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(A) Alelo G - Fam Alelo A- Vic Gotas sin Amplicón (B) ! La PCR digital ha sido capaz de obtener la frecuencia alélica y discriminación de alelos de baja frecuencia en mezclas de ADN de un número elevado de individuos. Detección de alelos raros con proporciones equivalentes a las esperadas. Se seleccionaron extracciones de ADN para realizar las mezclas de 100, 50, 25, 10 y 4 individuos, a una concentración final de 10 ng/ul. Valorar la eficacia y rentabilidad de la PCR digital para la detección de SNPs de baja frecuencia. El análisis de SNPs... INTRODUCCIÓN - Diagnosticar enfermedades de origen genético. - Realizar estudios de poblacionales y evolutivos, - Identificar susceptibilidad y/o resistencia a enfermedades y respuesta a tratamientos. [métodos bioq cos , electroforesis capilar, espectrometría de masas, arrays,…] Sondas TaqMan ® Una de las técnicas más extendidas cuando el n de SNPs a estudiar es bajo, basada en la actividad nucleasa 5 de la polimerasa. PERMITE: d METODOLOGÍAS: d - Frecuencias poblacionales . - Rastrear variables en la población. - Representación de la frecuencia alélica.. PERMITE CONOCER: f El uso de MEZCLAS de extractos de ADN ... ( ) dPCR PCR digital Cuantificación absoluta de expresión génica. Estudio de la variación en el número de copias (CNV), Detección de secuencias escasas. ? ¿ SNP Caracterización OBJETIVOS Establecer la mezcla de extractos de material genético y su análisis mediante PCR digital como un método eficaz para la detección de la frecuencia de SNPs en la mezcla. Fijar el número de individuos para realizar estudios dependiendo de la frecuencia de los SNPs en la población de la sensibilidad y fiabilidad. ji ji ji MATERIAL Y MÉTODOS MUESTRAS: d RESULTADOS Valores de frecuencias alélicas con una baja desviación con respecto a la caracterización individual mediante sondas TaqMan ® Genotipado de todos los individuos como homocigotos para el alelo más frecuente. REFERENCIAS ! Esta metodología permite la discriminación de individuos con riesgo a enfermedades y sensibles a drogas, pudiendo ampliar el tamaño muestral al abaratar enormemente el coste de los análisis, permitiendo su aplicación en diagnóstico genético, estudios de asociación y de poblaciones. CONCLUSIONES Pero falta 1.- ERBB2 // 2.- CYP2C19 * 3 // 3.- BCHE * A MARCADORES UTILIZADOS: d (rs1136201) (rs4986893) (rs1799807) Frecuencias alélicas Alelos A G Metodología TaqMan 0,78 0,22 dPCR 0,76 0,24 Deviación 0,02 0,02 Ilustración 1: Representación de los resultados obtenidos en el SNP ERB2 con 25 individuos extraídos del soware Quantaso ® para la PCR digital (A) y SDS Soware para las sondas TaqMan (B). En la figura A se observan tres nubes de puntos, la superior corresponden a las gotas que contienen el fragmento de ADN con el alelo G marcado con Fam, la inferior derecha corresponde al alelo A marcado con Vic y la inferior izquierda son todas las gotas que no contienen ningún fragmento amplificado. La figura B corresponde al genotipado de un conjunto de muestras mediante sondas TaqMan entre las que se eligieron 25 para el estudio. Baker, Monya. "Digital PCR hits its stride." Nature Methods 9.6 (2012): 541-544. http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n6/abs/nmeth.2027.html Henshall, John M et al. "Estimating the eect of SNP genotype on quantitative traits from pooled DNA samples." Genetics Selection Evolution 44.1 (2012): 12. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3353226/ Vallania, Francesco et al. "Detection of Rare Genomic Variants from Pooled Sequencing Using SPLINTER." Journal of visualized experiments: JoVE 64 (2012). http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3471313/ Tabla 1: Comparativa de las frecuencias alélicas entre los resultados de genotipado individual obtenidos mediante sondas TaqMan, y los resultados de genotipado en mezclas mediante digital PCR. Desviación de 0,02 entre ambos análisis genéticos. mezcla Ilustración 2: Representación gráfica de los resultados obtenidos en el SNP CYP2C19 * 3 con tres mezclas de individuos (P25, P50 y P100, con 25, 50 y 100 individuos respectivamente), extraídos del soware Quantaso ® para la PCR digital. Tabla 2: Los resultados están expresados en concentración, es decir en número de copias por cada microlitro (copias/ul). Todos los individuos se han podido genotipar como GG, ya que la señal obtenida para el otro alelo es despreciable. Por otro lado, según el número de individuos que haya en la mezcla aumenta la concentración, manteniéndose parecidas proporciones. Ilustración 3: Representación de los resultados obtenidos en el SNP BCHE * A con tres mezclas de individuos, P10 (9 homocigotos CC y 1 heterocigoto CT), P4 (3 homocigotos CC y 1 heterocigoto CT) y P4-0 (todos los individuos CC) extraídos del soware Quantaso ® para la PCR digital. Según Nº Individuos Alelos G - Fam C - Vic Proporción P100 90,9 0,195 0,0021 P50 199 0,343 0,0017 P25 351 0,765 0,0022 Nº Gotas Alelos Proporción C - Fam T - Vic observada esperada P10 1129 62 0,055 0,05 P4 1047 145 0,138 0,125 P4-0 841 5 0,0059 0 Tabla 3: Los resultados están expresados en Nº de gotas que contienen cada uno de los fragmentos marcados correspondiente a cada uno de los alelos. Se observan valores muy próximos entre los datos esperados, obtenidos mediante genotipado por sondas TaqMan, y los observados en PCR digital. kggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggh kggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggh QX100™Droplet Digital™PCR System / Bio-Rad GENOTIPADO de MEZCLAS de extractos de ADN mediante PCR DIGITAL A. Gómez-Martín 1,2 , Dávila-Fajardo CL 3 , B. Martínez-García 1 , J. Cabeza-Barrera 3 , A.F. Hernández 2 , L.J. Martínez-González 1 1. Centro Pfizer - Universidad de Granada - Junta de Andalucía de Genómica e Investigación Oncológica (GENYO), Granada // 2. Departamento de Medicina Legal, Toxicología y Antropología Física, Universidad de Granada // 3. Unidad de Gestión Clínica de Farmacia Hospitalaria, Hospital San Cecilio, Granada

