Presentación de PowerPoint - SPREGA · Arauz de Robles 0,284 Jose Marzal 0,206 Pablo Romero 0,271...
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Estandarización de Patrones Genéticos en la Raza de Lidia Utilizando Información Genómica Generada Mediante Chips de ADN de Alta Densidad El objetivo de este trabajo consistió en analizar, desde diversas perspectivas, la diversidad a lo largo del genoma en 197 individuos, 158 pertenecían a diferentes encastes de la raza de lidia, y el resto a razas de aptitud cárnica (29) y lechera (10), utilizando el chip de Illumina Bovine SNP50. Objetivo • Muestras: Se utilizaron un total de 197 muestras, 158 pertenecían a diferentes encastes de la raza de lidia, y el resto a razas de aptitud cárnica (29) y lechera (10). • Genes: El chip contenía 54.609 SNPs, y después de aplicar criterios de depuración de la información molecular como el de frecuencia mínima para un alelo (maf) de 0,01 y un porcentaje de genotipos faltantes por SNP de 0,20, se eliminaron 7.676 y 159 SNPs respectivamente, quedando 47.077. De ellos 1.457 SNPs no estaban en HWE para un error tipo I de 10-8 por lo que el fichero final quedó reducido a 45.620 SNPs. En el análisis sólo se han utilizado los SNPs ubicados en cromosomas concretos, por lo que el número total de marcadores fue de 45.170. Para la elección de un conjunto de marcadores representativos y con reducido nivel de desequilibrio de ligamiento utilizamos ventanas de 100 SNPs, dejando 5 SNPs entre ventanas, y se seleccionaron aquellos que tenían un valor de LD < a 0,01. Este proceso de selección nos proporcionó 559 SNPs. • Software utilizado: Genetix 4.4 (Belkhir et al., 2001), Structure 2.2 (Pritchard et al., 2000) Material y Métodos Resultados • Las ganaderías o encastes que comparten una mayor proporción de orígenes similares a las razas “mansas” son algunos de los que tienen una mayor influencia del ganado proveniente de lo que podría denominarse “ruta mediterránea”, como Concha y Sierra, Hidalgo Barquero o Veragua. • Resulta sorprendente que cuando las razas Pasiega y Tudanca muestran un doble origen genético (k=18), los encastes de Hidalgo Barquero y Veragua siguen mostrando en una proporción significativa el mismo origen genético que el resto de las razas “mansas” . • Se corroboran resultados previos sobre la estructuración de la raza de lidia mostrándose una mayor discriminación entreencastes dentro de la raza de lidia que entre razas bovinas “mansas” . Conclusiones La abundante información genómica disponible en la especie bovina gracias al desarrollo de chips de ADN con un elevado número de marcadores SNP proporciona nuevas perspectivas para la genética de la conservación. La genómica permite estimar la diversidad de regiones concretas del genoma, por ejemplo, de regiones comunes entre poblaciones genéticamente alejadas o, por el contrario, de regiones que difieren entre poblaciones alejadas. La raza de lidia, con su reducido nivel de intercambiabilidad genética, su peculiar objetivo de mejora y su sistema de manejo la ha mantenido genéticamente aislada del resto de razas domésticas. Trabajos previos llevados a cabo en esta raza (Cañón et al., 2007; 2008; Cortés et al., 2008; 2011), han demostrado un elevado nivel de estructuración, o subdivisión, genética en líneas o encastes. Introducción Sie Pab Ver Aptitud carne Aptitud leche Sie Pab Ver Aptitud carne Aptitud leche Encaste Distancia Encaste Distancia Cuadri 0,326 Atanasio Fernández 0,209 Arauz de Robles 0,284 Jose Marzal 0,206 Pablo Romero 0,271 Pedrajas 0,204 Marqués de Albaserrada 0,266 Contreras 0,201 Concha y Sierra 0,262 Baltasar Ibán 0,194 Miura 0,258 Gamero Cívico 0,185 Conde la Corte 0,258 Urcola 0,181 Marqués de Villamarta 0,243 Conde de Santa Coloma 0,168 Manuel Arranz 0,235 Juan Pedro Domecq 0,166 Antonio López 0,234 Hidalgo Barquero 0,163 Saltillo 0,231 Murube 0,151 Félix Gómez 0,221 Veragua 0,149 Vega Villar 0,217 Carlos Núñez 0,144 Anastasio Martín 0,212 Raza Distancia Tudanca 0,116 Pasiega 0,113 Frisona 0,100 Charolesa 0,085 Avileña 0,079 Asturiana 0,070 Retinta 0,069 K=18 K=5 K=18 K=5 VIII Congreso Ibéricos Sobre Recursos Genéticos Animales Cañón 1 , J., Carleos 2 , C., Baro 3 , J.A., Cortés 1 , O., Fernández 4 , J., Bouzada 5 , J.A., Dunner 1 , S. 1 Laboratorio de Genética. Facultad de Veterinaria. Universidad Complutense. 