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MariaDB y FOSS en infraestructura de salud y estándares – Caso

ASSE

Ing. Nelson Calero, OCPnelson.calero@gmail.com

MySQL / NoSQL / Cloud Latin America ConferenceMiércoles 27 de Junio 2012

Buenos Aires, Argentina

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Agenda

1 – Introducción a informática en salud y estándares

2 - Informática en ASSE

3 – Planes

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Informática en salud

• Problema clásico de múltiples proveedores– Muchos sistemas desacoplados– Sin codificación unificada– Tecnología variada– Operación costosa (integración manual)

• Equipamiento médico con tecnología propietaria– Laboratorio– Imágenes– Dispositivos de cuidado de pacientes– ...

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Informática en salud

Normas de calidad y metas prestacionales impuestas por gobiernos :

– En USA:• CAHPS - Consumer Assessment of Healthcare

Providers and Systems• HEDIS - Healthcare Effectiveness Data and

Information Set

– En Uruguay: Metas Prestacionales del MSP

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Informática en salud

Ejemplo de Metas Prestacionales del MSP:

• Controles pediátricos anuales al 100% de los niños menores de un año

• Control del 100% de las mujeres embarazada

• 20% de los adolescentes, adultos y adultos mayores afiliados tengan médico de referencia

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Informática en salud

• http://www.openehr.org/

”The principal challenge for health ICT is to represent the semantics of the sector, which are far more complex than in other industries. Doing this requires a knowledge-oriented computing framework that includes ontologies, terminology and a semantically enabled health computing platform in which complex meaning can be represented and shared. At the same time it must support the economically viable construction of maintainable and adaptable health computing systems and patient-centric electronic health records (EHRs).”

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Informática en salud

Varias organizaciones promueven estándares

• OpenEHR foundation

– Gestión, almacenamiento e intercambio de registros médicos electrónicos

– Modelos clínicos basados en Arquetipos – de contenido y procesos

• HL7 - Health Level Seven

– Framework (HDF), mensajería, documentos (CDA), modelos (RIM)

– HL7 V2 (1989) y V3 (2005), CDA v2, DSS

• IHE - Integrating the Healthcare Enterprise

– Dominios, Perfiles, protocolos, estructura de documentos, codificación

– European Committee for Standardization (CEN)

• EN 13606 – intercambio. Inlcuido en OpenEHR

• Codificaciones : CIE-10, SNOMED, ICD9CM, LOINC, NDC, etc.

• No definen implementación, basados en interoperabilidad

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Informática en salud

• Dominios IHE

– IHE Anatomic Pathology (ANAPATH)

– IHE Cardiology (CARD)

– IHE Dental (DENT)

– IHE Endoscopy (ENDO)

– IHE Eye Care (EYECARE)

– IHE IT Infrastructure (ITI)

– IHE Laboratory (LAB)

– IHE Patient Care Coordination (PCC)

– IHE Patient Care Device (PCD)

– IHE Pharmacy (PHARM)

– IHE Quality, Research and Public Health (QRPH)

– IHE Radiation Oncology (RO)

– IHE Radiology (RAD)

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Informática en salud

• Algunos componentes de Infraestructura– Identificación - Patient Identifier Cross Referencing

(PIX)– Audit Trail and Node Authentication (ATNA)– IHE : 19 perfiles estables, 12 en evaluación

• Enterprise User Authentication• Multi-Patient Queries• Basic Patient Privacy Consents• Lista completa:

http://wiki.ihe.net/index.php?title=Profiles

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Informática en salud

• Documentos– HL7 Clinical Document Architecture (CDA)

• Documento XML que define estructura y semántica

– IHE Cross Enterprise Document Sharing (XDS)• Registro - almacena metadata• Repositorio - almacena documentos• No restringe formato : incluye HL7 CDA, DICOM• Consultas al registro en SQL

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Informática en salud

• Documentos XDS– Identificación única (OIDs)– Firmados– Protegidos de accesos no autorizados. Se

permiten accesos con consentimiento.– Registro central + Repositorio– Formato XML (ebXML - Electronic Business

using eXtensible Markup Language)– Uso de codificaciones – LOINC, SNOMED, etc.

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Informática en salud

Ejemplo de componente OID cédula de identidad Uruguaya: <recordTarget>

<patientRole>

<typeId extension="19881551" root="2.16.840.1.113883.2.14.2.1"

assigningAuthorityName="Ministerio del Interior"/>

…...

<patient>

<name>

</name>

…...

</patient>

</patientRole>

</recordTarget>

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Informática en salud

Software disponible• IHEos – implementación XDS, Java, Open Source, alpha

– Servidor público para test http://ihexds.nist.gov/ (National Institute of Standards)

• Open Health Tools  https://www.projects.openhealthtools.org– OpenPIXpdq - http://openpixpdq.sourceforge.net/– OpenEMPI - Open Enterprise Master Patient Index

• OpenEHR – implementación de referencia en Java

http://openehr.org• OpenCDS – implementación de HL7 DSS

http://www.opencds.org/

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Informática en ASSE

• Administración de Servicios de Salud del Estado - Uruguay

• Creada por Ley en el año 1987

• Se convierte en Organismo Descentralizado en 2007

• En 2010 se promueve la Unidad de Informática (creada en 2008) a una Dirección de Informática

• Presencia en los 19 departamentos

• 813 unidades de Atención de 1er. Nivel de Atención

• 46 hospitales de 2do. y 3er. Nivel de Atención

• Indicadores de Gestión, número total de:• camas de dotación: 6.074• intervenciones quirúrgicas: 53.989• egresos 162.632• consultas ambulatorias: 7.717.411

