El gobierno de don Francisco Dueñas (periodo 1863-1871) inicio la construcción de un hermoso edificio, cuya primera planta era de mampostería y la segunda de madera y lámina. En su fachada, hacia la plaza de Santo Domingo, sobresalían tres cuerpos en columnas volcanes del orden jónico.

Los planos fueron elaborados por el ingeniero salvadoreño José Emilio Alcaine, y la construcción estuvo a cargo del notable general ingeniero José María Peralta Lagos, el festivo escritor nacional. Fue maestro de la obra el arquitecto y pintor Pascasio González, ayudado por el insigne ingeniero Alcaine. Durante el gobierno del general Fernando Figueroa (1907-1911) se continuó la obra monumental, la que abrió sus puertas en 1 de marzo de 1911, en ocasión de la toma de posesión del nuevo presidente doctor Manuel Enrique Araujo.

Arquitectónicamente considerado, el Palacio Nacional pertenece al orden compuesto, es decir, a una armoniosa combinación de las órdenes helénicas, jónico y dórico a los que se agregó, con gracia e ingenio, rasgos del orden romano.

El arte conjugado en la estructura del Palacio Nacional es considerado ecléctico, siendo una reminiscencia del estilo neoclásico. Mezcla el clasicismo griego y romano.

Columnas de orden Jonico

Entablamento Frontón

Plataforma

Estereóbato

Estilóbato

Basa

Fuste

Capitel

Fuste Jónico con acanaladuras de ángulos matados

Hojas de Acanto

Caulículos

En términos generales, en el piso inferior se encuentran columnas jónicas, con sus capiteles ornados por volutas que recuerdan la ornamenta de los carneros.

En el piso alto o galería principal, las columnas presentan vistosos capiteles con hojas de acanto estilizadas, típicas del orden corintio, el cual se hace más ostensible en la columna del peristilo, en el pórtico central del edificio.

Entablamento

Friso

Arquitrabe

Friso

Comisa

Frontón

Sima

En el tímpano se colocó, en 1926, un altorrelieve de Broce de Atlacatl, del artista salvadoreño Valentín Estrada.

Las fachadas secundarias las columnatas del interior, en el muro bajo exterior campea la arquitectura Romanica, en los portones y ventanas de medio punto cerradas en clave.

Orden Romano, destacan arcos de las puertas y ventanas exteriores coronadas con cabezas de cariátides.

SALON ROJO en este lugar se celebraban los cocteles y festines políticos. En ella se encuentran los medallones que nombran a los 14 departamentos que constituyen a El Salvador.

SALON ROSADO lugar en el que laboró la Corte Suprema de Justicia hasta 1974. En ella se conserva la pintura que destaca al primer escudoque nos declaraba como salvadoreños.

SALON AMARILLO Lugar que era el despacho del presidente hasta 1930.

SALON AZUL El más importante ya que actualmente conserva los 28 escritorios y sillas originales y el área que se dejaba para la prensa nacional e internacional que presenciaban las decisiones de la Asamblea Legislativa desde 1906.