28040 Madrid. 2 Dpto. Estadística e I.O. Universidad de Oviedo, 33007 Oviedo. 3 Dpto. CC. Agroforestales, ETSIIAA Universidad de Valladolid, 34004 Palencia. 4 Dpto. Técnico. Unión de Criadores de Toros de Lidia. Paseo de Eduardo Dato, 7. 28010 Madrid. 5 Laboratorio Central de Algete. MAGRAMA. Algete (Madrid). ([email protected]) • Representación en dos dimensiones de la posición relativa de los individuos analizados cuando se proyectan sobre una combinación lineal de la información molecular. En los círculos se incluyen individuos de aptitud lechera (Frisón y Pasiega), y a los individuos de aptitud carnicera (Ver: encaste Veragua; Sie: encaste Concha y Sierra; Pab: encaste Pablo Romero). •Distancia (F ST ) promedio de cada una de las ganaderías de lidia o encastes al resto de ganaderías de lidia o encastes. La distancia media entre los encastes fue de 0,22, dos veces y media más elevada que la distancia media entre razas. • Representación gráfica de los resultados de asignación del genoma de cada individuo, representado por una barra vertical, a cada uno de los orígenes genéticos (k) previamente considerados, 5 y 18. La proporción de cada color en cada uno de los individuos y para cada uno de los k considerados indica el porcentaje de genoma de cada origen genético. Belkhir K., et al. (2001).http://www.univ-mont2.fr/~genetix/genetix/genetix.htm Cañón, J., et al. (2007). Archivos de Zootecnia, 56: 397-402. Cañon, J., et al. (2008). Animal Genetics, 39: 439-445. Cortés, O., et al. (2008). Animal Genetics, 39: 649-954. Cortés, O., et al. (2011). Journal of Animal Breeding and Genetics, 128:491-498. Pritchard J.K., et al. (2000). Genetics, 155, 945-59. http://pritch.bsd.uchicago.edu/structure.html
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Estandarización de Patrones Genéticos en la Raza de Lidia Utilizando Información Genómica Generada
Mediante Chips de ADN de Alta Densidad
El objetivo de este trabajo consistió enanalizar, desde diversas perspectivas, ladiversidad a lo largo del genoma en 197individuos, 158 pertenecían a diferentesencastes de la raza de lidia, y el resto arazas de aptitud cárnica (29) y lechera (10),utilizando el chip de Illumina Bovine SNP50.
Objetivo
• Muestras: Se utilizaron un total de 197muestras, 158 pertenecían a diferentesencastes de la raza de lidia, y el resto arazas de aptitud cárnica (29) y lechera (10).
• Genes: El chip contenía 54.609 SNPs, ydespués de aplicar criterios de depuraciónde la información molecular como el defrecuencia mínima para un alelo (maf) de0,01 y un porcentaje de genotipos faltantespor SNP de 0,20, se eliminaron 7.676 y 159SNPs respectivamente, quedando 47.077.De ellos 1.457 SNPs no estaban en HWEpara un error tipo I de 10-8 por lo que elfichero final quedó reducido a 45.620 SNPs.En el análisis sólo se han utilizado los SNPsubicados en cromosomas concretos, por loque el número total de marcadores fue de45.170. Para la elección de un conjunto demarcadores representativos y con reducidonivel de desequilibrio de ligamientoutilizamos ventanas de 100 SNPs, dejando5 SNPs entre ventanas, y se seleccionaronaquellos que tenían un valor de LD < a 0,01.Este proceso de selección nos proporcionó559 SNPs.
• Software utilizado: Genetix 4.4 (Belkhir etal., 2001), Structure 2.2 (Pritchard et al.,2000)
Material y Métodos Resultados
• Las ganaderías o encastes que comparten una mayor proporción de orígenes similares a las razas “mansas” son algunos de los que tienen una mayor influenciadel ganado proveniente de lo que podría denominarse “ruta mediterránea”, como Concha y Sierra, Hidalgo Barquero o Veragua.• Resulta sorprendente que cuando las razas Pasiega y Tudanca muestran un doble origen genético (k=18), los encastes de Hidalgo Barquero y Veragua siguenmostrando en una proporción significativa el mismo origen genético que el resto de las razas “mansas”.• Se corroboran resultados previos sobre la estructuración de la raza de lidia mostrándose una mayor discriminación entre encastes dentro de la raza de lidia queentre razas bovinas “mansas”.
