Práctica 1: Alineamientos - USCmathgene.usc.es/.../materiales/filogenia/filopracticas1.pdfPaso 1:...
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Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos
• Partimos de un archivo de datos que contiene 5secuencias de mRNA asociado a la CFTRhttp://madma.usc.es/cursoverano/materiales
• Abrimos el ClustalX en la carpeta “C:\ClustalX”de tu PC.
• Hay la opción de usar el Clustal via web
• Cargamos el archivo de datos en la aplicaciónClustalX.
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Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos
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Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos
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Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos
• La mandamos alinear sin perfil previo.
• Si aparecen gaps hay que eliminar esascolumnas.
• Por último recortamos para quedarnos consecuencias de longitud 250.
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Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos
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Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos
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Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos
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Práctica 2: DistanciasPráctica 2: Distancias
• Usaremos el paquete webPhylip en ladirecciónhttp://biocore.unl.edu/WEBPHYLIP/
• Usaremos el programa DNAdist
• Hay varias opciones( Kimura, J. Cantor,etc..)
• El resultado es una matriz que sirve deentrada para el siguiente paso.
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Práctica 2: DistanciasPráctica 2: Distancias
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Práctica 2: DistanciasPráctica 2: Distancias
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Práctica 3: N-J, UPGMAPráctica 3: N-J, UPGMA
• Partimos de una matriz de distancias paracalcular el árbol.
• Hay dos métodos, Fitch-Margoliash,Neighbor-Joining
• El resultado es una tabla con los tamañosde las ramas, un árbol elaborado concaracteres ASCII en un archivo de texto yun código para dibujarlo.
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Práctica 3: N-J, UPGMAPráctica 3: N-J, UPGMA
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Práctica 3: N-J, UPGMAPráctica 3: N-J, UPGMA
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Práctica 3: N-J, UPGMAPráctica 3: N-J, UPGMA
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Prática 4: Dibujar el árbolPrática 4: Dibujar el árbol
• Se puede hacer directamente en elpaquete. El resultado sale en un archivops.
• Sólo hay que darle a la opción adecuadaen la salida de la práctica anterior.
• Hay otros programas para dibujar árboles,la entrada es el código del que yahablamos anteriormente.
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Prática 4: Dibujar el árbolPrática 4: Dibujar el árbol
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Prática 4: Dibujar el árbolPrática 4: Dibujar el árbol
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Prática 4: Dibujar el árbolPrática 4: Dibujar el árbol
• Usaremos el treeview para dibujar y editarel árbol.
• El archivo de entrada contiene lacodificación del árbol que nos da elpaquete Phylip.
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Práctica 5: Máximaverosimilitud
Práctica 5: Máximaverosimilitud
•Usaremos los como entrada de datos unacolección de secuencias alineadas sin huecos.•El resultado será un árbol, el más verosimil.•La entrada tiene varias opciones queexaminaremos en detalle.
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Práctica 5: Máximaverosimilitud
Práctica 5: Máximaverosimilitud
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Práctica 5: Máximaverosimilitud
Práctica 5: Máximaverosimilitud
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Práctica 5: Máximaverosimilitud
Práctica 5: Máximaverosimilitud
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Práctica 5: Máximaverosimilitud
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Práctica 5: Máximaverosimilitud
Práctica 5: Máximaverosimilitud
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Práctica 6: Máximaparsimonia
Práctica 6: Máximaparsimonia
•Existen dos programas para hacer máxima parsimonia.•La diferencia básicamente consiste en el algoritmo de búsquedade la solución optima en el espacio de árboles•El procedimiento es similar a los anteriores métodos•Lo haremos directamente sobre el programa
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Práctica 7: Un poco deexperimentación
Práctica 7: Un poco deexperimentación
Esta práctica es un resumen de todo lo visto hasta ahora.Se trata de hacer un árbol de filogénia para las 14 especiescitadas en el artículo
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Práctica 7: Un poco deexperimentación
Práctica 7: Un poco deexperimentación
Paso 1: Buscar las secuencias en el genbank.
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Práctica 7: Un poco deexperimentación
Práctica 7: Un poco deexperimentación
Paso 1: Buscar las secuencias en el genbank.
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Práctica 7: Un poco deexperimentación
Práctica 7: Un poco deexperimentación
Paso 1: Buscar las secuencias en el genbank.Paso 2: Traerlas y grabarlas en formato FastaPaso 3: Alinearlas con Clustal y recortarlasPaso 4: grabarlas en formato PhyllipPaso 5: usar el paquete Phylip para hacer los distintos tipos deárboles y compararlos.
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Práctica 8: Un poco más alláPráctica 8: Un poco más allá
En esta práctica se trata de comprobar la potencia de losdistintos métodos de reconstrucción a partir de una matriz dedistancias.Paso 1: Considerar un árbol de 6 especies:Paso 2: Calcular la matriz de distancias.Paso 3: Usar esa matriz para calcular los árboles por losdistintos métodos y compararlos con el de partida.
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Práctica 8: Un poco más alláPráctica 8: Un poco más allá
Paso 1: Considerar un árbol de 6 especies:
A
BC
D
E
F
1
12
32
2.52.5
1
11.5
Matriz de distancias
ABCDEF
A B C D E F0 2 6 10 10 10 0 6 10 10 10 0 10 10 10 0 5 5 0 2 0
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Práctica 8: Un poco más alláPráctica 8: Un poco más allá
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Práctica 8: Un poco más alláPráctica 8: Un poco más allá
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Práctica 8: Un poco más alláPráctica 8: Un poco más allá
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Práctica 9: otra simulaciónPráctica 9: otra simulación
Paso 1: Partir de una secuencia de ADN de longitud 20Paso 2: Sobre el árbol de la práctica anterior, ir haciendomutaciones aleatorias (en un número proporcional a la longitudde la rama).Paso 3 Grabar las seis secuencias obtenidas.Paso 4 Aplicar los diversos métodos para reconstruir el árbol defilogenia.