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Comunicaciones presentadas en Congresos

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Page 1: Poster De Congresos Agm

(A)

Alelo G - Fam!

Alelo A- Vic!Gotas sin Amplicón!

(B)

!  La PCR digital ha sido capaz de obtener la frecuencia alélica y discriminación de alelos de baja frecuencia en mezclas de ADN de un número elevado de individuos. !

Detección de alelos raros con proporciones equivalentes a las esperadas.!

Se seleccionaron extracciones de ADN para realizar las mezclas de 100, 50, 25, 10 y 4 individuos, a una concentración final de 10 ng/ul. !

Valorar la eficacia y rentabilidad de la PCR digital

para la detección de SNPs de baja frecuencia.!

El análisis de SNPs...

INTRODUCCIÓN - Diagnosticar enfermedades de origen genético.!

- Realizar estudios de poblacionales y evolutivos, !

- Identificar susceptibilidad y/o resistencia a enfermedades y respuesta a tratamientos.!

[métodos bioqcos, electroforesis capilar, espectrometría de masas, arrays,…]!

Sondas TaqMan®!

Una de las técnicas más extendidas cuando el n de SNPs a estudiar es bajo, basada en la actividad nucleasa 5� de la polimerasa.!

PERMITE: d

METODOLOGÍAS: d

- Frecuencias poblacionales .!

- Rastrear variables en la población. !- Representación de la frecuencia alélica..!

PERMITE CONOCER:

f El uso de MEZCLAS de extractos de!ADN!...

( ) dPCR PCR digital!

Cuantificación absoluta de expresión génica. !

Estudio de la variación en el número de copias (CNV), !

Detección de secuencias escasas.!

? ¿ SNP Caracterización!

OBJETIVOS Establecer la mezcla de extractos de material genético y su análisis mediante PCR digital

como un método eficaz para la detección de la frecuencia de SNPs en la mezcla.!

Fijar el número de individuos para realizar estudios dependiendo de la

frecuencia de los SNPs en la población de la sensibilidad y fiabilidad.!

ji ji ji

MATERIAL Y MÉTODOS MUESTRAS: d

RESULTADOS Valores de frecuencias alélicas con una baja desviación con respecto

a la caracterización individual mediante sondas TaqMan®!Genotipado de todos los individuos como homocigotos para el alelo más frecuente. !