Conclusiones
La abundante información genómica disponible en la especie bovina gracias al desarrollo de chips de ADNcon un elevado número de marcadores SNP proporciona nuevas perspectivas para la genética de laconservación. La genómica permite estimar la diversidad de regiones concretas del genoma, por ejemplo, deregiones comunes entre poblaciones genéticamente alejadas o, por el contrario, de regiones que difierenentre poblaciones alejadas. La raza de lidia, con su reducido nivel de intercambiabilidad genética, su peculiarobjetivo de mejora y su sistema de manejo la ha mantenido genéticamente aislada del resto de razasdomésticas. Trabajos previos llevados a cabo en esta raza (Cañón et al., 2007; 2008; Cortés et al., 2008;2011), han demostrado un elevado nivel de estructuración, o subdivisión, genética en líneas o encastes.
Introducción
SiePab Ver
Aptitud carne
Aptitud leche
SiePab Ver
Aptitud carne
Aptitud leche
Encaste Distancia Encaste Distancia
Cuadri 0,326 Atanasio Fernández 0,209 Arauz de Robles 0,284 Jose Marzal 0,206 Pablo Romero 0,271 Pedrajas 0,204 Marqués de Albaserrada 0,266 Contreras 0,201 Concha y Sierra 0,262 Baltasar Ibán 0,194 Miura 0,258 Gamero Cívico 0,185 Conde la Corte 0,258 Urcola 0,181 Marqués de Villamarta 0,243 Conde de Santa Coloma 0,168 Manuel Arranz 0,235 Juan Pedro Domecq 0,166 Antonio López 0,234 Hidalgo Barquero 0,163 Saltillo 0,231 Murube 0,151 Félix Gómez 0,221 Veragua 0,149 Vega Villar 0,217 Carlos Núñez 0,144
Anastasio Martín 0,212
Raza Distancia
Tudanca 0,116
Pasiega 0,113
Frisona 0,100
Charolesa 0,085
Avileña 0,079
Asturiana 0,070
Retinta 0,069
K=18
K=5
K=18
K=5
VIII Congreso Ibéricos Sobre Recursos Genéticos Animales
Cañón1, J., Carleos2, C., Baro3, J.A., Cortés1, O., Fernández4, J., Bouzada5, J.A., Dunner1, S.1Laboratorio de Genética. Facultad de Veterinaria. Universidad Complutense. 28040 Madrid. 2Dpto. Estadística e I.O. Universidad de Oviedo, 33007 Oviedo. 3Dpto. CC. Agroforestales, ETSIIAA Universidad de Valladolid, 34004 Palencia.4Dpto. Técnico. Unión de Criadores de Toros de Lidia. Paseo de Eduardo Dato, 7. 28010 Madrid.5 Laboratorio Central de Algete. MAGRAMA. Algete (Madrid).
• Representación en dos dimensiones de laposición relativa de los individuos analizadoscuando se proyectan sobre una combinaciónlineal de la información molecular. En loscírculos se incluyen individuos de aptitudlechera (Frisón y Pasiega), y a los individuosde aptitud carnicera (Ver: encaste Veragua;Sie: encaste Concha y Sierra; Pab: encastePablo Romero).
•Distancia (FST) promedio decada una de las ganaderíasde lidia o encastes al restode ganaderías de lidia oencastes. La distancia mediaentre los encastes fue de0,22, dos veces y media máselevada que la distanciamedia entre razas.
• Representación gráfica de losresultados de asignación del genomade cada individuo, representado poruna barra vertical, a cada uno de losorígenes genéticos (k) previamenteconsiderados, 5 y 18. La proporciónde cada color en cada uno de losindividuos y para cada uno de los kconsiderados indica el porcentaje degenoma de cada origen genético.
Belkhir K., et al. (2001).http://www.univ-mont2.fr/~genetix/genetix/genetix.htmCañón, J., et al. (2007). Archivos de Zootecnia, 56: 397-402.Cañon, J., et al. (2008). Animal Genetics, 39: 439-445.
Cortés, O., et al. (2008). Animal Genetics, 39: 649-954.Cortés, O., et al. (2011). Journal of Animal Breeding and Genetics, 128:491-498.Pritchard J.K., et al. (2000). Genetics, 155, 945-59. http://pritch.bsd.uchicago.edu/structure.html