• 28.873 funcionarios

• Aproximadamente 4.000 puestos de trabajo en total

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Informática en ASSE

• Sistemas diversos– Desarrollos in-house– Outsourcing– Productos de terceros

• Compras• Donaciones• Impuestos por el gobierno – SIIAS, SIIF

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Tecnologías diversas

– Apache HTTP server - servidor web interno– Bacula - Respaldos– BIND - Servidor de nombres de dominios– GLPI / OCS Inventory - Gestión de tareas informáticas e inventario– JBoss - Contenedor JEE– Libreoffice - Ofimática– Mantis - Gestión de incidentes– Mediawiki - Repositorio ágil para documentación interna diversa– Mozilla ( Firefox + Thunderbird ) - Navegación y correo electrónico– MRBS - Reserva de salas de reuniones– OpenLDAP - Servidor de directorio– Redmine - Aplicación web de gestión de proyectos– SaMBa - Servidor de archivos compatible con windows– Subversion - Versionado del software– Tomcat - Contenedor de JEE Servlets– Zabbix - Plataforma de monitoreo– Zimbra - Servidor de Correo electrónico

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Tecnologías diversas (cont.)

• Bases de datos– MariaDB – PostgreSQL– Oracle (Standard Edition)

• Alta disponibilidad – Réplicas y stand-by manual

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Oportunidades

Proyectos de grado de la carrera de Ingeniería en Computación.Ejemplos (año 2010):

• Implantación de Pentaho (datawarehouse)• Estudios de viabilidad de utilización de RDBMS FOSS en nuestro contexto

Hay sistemas propios que ya están generando CDAs OpenSIH - http://sourceforge.net/projects/opensih/

• Originado en el Hosp. Maciel (2007)• Orientado a estándares de informática médica• Integra: JBoss / Seam / OpenLDAP / MySQL• Desplegado desde 2011 en todas las áreas quirúrgicas de ASSE

Sistema de historia clínica en desarrollo

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Por qué MariaDB?

• Directiva de usar tecnologías F.O.S.S.• Experiencia por grupos de desarrollo y proveedores en el uso de MySQL• Problemas conocidos de Genexus 9 con PostgreSQL• Funcionalidades de SQL usadas por aplicativos es standard, no limita al uso de un motor en particular• Soluciones de alta disponibilidad simples y a bajo costo • Madurez necesaria para soportar sistemas de producción• Se utiliza sistema operativo OpenSuse, quien reemplazó MySQL por MariaDB en versión 12.1• A largo plazo se podrán usar paquetes estándares, pero involucran alineación con políticas de productos/desarrollos

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Foco a corto plazo

0) Implementar soluciones que eliminen los problemas clásicos• Datos redundantes (mismos códigos en bases distintas)• Mismos datos codificados diferente (distintos códigos en bases distintas)• Simplificar administración uniformizando tecnología

• Maniobras más seguras• Actualización de versiones simple • Menos ambientes para administrar: (Desa, test, preprod, prod, qa, capa) x #motores x #aplicaciones

• Ir a estándares puede ser un salto grande en algunas aplicaciones. Adopción gradual modularizando funcionalidades es la clave.

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Foco a corto plazo

1) Implementar repositorio de documentos. Alternativas:

• XDS: repositorio metadata OLTP + documentos LOB• Solución clásica, puede usar filesystem para documentos

• Repositorio CDA usando motores XML• Considerar performance y seguridad• Volumen de datos a manejar• Capacidad de distribuir datos de forma nativa (sharding)

2) Implementar PIX

3) Implementar ATNA

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1) Repositorio de documentos

LOBs en MySQL:• Tipo de datos TINYBLOB, BLOB, MEDIUMBLOB, y LONGBLOB• No pueden usarse en MEMORY engine• Indexado?

Alternativa – Sphinx: servidor full text search• xmlpipe2 data source indexa documentos XML

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XML en MySQL

Solo hay XPath sobre strings: ExtractValue

mysql> SELECT ExtractValue( -> '<a><b c="1">X</b><b c="2">Y</b></a>', -> 'a/b' -> ) AS result;+--------+| result |+--------+| X Y |+--------+1 row in set (0.01 sec)

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Motores XML

Alternativas OpenSource:

• eXist-db - http://exist-db.org/

• BerkelyDB – Oracle

• Sedna - http://sedna.org/ Plan: instalar virtuales con cada solución, evaluarlas con carga, implementar soluciones usando MariaDB y plugins cuando sea necesario.

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2) PIX - OpenPIX

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2) PIX

Desafíos:

• OpenPIX integrado con eMPI

• Sistema actual de identificación de personas puede ser extendido (actualmente usa PostgreSQL)

• El volumen de beneficiarios (+1:) permite usar soluciones en memoria

• Se necesita escalar en la medida que aumente la interoperabilidad con sistemas internos y externos

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3) ATNA

Audit Trail Server • nsyslogd• estándares de logueo en aplicativos

Transacciones seguras• certificados Bi-direccionales

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Conclusiones

• Mucho por hacer

• Interoperabilidad es la prioridad

• Alta disponibilidad de la plataforma requiere tener menos heterogeneidad de tecnologías/sistemas para ser simple de operar

• La academia es una buena opción para compensar la falta de profesionales con experiencia en tecnologías libres

• Dificultad en conseguir proveedores que soporten soluciones tan específicas

• Próxima presentación: resultados

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¿Preguntas?

nelson.calero@gmail.com