REFERENCIAS

!  Esta metodología permite la discriminación de individuos con riesgo a enfermedades y sensibles a drogas, pudiendo ampliar el tamaño muestral al abaratar enormemente el coste de los análisis, permitiendo su aplicación en diagnóstico genético, estudios de asociación y de poblaciones.!

CONCLUSIONES

Pero!falta!

1.- ERBB2 // 2.- CYP2C19*3 //!3.- BCHE*A!MARCADORES UTILIZADOS:

d (rs1136201) ! (rs4986893) ! (rs1799807)!

Frecuencias alélicas!Alelos!

A! G!

Metodología!TaqMan! 0,78! 0,22!

dPCR! 0,76! 0,24!

Deviación! 0,02! 0,02!

Ilustración 1: Representación de los resultados obtenidos en el SNP ERB2 con 25 individuos extraídos del so"ware Quantaso"® para la PCR digital (A) y SDS So"ware para las sondas TaqMan (B). En la figura A se observan tres nubes de puntos, la superior corresponden a las gotas que contienen el fragmento de ADN con el alelo G marcado con Fam, la inferior derecha corresponde al alelo A marcado con Vic y la inferior izquierda son todas las gotas que no contienen ningún fragmento amplificado. La figura B corresponde al genotipado de un conjunto de muestras mediante sondas TaqMan entre las que se eligieron 25 para el estudio.!

Baker, Monya. "Digital PCR hits its stride." Nature Methods 9.6 (2012): 541-544. http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n6/abs/nmeth.2027.html!Henshall, John M et al. "Estimating the effect of SNP genotype on quantitative traits from pooled DNA samples." Genetics Selection Evolution 44.1 (2012): 12. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3353226/!Vallania, Francesco et al. "Detection of Rare Genomic Variants from Pooled Sequencing Using SPLINTER." Journal of visualized experiments: JoVE 64 (2012). http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3471313/!

Tabla 1: Comparativa de las frecuencias alélicas entre los resultados de genotipado individual obtenidos mediante sondas TaqMan, y los resultados de genotipado en mezclas mediante digital PCR. Desviación de 0,02 entre ambos análisis genéticos.!

mezcla!

Ilustración 2: Representación gráfica de los resultados obtenidos en el SNP CYP2C19*3 con tres mezclas de individuos (P25, P50 y P100, con 25, 50 y 100 individuos respectivamente), extraídos del so"ware Quantaso"® para la PCR digital.!

Tabla 2: Los resultados están expresados en concentración, es decir en número de copias por cada microlitro (copias/ul). Todos los individuos se han podido genotipar como GG, ya que la señal obtenida para el otro alelo es despreciable. Por otro lado, según el número de individuos que haya en la mezcla aumenta la concentración, manteniéndose parecidas proporciones.!

Ilustración 3: Representación de los resultados obtenidos en el SNP BCHE*A con tres mezclas de individuos, P10 (9 homocigotos CC y 1 heterocigoto CT), P4 (3 homocigotos CC y 1 heterocigoto CT) y P4-0 (todos los individuos CC) extraídos del so"ware Quantaso"® para la PCR digital. !

Según Nº Individuos!

Alelos!

G - Fam! C - Vic! Proporción!

P100! 90,9! 0,195! 0,0021!

P50! 199! 0,343! 0,0017!

P25! 351! 0,765! 0,0022!

Nº Gotas!Alelos! Proporción!

C - Fam! T - Vic! observada! esperada!

P10! 1129! 62! 0,055! 0,05!

P4! 1047! 145! 0,138! 0,125!

P4-0! 841! 5! 0,0059! 0!

Tabla 3: Los resultados están expresados en Nº de gotas que contienen cada uno de los fragmentos marcados correspondiente a cada uno de los alelos. Se observan valores muy próximos entre los datos esperados, obtenidos mediante genotipado por sondas TaqMan, y los observados en PCR digital.!

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QX100™Droplet Digital™PCR System / Bio-Rad!

GENOTIPADO de MEZCLAS de extractos de ADN mediante PCR DIGITAL

A. Gómez-Martín1,2, Dávila-Fajardo CL3, B. Martínez-García1, J. Cabeza-Barrera3, A.F. Hernández2, L.J. Martínez-González1 !

