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LABORATORIO DE REFERENCIA SARS-CoV-2 EN LA REGION DE LAS AMÉRICAS
InDRE
Subsecretaría de Prevención y Promoción de la SaludDirección General de Epidemiología
Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE)
Presenta:M en C. Gisela Barrera Badillo
Ciudad de México, 28 octubre, 2020
AGENDA
Diagnóstico Inicial
Descentralización del Diagnóstico
Implementación del Diagnóstico en el InDRE
Evaluación de Estuches comerciales
Evaluación de pruebas rápidas de antígeno
Serología
Secuenciación
SARS-CoV-2. Diagnóstico inicial
Un nuevo Betacoronavirus (SARS-CoV-2) distinto de SARS-CoV y MERS-CoV y Coronavirus endémicos (HKU1, OC43, 229E, NL63)
16/01/2020. Diagnóstico de Betacoronavirus por RT-PCR en punto final/Secuencia. Protocolo implementado en InDRE
Betacoronavirus: SARS-CoV, MERS-CoV, CoV-HKU-1, CoV-OC43 y SARS-CoV-2
220 pb
SARS-CoV-2. Diagnóstico inicial
SARS-CoV-2. Diagnóstico inicial
Protocolos avalados por la OMS para realizar el Diagnóstico de SARS-CoV-2
Fuente: who.int/publications/m/item/molecular-assay-to-diagnose-covid-19-summary-table-of available-protocols
Primeros protocolos de diagnóstico. Protocolo de Berlín
Corman Victor M et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020;25(3):pii=2000045.https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045
30/01/2020-09/02/2020. Implementación del Diagnóstico de SARS-CoV-2 por RT-PCR en tiempo real. Protocolo de Charité, Berlín, Alemania
7500 Fast Real-Time PCR System, Applied
Biosystems
Detección del gen E.
Detección del gen RdRP
Detección del gen E.
Detección del gen RdRP
CFX96 Real Time System, BioRad
Detección del gen E.
Detección del gen RdRP
QuantStudio 5, Real-Time PCR Systems, Applied
Biosystems
Star Q
SS III
Comparación de enzimas
Obtención control positivo plasmídico
sintetico producido en InDRE , no contabamos con muestras positivas
AGENDA
Diagnóstico Inicial
Descentralización del Diagnóstico
Implementación del Diagnóstico en el InDRE
Evaluación de Estuches comerciales
Evaluación de pruebas rápidas de antígeno
Serología
Secuenciación
Descentralización del diagnóstico.- 12 y 13 de febrero. Taller de Capacitación a 8 países de Centro América. Diagnóstico de SARS-CoV-2 por RT-PCR en tiempo real.
Protocolo de Charité, Berlín, Alemania
Costa Rica
Cuba
Guatemala
Honduras
El Salvador Nicaragua BeliceRepublica Dominicana
Descentralización del diagnóstico.- 20-21 de febrero 2020. Taller a 37 Laboratorios dela Red Nacional de Influenza. “Detección por Laboratorio del Nuevo Coronavirus SARS-CoV-2”. Protocolo Berlín, Alemania (OMS)
Red Nacional de Laboratorios de Influenza
Centro Nacional de Influenza y de Rererencia COVID-19 (
InDRE)
6 Laboratorios en la Ciudad de México (2 Institutos Nacionales INER y INCMNSZ), IMSS (Centro Médico Nacional, "La Raza"), ISSSTE (Centro Medico Nacional”20 de Noviembre”),
Hospital General de México y Laboratorio de la CDMX
31 Laboratorios Estatales de Salud Pública
También se capacitó a Hospital Infantil de
México, IBT Morelos, UADY
Descentralización del diagnóstico
Implementación del protocolo de Berlín en la Red Nacional y laboratorios privados y de la academia. 24-28 Febrero
27 Febrero. Primer caso de SARS-CoV-2 en México
Descentralización del diagnóstico
Taller Red Nacional de Laboratorios de
Salud Pública
Implementación de Protocolo de Berlín
Envío de gráficos para validación de los
resultados*
Envío de muestras positivas para banco
Implementación es correcta?
Se otorga el oficio de autorización
* Temporal hasta que no exista problemas de interpretación
Taller Laboratorios de la academia y
privados
Implementación de Protocolo de Berlín ó cualquier otro estuche autorizado por el
InDRE
Envío de gráficos para validación de los
resultados*
Envío de 10 muestras (5 positivas y 5 negativas para evaluación
comparativa)
Implementación es correcta?
