesdediversasfrecuenciasespaciales.

•  LaFastFourierTransform(FFT)esunaimplementacionaltamenteeficiente.

•  Podemosvisualizarelefectodelasuaviaciónenelespaciotransformado

•  Podemosaplicarunfiltrodedifuminaciongausianoconradioscrecientesparaobtenersuavizacionesprogressivamentemasfuertes

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•  Imagen:blobs.gif•  Resultadosesperados

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Afilado

•  Laoperaciondualalasuavizacioneselafilado,(sharpening)ofiltradopasaalta.

•  Estaoperacionresaltalasaltasfrecuenciasconelpeligroderesaltarelruidosobrelaseñal

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•  Imagen:CT.dcm•  Resultados(izqdaadcha)

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Transformacionesdeintensidad

•  Elrangodevaloresdelaimagenpuedeabarcarmuchosmasnivelesdegrisocoloresdelosquepodemosvisualizar,porloquetransformacionesdevisualizacionpuedenofrecernosestructurasquenosonvisiblesinmediatamente…(ypuedenserirrelevantesdesdeelpuntodevistamédico)

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•  Imagen:CT.dcm•  Resultadosdelajustedebrilloycontraste

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Bordesenlaimagen

•  Losbordes(edges)sonlasfronterasentreregionesdelaimagenuobjetosquepodemosdisNnguir.

•  Cuandoprocesamoslaimagenparaobtenerlosbordes,dependiendodelaimplementacion,losresultadospuedenser“negros”perounpequeñoajustedebrilloycontrastepuedesacaralaluzloqueestáescondido…..

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•  ImagenCT.dcm•  Resultadodebuscarlosbordesyajustar….

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•  Otrasvecesnohacefaltahacercosasraras…imagenDot_blot.jpg

•  Atenciónalosefectosindeseados,¡¡¡sonresultadodelacompresiónconperdidadejpg!!!

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Buscandocosas

•  Avecesqueremosdetectarlascosasqueestanenlaimagen,paraconcentrarnosenellas.

•  AnalizamosparNculasyencontramosdondeestancolocadas….EnImageJrequierequelaimagenseabinarizadaaplicandounumbral(threshold)

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•  Imagen:Dot_blot.jpg•  Resultados…

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•  SupongamosquequeremoscontarlascelulasenCell_colony.jpg,asumiendoquelosblobspequeñossonruido

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•  Podemossimplificarlaimagenhaciendoaperturamorfologica(open)

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•  ParaobtenerfiltrosmasfuertespodemosrepeNrunpardeerosionesseguidasdeunpardedilataNones,loqueequivalealaaperturaconunfiltrodosvecesmasgrande(limitacionesdeImageJ)

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