1. Centro Pfizer - Universidad de Granada - Junta de Andalucía de Genómica e Investigación Oncológica (GENYO), Granada // 2. Departamento de Medicina Legal, Toxicología y Antropología Física, Universidad de Granada // 3. Unidad de Gestión Clínica de Farmacia Hospitalaria, Hospital San Cecilio, Granada!

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NECESIDAD DE LA GESTIÓN DEL

CONOCIMIENTO EN LA

INVESTIGACIÓN UNIVERSITARIAAntonio Gómez-Martín*1, Carmen Cardila-Cruz**, Agustín López-Pedrosa** y

Antonio Hernández-Jerez*

(*Departamento de Medicina Legal y Toxicología, Universidad de Granada, **Savia Biotech S.A.)

INTRODUCCIÓN

En la actualidad, el impacto del conocimiento en las organizaciones está alcanzando tal grado de

desarrollo que aporta grandes ventajas competitivas. La habilidad para adquirir información, transformarla en conocimiento, incorporarlo como aprendizaje, compartirlo rápidamente y

transferirlo constituye una herramienta fundamental para lograr el éxito sostenible en cualquier organización.

EXPERIENCIA

Esta reflexión ha surgido a partir de la experiencia de

uno de los autores (AGM) en la Universidad de Granada y en la empresa Savia Biotech, cuya

filosofía de gestión es un ejemplo de inteligencia competitiva. Su reincorporación en la investigación universitaria ha planteado la necesidad de buscar un modelo similar al de dicha empresa para aplicar la filosofía d e t r a b a j o q u e p e r m i t a

gestionar el conocimiento que genera la investigación.

Los centros públicos están empezando

a apostar por la calidad de la i nve s t i g a c i ó n p a ra s e r m á s competitivos, sin embrago esto exige tener las herramientas necesarias para

evaluarla. La unificación de un

método de gestión basado en las

Tecnologías de la Información y Comunicación (TIC) permitiría la administración y tratamiento de la información para su posterior reutilización dentro de la organización. La

implementación de un ERP (Enterprise Resourcing Planning), sistema de información integrado, en el ámbito universitario cuyas posibilidades permiten adaptarse fácilmente a las necesidades de la investigación,

revolucionaría la gestión universitaria, acercándose a las ambiciones de una empresa pero manteniendo los ideales propios de una entidad pública.

MÉTODO DE GESTIÓN

Para añadirle un aspecto universal y globalizado, este método tiene que aprovechar dos posibilidades actuales,

el desarrollo de software libre y el auge de las redes de sociales. Las aplicaciones mediante software libre

permiten progresar sin la limitación que supone el coste de las licencias, así como de la mejora constante que aporta tener libre acceso al código abierto. Por otro lado,

la gestión de las redes de contactos sociales supone un factor clave en el intercambio de experiencias entre investigadores que contribuye a generar nuevos conocimientos y a ampliar sus perspectivas de desarrollo,

propiciando la colaboración multidisciplinar.

NUEVAS APLICACIONES

Universidad de Granada

Por tanto, la aplicación de este método de gestión a la investigación pública le aportaría el espíritu emprendedor de una empresa pero sin sus presiones competitivas, obteniendo eficacia, rendimiento, reducción de costes, gestión del tiempo, mejora constante, dinámica de trabajo, optimización de procesos y mejora del flujo

de trabajo. En definitiva, aportaría un plus de calidad a la investigación universitaria.

CONCLUSIONES

Referencias

Yenia Melo Hermosilla y Abelardo Castro Hidalgo. REDES DE CONTACTO SOCIALES. ¿FACTOR CLAVE PARA LA LABOR DE INVESTIGACION UNIVERSITARIA?. Educ. Soc., Campinas, vol. 23, n. 81, p. 191-213, 2002

Neil Pollock, James Cornford. ERP SYSTEMS AND THE UNIVERSITY AS A “UNIQUE” ORGANISATION. Information Technology & People, vol. 17, n. 1, p. 31-52, 2004.

Alejandro Andrés Pavez Salazar. MODELO DE IMPLANTACIÓN DE GESTIÓN DEL CONOCIMIENTO Y TECNOLOGÍAS DE INFORMACIÓN PARA LA GENERACIÓN DE VENTAJAS COMPETITIVAS. Universidad Técnica Federico Santa María, 2000.

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