Se otorga el oficio de autorización
100% de concordancia
Si SiNo se otorga el oficio de autorización
Si
Se mantiene autorización
No
No
Se quita autorización
Descentralización del diagnóstico 168 Laboratorios Estatales de SaludPública, de la academia y privados.
Descentralización del diagnóstico. 168 Laboratorios Estatales de SaludPública, de la academia y privados.
1,960,798 muestras procesadas por la RNLSP
874,519 muestras POSITIVAS
Positividad nacional 45%
Muestras procesadas a nivel nacional
Diagnóstico Inicial
Descentralización del Diagnóstico
Implementación del Diagnóstico en el InDRE
Evaluación de Estuches comerciales
Evaluación de pruebas rápidas de antígeno
Serología
Secuenciación
AGENDA
Implementación del Diagnóstico en el InDRE
214,000 muestras procesadas. Capacidad instalada 2,500 muestras diarias
AGENDA
Diagnóstico Inicial
Descentralización del Diagnóstico
Implementación del Diagnóstico en el InDRE
Evaluación de Estuches comerciales
Evaluación de pruebas rápidas de antígeno
Serología
Secuenciación
61 Estuches moleculares evaluados en México
61 Estuches moleculares evaluados en México
Comparación de estuches de extracción de ácidos nucleicos, esto se realizó por desabasto en el mundo y dar respuesta al país
AGENDA
Diagnóstico Inicial
Descentralización del Diagnóstico
Implementación del Diagnóstico en el InDRE
Evaluación de Estuches comerciales
Evaluación de pruebas rápidas de antígeno
Serología
Secuenciación
Estuche Sofia® SARS Antigen FIA
• Metodología basada en el principio de inmunofluorescencia• Detección de la Nucleoproteína del SARS-CoV-2• Ensayo cualitativo• Muestras de personas sintomáticas con no más de 5 días de evolución• Puede ser empleada como prueba tamiz• Requiere de personal capacitado
RT-PCR en tiempo real
Positivo Negativo nt
SofiaPositivo 69 6 75
Negativo 16 172 188
nt 85 178 n Total: 263
• n = 263 muestras• Sensibilidad = 81.1 %• Especificidad = 96.6 %
Estuche Sofia® SARS Antigen FIA. Análisis de Resultados
Estuche Sofia® SARS Antigen FIA: Resultados positivos SOFIA Vs CT´s RT-PCR
Valor de Ct´s (RT-PCR)
POSITIVO (Sofia)
POSITIVO (RT-PCR)
0-20 29 31
21-30 35 40
31-40 5 14
Total 69 85
0.2
.4.6
.81
Re
sulta
do p
rueba
s
15 20 25 30 35Valor CTS
PCR R SOFIA R
Valor de 1 significa positivo; Valor de 0 significa negativo
AGENDA
Diagnóstico Inicial
Descentralización del Diagnóstico
Evaluación de Estuches comerciales
Evaluación de pruebas rápidas de antígeno
Serología
Secuenciación
Grupo de serología SARS-CoV-2 en InDRE: Proyectos de invest igación en México para la seroprevalencia de SARS-CoV-2
Evolución d e la p and em ia d e COVID-19 en CDMX:Estud io p iloto d e serop revalen cia rum b o a un a en cuestacon rep resen tat ivid ad n acion al.
Serocon versión n eg at iva y d eterm in ación d ean t icuerp os en el t iem p o d e p acien tes con COVID-19.Núm ero de Reg ist ro:R-2020 -785-065
Serop revalen cia d e SARS-CoV-2 en con tactos d e casoscon firm ad os d e COVID-19.
Línea basal positiva
- Muest ras obt en idas del Biobanco de m uest ras de la Encuesta
Nacional de Salud y Nutrición 2018 .
- Periodo previo a la em ergencia del SARS-CoV-2. n 210 part icipantes (5-80 años de edad).
Línea basal negat iva:
• Las m uest ras posit ivas fueron p rocesad aspor d uplicado por ob servadores dist in t osobt eniendo el m ism o result ado.
• Se analizó el sit io de residencia paradescart ar posib le in t eracción con ot rosagent es et iológ icos en zon ashiperendém icas.
• Act ualm ent e se encuent ran en p rocesopara para descart ar efect o m at riz.
Prueba ResultadoELISA-ind irect a
n 100NEG: 96 POS: 4
Elect ro-quim iolum in iscencia
n 210NEG: 209
POS: 1
Personas confirmadas a COVID-19 con resultado de RT-PCR en tiempo real Positivo con una evolución menor o
igual a 7 días, toma de muestra de suero basal y la segunda toma de muestra de suero (pareada) con un tiempo
de evolución mayor o igual a 22 días. n= 133 participantes (22-69 años de edad) con muestras pareadas.
