Microarray Genòmic en Diagnòstic Prenatal - academia.cat · Com s’interpreten les CNVs ?...
-
Upload
nguyendiep -
Category
Documents
-
view
221 -
download
0
Transcript of Microarray Genòmic en Diagnòstic Prenatal - academia.cat · Com s’interpreten les CNVs ?...
Microarray Genòmicen Diagnòstic Prenatal
Antoni BorrellBCNatal-Hospital Clínic Barcelona
• Què és?• Com funciona?• Diferències amb el cariotip• Què detecta i què no detecta? • Quin microarray?• Algoritme d’aplicació• A qui?• Com interpretem les troballes?• Microdelecions en DNA fetal lliure
Microarray Genòmic en Diagnòstic Prenatal
• anomenat també “microarray cromosòmic”, “cariotip molecular” o bé simplement “array “
• és un mètode d'anàlisi genètica
• basat en:
• hibridació sobre una matriu de sondes de DNA (array-CGH)
• genotipatge SNP (SNP-array)
• que interroga diversos loci distribuïts al llarg del genoma
Microarray Genòmic: Què és?
CGH-array
CGH-array
CGH-array
CGH-array
NHC: 4903579arr17p12(14864897-15475024)x3.
Microarray Genòmic vs. Cariotip
• Resolució entre 10 i 1000 vegades superior a la del cariotip convencional
• Temps de resposta més curt (10 dies), ja que (habitualment) no requereix cultiu cel·lular
array-CGH10Kb-1Mb
CITOGENÈTICA CONVENCIONAL
~5-10 Mb
CITOGENÈTICAMOLECULAR
FISH~200 Kb (sonda-específica)
3.000 Mb
Resolució tècniques de citogenètica
Microarray Genòmic :
Què detecta ?
I què no detecta?
Canvis de dosi del material genètic, pèrdues i guanys, anomenades “variants del nombre de còpies” (CNV: copy number variations)
• Reorganitzacions equilibrades (≠ cariotip)
• Alteracions de seqüència o mutacions puntuals (= cariotip)
Quin microarray ?NombreSondes
Cobertura general
(Backbonecoverage)
Cobertura àrees interès (Hot spots)
Síndromesestudiades
Array-CGHbaixa resolució(BACs)
3K 1 Mb 100 Kb 143
Array-CGHresolució mitjana (oligonucleòtids)
60K 400 Kb 30 Kb 150
Array-CGHalta resolució (postnatal)
60K 300 Kb 10 Kb 250
SNP-array + array-CGH
180K 25 Kb 5 Kb -
SNP-Array
Com?AlgoritmeAplicació
Mostra VC/LA
Extracció DNA
QF-PCR
Aneuploïdia
T21 o T13
Normal
Microarray
Cultiu Back-up
cancel.lació
cariotip
Tipus de Variació en Nombre de Còpies (CNV)
• CNVs benignes: presents en individus sans (polimorfismes)
• CNVs patogèniques o probablement patogèniques: associades a anomalies fenotípiques. Poden presentar:
• penetrància incompleta• expressivitat variable
• CNVs incertes (VOUS): quan no hi ha prou evidència en literatura /bases de dades ni de la seva presència en població general sana, ni de la seva associació amb fenotips anòmals
Com s’interpreten les CNVs ?
Troballes incidentals
Anomalia trobada en una prova mèdica que es realitza en l’estudi d’una altra patologia.
• Metastàsi hepàtica en una RM per un dolor lumbar• Trisomia 21 en un estudi prenatal per esclerosi tuberosa
En microarrays:• Malaltia d’aparició tardana amb/sense possibilitats terapèutiques• Portador sa (no afecte) d’una malaltia recessiva o lligada-X en nena
Quan?Indicacions
1. Defecte congènit major o menor2. Translucència nucal augmentada (p 99 o > 3.5 mm)3. Restricció creixement fetal precoç (<32 s.) i sever (<p3)4. Microdeleció o microduplicació prèvia o parental5. Exitus fetal intrauterí6. Translocació equilibrada “de novo” o cromosoma “marker”
7. Substitució del cariotip?8. Oferta universal?
Metanàlisi microarray en cardiopaties
7%
12% Si s’hi inclou la microdeleció 22q11
Metanàlisi microarray en TN augmentada
5%
Metanàlisi microarray en CIR precoç (< 32 s.)
4%
CNV patogèniques addicionals segons indicació
3% 6% 1% 1%
Estudi de microdelecions en DNA fetal lliure
“Screening prenatal no invasiu” de trisomies típiques (21,18,13) (1/500 gestacions)
vs.
Diagnòstic invasiu amb microarray genòmic(>1/100)
S’hauria d’oferir a totes les gestants explicant avantatges i inconvenients dels 2 mètodes?