Cohorte de positivos: Resultados seroprevalencia
• En el 20% (26) de los participantes, se detectaronanticuerpos IgG en suero 1.
• Del total de negativos a IgG (107) en S1 el 94%(101) seroconvierte en elS2.
• En el 9 % de los participantes no se detectaronanticuerpos IgG.
Evaluación de la sensibilidad y especificidad de las pruebas realizadas
ELISA-indirecta Electro-quimioluminiscencia
Sensibilidad 96% 99%
Especificidad 88% 88%
VPP 96% 96%
VPN 88% 89%
010
2030
4050
6070
8090
100
110
120
130
140
150
VA
LOR
ES
CO
I
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100
DÍAS DE EVOLUCIÓN
V_CORTE _S1 V_CORTE _S2
(Positivos pareados. México, 2020)Resultados de prueba IgG de anticuerpos SARS-CoV-2
Agenda
Diagnóstico Inicial
Descentralización del Diagnóstico
Evaluación de Estuches comerciales
Evaluación de pruebas rápidas de antígeno
Serología
Secuenciación
Secuenciación
217 genomas completos de SARS-CoV-2
5 Grupos -17 Linajes
Grupo
G GH GR S L
FEBRERO MARZO ABRIL MAYO JUNIO JULIO AGOSTO
GGRGHSL
GGRGH
GGRGH
GR GGRGH
# SEC. CLADO(GISAID)
LINAJE(Pangolín)
127 G B.1, B.1.5, B.1.5.11
31 GH B.1
44 GR B.1, B.1.1
2 L B
13 S A, A1, A2, A5
GGRGH
GGRGHS
LINAJES (17)A Root of the pandemic 1
A.1 Norte America 7A.2 España 1A.5 España/Sudamerica 4B Base en China/Global 2
B.1 Europa/Italia 87B.1.1 Europa 38
B.1.1.1 Europa/UK 1B.1.1.20 Europa /UK Portugal 3
B.1.2 USA 2B.1.3 USA 1B.1.5 Europa/España 29
B.1.5.11 USA/México/Rumania 37B.1.43 USA 1B.1.75 UK 1B.1.78 Holanda 1
B.1.102 Islandia 1
Secuenciación
InDRE a realizado
217 genomas completos de SARS-CoV-2
(Febrero-Agosto 2020)
• 32 Estados • 5 Grupos
• 17 linajes
L2
A A.1 A.2 A.5 B B.1 B.1.5 B.1.5.11 B.1.75 B.1.78 B.1.102 B.1 B.1.2 B.1.3 B.1.43 B.1 B.1.1 B.1.1.1 B.1.1.20 B.1.5
Aguascalientes 2 1 1Baja California 55 36 12 6 1Baja California 3 2 1Campeche 3 1 1 1CDMX 76 1 6 1 7 17 13 1 10 1 1 15 3Chiapas 3 1 1 1Chihuahua 6 3 2 1Coahuila 4 1 3Colima 2 1 1Durango 1 1Estado de Mexico 9 2 4 1 2Guanajuato 2 2Guerrero 6 1 3 1 1Hidalgo 3 1 2Jalisco 2 2
Michoacán 3 1 1 1Morelos 1 1Nayarit 2 1 1Nuevo León 3 1 2Oaxaca 1 1Puebla 2 1 1Querétaro 2 2Quintana Roo 2 1 1San Luis Potosí 1 1Sinaloa 1 1Sonora 6 4 1 1Tabasco 3 1 1 1Tamaulipas 2 1 1Tlaxcala 4 2 2Veracruz 3 3Yucatan 2 1 1Zacatecas 2 1 1
Total 217 1 7 1 4 2 59 28 37 1 1 1 27 2 1 1 1 38 1 3 1
Estado
Grupo/LinajeS G GH GR
13 127 31 44
Número de
secuencias
Secuenciación
Agradecimientos
Direccion:
Biól. Irma López Martínez, Instituto de Diagnósticoy Referencia Epidemiológicos (InDRE)
M en GS. Lucía Hernández Rivas, Institutode Diagnósticoy Referencia Epidemiológicos (InDRE)Dra. Celia Alpuche Aranda, Instituto Nacional de Salud Pública (INSP)
Evaluaciones:
M en C. Hiram Olivera Díaz
D en C. Noe Escobar Escamilla
Secuenciación:
D en C. José Ernesto Ramirez Gonzalez
Serologia:
Rodrigo Aparicio AntonioM. en C. Mauricio Vázquez Pichardo
A el personal del InDRE que apoya en la respuesta a la pandemia por COVID-19
Gracias